BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G62980.1
Length=2342
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg939389 jgi|Araly1|939389|scaffold_503580.1 3249 0.0
> Ahg939389 jgi|Araly1|939389|scaffold_503580.1
Length=1949
Score = 3249 bits (1759), Expect = 0.0
Identities = 1887/1950 (97%), Gaps = 3/1950 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 174 TCTCGAGGTTATTTGGCCGCAATGCAGAAGCGAATAGCCTTGTCGTTTCCAGAAGAGGTA 233
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTCGAGGTTATTTGGCCGCAATGCAGAAGCGAATAGCCTTGTCGTTTCCAGAAGAGGTG 60
Query 234 CTAGAGCATGTGTTCTCGTTTATTCAGCTGGATAAGGATAGGAACTCAGTCTCTCTGGTG 293
|| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 CTTGAGCATGTATTCTCGTTTATTCAGCAGGATAAGGATAGGAACTCGGTCTCTCTGGTG 120
Query 294 TGCAAGTCATGGTACGAGATCGAGCGGTGGTGCAGGAGGAAAGTCTTCATCGGGAACTGC 353
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGCAAGTCATGGTACGAGATCGAGCGTTGGTGCAGGAGGAAAGTCTTCATCGGGAACTGT 180
Query 354 TACGCCGTGAGTCCAGCGACGGTGATTAGGAGGTTCCCGAAAGTGAGATCCGTGGAGCTT 413
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TACGCCGTGAGTCCAGCGACGGTGATTAGGAGGTTCCCGAAAGTGAGATCCGTGGAGCTC 240
Query 414 AAAGGAAAACCTCACTTTGCTGACTTTAATTTGGTACCTGACGGATGGGGAGGTTACGTG 473
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AAGGGGAAACCTCACTTTGCTGACTTTAATTTGGTACCCGACGGATGGGGAGGTTACGTG 300
Query 474 TATCCATGGATTGAGGCCATGTCTTCGTCTTACACGTGGCTTGAAGAGATAAGGCTGAAG 533
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TATCCATGGATTGAGGCCATGTCGTCGTCTTACACGTGGCTTGAAGAGATAAGGCTGAAG 360
Query 534 AGGATGGTGGTCACCGACGATTGCTTGGAGCTCATAGCCAAGTCTTTTAAGAATTTTAAG 593
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 361 AGGATGGTGGTGACCGACGATTGCTTGGAGCTCATAGCCAAGTCCTTTAAGAATTTCAAG 420
Query 594 GTTCTTGTGCTTTCTTCCTGCGAAGGCTTCTCCACCGATGGTCTCGCTGCTATCGCTGCC 653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTTCTTGTGCTTTCTTCCTGCGAAGGCTTCTCCACCGATGGTCTCGCTGCTATCGCTGCC 480
Query 654 ACTTGCAGGAATCTGAAAGAGCTTGACTTACGAGAGAGTGATGTTGACGACGTTAGTGGC 713
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 481 ACTTGCAGGAATCTGAAAGAGCTTGATTTACGCGAGAGTGAGGTTGACGATGTTAGTGGC 540
Query 714 CACTGGCTTAGCCATTTCCCAGATACATACACTTCTTTGGTATCACTCAATATATCTTGC 773
|| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 541 CATTGGCTTAGCCATTTCCCAGATACTTACACATCTTTGGTATCACTCAATATCTCTTGC 600
Query 774 TTAGCATCTGAGGTCAGTTTCTCTGCTCTGGAAAGGCTGGTGACTAGGTGTCCCAATCTC 833
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTAGCATCTGAGGTCAGTTTTTCTGCTCTGGAAAGGCTGGTGACTAGGTGTCCCAATCTC 660
Query 834 AAGTCTCTCAAGCTTAACCGAGCTGTTCCACTTGAAAAATTGGCTACTTTACTTCAAAGA 893
||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 661 AAGTCTCTCAAGCTTAACCGATCTGTTCCCCTTGAAAAATTGGCTACTTTAATTCAAAGA 720
Query 894 GCACCTCAATTGGAGGAATTGGGCACTGGTGGGTACACTGCAGAAGTGCGACCAGATGTT 953
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 721 GCTCCTCAATTGGAGGAATTGGGCACTGGTGGGTACACTGCAGAAGTCCGACCAGATGTT 780
Query 954 TACTCTGGTTTATCTGTAGCGCTCTCTGGGTGCAAGGAATTGAGGTGCTTATCTGGATTT 1013
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 781 TATTCTGGTTTATCTGTAGCGCTCTCTGGATGCAAGGATTTGAAGTGCTTATCTGGATTT 840
Query 1014 TGGGATGCTGTTCCTGCCTATCTTCCAGCAGTTTATTCGGTTTGCAGTCGGCTTACAACT 1073
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TGGGATGCTGTTCCTGCCTATCTTCCAGCTGTTTATTCAGTTTGCAGTCGGCTTACAACT 900
Query 1074 TTGAATCTGAGTTATGCAACAGTCCAGAGCTATGATCTTGTCAAGCTTCTTTGTCAATGC 1133
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 901 TTGAATCTGAGTTATGCAACAGTCCACAGCTATGATCTTGTCAAGCTACTTAGTCAATGC 960
Query 1134 CCTAAACTGCAGCGCCTCTGGGTGCTTGACTACATCGAGGATGCTGGTCTTGAGGTGCTT 1193
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CCAAAACTGCAGCGCCTCTGGGTGCTTGACTACATTGAGGATGCTGGTCTTGAGGTGCTT 1020
Query 1194 GCTTCAACCTGCAAGGACCTACGCGAGCTGAGAGTGTTTCCGTCCGAGCCTTTTGTCATG 1253
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1021 GCTTCAACCTGCAAGGACCTACGCGAGCTCAGAGTGTTTCCGTCTGAGCCTTTTGTCATG 1080
Query 1254 GAACCAAATGTGGCATTGACGGAACAGGGGCTTGTCTCCGTCTCCATGGGCTGTCCAAAA 1313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GAACCAAATGTGGCATTGACGGAACAGGGGCTTGTCTCCGTCTCCATGGGCTGTCCAAAA 1140
Query 1314 CTCGAGTCGGTTCTCTACTTCTGCCGTCAAATGACCAATGCTGCATTGATAACCATTGCT 1373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CTCGAGTCGGTTCTCTACTTCTGCCGTCAAATGACCAATGCTGCATTGATAACCATTGCT 1200
Query 1374 AGGAACCGTCCCAACATGACTCGCTTCCGTTTGTGCATCATTGAGCCAAAAGCCCCAGAC 1433
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1201 AGGAACCGTCCCAACATGACTCGCTTCCGCTTGTGCATCATTGAGCCAAAAGCTCCAGAC 1260
Query 1434 TATCTGACTCTAGAGCCACTGGATATTGGATTTGGAGCCATAGTAGAGCACTGCAAGGAT 1493
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1261 TATCTGACTCTAGAGCCACTGGATGTTGGATTTGGAGCCATAGTAGAGCACTGCAAAGAT 1320
Query 1494 CTCCGTCGCCTCTCTCTATCTGGCCTCTTGACCGACAAGGTTTTTGAATACATTGGGACA 1553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CTCCGTCGCCTCTCTCTATCTGGCCTCTTGACCGACAAGGTTTTTGAATACATTGGGACA 1380
Query 1554 TATGCCAAGAAGATGGAAATGCTCTCAGTGGCATTTGCAGGAGACAGTGACTTAGGCATG 1613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TATGCCAAGAAGATGGAAATGCTCTCAGTGGCATTTGCAGGAGACAGTGACTTAGGCATG 1440
Query 1614 CATCATGTTTTGTCCGGGTGCGATAGCTTGAGGAAACTAGAGATAAGGGACTGCCCGTTT 1673
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1441 CATCATGTTTTGTCGGGGTGCGATAGCCTGAGGAAACTAGAGATAAGGGACTGCCTGTTT 1500
Query 1674 GGAGACAAGGCGCTTTTGGCCAATGCTTCAAAGCTGGAGACAATGCGATCCCTTTGGATG 1733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GGAGACAAGGCGCTTTTGGCCAATGCTTCAAAGCTGGAGACAATGCGATCCCTTTGGATG 1560
Query 1734 TCTTCTTGTTCCGTGAGTTTTGGAGCCTGCAAGTTACTAGGACAGAAGATGCCAAAGCTG 1793
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TCTTCTTGTTCCGTGAGTTTTGGAGCCTGCAAGTTATTAGGACAGAAGATGCCAAAGCTG 1620
Query 1794 AATGTGGAAGTCATCGATGAACGGGGTGCACCGGACTCGAGACCAGAGAGCTGCCCTGTT 1853
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AATGTGGAAGTCATCGATGAACGGGGTCCACCGGACTCGAGACCAGAGAGCTGCCCTGTG 1680
Query 1854 GAGAGAGTCTTCATATACCGAACAGTGGCTGGTCCTCGATTTGACATGCCTGGCTTCGTC 1913
|||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GAGAGAGTGTTCATTTACCGAACAGTGGCAGGTCCTCGGTTTGACATGCCTGGCTTCGTC 1740
Query 1914 TGGAACATGGACCAAGACTCAACAATGAGGTTTTCCAGGCAAATCATTACTACTAACGGA 1973
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1741 TGGAACATGGACCAAGACTCAACAATGAGGTTT-CCAGGAAAATCATCACTACTAACGGA 1799
Query 1974 TTATAAGACAAAGAAACGAGGTACATTTTTCATTAATCCTTGTTCATCATCCCATATAAT 2033
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TTATAAGACAAATAAACGAGGTACATTTTTCATTAATCCTTGTTCATCATCCCATATAAT 1859
Query 2034 CGTGTTCCGGTTTAGGAACATGAGAGAGCTC--GGTCGCCAATAATTTGAATCTCGGCTG 2091
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1860 CGTGTTCCGGTTTAGGAACATGAGAGAGCTCTCGGTCGCCAATAATTTGATTCTCGGCTG 1919
Query 2092 CTTCATATAACCATCAAGCTCATGAGCAAT 2121
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 CTTCATATAACCATCAAGCTCATGAGCAAT 1949
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88217007420
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5