BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G55800.1
Length=1655
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938526 jgi|Araly1|938526|scaffold_502717.1 2047 0.0
> Ahg938526 jgi|Araly1|938526|scaffold_502717.1
Length=1222
Score = 2047 bits (1108), Expect = 0.0
Identities = 1178/1212 (97%), Gaps = 3/1212 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 235 AAAACCTCGAGCTTCTAACAATGGAGACCAGCATCGCGTGCTACTCACGTGGGATCCTTC 294
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAACCTCGAGCTTCTAACTATGGAGACCAGCATCGCGTGCTACTCACGTGGGATCCTTC 60
Query 295 CCCCAAGTGTCTCTTCTCAACGATCCTCTACATTGGTCTCTCCTCCTTCCTACTCCACAT 354
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 CCCCAAGTGTCTCTTCTCAACGATCCTCTACATTGGTCTCTCCTCCTTCCTTCTCCACAT 120
Query 355 CCTCCAGCTTCAAGCGTCTAAAATCGAGCTCAATCTTCGGAGATTCACTACGATTAGCAC 414
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CATCCAGCTTCAAGCGTCTGAAATCGAGCTCAATCTTCGGAGATTCACTACGATTAGCAC 180
Query 415 CAAAATCGCAACTTAAAGCCACAAAAG-CTAAGAGCAATGGTGCTTCAACTGTGACCAAA 473
||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||
Sbjct 181 CAAAATCGCAATTTAAAGCCAC-AAAGACTAAGAGCAATGGTGCTCCAAGTGTTACCAAA 239
Query 474 TGTGAAATTGGCCAAAGCTTGGAAGAGTTTTTGGCACAAGCAACTCCTGACAAGGGATTG 533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 240 TGTGAAATTGGCCAAAGCTTGGAAGAGTTTTTGGCACAAGCAACTCCTGACAAAGGACTG 299
Query 534 AGAACTTTGCTGATGTGTATGGGAGAAGCATTGAGAACAATAGCTTTTAAAGTTAGAACA 593
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AGAACTTTGCTCATGTGTATGGGAGAAGCATTGAGGACTATAGCTTTTAAAGTTAGAACA 359
Query 594 GCTTCTTGCGGTGGAACAGCTTGTGTTAATTCCTTTGGTGATGAACAACTCGCTGTTGAT 653
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 360 GCTTCTTGTGGTGGAACTGCTTGTGTTAATTCCTTTGGTGATGAACAACTCGCTGTCGAT 419
Query 654 ATGCTTGCTGATAAGCTTCTCTTTGAGGCTTTGCAATACTCGCATGTGTGCAAGTATGCT 713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 ATGCTTGCTGATAAGCTTCTCTTTGAGGCTTTGCAATACTCGCATGTGTGCAAGTATGCT 479
Query 714 TGCTCTGAAGAAGTACCTGAGCTTCAAGACATGGGAGGTCCAGTGGAAGGTGGGTTTAGT 773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TGCTCTGAAGAAGTACCTGAGCTTCAAGACATGGGAGGTCCAGTGGAAGGTGGGTTTAGT 539
Query 774 GTTGCGTTTGATCCATTGGATGGATCAAGCATTGTGGATACAAATTTCACTGTGGGAACC 833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GTTGCGTTTGATCCATTGGATGGATCAAGCATTGTGGATACAAATTTCACTGTGGGAACC 599
Query 834 ATATTCGGTGTTTGGCCTGGAGACAAGTTAACCGGAATCACTGGAGGAGATCAAGTGGCT 893
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 600 ATATTCGGTGTTTGGCCTGGAGACAAGTTAACCGGAGTCACGGGAGGAGATCAAGTGGCT 659
Query 894 GCAGCCATGGGAATCTACGGTCCACGAACCACTTATGTTTTGGCTGTTAAGGGCTTTCCA 953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 660 GCAGCCATGGGAATCTACGGTCCACGAACCACTTATGTTTTGGCTGTTAAGGGATTTCCA 719
Query 954 GGAACTCATGAGTTCTTGCTTCTTGATGAAGGGAAATGGCAGCATGTAAAGGAGACAACA 1013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 720 GGAACTCATGAGTTCTTGCTTCTTGATGAAGGGAAATGGCAGCATGTTAAGGAGACAACA 779
Query 1014 GAGATCGCAGAAGGGAAAATGTTCTCACCAGGAAACTTAAGAGCCACATTCGACAACTCC 1073
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GAGATCGCAGAAGGGAAAATGTTCTCACCAGGAAACTTGAGAGCCACATTCGACAACTCC 839
Query 1074 GAATACAGCAAGCTGATTGATTACTACGTGAAAGAGAAATACACACTGCGATACACCGGA 1133
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 840 GAATACAGCAAGCTGATTGATTACTACGTGAAAGAGAAGTACACACTGAGATACACCGGA 899
Query 1134 GGAATGGTTCCTGATGTTAACCAGATTATTGTGAAGGAGAAAGGAATCTTCACAAATGTG 1193
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GGAATGGTTCCTGACGTTAACCAGATTATTGTGAAGGAGAAAGGAATCTTCACAAATGTG 959
Query 1194 ACTTCTCCTACGGCTAAGGCAAAGTTGAGGCTGTTGTTTGAAGTGGCTCCTCTTGGCCTG 1253
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 960 ACTTCTCCTACGGCTAAGGCAAAGTTGAGGCTGTTGTTCGAAGTGGCTCCTCTTGGCCTG 1019
Query 1254 CTCATAGAGAATGCTGGTGGATTCAGCAGTGATGGACACAAGTCCGTGCTTGACAAGACC 1313
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTCATAGAGAATGCTGGCGGATTCAGCAGCGATGGATACAAGTCCGTGCTTGACAAGACC 1079
Query 1314 ATCATCAACCTCGACGATAGAACTCAAGTTGCTTATGGCTCAAAGAACGAGATCATCCGC 1373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ATCATCAACCTCGACGATAGAACTCAAGTTGCTTATGGCTCAAAGAACGAGATCATCCGC 1139
Query 1374 TTCGAAGAAACCCTTTATGGAACATCAAGACTCAAGAATGTTCCCATTGGAGTTACCGCT 1433
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1140 TTCGAAGAAACCCTTTATGGAACGTCAAGACTCAAGAATGTTCCCATTGGAGTTACTGCT 1199
Query 1434 TAGAAACTCATT 1445
||||| | ||||
Sbjct 1200 TAGAACC-CATT 1210
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62049009105
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5