BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G59660.1
Length=2214
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486431 jgi|Araly1|486431|fgenesh2_kg.5__2423__AT3G59660.1 3136 0.0
Ahg938990 jgi|Araly1|938990|scaffold_503181.1 970 0.0
> Ahg486431 jgi|Araly1|486431|fgenesh2_kg.5__2423__AT3G59660.1
Length=2146
Score = 3136 bits (1698), Expect = 0.0
Identities = 1958/2077 (94%), Gaps = 43/2077 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 154 TTTTTAACTCCGTTGATCGAGATGGTACAGTCAGCGGTGGAAGTTCTATTACCGTCGGCG 213
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 90 TTTTT-ACTCCGTTGATCGAGATGGTACAGTCAGCGGTGGAAGTTCTATTACCGTCGTCG 148
Query 214 TGGGAGATTGAGGTCGCGGTGGTCGCTTCTGTGTTTTTAATCGCTTCCTATTGGCTATTC 273
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||| |||||
Sbjct 149 TGGGAGATTGAGGTTGCGGTGGTCGCTTCTGTATTTTTGATTGCTTCTTATTGGTTATTC 208
Query 274 GCTTACAGAGGAGGCGGAGATGACGATGTCGTCGGTGTTGGATTTGATCGGTCTCGTCTC 333
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 209 GCTTACAGAGGAGGCGGAGATGACGATGTCGTTGGTGTTGGATTTGATCGGTCTCGTCTC 268
Query 334 ATGCAGAATCTCGATTCCGGTGACG-C--CTTTGACAAAGACAAGATAGGACACTTGAGA 390
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 269 ATGCAGAATCTCGATTCCGGTGACGCCATCTTTGACAAAGACAAGATAGGACAGTTGAGA 328
Query 391 GGAGACACTCAAACTAATGCTGCTTATATAGTCAAGGTGGAACTCTTGGCTGCTAAGAAT 450
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 329 GGAGACACTCAAACTAATGCTGCTTATATAATCAAGGTGGAACTGTTGGCTGCTAAGAAT 388
Query 451 CTAATTGGTGCTAACTTAAATGGAACATCAGATCCTTATGCTATTGTTAATTGTGGATCA 510
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 389 CTAATTGGTGCAAACTTAAATGGAACATCCGATCCTTATGCTATTGTTAATTGTGGATCA 448
Query 511 GAAAAGCGATTCAGTTCTATGGTCCCTGGCTCGAGAAATCCAATGTGGGGTGAAGAGTTC 570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 449 GAAAAGCGATTCAGTTCTATGGTCCCTGGCTCGAGAAATCCAATGTGGGGTGAAGAGTTC 508
Query 571 AATTTTCCCACAGATGAACTTCCTGCTAAGATTAATGTAACAATTCATGATTGGGATATC 630
||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 509 AATTTTCCCACAGATGAGCTTCCTGTTAAGATCAATGTAACAATTCATGATTGGGATATC 568
Query 631 ATTTGGAAAAGTACTGTTCTTGGCTCAGTAACTATTAATGTTGAACGTGAAGGCCAAACG 690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 569 ATTTGGAAAAGTACTGTTCTTGGCTCAGTAACTATTAATGTTGAACGTGAAGGCCAAACG 628
Query 691 GGTCCAGTGTGGCACTCATTAGACAGCCCGTCTGGGCAGGTTTGCCTTAACATTAATGCA 750
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 629 GGTCCAGTGTGGCACTCATTAGACAGCCCATCTGGGCAGGTTTGCCTTAATATTAATGCA 688
Query 751 ATCAAACTACCCGTGAATGCTCCTAGGGCTGTAACTGGATATGCTGGAGCCGGTAGAAGA 810
||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 689 ATCAAACTACCTATAAACGCTCCTAGGGCTGTAACTGGATATGCTGGAGCCGGTAGAAGA 748
Query 811 AGGGTCACATTGGATCAGCAAGGCCCAACAATTGTACATCAAAAGCCAGGGCCTCTGCAG 870
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 749 AGGGTCACATTGGATCAGCAAGGCCCAACAATTGTACATCAAAAACCAGGGCCTCTGCAG 808
Query 871 ACGATATTTGATCTCCTCCCGGATGAGGTTGTCGAGCACAGTTATTCATGTGCCCTGGAG 930
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 809 ACGATATTTGATCTCCTCCCGGATGAGGTTGTTGAGCACAGTTATTCATGTGCCCTGGAG 868
Query 931 AGGTCATTCCTGTATCATGGCCGAATGTATGTTTCCGCGTGGCACATATGTTTCCACTCC 990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 869 AGGTCATTCCTGTATCATGGCCGAATGTATGTTTCCGCGTGGCACATATGTTTTCACTCC 928
Query 991 AATGTTTTCTCTAAGCAAATGAAGGTTGTTGTCCCTCTCGGAGATATAGATGAGATTCGT 1050
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 929 AATGTTTTCTCTAAGCAAATGAAGGTTGTTGTCCCTCTGGGAGATATAGATGAGATCCGT 988
Query 1051 AGAAGTCAACACGCGTTGATAAACCCAGCTATAACAATCATACTACGGATGGGTGCTGGT 1110
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 989 AGAAGTCAACACGCATTGATAAACCCAGCTATAACAATCATTCTACGGATGGGTGCTGGT 1048
Query 1111 GGACATGGTGTTCCCCCTCTTGGGACTCCTGATGGTAGAGTGAGGTATAAATTTGCATCA 1170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1049 GGACATGGTGTTCCCCCTCTTGGGACTCCTGATGGTAGAGTGAGGTATAAATTTGCGTCG 1108
Query 1171 TTTTGGAACAGGAACCATACACTAAAAGCATTGCAACGTGCGGTGAATAATTATCATGCA 1230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1109 TTTTGGAACAGGAACCATACACTAAAAGCATTGCAACGTGCAGTTAATAATTATCATGCA 1168
Query 1231 ATGTTAGAAGTCGAAAAGAAGGAGAGAGCACAGTCTGCTTTGCGTGCTCATAGTAGCTCT 1290
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1169 ATGTTAGAAGTTGAAAAGAAGGAGAGAGCAGAGTCTGCTTTACGTGCTCATAGTAGCTCT 1228
Query 1291 GTGAAAGGAGGTGGTAAAGTACAAGTGAAAGCTCCTGAAGATACTGCAGCTGTACCTGTA 1350
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229 GTGAAAGGAGGTGGTAAAGTACAGGTCAAAGCTCCTGAAGATACTGCAGCTGTACCTGTA 1288
Query 1351 AAGTTTCAGGCTTTCATCAAAGAAGAAGTCCTTGTTAACATCTACAATGATGTTTTTGCC 1410
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1289 AAGTTTCAGGCTTTCATCAAGGAAGAAGTCCTTGTCAACATCTACAATGATGTTTTTGCC 1348
Query 1411 AGTACACCTGAGCAAGTCCTGAACGTCTTGTTGGCTGATGATTCCACTTATACTAATGAG 1470
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349 AGCACACCTGAGCAAGTCCTGAACGTCTTGTTGGCTGATGATTCCACTTATACTAATGAG 1408
Query 1471 TACAGATCTGCACGGAAGGATAAAAATCTTAATATTGAGCCGTGGCATACTGCTGAAGAA 1530
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1409 TACAGATCTGCACGGAAGGATAAAAATCTCAATATTGAGCCGTGGCATACTGCTGAAGAA 1468
Query 1531 TATGATGGTCAAGTTAGAGAGATTAAGTTTAGATCCATTTGTAATAGTCCGATGTGTCCA 1590
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1469 TATGATGGTCAAGTTAGAGAGATTAAGTTCAGATCCATTTGTAATAGTCCGATGTGTCCA 1528
Query 1591 CCAGACACTGCTGTGACGGAATGGCAGCATGTTGTTCTATCACCAGATAAGAAAGTGCTG 1650
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1529 CCAGACACTGCTGTGACGGAATGGCAGCACGTTGTTCTATCACCAGATAAGAAAGTGCTG 1588
Query 1651 GTTTTTGAAACAGTGCAACAGCCACATGATGTTCCTTTTGGTTCTTACTTTGAGGTCCAC 1710
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1589 GTTTTTGAAACTGTGCAACAGCCACATGATGTTCCTTTTGGTTCTTACTTTGAGGTCCAC 1648
Query 1711 TGTCGATGGCGCTTGGAAGCTAAAGACGAGACTTCATCTGTTATAGATATAAGAGTCGGT 1770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1649 TGTCGATGGCGCTTGGAAGCTAAAGACGAGACTTCATCTGTTATAGATATAAGAGTCGGT 1708
Query 1771 GTACATTTCAAGAAATGGTGTTTGATGCAATCGAAGATTAAAGCAGGGGCAATTGACGAG 1830
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1709 GTACATTTCAAAAAATGGTGTTTGATGCAATCGAAGATTAAAGCAGGGGCAATTGACGAG 1768
Query 1831 ---TACAAGAAAGAA-G-TGGAAGTGAT---G-C--T--AGA-A--GTGGCATTGTCGTA 1874
| || | | || | || | | | | | | | ||||||||||||||
Sbjct 1769 GCGT-CATTTTTGTCTGATGCATTTGTTTTTGACACTTTACACAAAGTGGCATTGTCGTA 1827
Query 1875 TCTC--AAGTCACACTCTTCCTCAAGTAGCCATGGTGATATAGACAAGTCTGCTCTATCA 1932
|||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1828 TCTCTCAAGTCACACTCATCCTCAAGTAGCCTTGGTGATATAGACAAGTCTGCTCTATCA 1887
Query 1933 TCTCCAACACCAGAAAACATCAGCTAAAACCTAATTTACCAAAATCAAAAAGCTTCTCAA 1992
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1888 TCTCCAACACCAGAAAACATCAGCTAAAACCTAATTTACCAAAATCAAGAAGCTTCTCAA 1947
Query 1993 AGTTTCATTCTCCAGCCAGCTAATTAAGATCATCCACCATCATTTTTCTTC-TTCTTTTA 2051
|||||||||||||||||||| || | || |||||||||| || |||||
Sbjct 1948 AGTTTCATTCTCCAGCCAGC----------CA---A--AT-ATTTTTCTTCCTT-TTTTA 1990
Query 2052 CATGTTAAAGTGTATATGTGGTAACAGTAATTATGAATGGATATTTACAGAGGCTTGTCT 2111
||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1991 CATGTGAAAGTGTATATGCGGTAACGGTAATTA-GAATGAATATTTACAGGGGCTTGTCT 2049
Query 2112 GATTTCTGGTACTTGTGACA-ATAACAAAGGAAAAGTTTGGGTTCTCTCACAACTCTATT 2170
|||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2050 GATTTCTGGTACTTCCGACAGATAACAAAAGAAAACTTTGAGTTCTCTCACAACTCTATC 2109
Query 2171 TGTATTGGCAAATACAAAGTAAGTGACAATTCCAATT 2207
| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||
Sbjct 2110 TATATTGGCAAATACTAAGTATGTAACAATTCCAATT 2146
Score = 143 bits (77), Expect = 6e-33
Identities = 86/90 (96%), Gaps = 2/90 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 CTTGTTCTTCTTCTAAAGAAGGCGAAGTTTCTTCTCTCCAGAATAATGTTGATTCTCTGT 81
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTTCTTCTTCTTCTAAAGAAGGCGAAGTTTCTTCTCTCCAGAATAATGTTGATTCTCTGT 60
Query 82 -GTTGTGATCCTCCATAGGATAAATCCCTA 110
|| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 CGT-GTGATCCTCCATAGGATTAATCCCTA 89
> Ahg938990 jgi|Araly1|938990|scaffold_503181.1
Length=2059
Score = 970 bits (525), Expect = 0.0
Identities = 597/630 (95%), Gaps = 11/630 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1476 ATCTGCACGGAAGGATAAAAATCTTAATATTGAGCCGTGGCATACTGCTGAAGAATATGA 1535
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1421 ATCTGCACGGGAGGATAAAAATCTTAATATTGAACCGTGGCATACTGCTGAAGAATATGA 1480
Query 1536 TGGTCAAGTTAGAGAGATTAAGTTTAGATCCATTTGTAATAGTCCGATGTGTCCACCAGA 1595
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 TGGTCAAGTTAGAGAGATTAAGTTCAGATCCATTTGTAATAGTCCGATGTGTCCACCAGA 1540
Query 1596 CACTGCTGTGACGGAATGGCAGCATGTTGTTCTATCACCAGATAAGAAAGTGCTGGTTTT 1655
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1541 CACTCCTGTGACGGAATGGCAGCACGTTGTTCTATCACCAGAGAAGAAAGTGCTGGTTTT 1600
Query 1656 TGAAACAGTGCAACAGCCACATGATGTTCCTTTTGGTTCTTACTTTGAGGTCCACTGTCG 1715
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1601 TGAAACTGTGCAACAGCCACATGATGTTCCTTTTGGTTCTTACTTTGAGGTCCACTGTCG 1660
Query 1716 ATGGCGCTTGGAAGCTAAAGACGAGACTTCATCTGTTATAGATATAAGAGTCGGTGTACA 1775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661 ATGGCGCTTGGAAGCTAAAGACGAGACTTCATCTGTTATAGATATAAGAGTCGGTGTACA 1720
Query 1776 TTTCAAGAAATGGTGTTTGATGCAATCGAAGATTAAAGCAGGGGCAATTGACGAGTACAA 1835
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1721 TTTCAAGAAATGGTGTTTGATGCAATCGAAGATTAAAGCAGGAGCAATTGACGAGTACAA 1780
Query 1836 GAAAGAAGTGGAAGTGATGCTAGAAGTGGCATTGTCGTATCTCAAGTCACACTCTTCCTC 1895
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1781 GAAAGAAGTGGAAGTGATGCTAGAAGTGGCATTGTCGTATCTCAAGTCACACTCGTCCTC 1840
Query 1896 AAGTAGCCATGGTGATATAGACAAGTCTGCTCTATC-ATC-TC-C-AACACCAGAAAACA 1951
||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||
Sbjct 1841 AAGCAGCCTTGGTGATATAGAAAAGTCTGCTCTATCTATCATCTCCAACACCAGAAAACA 1900
Query 1952 T-CAGCTAAAACCTAATTTACCAAAATCAAAAAGCTTCTCAAAGTTTCATTCTCCAGCCA 2010
| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1901 TAC-GCTAAAACCTAATTTGCCAAAATCAAAAAGCTTCTCAAAGTTTCATTCTCCAGCCA 1959
Query 2011 GCTAATTAA-GATCATCCACCATCATTTTTCTTCTTCTTTTA-CATGTTAAAGTGTATAT 2068
|| |||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||| | | |||||||||||||
Sbjct 1960 GCCAATTAAAGATCATCCAGCGTCATTATTCTTCTTCTTTTATCTTATTAAAGTGTATAT 2019
Query 2069 GTGGTAACAG-TAATTATGAATGGATATTT 2097
|||| || || ||| || ||| ||||||||
Sbjct 2020 GTGGAAA-AGGTAACTA-GAACGGATATTT 2047
Score = 228 bits (123), Expect = 2e-58
Identities = 140/148 (95%), Gaps = 1/148 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1251 GGAGAGAGCACAGTCTGCTTTGCGTGCTCATAGTAGCTCTGTGAAAGGAGGTGGTAAAGT 1310
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 GGAGAGAGCAGAGTCTGCTTTACGTGCTCATAGTAGCTCTGTGAAAGGAGGTGGTAAAGT 1333
Query 1311 ACAAGTGAAAGCTCCTGAAGATACTGCAGCTGTACCTGTAAAGTTTCAGGCTTTCATCAA 1370
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 ACAGGTCAAAGCTCCTGAAGATACTGCAGCTGTACCTGTAAAGTTTCAGGCTTTCATCAA 1393
Query 1371 AGAAGAAGTCCTTGTTAACATCTACAAT 1398
||| |||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1394 GGAACAAGTCCTTGTGAACATC-ACAAT 1420
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83341456060
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5