BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G63510.1 Length=1378 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg486864 jgi|Araly1|486864|fgenesh2_kg.5__2856__AT3G63510.1 2034 0.0 > Ahg486864 jgi|Araly1|486864|fgenesh2_kg.5__2856__AT3G63510.1 Length=1303 Score = 2034 bits (1101), Expect = 0.0 Identities = 1249/1318 (95%), Gaps = 20/1318 (2%) Strand=Plus/Plus Query 19 AACAAACGGTTTCATTATCTTCTCCAAT--TCCAAATGTGGTGTCTACCATCTGTTCGAC 76 ||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1 AACCAACTGTTTCATTATCTTCTCCAATCCTCCTAATGTGGTGCCTACCATCTGTTCGAC 60 Query 77 CAAATGTCTCTGAGATGTTCTTCAAGTCCCCAATGCTCAAACCCACTGCTAGATTCTCCT 136 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CAAATGTCACTGAGATGTTCTTCAAGTCCCCAATGCTCAAACCCACTGCTAGATTCTCCA 120 Query 137 CCACTTCGTCTCCCTATCTTCCTCCTTCCTTCAGCGTCGCCCCGATGATGGATTGGACAG 196 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 121 CCACTTCTTCTCCCTATCTTCCTCCTTCCTTCAGCGTCGCCCCGATGATGGAGTGGACAG 180 Query 197 ATAATCATTACCGGACGCTTGCTCGTCTCATAACAAAGCACGCTTGGCTTTACACTGAAA 256 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 181 ATAATCATTACCGGACGCTTGCTCGTCTCATAACAAAGCATGCTTGGCTTTACACCGAAA 240 Query 257 TGATTGCAGCTGAAACCCTTGTTCACCAGCAGACCAATTTGGACAGGTTCTTAGCGTTTT 316 ||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 241 TGATTGCCGCTGAAACTCTTATTCACCAGCAGGCCAATTTGGACAGGTTCTTAGCATTTT 300 Query 317 CTCCCCAACAACATCCTATTGTTCTCCAACTTGGTGGTAGCAATGTGGAAAACCTTGCAA 376 |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 CTCCTCAACAACATCCTATTGTTCTTCAACTCGGTGGTAGCAATGTGGAAAACCTTGCAA 360 Query 377 AGGCTGCTAAGCTTTCTGATGCTTACGGATACGACGAAATTAATCTCAACTGCGGGTGCC 436 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 AGGCTGCTAAGCTTTCTGATGCTTACGGATACGACGAAATTAATCTCAACTGCGGGTGCC 420 Query 437 CCAGTCCTAAGGTAGCCGGTCATGGATGCTTTGGTGTTAGCCTCATGCTCAAACCTAAGC 496 ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 421 CCAGTCCTAAGGTAGCCGGCCATGGTTGCTTTGGTGTTAGCCTCATGCTCAAACCCAAGC 480 Query 497 TTGTTGGAGAGGCAATGTCTGCCATTGCTGCCAATACCAACGTCCCTGTTACTGTGAAAT 556 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 TTGTTGGAGAGGCAATGTCTGCCATTGCTGCCAATACCAACGTCCCTGTTACTGTGAAAT 540 Query 557 GTCGAATTGGTGTAGACAATCATGATTCGTATGATGAGCTCTGTGACTTTATCTACAAGG 616 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GTCGAATTGGTGTAGACGATCATGATTCGTATGATGAGCTCTGTGACTTTATCTACAAGG 600 Query 617 TTTCTACTCTATCACCTACCAGACATTTCATTGTACATTCACGCAAGGCACTGCTCGGTG 676 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| Sbjct 601 TTTCTACTCTATCACCTACCAGGCATTTCATTGTACATTCTCGGAAGGCACTGCTCGGTG 660 Query 677 GGATAAGCCCTGCTGATAACCGGAGAATCCCACCTCTAAAGTATGAGTATTACTATGCCC 736 ||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 661 GGATAAGCCCTGCTGCTAACCGGACAATTCCTCCTCTAAAGTATGAGTATTTCTATGCCC 720 Query 737 TCGTGCGTGACTTCCCGGACTTGAGATTCACTATTAATGGAGGCATTACTTCTGTTTCAA 796 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | Sbjct 721 TCGTGCGTGACTTCCCGGATTTGAGATTCACTATTAATGGTGGCATTACTTCTGTTTCGA 780 Query 797 AGGTAAACGCTGCACTGAAGGAAGGAGCTCATGGAGTCATGGTAGGACGTGCTGCATACA 856 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 AGGTAAACGCTGCACTGAAGGAAGGAGCTCATGGAGTCATGGTAGGACGTGCTGCATACA 840 Query 857 ACAACCCATGGCAGACGCTAGGACAAGTTGACACTGCAGTTTATGGTGTACCAAGCAGTG 916 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 ACAACCCATGGCAGACGCTAGGACATGTTGACACTGCAGTTTATGGTGTACCAAGCAGTG 900 Query 917 GCCTTACACGCCGACAGGTTCTTGAGCAATATCAAGTATATGGAGATTCTGTGTTAGGAA 976 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 901 GCCTTACACGCCGACAGGTTCTTGAGCAATATCAAGTATATGGAGACTCTGTGTTAGGAA 960 Query 977 CACATGGAAACGGGAGGCCTAATGTGAGGGATTTGGTGAAGCCTCTGCTAAACCTTTTCC 1036 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | Sbjct 961 TACATGGAAACGGGAGGCCTAATGTGAGGGATTTAGTGAAGCCTCTGCTAAACCTTTTTC 1020 Query 1037 ATTCAGAAAATGGAAATAGCTTGTGGAAGCGGAGAGCAGACGCAGCTTTCAAGGAGTGCA 1096 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| Sbjct 1021 ATTCAGAAAATGGAAATAGCTTGTGGAAGCGGAGAGCAGACGCAGCTTTCAAGCACTGCA 1080 Query 1097 GGAGTGTTGGATCGTTGCTGGAAGAAAGCTTGAGGGCGATCCCGGACTGTGTCTTAGATT 1156 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 GGAGTGTTGGATCGTTGCTGGAAGAAAGCTTGAGGGCGATCCCGGACTGTGTCTTAGATT 1140 Query 1157 CACCCATATCTGGGAGTCCAGAGAGCGGAGACGAAGATGTGTTCGCAGATGTGCACAATG 1216 ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1141 CACCCATATCTGGGAGTCCAGAGAGTGGAGAAGAAGATGTGTTTGCAGATGTGCACAATG 1200 Query 1217 TATTGCCCCCACCATACGAAGC---TGGAGAAGAAATCATCTTATGCGCTTAGTTGTCGT 1273 ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | | Sbjct 1201 TATTGCCCCCACCCTACGAAGCAGCTGGAGAAGGAATCATCTTATGTGCTTAGTTAT--T 1258 Query 1274 TTGTAATCTGTGTTTGTGATTGTCTCTGTCGATTAAAATTGTAAATTGAACGGGGCTT 1331 || |||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 --GTC-TCTGTG------A----CTCTGTCTATTAAAATTGTAAATTGAACGGGGCTT 1303 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 51580306701 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5