BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G56040.1
Length=2954
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486043 jgi|Araly1|486043|fgenesh2_kg.5__2035__AT3G56040.1 4747 0.0
> Ahg486043 jgi|Araly1|486043|fgenesh2_kg.5__2035__AT3G56040.1
Length=2946
Score = 4747 bits (2570), Expect = 0.0
Identities = 2824/2949 (96%), Gaps = 8/2949 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 ATATGCTTGGAGTATCTCTCCTTATCCCTCCTTGGGGTTCTCTTCAAAACCCCTTCTTCC 62
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATATGCTTGGAGTATCTCTCCTTATCCCTCCTTGGGGTTCTCTTCAAAACCCCTTCTTCC 60
Query 63 TTCTCCTTCTGTAACCATCTTCTTCACCATGGCTAATCCTCAAGCTTCTCCAATTCTCCA 122
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 TTCTCCTTCTCTAACCATCTTCTTCGCCATGGCTAATCCTCAAGCTTCTCCCATTCTCCA 120
Query 123 TCACCCCCAAAATCACCTCTCTCTCTTCCACTTTCGCACTACAACATCTCCTCGCTCCTT 182
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 121 TCACCCCCAAAATCACCTCTCTCTCTTCCACTTTCGTACTACTACATCTCCTCGCTCCTT 180
Query 183 CAGCTCTCTGCATTTCAGAAAACCACTCCTCTTTCTCTCTTCTTCTTCGTCATTTTCCTC 242
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 181 CAGCTCTCTGCATTTCAGAAAACCTCTGCTCTTTCTCCCTTCTTCTTCTTCATTTTCCTC 240
Query 243 GAAATTACAGCAGAGCGAGCAGCAATGTAATAATCACCAGGTGAGACACGTGTCCACCGT 302
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAAATTACAGCAGAGCGAGCAGCAATGTGACAATCACCAGGTGAGACACGTGTCCACCGT 300
Query 303 ACCTGTCGAGTATTCTACACCGACTCCTCCGGAATCCGACGATTTCTTATCGGAAATCGA 362
||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ACCTGTCGAGTATTCCACTCCGACTCCTCCTGAATCCGACGATTTCTTATCGGAAATCGA 360
Query 363 TCGGCTTAAGTCTCTCCTAT-CGAAACTAGACGTTTCCAAGGATTTACGAAGGAAGGACG 421
||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 361 TCGGCTTAACTCTCTCC-GTGCGAAACTAGACGTTTCCAAGGATTTACGCCGGAAGGACG 419
Query 422 CGGTTATCGACGCTGATTCCAGAGTTCGTCGATTCTTCAGCGAGAATCGAGGCGGTTTAT 481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 CGGTTATCGACGCTGATTCCAGAGTTCGTCGATTCTTCAGCGAGAATCGAGGCGGTTTAT 479
Query 482 CTAAGGTTTTTGGTT-ATCTTGGTTTGAATTCGAATGAGATGTTTCTCGTTAAGTGTGTT 540
|| ||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CTCAGGTTTTAGGTTCA-CTTGGTTTGAATTCGAAAGAGATGTTTCTCGTTAAGTGTGTT 538
Query 541 ATCGCGGCGGGGCAAGAACACGCTCTATGTATGAATTATGAGGAAGCATTTGGAGAAGAA 600
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||
Sbjct 539 ATCGCGGCGGGGCAAGAACATGCTCTATGTATGAATTACGAGGAAGCATTTGAACAAGAG 598
Query 601 GAGGAGGAGTATACAGTGAGAAGCTCAGTGAAGAACGCACTTTACGCATTGGTGGAGATG 660
||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 599 GAGGAAGAGTATACAGTGAGAAGTTCGGTGAAGAACGCGCTCTACGCATTGGTGGAGATG 658
Query 661 ATTGAGAGATTCGATGTGAATAGTAGCGGCTATAAAGGTAGAAGAGAGATGGGTACAGTT 720
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 659 ATTGAGCGATTCGATGTGAATAGTAGCGGCTATAAAGGTAGAAGAGAGATTGGTACAGTT 718
Query 721 TTAGATTCAGAGGAGATTGCTCATTTTAGAAAATTCTTGACGTTTCTGGAAGAAATTGAA 780
|||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 719 TTAGATGCAGAGGAGATTTCTCACTTTAGAAAATTCTTGACATTTCTGGAAGAAATTGAA 778
Query 781 CAGTTCTACGACTGCATTGGAGGAATCATTGGATATCAGGTTATGGTTCTTGAGCTTCTT 840
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 CAGTTCTACGACTGCATTGGAGGAATCATCGGATATCAGGTTATGGTTCTTGAGCTTCTT 838
Query 841 CATCAGTCATCTAAGAGACGTAATACTAACCGGTCACAACTTGTTGAAGAATCATTGGGT 900
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 839 CATCAATCATCTAAGAGACGTAATACTAACCGGTCACATCTTGTTGAAGAATCCTTGGGT 898
Query 901 TGCCAGTATTTAGAAATGCATACTCCTAGTGTTCTTGATCTCACTCAGGAGGAAGATTAT 960
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||
Sbjct 899 TGCCAGTACTTAGAAATGCATACTCCTAGTGTTCTTGACCTCACTCAGAAGGCAGATTAT 958
Query 961 GCTTCACAGGCGGCTCTGTGGGGAATTGAGGGATTGCCAGACCTAGGTGAAATATATCCC 1020
|| || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GCCTCGCAGGCGGCAATATGGGGAATTGAGGGATTGCCAGACCTAGGTGAAATATATCCC 1018
Query 1021 CTAGGAGGTGCTGCAGACAGACTAGGTTTGATTGATTCAGAAACTGGAGAATGCCTTCCT 1080
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1019 CTAGGAGGTGCAGCAGACAGACTAGGTTTGGTTGATTCAGAAACAGGAGAATGCCTTCCT 1078
Query 1081 GCAGCAATGCTTGCTCATTGTGGACGAACTTTGTTGGAGGGACTTATTAGAGATCTTCAG 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GCAGCAATGCTTGCTCATTGTGGACGAACTTTGTTGGAAGGACTTATTAGAGATCTTCAG 1138
Query 1141 GCTAGAGAGTTCCTTTACTTCAAACTTTATGGAAAGCAATGTGTCACACCTGTTGCCATT 1200
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GCTAGAGAGTTTCTTTACTTCAAACTTTATGGAAAGCAATGTGTCACACCTGTTGCCATT 1198
Query 1201 ATGACAAGTGCTGCAAAGAACAACCATGAGCATGTAAGTTCGCTTTGTGAAAGGCTTAAA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1199 ATGACAAGTGCTGCAAAGAACAACCATGAGCATGTAAGTTCCCTTTGTGAAAGGCTCAAA 1258
Query 1261 TGGTTTGGCAGAGGTCAATCAAATTTCCGACTCTTTGAACAGCCTCTCGTCCCAGCTGTC 1320
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TGGTTTGGAAGAGGTCAATCAAATTTCAGACTCTTTGAACAGCCTCTCGTCCCAGCTGTC 1318
Query 1321 AGTGCTGAAGATGGTCAATGGATAGTATCAAAGCCCTTTGTTCCAGTTAGTAAACCTGGT 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AGTGCTGAAGATGGTCAATGGATAGTATCAAAGCCCTATGTGCCAGTTAGTAAACCTGGT 1378
Query 1381 GGTCATGGTGTAATTTGGAAATTGGCTTATGACAAAGGTGTCTTTAACTGGTTTTACGAT 1440
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GGTCATGGTGTGATTTGGAAATTGGCTTATGACAAAGGTGTCTTTAACTGGTTTTACGAT 1438
Query 1441 CATGGAAGAAAAGGAGCAACCGTTCGGCAAGTTAGTAACGTTGTGGCTGCTACAGATGTT 1500
||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1439 CATGGAAGAAAGGGAGCAACTGTTAGGCAAGTTAGTAACGTTGTGGCTGCCACAGATGTT 1498
Query 1501 ACCCTCTTGGCCCTTGCTGGGATTGGCTTACGGTATAATAAGAAACTTGGGTTTGCATCC 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ACCCTCTTGGCCCTTGCTGGGATTGGCTTACGGTACAATAAGAAACTTGGGTTTGCATCC 1558
Query 1561 TGTAAAAGGAATGCTGGAGCAACCGAAGGGATTAATGTTTTGATGGAGAAGAAGAATTTC 1620
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TGTAAAAGGAATGCTGGAGCAACTGAAGGGATTAATGTATTGATGGAGAAGAAGAATTTC 1618
Query 1621 GATGGGAAGTGGGAATATGGTATATCGTGCATTGAGTACACAGAATTTGATAAATTC-GA 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1619 GATGGGAAGTGGGAATATGGTATATCGTGCATTGAGTACACAGAATTTGATAAATTCGGA 1678
Query 1680 TATCTCCAACAGATCACCTTCTTCAAATGGTTTGCAGGCTGATTTTCCTGCCAATACAAA 1739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1679 -ATCTCCAACAGATCACCTTCTTCAAATGGTTTGCAGGCTGATTTCCCGGCCAATACAAA 1737
Query 1740 CATTCTATATGTAGACTTACATTCGGCCGAGTTAATTGGGTCAAGCAGTAATGCAAAAAG 1799
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1738 CATTCTATATGTAGACTTACATTCTGCCGAGTTAATTGGGTCGAGCAGTAATGCAAAAAG 1797
Query 1800 TTTGCCAAATATGGTTCTCAATACAAAGAAGCGAATTGAGTACCTTGATCAGTATGGAGA 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1798 TTTGCCAAATATGGTTCTCAATACAAAGAAGCGAATTGAGTACATTGATCAGTATGGAGA 1857
Query 1860 CTATCACAGCGTTATGGGTGGTAGATTGGAATGCACGATGCAAAACATAGCAGACAACTT 1919
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1858 CTATCACAGCGTTTTGGGTGGTAGATTGGAATGCACGATGCAAAACATAGCAGACAATTT 1917
Query 1920 TTTTAATAAGTTTCCATCTAGATGCCACGGCAGTCTAGAAGACAAACTGGATACATATAT 1979
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TTTTAATAAGTTTCCATCTAGATGCCAGGGCAGTCTAGAAGACAAACTGGATACATATAT 1977
Query 1980 TGTGTACAACGAACGAAGAAAGGTCACTTCATCAGCTAAGAAGAAGAAACCACACGCAAG 2039
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1978 TGTATACAACGAACGAAGAAGGGTCACTTCATCAGCTAAGAAGAAGAAACCACATGCAAG 2037
Query 2040 TGCTGCATTACACCAGACTCCAGATGGTGCATTGTTGGATATACTCCGGAATGGATATGA 2099
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2038 TGCTGCATTACACCAGACTCCAGATGGTGCATTGTTAGATATACTCCGGAATGCATATGA 2097
Query 2100 CCTCCTTACGGAGTGTGATATCAAACTCCCCATGATTGAAGCTAATGATAAATATGTTGA 2159
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 CCTCCTTACGGAGTGTGATATTAAACTCCCCATGATTGAAGCTAATGATAAATATGTTGA 2157
Query 2160 TTCCCCACCTCCGTATCTCATTCTTCTGCATCCTGCCCTCGGCCCTCTTTGGGAAGTTTC 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TTCCCCACCTCCGTATCTCATTCTTCTGCATCCTGCCCTCGGCCCTCTTTGGGAAGTTTC 2217
Query 2220 GAGACAGAAATTCAAGGGAGGGTCCATTTCCAGTTGCTCAGAACTGCAACTAGAGATTGC 2279
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 GAGACAGAAATTCAAGGGAGGGTCTATTTCCAGTTGCTCAGAACTGCAACTAGAGATTGC 2277
Query 2280 AGAGTTCTCATGGAACAATGTTCAGGTTGATGGTAGCTTGATCGTTACTGCTGAAAATGC 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 2278 AGAGTTCTCATGGAACAATGTTCAGGTTGATGGTAGCTTGATCATCACTGCTGAAAATGC 2337
Query 2340 CATGGGTTCAACAACACCTAATGATAATGGTGAACCAATATTGCAATACGGGTTAAGGTG 2399
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2338 CATGGGTTCAACAACACCTAACGATAATGGTGAACCAATATTACAATACGGATTAAGGTG 2397
Query 2400 TGGTAAGTGTAAACTGCATAACGTGAACGTAGTGAACCGAGGAATCGATTGGAACAGTAA 2459
||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 TGGTAAGTGTAAACTGCATAATGTCAAGGTAGTGAACCGAGGAATCGATTGGAACAGTAA 2457
Query 2460 ATCAAATGTTTACTGGAGAAACGATGTGAACAGGCTTGAGACCTGTAAAATCATACTGCA 2519
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2458 ATCAAATGTTTACTGGAGAAACGATGTGAACCGGCTTGAGACTTGTAAAATCATACTCCA 2517
Query 2520 CGGAAATGCAGAATTCGAAGCCAGCAATGTAACTATAGAGGGACACCATGTTTTTGAAGT 2579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2518 CGGAAATGCAGAATTCGAAGCCAGCAATGTAACTATAGAGGAAAACCATGTTTTTGAAGT 2577
Query 2580 ACCCGACGGTCACAAACTGAAGATCACATCAGGAAATGCAGGTTTAAGCATCAACTTGGA 2639
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 ACCCGACGGTCACAAACTTAAGATCACACCAGGAAATGCAGGTTTAAGCATCAACTTGGA 2637
Query 2640 AGCACTGAAAGAAGAGGTAATGGAAACAGGAAGCTGGTATTGGAACTACCAACTCAATGG 2699
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 AGCAATGAAAGAAGAGGTAAAGGAAACAGGAAGCTGGTATTGGAACTACCAACTCAATGG 2697
Query 2700 ATCCCATATTCATCTTCAACAAGTAGAGGTTTCACAAAGCTAACCCAACCCGAATAATTT 2759
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||
Sbjct 2698 ATCCCACATTCATCTTCAACAAGTAGAGGTTTCACAAAACTAACCCCACCCAAATAATTG 2757
Query 2760 GGAGCTAAGCCTCCCAAAGTAGAAAAAAGTTTATTACCTCTCCTTGTCCATGAAAATAAA 2819
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2758 GGAGCTAAGCCTCCCAAAGTAGAAAAAAGTTAATAACCTCTCCTTGTCTTTGAAAATAAA 2817
Query 2820 AATAGAAAGTGTAATTTGCTGTAAATGTTTGCTCCTCTGTAAATTAAACAAAACAGTTCA 2879
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 AATAGAAAGTCTACTTTGCTGTAAATGTTTGCTCCTCTGTAAATTAAACAAAACAGTTCA 2877
Query 2880 CCATCT--ATCTGATGTGTTCTCTTTCATGAAAAAAGCTCGACAATTGTACAATTCATAA 2937
|||||| || ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2878 CCATCTCTATATGATGTGTTCTCTTTCATGTAAAAAGCCCGAGAATTGTACAATTCATAG 2937
Query 2938 ATTCATACT 2946
|||||||||
Sbjct 2938 ATTCATACT 2946
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111528237360
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5