BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G60240.4
Length=5526
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg939058 jgi|Araly1|939058|scaffold_503249.1 4569 0.0
> Ahg939058 jgi|Araly1|939058|scaffold_503249.1
Length=5243
Score = 4569 bits (2474), Expect = 0.0
Identities = 2710/2824 (96%), Gaps = 16/2824 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2579 ATAAATCTGC-TGTTGAAACAAACACGAGAAGAAATACTTCTACAAAAGGAAAGAAGAAG 2637
|||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 ATAAATCTGCAT-TTGAAATAAACACGAGAAGAAATACTTCTACAAAAGGAAAGAAGAAG 2487
Query 2638 ATAAAAGAAATCCTTCAAAAAGCAGATGCTGCAGGGACAACTTCTGATCTCTATATGGCT 2697
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2488 ATAAAAGAAATTCTTCAAAAAGCAGATGCTGCAGGGACAACTTCTGATCTCTATATGGCT 2547
Query 2698 TACAAAGGGCCTGAGGAAAAGAAAGAGAGCTCAAATGTTGTTCATGATGTTTCGAACCAG 2757
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2548 TACAAAGGGCCTGAGGAAAAGAAAGAGCGCTCAAATGTTGTTAATGATGTTTCGAACCAG 2607
Query 2758 AACCTGTTACCTGCCATACCTCAGGCTGTTGAAGCCATTGTGGATACTGAACCAGTGAAA 2817
|| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2608 AAGCTGGCACCTGCCATACCTCTGGCTGTTGAAGCCACTGTGGATGCTGAACCAGTGAAA 2667
Query 2818 AATGAACCAGAAGACTGGGAAGATGCAGCCGATGTTTCTACACCAAAGCTGGAAACTGCA 2877
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2668 AATGAACCAGAAGACTGGGAAGATGCAGCCGATGTTTCTACACCAAAGTTGGAAACTGCA 2727
Query 2878 GATAATTCTGTGAATGCAAAGAGAGGTTCCTCAGATGAGGTCAGCGACAACTGCATCAAT 2937
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||
Sbjct 2728 GATAATTCTGTGAATGTAAAGAGAGGTTCCTCAGATGAGGTCAGAGACAGCTGCAGCAAT 2787
Query 2938 ACAGAAAAGAAGTACTCCCGGGATTTCCTCCTAAAGTTTGCAGACCTGTGTACTGCTCTT 2997
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2788 ACAGAAAAGAAGTACTCCCGGGATTTCCTGCTAAAGTTTGCAGACCTGTGTACTGCTCTC 2847
Query 2998 CCTGAGGGATTTGACGTTTCGCCTGATATTGCTAATGCCTTGATTGTTGCATATATGGGT 3057
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2848 CCTGAGGGATTTGACGTTTCCCCTGATATTGCTAATGCCTTGATTTTTGCATATATGGGT 2907
Query 3058 GCATCACATCATGAACATGATTCATATCCTACTCCTGGAAAGGTTATGGATCGCCAAGCA 3117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2908 GCATCACATCATGAACATGATTCATATCCTACTCCTGGAAAGGTTATGGATCGCCAAGCA 2967
Query 3118 AGTGGTGCTCGTTTAGATCGCCGTCCCAGCAACGTGGCTGGTGATGATAGATGGACGAAG 3177
||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2968 AGTGGTGCTCGTTCAGATCGTCGTCCCAGCAATATGGCTGTTGATGATAGATGGACGAAG 3027
Query 3178 AATCAGGGTTCTCTTCCAGCAGGATATGGGGGTAACGTAGGTTTCCGACCTGGTCAAGGA 3237
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3028 AATCAGGGTTCTCTTCCTGCAGGATATGGCGGTAACCTAGGTTTCCGACCTGGTCAAGGA 3087
Query 3238 GGAAACTCGGGAGTTTTAAGAAACCCTCGTATGCAGGGACCAATTATATCTAGACCGATG 3297
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3088 GGAAACTTGGGAGTTTTAAGAAACCCTCGTATGCAGGGGCCAATTATATCTAGACCGATG 3147
Query 3298 CAACCTGTGGGTCCTATGGGAGGAATGGGTAGAAATACCCCCGACTTAGAAAGGTGGCAA 3357
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3148 CAACCAGTGGGTCCTATGGGAGGAATGGGCAGAAATACCCCCGACTTAGAAAGGTGGCAA 3207
Query 3358 CGTGGTTCAAATTTCCAACAAAAAGGACTTTTTCCTTCTCCGCACACTCCTATGCAAGTG 3417
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 3208 CGTGGTTCCAATTTCCAACAAAAAGGACTTTTTCCTTCTCCGCATACTCCTATGCAGGTG 3267
Query 3418 ATGCACAAAGCCGAGAGAAAATACCAAGTGGGGACAATTGCAGATGAAGAACAAGCAAAA 3477
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3268 ATGCACAAAGCCGAGAGAAAATACGAAGTGGGTACAGTTGCAGATGAAGAACAAGCAAAA 3327
Query 3478 CAAAGGCAGTTAAAGAGCATCCTGAACAAGTTGACCCCACAAAACTTTGAGAAACTGTTT 3537
|||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3328 CAAAGGCAATTAAAGGGCATCCTGAACAAGTTGACCCCACAAAACTTTGAGAAACTGTTT 3387
Query 3538 GAGCAAGTTAAAAGTGTCAACATTGACAACGCTGTTACACTTTCTGGTGTCATTTCACAG 3597
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3388 GAGCAAGTTAAAAGTGTCAACATTGACAACGCTGTTACACTTACTGGTGTCATTTCACAG 3447
Query 3598 ATATTTGACAAAGCCTTGATGGAGCCAACATTCTGTGAGATGTATGCAGATTTCTGTTTT 3657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3448 ATATTTGACAAAGCCTTGATGGAGCCAACATTCTGTGAGATGTATGCAGATTTCTGTTTT 3507
Query 3658 CATCTCTCTGGGGCGTTACCTGATTTTAATGAGAATGGTGAAAAGATTACCTTCAAAAGA 3717
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3508 CATCTGTCTGGGGCGTTACCTGATTTTAATGAGAATGGTGAAAAGATTACCTTCAAAAGA 3567
Query 3718 TTGCTTCTCAATAAATGTCAGGAAGAATTCGAGAGGGGGGAGAAAGAAGAGGAGGAAGCC 3777
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3568 TTGCTTCTCAATAAATGTCAGGAAGAATTCGAGAGAGGGGAGAAAGAAGAGGAGGAAGCC 3627
Query 3778 AGTAGAGTTGCCGAAGAAGGTCAAGTAGAACAAACCGAGGAGGAAAGGGAAGAGAAAAGA 3837
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3628 AGTAGAGTTGCCGAAGAAGGACAAGTAGAACAAACCGAGGAGGAAAGGGAAGAGAAAAGA 3687
Query 3838 CTTC-AGGTGCGAAGGAGAATGCTTGGTAACATCAGACTTATTGGTGAGTTATACAAGAA 3896
| || ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3688 C-TCAAGGTGCGGAGGAGAATGCTCGGTAATATCAGACTTATTGGTGAGTTATACAAGAA 3746
Query 3897 AAGGATGTTGACTGAGAAAATCATGCACGCATGCATCCAGAAGTTGCTCGGGTATAATCA 3956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3747 AAGGATGTTGACTGAGAAAATCATGCACGCATGCATCCAGAAGTTGCTCGGGTATAATCA 3806
Query 3957 AGATCCACATGAAGAGAATATTGAAGCTCTGTGTAAACTAATGAGTACGATAGGAGTTAT 4016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3807 AGATCCACATGAAGAGAATATTGAAGCTCTGTGTAAACTAATGAGTACGATCGGAGTTAT 3866
Query 4017 GATCGATCACAACAAAGCTAAGTTCCAGATGGATGGATATTTTGAGAAAATGAAAATGCT 4076
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3867 GATCGATCATAACAAAGCCAAGTTCCAGATGGATGGATATTTTGAGAAAATGAAAATGCT 3926
Query 4077 ATCATGCAAACAAGAATTGTCTTCTAGGGTGAGGTTCATGTTGATCAATGCCATCGATCT 4136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3927 ATCATGCAAACAAGAATTGTCTTCTAGGGTGAGGTTCATGTTGATTAATGCCATCGATCT 3986
Query 4137 GAGAAAGAACAAATGGCAGGAGAGAATGAAGGTCGAAGGGCCGaaaaaaaTTGAGGAAGT 4196
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3987 GAGAAAGAACAAATGGCAGGAGAGAATGAAGGTTGAAGGGCCGAAAAAAATTGAGGAAGT 4046
Query 4197 GCACAGAGATGCTGCACAAGAACGCCAAACTCAAGCGAATAGGCTTTCACGTGGACCCTC 4256
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4047 GCACAGGGATGCTGCACAAGAACGCCAAACTCAAGCTAATAGGCTTTCACGTGGACCCTC 4106
Query 4257 AATGAATTCGTCAGGAAGAAGGGGGCATATGGAGTTTAGTAGTCCTAGGGGAGGAGGAGG 4316
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4107 GATGAATTCGTCAGCAAGAAGAGGGCATATGGAGTTTAGT---CCTAGGGGAGGAGGAGG 4163
Query 4317 AATGCTATCACCTCCA-GCTGCCCAAATGGGTAGTTACCATGGACCACCTCAAGGTCGTG 4375
|||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4164 AATGCTATCACCTCCAAG-TGCCCAAATGGGTGGCTACCATGGACCACCTCATGGTCGTG 4222
Query 4376 GCTTTAGTAATCAGGACATTCGATTTGATGACAGGCCATCTTATGAGCCTAGGATGGTTC 4435
|||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4223 GCTTTAGTAATCAGGACATTAGATTTGATGAAAGGCCATCTTATGAGCCTAGGGTGGTTC 4282
Query 4436 CAATGCCGCAAAGGTCAGTATGTGAGGAGCCTATTACCTTGGGTCCGCAAGGTGGTCTTG 4495
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4283 CAATGCCTCAAAGGTCAGTAGGTGAGGAGCCTATTACCTTGGGTCCGCAAGGTGGTCTTG 4342
Query 4496 GTCAGGGAATGTCTATTAGAAGGCCTGCAGTAGCATCAAACACTTATCAGTCTGATGCTA 4555
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4343 GTCAGGGAATGTCTATGAGAAGGCCTGCAGTAGTATCAAACACTTTTCAGTCTGATGCTA 4402
Query 4556 CTCAGGCCGGTGGTGGAGATTCTAGGCGACCGGCCGGTGGTTTGAATGGT-TTTGGCTCA 4614
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 4403 CTCAGGCCGGTGGTGGAGATTCTAGGCGACCGGCCGGTGGTTTGAATG-TATTTGGCTCA 4461
Query 4615 CATAGACCTGCAAGTCCTGTTACTCACGGACGGTCAAGTCCTCAAGAGCGGGGAACAGCT 4674
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4462 CATAGACCTGCAAGTCCTGTTACTCATGGAAGGTCAAGTCCTCAAGAGCGGGGAACAGCT 4521
Query 4675 TATGTTCATAGGGAATTTGCAAGTCTGTCGCGTGCTTCTGATCTGTCACCAGAAGTTTCG 4734
|||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4522 TATGTTCACAGGGACTTTGCAAGTCTGTCGCGTACTTCTGATCCGTCACCAGAAGTTTCA 4581
Query 4735 TCCGCTAGGCAAGTACTACAAGGGCCATCAGCTACAGTAAACAGTCCTCGAGAAAATGCT 4794
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4582 TCTGCTAGGCAAGTACTACAAGGGCCATCATCTACAGTAAACAGTCCTCGAGAAAATGCT 4641
Query 4795 TTGTCTGAAGAACAGTTAGAGAATCTGTCATTGTCCGCAATTAAGGAATATTACAGTGCC 4854
|||||||| |||| |||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4642 TTGTCTGAGGAACGGTTACATAATATGTCACTGTCTGCAATTAAGGAATATTACAGTGCC 4701
Query 4855 CGAGATGAGAATGAGATTGGTATGTGCATGAAAGATATGAATTCACCAGCTTACCACCCA 4914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 4702 CGAGATGAGAATGAGATTGGTATGTGCATGAAAGATATGAATTCGCCAGCTTATCACCCA 4761
Query 4915 ACAATGATTTCTCTCTGGGTAACTGATTCGTTTGAGAGAAAAGACAAAGAAAGGGATCTC 4974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4762 ACAATGATTTCTCTCTGGGTAACTGATTCGTTTGAGAGAAAAGACAAAGAAAGGGATCTC 4821
Query 4975 TTAGCAAAGCTCCTTGTGAACCTCGTGAAATCTGCTGACAACGCCTTAA-ACGAAGTCCA 5033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 4822 TTAGCAAAGCTCCTTGTGAACCTCGTGAAATCTGCTGACAACGCCTTAACA-GAAGTCCA 4880
Query 5034 GCTAGTGAAAGGGTTTGAATCGGTTTTGAAAACCCTGGAGGATGCAGTAAATGATGCTCC 5093
||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4881 GCTAGTGAAAGGGTTTGAATCTGTTTTGACAACCCTGGAGGATGCTGTAAATGATGCTCC 4940
Query 5094 AAAAGCAGCAGAGTTTCTTGGTAGAATAT-TTGGGAAAAGTGTGACAGAGAAAGTAGTGA 5152
||||||||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4941 AAAAGCAGCAGAGTTTCTTGGTAAAAT-TGTTGGTAAAAGTGTGACAGAGAAAGTAGTGA 4999
Query 5153 CATTGACAGAGATTGGTCGGTTAATCCAGGAAGGAGGAGAAGAACCAGGAAGTCTGATAG 5212
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5000 CATTGACAGAGATTGGTCGGTTAATACGGGAAGGAGGAGAAGAACCAGGAAGTCTGATAG 5059
Query 5213 AGTTTGGATTAGGCGGCGATGTTCTTGGGAGTGTTTTGGAGATGATAAAAACAGAAGCTG 5272
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 5060 AGTTTGGATTAGGCGGTGATGTTCTTGGTAGTGTTTTGGAGATGATAAAGACAGAAGCAG 5119
Query 5273 GAGAAGAAACGTTGGTTGAGATTCGCCGGAGCTCAGGTCTGAGGATTGAAAATTTCAAAC 5332
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5120 GAGAAGAAGCGTTGGTTGAGATTCGCCGGAGCTCAGGTCTGAGGATTGAAGATTTCAAAC 5179
Query 5333 CTCATGCACCTAACCGGTCTAAGATATTAGAGAAATTTACTTAGGaaaaaaaaa-TGGAA 5391
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5180 CTCATGCACCTAACCGGTCTAAGATATTAGAGAAATTTACTTAGGAAAAAAAAAATGGAA 5239
Query 5392 CCAt 5395
||||
Sbjct 5240 CCAT 5243
Score = 2627 bits (1422), Expect = 0.0
Identities = 1685/1806 (93%), Gaps = 41/1806 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 172 GAAGATTAGGGTTTGTTCTAGATGTCCTACAATCAATCCAGACCCGACAGAAGCGAGACT 231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAAGATTAGGGTTTGTTCTAGATGTCCTACAATCAATCAAGGCCCGACAGAAGCGAGACT 60
Query 232 CAATATCGTAGAACTGGTCGATCCACCGGTAACca--a-c-a-a-caacaac-a-a-caa 282
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | | | ||||||| | | |||
Sbjct 61 CAATATCGTAGAACTGGTCGATCCGCCGGTAACCATCACCAACAGCAACAACAACAGCAA 120
Query 283 caCCGATCTTCTTCCGCCGCCGGTTACGGTAAGGGCGCCGGCGCTCCTGGTTCTGCGCCT 342
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 121 CACCGATCTTCTTCCGCCGCCGGTTACGGTAAGGGAGCCGGCGCTCCTGCTACTGCGCCT 180
Query 343 GCCCCTTCCACTTATC-CTGATAATTCTTCCTTG---TCTTCCAATCGCAGTTTTAAGAA 398
|||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 181 GCCCCTTCCACTTA-CGCTGATAATTCTTCCTTGCCTTCTTCTAATCGCAGTTTTAAGAA 239
Query 399 GCCCGGCAATGCTCAAGGAGGAGGGCAGCCTCGGGTGAATCTGCCACCTGTGAATCATCC 458
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GCCCGGCAATGCTCAAGGAGGTGGGCAGCCTCGGGTGAATCTGCCACCTGTGAATCATCC 299
Query 459 TAATAATCACAACAATGGTCCCAATGCTCACTCTCGCTCTC-A--AGTTACAGGAGAACC 515
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| | || |||||
Sbjct 300 TAACAATCACAACAATGGTCCCAATGCACACTCTCGCTCTCAAGGAGTGCCTGGTGAACC 359
Query 516 GGGTGTTGGTGGACCAACCAATCCAACTGAATCGTTCAACAGAAACACCGGACCTATTCC 575
|| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 360 GGTTGTTGGTGGACCAGCCAATCCAACTGAATCATTCAACAGAAACACTGGACCTATTCC 419
Query 576 AAAGGCTCCAACTTCTCAGTCTACCGTCATGAGTTCCAAGATCAATGAGACGCCCAACAC 635
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 420 AAAGGCTCCAACTTCTCAGTCTACCGCCATGAGTTCCAAAAACAATGAGACGCCCAACAC 479
Query 636 AGCTAAAGTGGCAGCCTCTGGAGACGCTTCTCAGGCATTTCCTCTCCAGTTTGGGTCACT 695
|||| || ||||||||||||||||||||| |||||| || | || |||||||||||
Sbjct 480 AGCT-AA-----AGCCTCTGGAGACGCTTCTCAAGCATTTGCTTTGCAATTTGGGTCACT 533
Query 696 TGGTCCTGATTTGATG--G-TTCCTGCTCGAACTACCTCAGCACCTCCGAATATGGATGA 752
|||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 TGGTCCTGATTTGATGAAGATTCCTGCTCGAACTAGCTCAGCACCTCCGAATATGGATGA 593
Query 753 CCAGAAACGTGCCCAGATGCAGCAATCTTCTTTAAGAACGGCGTCAAATGTGCCAGCTTC 812
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 594 GCAGAAACGTGCCCAGATGCAGCAAGCTTCTTTAAGAACGGCACCAAACGTGCCAGCTTC 653
Query 813 TGTACCCAAAAAAGATTCATCAAATAAGGGTGCAGATAATCAATTGATGAGGAAAGAGGG 872
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 TGTACCCAAAAAAGATTCATCAAATAAGGGTGCTGATAATCAATTGATGAGGAAAGAGGG 713
Query 873 GCACAATCCATCGAGTGAAAAAGCTGATATCCAAGTCCCACATATAGCCCCTCCAAGTCA 932
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 714 GCACAATCCATCGAGTGAAAAAGCTGATATCCAAGTCCCACATATATCCCCTCCAAGTCA 773
Query 933 AACGCAGAAGTCTCCAATTACAAATATTCGCATGCCTTCTGTGCAGACACCATATCAGCA 992
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 AACGCAGAAGTCTCCAATTACAAATATCCGCATGCCTTCTGTGCAGACACCATATCAGCA 833
Query 993 TACTCAGGTCCCTCACCCTGTACATTTTGGTGGGCCGAATATGCATATGCAGACTCCCGT 1052
| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 834 TGCTCAGGTCCCTCACCATGTACATTTTGGTGGGCCGAATATGCATATGCAGCCTCCCGT 893
Query 1053 GACTGCAACCTCGTTTCAGATGCCAATGCCAATGGCATTATCTATGGGAAATACTCCTCA 1112
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 894 GACTGCAACCTCATTTCAGATGCCAATGCCAATGGCATTATCTATGGGAAATACCCCTCA 953
Query 1113 AATCCCGCCGCAGGTGTTTTATCAGGGAC----ATC-CA-CCA-CA--TCCGATGCATCA 1163
|||| ||||||||||||||| |||||| | ||| || ||| || ||| ||||||||
Sbjct 954 AATCACGCCGCAGGTGTTTTTTCAGGGTCTCCCATCACATCCATCACATCCAATGCATCA 1013
Query 1164 TCAGGGTATGATGCATCAGGCTCAGGGACATGGTTTTGCAACTCCAATGGGTGCTCAGAT 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1014 TCAGGGTATGATGCATCAGGCTCAGGGACATGGTTTTGCAACTCCAATGGGTGCTCAAAT 1073
Query 1224 TCATCCTCAGTTAGGCCATGTGGGTGTGGGTTTGAGCCCTCAGTATCCCCAGCAGCAAGG 1283
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 TCATCATCAGTTAGGCCATGTGGGTGTGGGTTTGAGCCCGCAGTATCCCCAGCAGCAAGG 1133
Query 1284 TGGAAAATATGGTGGGGCACGCAAGACCACCCCTGTAAAGATTACACATCCTGACACACA 1343
||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 AGGAAAATATGGTGGGACACGCAAGACCACGCCTGTAAAGATTACACATCCTGACACACA 1193
Query 1344 CGAAGAGCTGAGGCTTGATCGACGTGGTGACCCGTATTCAGAAGGCGATTCAACGGCTTT 1403
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||
Sbjct 1194 CGAAGAGCTGAGGCTTGATCGACGCGGTGACCCGTATTCAGAAGGCGAATCAGCGGCCTT 1253
Query 1404 AAAACCACATTCTAACCCACCTCCCAGATCACAGCCAGTCTCATCATTTGCTCCAAGACC 1463
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1254 AAAACCACATTCTAACCCACTTCCCAGATCACAGCCAGTCTCATCACTTGCTCCACGACA 1313
Query 1464 AGTCAATTTGGTGCAACCCTCATATAACTCCAATACCATGATATATCCCCCGGTTTCGGT 1523
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1314 AGTCAATTTGGTGCAACCCTCATATAACTCCAATACCATGATATATCCTCCGGTTTCTGT 1373
Query 1524 ACCGTTAAATAATGGTCCAATGTCATCCGCTCAGGCACCGAGATATCATTACCCAGTTAT 1583
||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1374 ACCCTTAAATAGTGGTCCAATATCATCCGCTCAGGCACCGAGATACCATTACCCAGTTAT 1433
Query 1584 TGATGGGTCTCAGAGAGTACAACTTATCAACCAACCTGCTCATACTGCTCCACAGCTTAT 1643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 TGATGGGTCTCAGAGAGTACAACTTATCAACCAACCTGCTCATACTGCTCCACAGCTTAT 1493
Query 1644 CAGACCCGCTGCTCCTGCACATCTTTCCTCTGATTC-GACTTCCTCTGTGAAAGCACGCA 1702
||||||||| ||| |||| || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 CAGACCCGCAGCTTCTGCTTATGTTTCATCTGATTCAG-CTTCCTCTGTGAAAGCACGCA 1552
Query 1703 ATGCCCAAAATGTAATGTCATCTGCTCTACCTGTAAATGCGAAGGTATCAGTGAAGCCAG 1762
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 ATACCCAAAATGTAATGTCATCTGCTCTACCTGTAAATGCGAAGGTATCAGTGAAGCCAG 1612
Query 1763 CTGGGGTTTCTGAAAAGCTTGGATCACCAAAAGACAGGTCACATGGAGAAGTTAACATTT 1822
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 CTGGGGCTTCTGAAAAGCTTGGATCACCAAAAGCCAGGTCACATGGAGAAGTTAACATTT 1672
Query 1823 CTCTGTCACAAAA-GAACGTGGAGGCATGTTCGTTGAGCTCTTCCCAGCAGCCGAAACCT 1881
||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1673 CTCTGTCACAAAAAGA-CGTGGAGGCAGGTTCATTGAGCTCTTCACAGCAGCCGAAACCT 1731
Query 1882 AGCTTTGTCTCTGGAGTACCAAATTCGTCTGCTCCGCCAGCA-AAGTCGCCTGTGGAGAC 1940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||
Sbjct 1732 GGCTTTGTCTCTGGAGTACCAAATTCGTCTGCTCCGCCAG-AGAAGTCATCTGTGGAGAC 1790
Query 1941 TGTTCC 1946
|| |||
Sbjct 1791 TGCTCC 1796
Score = 843 bits (456), Expect = 0.0
Identities = 566/615 (92%), Gaps = 23/615 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1970 CTGTTCCGCCAGTA-AAGTCGTCTGTGGAGACTGCTCCAGTTACAACGACTGAAATCAGA 2028
||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1760 CTGCTCCGCCAG-AGAAGTCATCTGTGGAGACTGCTCCAGTTGCAACGACTGAAATCAGA 1818
Query 2029 AGAGCGGAAATGGTGAGTGAGTCGATCTCAGTTGAAGATCAGACATGTAAGGTGGAACCC 2088
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1819 AGAGCAGAAATGGTGAGTGAGTCGATCTCAGTTGAAGATCAGACATGTAAGGAGGAACCC 1878
Query 2089 CCTCATAATCTGACTGAGAATCGTGGACAGACTATGCCAGACTCTCTGGTCTCTGATCCT 2148
|||||||||| | | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 CCTCATAATC---C---G-A-C-T-G--AGACTATGCCAGACTCTCTGGTCTCTGATCCC 1926
Query 2149 GAAACAGCAACCGTTGCTGCCAAGGAAAATTTATCACTCCCAGCTACCAACGGGTTTAGG 2208
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1927 GAAACAAAAACCGTTGCTGCCAAGGAAAATTTATCACTCCCAGCTACCAACGGGTTTAGG 1986
Query 2209 AAGCAACTCCTG-AAGGTGTCTACTACATCTGATGCTCCAACTTCTGACTCAGTAGATAC 2267
||||||||| || ||| ||||| || || ||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1987 AAGCAACTCATGGAAG-TGTCTCCTCCAGCTGATGCTCCAACTTTTGAATCAGTAGATAC 2045
Query 2268 -AAGTATTGACAAATCTACGGAAGGTTCAAGCCATGCCTCATCGGAGATTTCTGGTTCTT 2326
|| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2046 GAA-TATTGACAAATCTATGGAAGGGTCAAGCCATGCCTCATCTGAGATTTCTGGTTCTT 2104
Query 2327 CACCGCAAGAGAAAGACCTAAAATGTGAT-AACCGGACTGCTTCTGACAAGCTCGATGAA 2385
||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 2105 CACCGCAAGAGAAAGACCTAAAATGTGATGAAC-GGACTGTTTCTGACAAGCTCGTTGAA 2163
Query 2386 AGGTCTGTAATTTCTGATGCAAAACACGAAACACTGTCAGGTGTGCTTGAGAAGGCACAG 2445
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2164 AGGTCTGTAATTTCTGATGAAAAACACGAAACAATGTCAGGTGTGCTTGAGAAGGCACAG 2223
Query 2446 AATGAGGTAGATGGTGCCACAGATGTCTGTCCTGTCTCTGAAAAACTAGCTG---TTACA 2502
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 2224 AATGAGGTAGATGGTGCCACAGAAGTCTGTCCTGTCTCTGAAAAATTAGCTGAAGTTACA 2283
Query 2503 GATGATACGAGCTCTGACCTTCCACATTCTACTCATGTTCTGTCTTCTACTGTTCCTCTT 2562
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2284 GATGATACAAGCTCTGACCTTCCACATTCTACTCATATTCTGTCTTCTACTGTTCCTCTT 2343
Query 2563 GGACATTCGGAAACA 2577
|||||||| ||||||
Sbjct 2344 GGACATTCAGAAACA 2358
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 209278593927
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5