BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G60750.1 Length=2839 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg486548 jgi|Araly1|486548|fgenesh2_kg.5__2540__AT3G60750.1 4673 0.0 Ahg927965 jgi|Araly1|927965|scaffold_300422.1 165 2e-39 > Ahg486548 jgi|Araly1|486548|fgenesh2_kg.5__2540__AT3G60750.1 Length=2844 Score = 4673 bits (2530), Expect = 0.0 Identities = 2748/2851 (96%), Gaps = 23/2851 (1%) Strand=Plus/Plus Query 5 GTAATAAAAATAGCGAAAGGCATAGAGGATCACTAAACTCTTAGCCTTAATCAGCGGTCA 64 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 1 GTAATAAAAATAGCGAAAGGCATAGATGATCACTAAACTCTTAGCCTTAATCAACGGT-A 59 Query 65 A-GATTATACCTTTTAGTGAGATCCAACGGTCATATTTGATCCAAGTTGTCCCTTAGTGA 123 | ||||||||| || |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 60 ACGATTATACCCTTCAGTGAGATCCAACGGTCAGATATGATCCAAGTTGTCCCTTAGTGA 119 Query 124 AAACGAAGAGATGGCGAAATTTTGTTTGATTGGCTAAAAATCAACACACTGATAAAATAA 183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| Sbjct 120 AGACGAAGAGATGGCGAAATTTTGTTTGATTGGCTAAAAATCATCTTGCTCATAAAATAA 179 Query 184 GAGTTGCAGAGAGAGtctctcatcttcttcatttcttcaccaccatcatcacaca-c--c 240 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | | Sbjct 180 GAGTTGC--AGAGAGTCTCTCATCTTCTTCATTTCTTCACCATCATCA-CACACACCTTC 236 Query 241 ttcttcttcttct-tct-tctctctctATCACAAGAGA--G-TCAAATCCATGGCTTCTA 295 ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||| Sbjct 237 TTCTTCTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTATCACAAGAGAGCGAAAAAAACTATGGCTTCTA 296 Query 296 CTTCTTCCCTCGCTCTCTCTCAAGCTCTCCTAGCTCGTGCAATCTCTCACCATGGTTCTG 355 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 297 CTTCTTCCCTCGCTCTCTCTCAAGCTCTCCTAGCTCGTGCAATCTCTCACCATGGCTCTG 356 Query 356 ACCAACGTGGATCTTTACCAGCTTTCTCTGGACTCAAATCCACCGGTTCACGCGCCTCAG 415 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 357 ACCAACGTGGATCTTTACCAGCTTTCTCTGGACTCAAATCCACCGGTTCACGTGCCTCTG 416 Query 416 CTTCGTCTCGTCGACGTATCGCTCAATCCATGACCAAAAACCGATCTCTCCGTCCTCTTG 475 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 417 CTTCGTCTCGTCGACGTATCGCTCAATCCATGAACAAAAACCGTTCTCTCCGTCCTCTTG 476 Query 476 TTCGCGCTGCAGCTGTTGAGACTGTTGAGCCAACCACTGATTCGTCGATTGTGGACAAAT 535 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 477 TTCGCGCTGCAGCTGTTGAGACTGTTGAGCCAACCACTGATTCGTCGATTGTTGACAAAT 536 Query 536 CGGTCAACTCGATTAGGTTTTTGGCTATCGATGCGGTGGAGAAGGCCAAATCAGGTCATC 595 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 537 CGGTCAACTCGATTAGGTTTTTGGCTATCGATGCGGTGGAGAAGGCGAACTCAGGTCATC 596 Query 596 CTGGTCTTCCTATGGGTTGTGCTCCGATGGCTCACATTTTGTATGATGAGGTCATGAGGT 655 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 597 CTGGTCTTCCTATGGGTTGTGCTCCGATGGCTCACATTTTGTATGATGAGGTCATGAGGT 656 Query 656 ATAACCCCAAGAACCCTTATTGGTTCAACCGTGACCGATTCGTTCTATCTGCTGGACATG 715 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 657 ATAACCCCAAGAACCCTTATTGGTTCAACCGTGACCGATTCGTTCTATCTGCTGGACATG 716 Query 716 GATGTATGTTGCTCTACGCGTTGCTTCATCTTGCCGGCTACGACAGCGTCCAGGAGGAAG 775 ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 717 GATGTATGTTGCTTTACGCGTTGCTTCATCTTGCTGGCTACGACAGTGTCCAGGAGGAAG 776 Query 776 ATTTGAAGCAGTTCCGTCAATGGGGAAGCAAGACACCAGGACATCCTGAGAATTTCGAGA 835 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 777 ATTTGAAGCAGTTCCGTCAATGGGGAAGCAAGACACCAGGACATCCTGAGAATTTCGAGA 836 Query 836 CTCCTGGAATTGAAGTCACTACTGGTCCTCTTGGACAAGGAATCGCTAATGCTGTTGGTT 895 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 837 CTCCTGGAATTGAAGTCACTACTGGTCCTCTTGGACAAGGAATCGCTAATGCTGTTGGTT 896 Query 896 TAGCTCTTGCTGAGAAGCATTTGGCTGCTAGATTCAACAAACCTGATGCTGAAGTAGTCG 955 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 897 TAGCTCTTGCTGAGAAGCATTTGGCTGCTAGATTCAACAAACCTGATGCTGAAGTTGTCG 956 Query 956 ACCACTACACATATGCGATCCTTGGAGATGGTTGTCAGATGGAGGGTATTTCTAATGAAG 1015 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 957 ACCACTACACATATGCGATCCTTGGAGATGGTTGTCAGATGGAGGGTATTTCTAATGAAG 1016 Query 1016 CTTGCTCTCTAGCTGGCCATTGGGGACTTGGAAAGCTCATTGCTTTCTACGATGACAATC 1075 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1017 CTTGCTCTCTAGCTGGCCACTGGGGACTTGGAAAGCTCATTGCTTTCTACGATGACAATC 1076 Query 1076 ACATTTCTATAGATGGAGACACAGAAATTGCCTTCACTGAGAACGTGGACCAGCGATTT- 1134 ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1077 ACATTTCCATTGATGGAGACACAGAAATTGCCTTCACTGAGAACGTGGACCAGCG-TTTC 1135 Query 1135 GAAGCCCTTGGATGGCATGTTATCTGGGTGAAGAATGGAAACACTGGGTATGACGAGATC 1194 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1136 GAAGCCCTTGGATGGCATGTTATCTGGGTGAAGAATGGAAACACTGGGTATGACGAGATC 1195 Query 1195 CGTGCTGCCATTAAGGAAGCTAAAACTGTTACTGACAAGCCTACTTTGATCAAGGTCACT 1254 |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1196 CGTGCTGCCATTAAGGAAGCTAAAGCTGTTACAGACAAGCCTACATTGATCAAGGTCACT 1255 Query 1255 ACTACCATTGGTTATGGGTCTCCCAACAAGGCGAACTCATACAGTGTCCATGGAGCTGCA 1314 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1256 ACTACCATTGGTTATGGGTCTCCCAACAAGGCGAACTCATACAGTGTCCATGGTGCTGCA 1315 Query 1315 CTTGGCGAGAAGGAAGTTGAGGCTACCAGAAATAACCTTGGATGGCCGTATGAGCCGTTC 1374 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1316 CTTGGCGAGAAGGAAGTTGAGGCTACCAGAAATAACCTTGGATGGCCGTATGAGCCTTTC 1375 Query 1375 CAGGTACCTGACGATGTAAAAAGCCACTGGAGTCGTCATACACCTGAAGGAGCTACTCTT 1434 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1376 CAGGTACCTGACGATGTTAAAAGCCACTGGAGTCGTCATACACCTGAAGGAGCTACTCTT 1435 Query 1435 GAATCTGACTGGAGTGCAAAGTTTGCAGCATATGAAAAGAAGTACCCAGAGGAAGCTTCT 1494 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1436 GAATCTGACTGGAGTGCAAAGTTTGCAGCATATGAAAAGAAGTACCCAGAGGAAGCTGCT 1495 Query 1495 GAGTTGAAATCTATTATCACTGGTGAATTACCTGCTGGCTGGGAGAAGGCTCTACCTACA 1554 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1496 GAGTTGAAATCTATTATCACGGGTGAATTACCTGCTGGCTGGGAGAAGGCTCTACCTACA 1555 Query 1555 TACACACCAGAGTCTCCAGGTGATGCCACCAGAAACCTGTCACAGCAATGTCTTAACGCC 1614 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1556 TACACACCAGAGTCTCCAGGTGATGCCACCAGAAACCTGTCACAGCAATGTCTTAACGCC 1615 Query 1615 CTTGCTAAAGTTGTTCCCGGTTTCCTTGGTGGAAGTGCTGACCTTGCATCATCCAACATG 1674 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 CTTGCTAAAGTTGTTCCCGGTTTCCTTGGTGGAAGTGCTGACCTTGCATCATCCAACATG 1675 Query 1675 ACATTGCTGAAAGCCTTTGGCGACTTCCAAAAGGCCACACCTGAAGAAAGAAATCTTAGG 1734 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1676 ACATTGCTGAAAGCCTTTGGCGACTTCCAAAAGGCCACACCTGAAGAAAGAAATCTTAGG 1735 Query 1735 TTTGGTGTTAGGGAGCACGGAATGGGAGCCATCTGCAATGGCATTGCCCTTCACAGCCCC 1794 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1736 TTTGGTGTTAGGGAGCACGGAATGGGAGCCATCAGCAACGGCATTGCCCTTCACAGCCCT 1795 Query 1795 GGTCTTATCCCTTACTGTGCGACGTTCTTTGTCTTCACCGACTACATGAGAGGTGCCATG 1854 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1796 GGTCTTATCCCTTACTGTGCGACTTTCTTTGTCTTCACTGACTACATGAGAGGTGCCATG 1855 Query 1855 AGAATCTCAGCTTTGTCTGAAGCTGGTGTTATCTATGTTATGACCCATGATTCCATTGGT 1914 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 1856 AGAATCTCGGCTTTGTCTGAAGCTGGTGTTATCTATGTTATGACCCATGACTCTATTGGT 1915 Query 1915 CTTGGAGAAGATGGACCAACCCATCAGCCCATTGAGCACATTGCAAGTTTCCGTGCTATG 1974 ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1916 CTTGGTGAGGATGGACCAACCCATCAGCCCATTGAGCACATCGCAAGTTTCCGTGCTATG 1975 Query 1975 CCCAACACTCTTATGTTCCGTCCTGCTGATGGAAATGAAACAGCCGGTGCATACAAGATC 2034 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1976 CCCAACACTCTTATGTTCCGTCCTGCGGATGGAAACGAAACAGCGGGTGCATACAAGATC 2035 Query 2035 GCTGTCACCAAGCGCAAGACACCATCTATCTTAGCTCTGTCTAGGCAAAAGCTGCCTCAT 2094 ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2036 GCTGTCACCAAACGAAAGACCCCATCTATCTTAGCTCTGTCTAGGCAAAAGCTGCCTCAG 2095 Query 2095 CTTCCAGGTACATCCATCGAAGGAGTGGAAAAGGGTGGATATACAATTTCTGACGACTCT 2154 ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2096 CTTCCAGGTACATCCATTGAAGGAGTCGAAAAGGGTGGATATACAATTTCTGACGACTCT 2155 Query 2155 TCAGGCAACAAACCCGATGTGATCTTGATTGGAACTGGTTCTGAGCTAGAGATTGCTGCA 2214 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2156 TCAGGCAACAAACCCGATGTGATCTTGATTGGAACTGGATCTGAGCTAGAGATTGCTGCA 2215 Query 2215 CAGGCTGCGGAGGTGCTCAGGAAAGACGGCAAAACCGTTAGAGTTGTTTCTTTCGTGTGC 2274 |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2216 CAGGCTGCAGAGGTGCTGAGGAAAGAAGGCAAAACCGTTAGAGTTGTTTCTTTCGTGTGC 2275 Query 2275 TGGGAACTATTTGACGAGCAATCAGATGAATACAAGGAGAGTGTGTTGCCATCGGATGTA 2334 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2276 TGGGAACTATTTGACGAGCAGTCAGATGAATACAAGGAGAGTGTGTTGCCATCTGATGTA 2335 Query 2335 TCAGCTAGAGTTAGCATTGAAGCAGCTTCGACTTTCGGATGGGGAAAGATTGTTGGAGGC 2394 ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2336 TCAGCTAGAGTCAGTATCGAAGCAGCTTCGACTTTCGGATGGGGAAAGATTGTTGGAGGC 2395 Query 2395 AAAGGAAAGTCCATTGGTATTAATTCATTCGGAGCCAGCGCACCAGCACCCTTACTCTAC 2454 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2396 AAAGGAAAGTCCATTGGTATTAATTCATTCGGGGCCAGCGCACCAGCACCCTTACTCTAC 2455 Query 2455 AAGGAGTTTGGTATCACCGTTGAAGCTGTTGTTGATGCGGCCAAGTCATTCTTCTAAGAG 2514 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2456 AAGGAGTTTGGTATCACCGTTGAAGCTGTTGTTGATGCGGCCAAGTCATTCTTCTAAGAG 2515 Query 2515 ATTTAAGATCGGACCATTCTCTCTGAGGGGGTTTTGTCTGAAACTTGATTTGGAAACAA- 2573 ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2516 ATTTAAGATCGGACCATCCTCTCTGTGGGG-TTTTGTCTGAAACTTGATTTGGAAACAAA 2574 Query 2574 GGCTATTCACAACATTGTCTCATATCTCGAAATAAAGTGCAACAAGACACAAAGACTTTC 2633 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2575 GGCTATTCACAACATTGTCTCATATCTCGAAATAAAGTGCAACAAGACACAAAGACTTTC 2634 Query 2634 ACTTTCttttttgtttttgt-ttt-ttGTACTTCAGGTCAAGATAGGTTTTCGGTTTGAG 2691 || || |||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2635 ACCTT-TTTTTTGTTTTTTTGTTTATTGTACTTCAGGTCAACATAGGTTTTCGGTTTGAG 2693 Query 2692 AAGAGAAACAAATTAGAAAGACAATGTAAAACTCCCATGATCATTCGTGTAATGCTAAAT 2751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2694 AAGAGAAACAAATTAGAAAGACAATGTAAAACTCCCATGATCATTCGTGTAATGTTAAAT 2753 Query 2752 GCTTGAATTTCAGCAAAACTTTCTAGCATTTGTTTCTTGGGGTGTAGACTAAA-T-T-AC 2808 ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | | || Sbjct 2754 GCTCGAATTTCAGCAAAACTTTCTAGCAATTGTTTCTTGGGATGTAGACTAAAATATTAC 2813 Query 2809 CTACATAAGCAGACATAAGCATTGGGTGGAC 2839 |||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2814 CTACATAAACAGACATAAGCATTGGGTGGAC 2844 > Ahg927965 jgi|Araly1|927965|scaffold_300422.1 Length=258 Score = 165 bits (89), Expect = 2e-39 Identities = 168/204 (82%), Gaps = 14/204 (7%) Strand=Plus/Plus Query 1745 GGGAGC-ACGGAATGGGAGCCATCTGCAATGGCATTGCCCTTCACAGCCCCGGTCTTATC 1803 |||| | |||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | Sbjct 24 GGGATCTACGGTATGGGAGCTATCTGCAACGGCATTGCCCTTCACAGCCCCGGTTTTA-C 82 Query 1804 C-CTTACTGTGCGACGTTCTTTGTCTTCACCGACTACATGAGAGGTGCCATGAGAATCTC 1862 | | ||||| || || |||||| | || | | ||| | | | | |||||||||| Sbjct 83 CACATACTGCGCAACTTTCTTTTTGTTTA-C--TTAC-T-ACA---G---TGAGAATCTC 131 Query 1863 AGCTTTGTCTGAAGCTGGTGTTATCTATGTTATGACCCATGATTCCATTGGTCTTGGAGA 1922 ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 132 GGCTTTGTCTGAAGCTTCTGTTATATACGTTATGACCCATGACTCCATTGGTCTTGGAGA 191 Query 1923 AGATGGACCAACCCATCAGCCCAT 1946 ||||||||||||||| || ||||| Sbjct 192 AGATGGACCAACCCACCAACCCAT 215 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 107147859185 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5