BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G63500.2
Length=3699
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg349401 jgi|Araly1|349401|fgenesh1_pg.C_scaffold_5002793 5493 0.0
> Ahg349401 jgi|Araly1|349401|fgenesh1_pg.C_scaffold_5002793
Length=3510
Score = 5493 bits (2974), Expect = 0.0
Identities = 3339/3514 (95%), Gaps = 29/3514 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 116 ATGAAGAGACTAAGATCCAGCGACGACCTTGATTTCTGTAATGATAAGAATGTTGACGGA 175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAGAGACTAAGATCCAGCGACGACCTTGATTTCTGTAATGATAAGAATGTTGACGGA 60
Query 176 GAACCTCCCAACTCGGACCGTCCGGCCTCTTCCTCCCACCGGGG---C-T-------T-C 223
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | | |
Sbjct 61 GAACCTCCCAACTCGGACCGCCCGGCCTCTTCCTCCCACCGGGGTTTCTTCCACAAGTCC 120
Query 224 TTCTCGGG---CAACAACCGTGACCGCGGGGAAGATGCTGCCGGCTTCTCCAGGGCTTTT 280
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCTCGGGCAACAACAACCGTGACCGCGGGGAAGATGCTGCCGGCTTCTCCAGGGCTTTT 180
Query 281 TCCCGTAGGCGATCCAATCGTGACTTGGATAATCATCGGCCAGATGCCCGGTACCATCGA 340
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCCCGCAGGCGATCCAATCGTGACTTCGATAATCATCGGCCGGATGCCCGGTACCATCGA 240
Query 341 TCTGAGAGCGCCTGTTTCTCAAGGAGGGCTTTTCCAAAGGGATTTCGTTCTGAGAGGGAG 400
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTGAGAGCGCTTGTTTCCCAAGGAGGGCTTTTCCAAAGGGATTTCGTTCTGAGAGGGAG 300
Query 401 AGGCCCAATAGGGATGCTAGTGTCTCTTCCTGGAGGAGGTTTGGTGGTCCTGGTAATGAC 460
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGGCCCAACAGGGAAGCTAGTGTCTCTTCCTGGAGGAGGTTTGGTGGTCCTGGTAATGAC 360
Query 461 TTTGGCGTTGATGACC-G--AGATAGGAGATTAAGGGACGCTGAGAGGGATAGGAGTCTC 517
||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||
Sbjct 361 TTTGGCGTTGAAGACCTGAAAGATAGGAGATTAAGGGACGCTGAAAGGGAAAGGACTCTC 420
Query 518 AAATCCCCTTCTTGGTCCAGAGACTCGCCTAACGAGCTTTCCAAATTCAAACCACTCGAT 577
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 421 AAATCCCCTTCTTGGTCCAGAGACTCGGCTAACGACCTTTCCAAATTCAAACTTCTCGAT 480
Query 578 TCCAGAAATTCTCGCTCCAGATCCAAATCTCTAGCTTCTCCGACATGGTCCAAAGATTCC 637
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCCAGAAATTCCCGCTCCAGATCCAAATCTCTAGCTTCTCCAACATGGTCCAAAGATTCC 540
Query 638 GGGAGTGAGCAATCCAAAAGTGTTGGAAATGTTGTCAAGAAAAGCGAGGAGGAAGTGCAG 697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 541 GGGAGTGAGCAATCCAAAAGTGTTGGAAATGTTGTCAAGAAAACCGAGGAGGAAGTGCAG 600
Query 698 GGTAAGAGCAGTACAACCAGTAGCGAGATGGAGGAAGGAGAGCTGGAGCCAGAGCCCCAA 757
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGTAAGAGCAGTACAAGCAGTAGCGAGATGGAGGAAGGAGAGCTGGAGCCAGAGCCCCAA 660
Query 758 CCAGAGACTGCCTCAGGCCTTGCTCATCAAACCAAACATGACTGTAAACTGCCTTCCTGC 817
|| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||| ||| ||| |||||
Sbjct 661 CCGGAGACTGCCTCAGGGCTTGCTCATCAAATCAAACATCACAGTACACTACCTCCCTGC 720
Query 818 TCTGCTGATGATCATAAGAACGCAAGGATTGATAGAAGCTTCCAGGAAATTGGAAAAAGC 877
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 721 GCTGCTGATGAGCATAAGAACGCAAGGATTGATAGTAGCTTCCAGGAGATTGGAAAAAAC 780
Query 878 GCTCAACTTGATGCCAACACTGAGAGTAACAGGGAACTCAGTCATGTGGGTGGTAATAGG 937
||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 781 GCTCAACGTGATACCAACACTGAGAGTAACAGGGAACTCAGTCATGTGGGTGGTGATAGG 840
Query 938 GAAATGGAAACGACAGATAGCATGACCGATAAGAAAAGTGTTGAAGACGCGGAAAATGTG 997
|||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||
Sbjct 841 GAAATGGAAACGGCTGGGAGCATGACGGATAAGAAAAGTGTAGCAGACGCGGAAATTGTG 900
Query 998 CCTGAGCATGCGACTGAGTCCATGCATGTTTCTCAAAACAACGTGAATGATACTTCTACA 1057
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 901 CCTGAGCTTGCAACTGAGTCCATGCATGTTTCTCAAAACAACGTGAACGATACTTCTACA 960
Query 1058 GCTTTGGCTATTGAACACGATCATAGAGATGGCACAATCACTGCTAGTGCCAATAAGATT 1117
|||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||
Sbjct 961 GCTTTGGCTATTGAACACGAGCGTAGAGATGACACAACCACTGCTAGTGTCAATGAGATT 1020
Query 1118 ACAGATACGGTTGACGAGAAAGGTGACAAAGATGAGGATTATAAGGAGAACCTTCATGGA 1177
|||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1021 ACAGATACGGTTGATGATAAAGGTGACAAAGATGGGGAATATAAGGAGAACCATCATGGA 1080
Query 1178 GTGAAGTTGGAAGAAACTCTTTATCCAGATGTTCCTGAACGG-TT---G--GAAGAGCTT 1231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| |||
Sbjct 1081 GTGAAGTTGGAAGAAACTCTTTATCCAGATGTTCCTGAACGGTTTCAGGTAGAAGAACTT 1140
Query 1232 AAGGAAGTGAAGGGTAATGATGGTGATGCCAACAAAGCGGAAGTTGAAGGCCCGGAATGT 1291
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAGGGAGTGAAGGGTAATGATGGTGATGCCAACAAAGTGGACGATGAAGGCCCGGAATGT 1200
Query 1292 GTTGAGGAAAATGCTCTAGCTAATAGAACGCCTGCAGAATACATTAGCAGTGTATCGGAT 1351
||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1201 GTTCAGGAAAATGCTCTAGGTAATAGAACGCCTGCACAATACATAAGCAGTGTATCCGAT 1260
Query 1352 AGCTCCGTCCACAAATGCAAGGATAAAGGCAAAAATTCTGATGTCCCTCTTACACATTTA 1411
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1261 AGCTCCATCCACAAATGCGAGGATAAAGGCAAAAATTCTGATGTCCCACTTACTCATTTA 1320
Query 1412 GTTGGAAATGCTCTCTTTTCTGAAAGCAAGACTGAGGATCTTCA-TGACAAGGATAAAGA 1470
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||||||
Sbjct 1321 CTTGGAAATGCTCTCTTTTCTGAAAGCAAGTCTGAGGGTCTT-ACTGACAAGGATAAAGA 1379
Query 1471 TGAAAAAGATGACAACTTCGGAGGACCGAGTATCAGAGGGTTTGAACTGTTCTCTAGTTC 1530
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TGAAAAAGATGACAACTTCGGAGGACCGAGTATCAGGGGGTTTGAACTGTTCTCTAGTTC 1439
Query 1531 TCCGGTTAGGAGAGCaaaaaaaaCTGAGCAGTCAGGTGTCAATAAGCACAAGGATGAGAA 1590
||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1440 TCCGGTTAGGAGAACAACGAAAACGGAGCAGTCAGGTGTCAATAAGCCCAAGGATGAGAA 1499
Query 1591 GTTGTTGTTGGAGCCACTGGATCTGTCACTTAGCCTACCAGATGTATTGTTGCCGATTGG 1650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GTTGTTGTTGGAGCCACTGGATCTGTCACTTAGCCTACCAGATGTATTGTTGCCGATTGG 1559
Query 1651 TGGCCAGGATACTAATCAGCTGGGGTCACCAGTCCGTTCTGGAAGTGTTCGGTCTTTGAC 1710
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TGGCGAGGATACTAATCA---GGGGTCACCAGTCCGTTCTGGAAGTGTTCGGTCTTTGAC 1616
Query 1711 AGACACGTTTTGTACCAATTCTGATGGCTTTACAATGTCTATGTCCTTTTCAGGTTCCCG 1770
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AGACACGTTTTGTACCAATTCTGATGGCTTCACCATGTCTATGTCCTTTTCAGGTTCCCG 1676
Query 1771 TTCGTTCAATCATAATCCAAGCTGTTCGCTGAGTCACAATATTGGAGACAATGAGCAGTC 1830
|||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TTCGTTTAATCATAATCCAAGCTGTTCGTTGAATCACAATATTGGAGACAATGAGCAGTC 1736
Query 1831 AGTTCATAGCCGACCTATATTTCAGGGTATAGATTGGCAGGCACTGTCTCATAATGATTC 1890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 AGTTCATAGCCGACCTATATTTCAGGGTATAGATTGGCAGGCACTGTCTCATAATGATTC 1796
Query 1891 AAAGTACAATGAGAATACAGTCTATCAAAGACTGATGGAAAATGGAAATGGTTCAGTTCA 1950
||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 AAAGTACAACGAGAATACAGTCTATCAAAAACTAATGGAAAATGGAAATGGTTCAGTTCA 1856
Query 1951 ACCTCGAGCAATGAAAGGCAATTTAATTTCGGGTCAAGCTGATGAAGAGCATCTTAGATT 2010
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 ACCTCGAGCAATGAAAGGCAATTTAATTTCAGGTCAAGCTGATGAAGAGCATCTTAGATT 1916
Query 2011 GCCCGATGGGAGCTCTAAGGCAGCAAATATACTTGAGAAACAATTGAGTTTCCAGAAAAG 2070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 GCCCGATGGGAGCTCTAAGGCAGCAAATATACTTGAGAAACAATTGAGTTTCCAGAAAAG 1976
Query 2071 TGTTGATGTTAGATCAGCATGTCCAAGAACGGGCTCTCTTGAAAATGGTTCAAAGTTTAC 2130
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TGTTGATGTTAGATCAGCATGTCCAAGAACGAGCTCTCTTGAAAATGGTTCAAAGTTTAC 2036
Query 2131 TGTTGAGAAGAAAACGGCCAAGGACTTTTACAGTGGTAGTAATTCGTGGATAACTGGGCT 2190
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2037 TGTTGAGAAGAAAAAAGCCAAGGACTTTTTTAGTGGTAGTAATTCCTGGATAACTGGGCT 2096
Query 2191 GGAAGCCGGTGGGCATGATTTTGTTGAGACCGTCATCAGATACATTCTCTCCGATTCGAT 2250
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2097 GGAAGCTGGTGGGCATGATTTTGTTGAGACGGTCATCAGATACATTCTCTCCGATTCAAT 2156
Query 2251 GCCTGTAATGACCAAGAGATTTCATGAAATGCCCACTCGAAACATCACTAGCCTGAAGGA 2310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||
Sbjct 2157 GCCTGTAATGACCAAGAGATTTCATGAAATGCCCACTGGATACATAACTAGCCTGAAGGA 2216
Query 2311 AAACATTCGGCAGATGATGCTGAACATGGATAAGAATGTACAACTTGGTGCTTTTCAAGA 2370
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 AAACATCCGGCAGATGATGCTGAACATGGATAAGAATGTACAACTTGGTGCTTTTCAAGA 2276
Query 2371 TGCTTTGCAGAACAGGACTGATATAACACTGGAATTGCTTACAAAATCTCATCGCGCTCA 2430
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 TGCTCTGCAGAACAGGACTGATATAACACTGGAATTGCTTACAAAATCTCATCGCGCTCA 2336
Query 2431 GTTGGAGATCTTGGTCGCACTGAAATCTGGGCGTTCTGATTTCCTTCTTTTGGACAACAG 2490
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2337 GTTGGAGATCTTGGTCGCACTGAAAGCTGGGCGTTCTGATTTCCTTCTGATGGACAACAG 2396
Query 2491 CATCTCGTCTTCCCATTTAGCTGAGATTTTCATGAACATGAGATGCAAAAATCTTTCTTG 2550
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 CATCTCGTCTTCCCATTTAGCTGAGATTTACATGAACATGAGATGCAAAAATCTTTCTTG 2456
Query 2551 TAGGGTTCTGTTGCCTGTGGACGAATGCGATTGCAGGGTTTGTTCAAGGAAGGATGGATT 2610
|||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 TAGGGTTCTGTTACCTGTGGATGAATGTGATTGCAGGGTTTGTTCAAGGAAGGATGGATT 2516
Query 2611 TTGTAGTGCTTGCATGTGTCTTGTGTGCTCAAATTTTGATATGGCATCCAACACCTGTAG 2670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 TTGTAGTGCTTGCATGTGTCTTGTGTGCTCAAATTTTGATATGGCATCCAACACCTGTAG 2576
Query 2671 CTGGGTTGGGTGTGATGTGTGCCTACACTGGTGCCACACAGATTGTGGGATAAAAGAGTC 2730
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2577 CTGGGTTGGGTGTGATGTGTGCCTACACTGGTGCCATACAGATTGTGGGATAAGAGAGTC 2636
Query 2731 TTACATCCGGAATGGGATCAATGCTTCTGGTGCTCCAGGAATGACCGAGATGCAATTTCA 2790
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2637 TTACATCCGGAATGGGGTCAATGCTTCTGGTGCTCCAGGGATGACCGAGATGCAATTCCA 2696
Query 2791 CTGTGTTGCCTGTAACCATCCCTCAGAGATGTTTGGCTTTGTCAAAGAAGTGTTTCTGAA 2850
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 CTGTGTTGCCTGTAACCATCCCTCAGAAATGTTTGGCTTTGTCAAAGAAGTGTTTCTGAA 2756
Query 2851 TTTTGCAAGGGAATGGAAATTTGAGCGCTTTTGCAAGGAACTGGAGTATGTCAATAAAAT 2910
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2757 TTTTGCCAGGGAATGGAAATTTGAGCGCTTTTGCAAGGAACTTGAGTATGTCAATAAGAT 2816
Query 2911 ATTTTCATCAAGCAAAGACTCTAGAGGGAAACAGCTGAGACAAGCTGCTGATGCGATGCT 2970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 ATTTTCATCAAGCAAAGACTCTAGAGGGAAACAGCTGAGACAAGCTGCTGATGCGATGCT 2876
Query 2971 GGCAAGTTTGAAAAGTAAATTGATAGGCCTTCCTGAAGCTTGCAATCGCATATTGGGTTT 3030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 GGCAAGTTTGAAAAGTAAATTGATAGGCCTTCCTGAAGCTTGCAATCGCATATTGGGTTT 2936
Query 3031 CATTTCAGACTGTGATTCCTCCACTCCTGCTGAAACTAGTGCACCGTTCATATACGAACA 3090
| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 2937 CGTTTCAGACTGTGATTCGTCCACTCCTGCTGAAACTTGTGCACCGTTCAGATACGAACA 2996
Query 3091 GCCAAAACCCAGGCATGAGAGGGGAAGCCCTAGTCAGGACACGGCGTGGCTGAGATCGGT 3150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 GCCAAAACCCAGGCATGAGAGGGGAAGCCCTAGTCAGGACACGGCGTGGCTGAGATCGGT 3056
Query 3151 GTGCTCAGATAACCCGCATAATCAGCTGAAAAGGTCAGCGAGCGTAGCTGATGCATTCCA 3210
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 3057 GTGCTCAGATAAACCGCACCATCAGCTGAAAAGGTCAGCGAGCGTAGTTGATGCGTTCCA 3116
Query 3211 CAGAGAGAGGCAAGTTGAAATATGTGCAGTGGAGATGGAGTTGGAAAGGGGTTCACCAAA 3270
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 3117 CAGAGAGAGACAAGTTGAAATATGTGGAGTGGAGATGGAGTTGAAAAGGGAATCACCAAA 3176
Query 3271 GGAACCTCGTTTCGAAGAGCTAGAGAGCATTGTGAGAATGAAGCAAGCAGAGGCAGAAAT 3330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3177 GGAACCTCGTTTCGAAGAGCTAGAGAGCATTGTGAGAATGAAGCAAGCAGAGGCAGAGAT 3236
Query 3331 GTTCCAAGGGCGGGCCGATGATGCACGAAGAGAAGCAGAGGGACTGAAACGAATAGCAAT 3390
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3237 GTTCCAAGGACGGGCAGATGATGCACGAAGAGAAGCAGAGGGGCTGAAACGAATAGCAAT 3296
Query 3391 AGCGAAGAAGGAGAAGATAGAAGAAGAGTACAATCGGAGAATGGGGAAGTTgagtatgga 3450
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3297 AGCGAAGAAGGAGAAGATAGAGGAAGAGTACAAGCGGAGAATGGGGAAGTTGAGTATGGA 3356
Query 3451 ggatgcacaggagagaaggaggaggaggtacgaggagttagaggcaatgcagagagggca 3510
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 3357 GGAGGCAGAGGAGAGAAGGAGGAGGAGGTACGAGGAGTTGGAGGCAATGGAGAGAGGGCA 3416
Query 3511 gagagagttttatgaaatgaagatgagaatggaggaagagatgagagGGCTTCTCACCAA 3570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3417 GAGAGAGTTTTATGAAATGAAGATGAGAATGGAGGAAGAGATGAGAGGGCTTCTCACCAA 3476
Query 3571 AATGGAAATGACGAAGCAGAGTCTGGCCTTGTAA 3604
||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3477 AATGGAAGTGACGAAGCAGAGTCTGGCCTTGTAA 3510
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139747408056
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5