BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G62900.1
Length=4939
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486795 jgi|Araly1|486795|fgenesh2_kg.5__2787__AT3G62900.1 6324 0.0
> Ahg486795 jgi|Araly1|486795|fgenesh2_kg.5__2787__AT3G62900.1
Length=4164
Score = 6324 bits (3424), Expect = 0.0
Identities = 3733/3881 (96%), Gaps = 26/3881 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 130 GATGAGAAGCTTCAACACATCCTTGGACACTTCCAGAAAGACTTTGAGGGCGGTGTTTCA 189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 100 GATGAGAAGCTTCAACACATCCTTGGACACTTCCAGAAAGACTTTGAGGGCGGTGTTTCA 159
Query 190 GCTGAGAATCTTGGGGCGAAATATGGTGGCTATGGCTCTTTCTTGCCAACTTATCAACGT 249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 160 GCTGAGAATCTTGGGGCGAAATATGGTGGCTATGGCTCTTTCTTACCAACTTATCAACGA 219
Query 250 TCTCCTGTTTGGTCTCACCCGAAGACACCAGCAAAACCTCAGAGTTCTACAGGGACTAGA 309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 220 TCTCCTGTTTGGTCTCACCCGAAGACACCAGCAAAACCTCAGAGTTCTACAGGGACTAGA 279
Query 310 TCTCCAAACAACTTACTAGGGGAGAGTGGCAATGCAGCTTCGTCTAGTGTTCCTAAAAAG 369
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 280 TCTCCCAACAACTTACTAGGGGAGAGTGGCAATGCAGCTTCGTCTAGTGTTCCTAAAAAG 339
Query 370 GCAAAATCTGGTCTTGCTTCCTCTGGAAACCCCAAAAAATCAGTGAAATCTAAGAAACCT 429
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 340 GCAAAATCTGGGCTTGCTTCCTCTGGAAACCCCAAAAAATCAGTGAAATCCAAGAAACCC 399
Query 430 AGTTCCAGTGCCAGAATGGAATCTGCAACTAAGAAACCTTGTGTCTTCAGTAAGCAGAAT 489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||
Sbjct 400 AGTTCCAGTGCCAGAATGGAATCTGCAACTAAGAAACCTGGTGTCTTTAGTAAACAGAAT 459
Query 490 TCTCTGAAGCTTCGGATAAAGATGGTACCAGATGGTTTATCTACCGAAAAGAATGCTGCT 549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 460 TCTCTGAAGCTTCGGATAAAGATGGTACCAGATGGTTTATCTACCGAAAAGAATGCTGCT 519
Query 550 GCAATATACAGTGGCCTTGGACTTGATGTGTCACCTTCTTTGTCCTTAGATAACAATAGT 609
|| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 520 GCGATATACAGTGGCCTTGGGCTTGATGTATCACCTTCTTTGTCCTTAGATAATAATAGT 579
Query 610 CTTTCAGGTAGTGAAGGGATGAATGAGGAGCCTCAGGGTTATTCTCCAACGGAGTCTCCC 669
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 580 CTTTCAGGTAGTGAAGGGATGAATGGGGAGCCTCAGGGTTATTCTCCAATGGAGTCTCCC 639
Query 670 ACCAGTATTCTTAATGTAATGACTTCACTTCCTGTGGATCATTGTCAGTTCCTATCTCCT 729
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 640 ACCAGTATTCTGAATGTAATGACTTCACTTCCTGTGGATCATCGTCAGTTGCTATCTCCT 699
Query 730 CTCTCTGAGGATCTGATTCGATTCATTGA-AAGGGAAAAATCCGAAAAGGGATATAAGTA 788
|||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 700 CTCTCTGATGATCTGATTCGATTCATT-ACAAGGGAAAAATCCGAAAAGGGATATAAGTA 758
Query 789 TACATCTCCATCCAGGCTTTTCACTGCGAGTTCTTCTGCTATGGC-ATACGGTTTGGAAC 847
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||| ||||||||
Sbjct 759 TACATCTCCATCCAGGCTTTTCACTGAGAGTTCTTTTGCTATGGCGA-ACGATTTGGAAC 817
Query 848 CTCAGAAGTCTGGAGAGAAACCATCAGTAGAGAAGaaaaaaaaGATGGTGGAGAGGAGCA 907
|||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 818 CTCAGAAGGCTGGAGAAAAACCATCAGTAGAGAAGAAAAAAAAGATGGTGGAGAGGAGCA 877
Query 908 GCTTTTCTGCTGAGACAAATGTCCGCAGTAAGAAGGGCCTGTTTGATTCAACTGATGCCA 967
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 878 GCTTTTCTGCAGAGACAAATGTCCGCAGTAAGAAGGGCCTATTTGATGCAACTGATGCCA 937
Query 968 TTACCAAGGAGTCAATGGAAACAAACACATTATATCCTACAT-TTGCGGAGAAAGAAACA 1026
| |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||
Sbjct 938 CTGTCAAGGAGTCAATGGAAGCAAACACATCATATTCTAC-TGCTGCGGAGAAAGAAACA 996
Query 1027 GCCAGTAGTAAATTATTTGATGCATCCAAGGAAAACTACAATGGCACTGTTAGGGGCGAA 1086
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 997 GCCACTAGTAAATTATTTGATGCATCCAAGGAAAACTACAATGGCACTGTTAGGGGCGAA 1056
Query 1087 ATGGTGGGTGATGTCGACAGAAGGTTGTGGGGTCTAACTCGTCATAAAGATCTTGGGGCG 1146
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1057 ATGGTGGGTGATGTCGACAGAAGGTTGTGGGGTCTAACTCGTCATAAAGATCTTGGGGTG 1116
Query 1147 CATCATGAGAATCCAAAGACTATTTCTGCTGGAAGTGTTCGTGAAGATAAAAAGGCTAAA 1206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1117 CATCATGAGAATCCAAAGACTATTTCTGCTGGAAGTGTTCGGGAAGAGAAAAAGGCTAAA 1176
Query 1207 CTTGGTGATAATGAGGCTTCAGGATACCCAAGGAAAGTTGGCAAATACAAAGGCAGCAAA 1266
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1177 TTTGGTGATGATGAGGCTTCAGGATACCCAAGGAAAGTTGGCAAATACAAAGGAAGCAAA 1236
Query 1267 GCTTCTGATTCAGTCAAAAAGGAATCGAGTGCATCAAAGGCGAAAAGTGGTCATAAAGTG 1326
|||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1237 GCTTTTGATTCAGTCAAAAAAGAATCGAGTGCGTCAAAGGTGAAAAGTGGTCATAAAGTG 1296
Query 1327 GAGCTAGAACATCCTCTT-AGAAAGCAGAAGTATGACCAGATAGAACAGGAGCCACCGTC 1385
|||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1297 GAGCCAGAACATCCT-TTGAGAAAGCAGAAGTATGACCAGATAGAACAGGAGCCACCGTC 1355
Query 1386 TTCATCAAAGTTCAAGGAACAGCAAACCTCTGTTGTTTTTGAGACTAAGCTGAATGGTCA 1445
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1356 TTTAACAAAGTTCAAGGAACAGCAAACCTCTGTTGTTTTTGAGACTAAGCTGAATGGTCA 1415
Query 1446 AGCTGAGAAGAAGGAAGTGGTAGCCGTGAAACCACAAAGTGATAGCAAAAAAGCCGAGGA 1505
|||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1416 AGCTGAGAAGAAAGAAGTGGTAGCCTTGAAACCACAAAGTGATAGCAAAAAAGCTGAGGA 1475
Query 1506 CACTTACAAAGACTTTTTTGGAGACATAGGGGACTCTGAAGAAGAAGAGGAAC--AA--- 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1476 CACTTACAAAGACTTTTTTGGAGACATAGGGGACTCTGAAGAAGAAGAGGAACAGAATTG 1535
Query 1561 -------GACGTAAAAGATTTGCGGATTTCAGAAAAGGGACTTCCGCCCTTAGAAGATAT 1613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536 TTCGTTGGACGTAAAAGATTTGCGGATTTCAGAAAAGGGACTTCCGCCCTTAGAAGATAT 1595
Query 1614 GCCTGAAAAATCGAGCTTGCCGCTAGTAGAACCTCAGAACGTTGGTCCTGAACCCATGTT 1673
|||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1596 GCCTGAAAAATCGAGCTTCCCACTGGTAGAACCTCAGAACGTTGGTCCTGAACCCATGTT 1655
Query 1674 GAGAAAACTTGGTTCTGATGCTTCTCTTCCGAAAGCAAATCCCGTGATCATACAAGAACA 1733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 GAGAAAACTTGGTTCTGATGCTTCTCTTCCGAAAGCAAATCCCGTGATCATACAAGAACA 1715
Query 1734 TTGGGTTGCTTGTGACAAATGTGGAAAGTGGCGGCTTCTTCCTTTTGGCGTCTTCCCAGA 1793
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1716 TTGGGTTGCTTGTGACAAGTGTGGAAAGTGGCGGCTTCTTCCTTTTGGCGTCGTCCCAGA 1775
Query 1794 AGACCTTCCTGAGAAATGGATGTGCACAATGCTTAATTGGCTGCCTGGAGTGAACTATTG 1853
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1776 AGACCTTCCTGAGAAATGGATGTGCACAATGCTTAATTGGCTGCCTGGAGTCAACTATTG 1835
Query 1854 CAATGTTCCTGAAGATGAAACAACGAAAGCACTGTATGCAATGTATCAGATCCCTGTCCC 1913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1836 CAATGTTCCTGAAGATGAAACAACGAAAGCACTGTATGCAATGTATCAGATCCCTGTCCC 1895
Query 1914 TGAGAACCAGGCTTCGATGCAGAGTAATCCCAGTGGCCCTAAGCCTCAGTTTACCCAGGG 1973
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1896 TGAGAGCCAGGCTTCAATGCAGAGTAATCCCAGTGGCCCTAAGCCTCAGTTTAACCAGGG 1955
Query 1974 AGATGACAACACAAAGAAGAAGAAAAAGGGTTTCAAAAAGATAGACAATGGAATGGATAA 2033
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1956 AGATGACAACACAAAGAAGAAGAAAAAGGGTTTTAAAAAGATAGACAATGGTATGTATAA 2015
Query 2034 AGAAGGTGCTCGAACTGCAGAAACTAACAAGACCATCCAAACATCGTCAAGAAATGGTAT 2093
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2016 AGAAGGTTCTCGAACTGCCGAAACTAACAAGACCATCCAAACATCGTCAAGAAATGGTAT 2075
Query 2094 TCAAAATTCGCAGGGACTTGGCGACTTGGCCGAGGATGAGAGGCAAATACATAAACAGAA 2153
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2076 TCAAAATTCGCATGGACTTGGCAACTTGGCCGAGGATGAGAGGCAAATACATAAACAGAA 2135
Query 2154 AGAGAAAGGAAAAGCAGTGGATCACCTCTCTGATGAGTCGAAGAGCTTGAAGGCGAATAA 2213
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2136 AGAGAAAGGAAAATCAGTGGATCACCTCTCTGATGAGTCGAAGAGCTTGAAGGCGAATAA 2195
Query 2214 CAAAAGAAAAACAGATCTAGAGAGTTCTATGCTGGCCaaaaaaaTGAAGATCGAAAGTTT 2273
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2196 CAAAAGAAAATCAGATCTAGAGAGTTCTATGCTGGCCAAAAAAATGAAGATTGAAAGTTT 2255
Query 2274 TCTGTTTCCTGATGAATCTGAATATGGAAATGGACGTCCTACCTCGAGTAGTGGTGTCCC 2333
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2256 TCTGTTTCCTGATGAATCCGAACATGGAAATGGACGTCCTACCTCGAGTAGTGGTGTCCC 2315
Query 2334 TATCACGTCAGCAGATATAAAGCCAAAGCCCCGAGTCTCCTCCAAAATGCCAAAAGAGGA 2393
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2316 TATCACGTCAGCAGATATAAAGCCTAAGCCTCGAGTGTCCTCCAAAATGCCAAAAGAGGA 2375
Query 2394 AGGAGGAGCTTCAGACACTGGAAATAGCAATAGCACTGGGGGGATTAAAAAGAGGAAACT 2453
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2376 AGGAGGAGCTTCAGACACTGGAAATAGCAATAGCACAGGGGGGATTAAAAAGAGGAAAAT 2435
Query 2454 GAGAGAAAGCCATGGTTCTAGGATTTACAGTGAGAACGAAAATCATGAACGAAAGAAAGC 2513
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2436 GAGAGAAAGCCATGGTTCTAGGATTTACAGTGAGAACGAAAATCATGAACGTAAGAAAGC 2495
Query 2514 TCGAGTTCGTAAAGAAGAGAAGGAGCCTAGTTATTCACAAGGCAATGGGAAGTTGGAAAA 2573
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2496 TCGAGTTCGTAAAGAAGAGAAGGAGCCTAGTTATTCTCAAGGCAATGGGAAGTTGGAAAA 2555
Query 2574 GAAAAATAGAAGTCATTCGAAAATAGAGTATGCAAATGTTCAGAACTCAATCGCGGCAAC 2633
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2556 GAAAAATAGAAGTCATTCGAAAAGAGAGTATGCACATGTTCAGAACTCAATCGCGGCCAC 2615
Query 2634 CTCAAGTTCTTCTAAGATTTCTGATTCTCATAAACCCAGAAACAGCTCCCGCGAAGCTAA 2693
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2616 CTCGAGTTCTTCTAAGATTTCTGATTCTCATAAACCCAGAAACAGCTCCCACGAAGCTAA 2675
Query 2694 ATGTTCTCCTGTTGAGTCGGTGTCTTCCTCACCTATGAGGCTTTCCAACCCGGAGAAACG 2753
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2676 ATGTTCGCCTGTTGAGTCGGTGTCTTCCTCACCTATGAGGCTTTCCAACATGGAGAAAAG 2735
Query 2754 TATATCTGTGAGTAAAAAGAAAGAAGAATCTTATGATGCTAACGTCTTTGCAGCAGGTAG 2813
|| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2736 TACATCTGCGAGAAAAAAGAAAGAAGAATCTTATGATGCTAATGTCTTTGCAGCAGGTAG 2795
Query 2814 TTTGAAAAAATTCTCAGATGGTGAAGGTGAAGATGATGGTGGGAGTGATAGATCGCAG-A 2872
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2796 TTTGAGAAAATTCTCAGATGGTGAAGGTGAAGATGGTGGTGGGAGTGATAGATCGCAGTC 2855
Query 2873 GTCAGATGAAGGATAAACATGGATCCCATGAGTCTTCTGTGCTTGATATTTGGGATAATA 2932
| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2856 G-CGGATGAAGGACAAACATGGATCCCATGAGTCTTCTGTGCTTGATATTTGGGATAATA 2914
Query 2933 AAGGATCTTTGAAAGCGAAAGAGCGCGCTGATCCTTCTCTCGATGCCAATTTTGA-AAAT 2991
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2915 AAGGATCTTTGAAAGCCAAAGAGCGCGCTGATCCTTCTCTCGATGCCAGTTTTGAGAAA- 2973
Query 2992 GGTGGCCACAA-GACTTTACCGCGGAAACTGGATCATATTCTCGGTGAAGGAAAACAGTC 3050
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2974 GGTGGCCACAAGGA-TTTACCGCGGAAACTGGATCATATTCTCGGTGAAGGAAAACAGTC 3032
Query 3051 TAGCGATCATCATCGACGTAGCAATGATTCCCTGGCAAAGAAGTCAGGAAAAGGTTCATC 3110
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3033 TAGCGATCATCATCGACGTAGCAATGATTACCTGGCAAAGAAGTCAGGAAAAGGTTCATC 3092
Query 3111 TTCTCGGTCCAAAGAAAAGAGCCAAAGCATTAGGTCTGATTCACGGGATGGTCCGAGACA 3170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3093 TTCTCGGTCCAAAGAAAAGAGCCAAAGCATTAGGTCTGATTCACGGGATGGCCCGAGACA 3152
Query 3171 TATTGAAAAGAAGATATATGATGGTAGTCCTGACAGTAGAGCGGATATGATCGTGAGACC 3230
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3153 TATTGAAAAGAAGATATACGATGGTAGTCCTGACAGTAGAGCGGATATGATCGCGAGACC 3212
Query 3231 AAACATTCCAAAACCGCACGACTCCGAAAGAATACCAGAGAGGAGTAATATAGCAGATTT 3290
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3213 AAACATTCCAAAACCTTACGACTCCGAAAGAATATCAGAGAGGAGTAATAGAGCAGATTT 3272
Query 3291 AGCTTCTCCATCACGGCCACCATCTAGAGGTGTCCAAGGGGATTCCTCTATGCTTTCTGT 3350
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3273 AGCTTCTCCATCACGGCCACCATCTAGAGGTATCCAAGGGGATTCTTCTATGCTTTCTGT 3332
Query 3351 CCGTAAGAAAGTCGATAAATGCAGCACATCAGCTGGAAATAATAATATCCAAGCTGATGA 3410
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 3333 CCGTAAGAAAGTCGATAAATGTAGCACATCAGCTGGAAACAATAATATTCAAGCTGATGA 3392
Query 3411 TGTGACAAAGGCAACAGCCCAAATAAGAAGGAAAAGCGAGCCTTCTCCAAGCCCCTTGCG 3470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3393 TGTGACAAAGGCAACAGCCCAAATAAGAAGGAAAAGCGAGCCTTCTCCAAGCCCCTTGCG 3452
Query 3471 AAAGGAAATAACATCTGCGCAGGCCGCCCATAATACTTTAAAAGAAGCTAAAGACTTGAA 3530
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3453 AAAGGAAGTAACATCTGCGCAGGCCGCCCATAATACTTTAAAAGAAGCTAAAGACTTGAA 3512
Query 3531 ACATACAGCTGACCGTCTCAAGAATTCTGTATCAAACCTTGAGCACATTGAGCTCTACTT 3590
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3513 ACATACAGCTGACCGTCTCAAGAGTTCTGTATCAAACCTCGAGCACATTGAGCTCTACTT 3572
Query 3591 CCAAGCTTGCCTTAAGTTTCTTCACGGTGCTTTTCTTTTGGAGATGAGTAGCAACGAGAG 3650
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3573 CCAGGCTTGCCTTAAGTTTCTTCATGGTGCTTTTCTCTTGGAGATGAGTAGCAACGAGAG 3632
Query 3651 TGCTAGACAAGGAGAAACAATGGTCCAATCTATGAAGATTTATAGTAGCACTGCGAATCT 3710
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3633 TGTTAGACAAGGAGAAACAATGGTCCAATCTATGAAGATTTATAGTAGCACAGCGAATCT 3692
Query 3711 TTGCGGATTTTGTGCCCATGAGTATGAGAAGTCTAAAGATATGGGAGCTGCTGCCCTGGC 3770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3693 TTGCGGATTTTGTGCCCATGAGTATGAGAAGTCTAAAGATATGGGAGCTGCTGCCCTGGC 3752
Query 3771 TTACAAATGCATGGAGGTCGCGTATATGAGAGTGGTTAATTCCTCCTACACCAGTGCTAA 3830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3753 TTACAAATGCATGGAGGTCGCGTATATGAGAGTGGTTAATTCCTCCTACACCAGTGCTAA 3812
Query 3831 TAGATATCGAAATGAATTGCAGACTTCTCTACAAATGGTTCCGCCAGGTGAATCTCCTTC 3890
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3813 TAGATATCGAAATGAATTGCAGACTTCTCTGCAAATGATTCCGCCAGGTGAATCTCCTTC 3872
Query 3891 TTCATCTGCCTCGGATGTTGATAACGTGAACCATCCAGCAGCAGTAGACAGAGTTGGTAC 3950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3873 TTCATCTGCCTCGGATGTTGATAACGTGAACCATCCAGCAGCAGTAGACAGAGTTGGTAC 3932
Query 3951 CTCAAGGGGCATCAGTTCTCCTTTAGTTGCTGGGAACCACG 3991
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3933 CTCAAGGGGCATCAGTTCTCCTTTAGTTGCTGGGAACCACG 3973
Score = 263 bits (142), Expect = 1e-68
Identities = 150/154 (97%), Gaps = 0/154 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4045 GACGTAAATCTGTCAATGGATGCCTCGAGGAAATCACGTGTGGCATTAACAGCTTGTATT 4104
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3973 GACGTAAATCTGTCAATGGATGCCTCGAGGAAATCACGTGTGGCATTAGCAGCTTGTATT 4032
Query 4105 GAAAACTCAGGGGAGGCCCAACAACAAGGAGAGGGTATAATATCTATTAAAAGCGCCCTT 4164
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4033 GAAAACTTGGGGGAGGCCCAACAACAAGGAGAGGGTATTATATCTATTAAAAGCGCCCTT 4092
Query 4165 GATTATAACTTCCAAGACATGGAGGGATTGCTAC 4198
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4093 GATTATAACTTCCAAGACATGGAGGGATTGCTAC 4126
Score = 182 bits (98), Expect = 3e-44
Identities = 103/105 (98%), Gaps = 1/105 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGGAGTCTGAACTTGAAGAAGGAGAGGCTTGCTCTTACAATATTACTAACGAATAC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGGAGTCTGAACTTGAAGAAGGAGAGGCTTGCTCTTACAATATTACTAACGAATAC 60
Query 61 GCTGGAAGCATAGACCCTGATAACGATCTCTCTTACATTG-TGAG 104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 TCTGGAAGCATAGACCCTGATAACGATCTCTCTTACATTGATGAG 105
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 186938798576
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5