BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G63520.1
Length=1828
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486866 jgi|Araly1|486866|fgenesh2_kg.5__2858__AT3G63520.1 2322 0.0
> Ahg486866 jgi|Araly1|486866|fgenesh2_kg.5__2858__AT3G63520.1
Length=1803
Score = 2322 bits (1257), Expect = 0.0
Identities = 1340/1381 (97%), Gaps = 2/1381 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 331 GGATGATTCATGGGGTACGCATCAAAGATGGGAAAGCTACTTATGTTTCTCGATATGTTA 390
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 358 GGATGATACATGGGGTGCGCATCAAAGATGGGAAAGCTACTTATGTTTCTCGTTATGTTA 417
Query 391 AGACATCACGTCTTAAGCAGGAAGAGTTCTTCGGAGCTGCCAAATTCATGAAGATTGGTG 450
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 418 AGACATCACGTCTTAAGCAGGAAGAGTTTTTCGGAGCTGCCAAATTCATGAAGATTGGGG 477
Query 451 ACCTTAAGGGGTTTTTCGGATTGCTAATGGTCAATGTCCAACAGCTGAGAACGAAGCTCA 510
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||
Sbjct 478 ACCTTAAAGGGTTTTTCGGATTGCTTATGGTCAATGTGCAACTGCTGAGAACGAAACTCA 537
Query 511 AAATATTGGACAACACTTATGGAAATGGAACTGCCAATACAGCACTCGTATATCACCATG 570
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 538 AAATATTGGACAACACTTATGGAAATGGAACTGCTAATACAGCACTCATATATCACCATG 597
Query 571 GAAAACTTCTAGCATTACAGGAGGCAGATAAGCCGTACGTCATCAAAGTTTTGGAAGATG 630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GAAAACTTCTAGCATTACAGGAGGCAGATAAGCCGTATGTCATCAAAGTTTTGGAAGATG 657
Query 631 GAGACCTGCAAACTCTTGGTATAATAGATTATGACAAGAGATTGACCCACTCCTTCACTG 690
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GAGACCTGCAAACTCTTGGCATGATAGATTATGACAAGAGATTGACCCACTCCTTCACTG 717
Query 691 CTCACCCAAAAGTTGACCCGGTTACGGGTGAAATGTTTACATTCGGCTATTCGCATACGC 750
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 718 CTCACCCTAAAGTTGACCCGGTTACGGGTGAAATGTTTACATTCGGCTATTCCCATACGC 777
Query 751 CACCTTATCTCACATACAGAGTTATCTCGAAAGATGGCATTATGCATGACCCAGTCCCAA 810
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 CACCTTATCTCACATACAGAGTGATCTCGAAAGATGGCATTATGCATGACCCAGTCCCAA 837
Query 811 TTACTATATCAGAGCCTATCATGATGCATGATTTTGCTATTACTGAGACTTATGCAATCT 870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TTACTATATCAGAGCCTATCATGATGCATGATTTTGCTATTACTGAGACTTATGCAATCT 897
Query 871 TCATGGATCTTCCTATGCACTTCAGGCCAAAGGAAATGGTGAAAGAGAAGAAAATGATAT 930
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 898 TCATGGATCTTCCTATGCACTTCAGGCCAAAGGAAATGCTGAAAGAGAAGAAAATGATAT 957
Query 931 ACTCATTTGATCCCACAAAAAAGGCTCGTTTTGGTGTTCTTCCACGCTATGCCAAGGATG 990
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 ACTCATTTGATCCCACAAAAAAGGCTCGTTTCGGTGTTCTTCCACGCTATGCCAAGGATG 1017
Query 991 AACTTATGATTAGATGGTTTGAGCTTCCCAACTGCTTTATTTTCCACAACGCCAATGCTT 1050
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 AACTCATGATTAGATGGTTTGAGCTTCCCAACTGCTTTATTTTCCACAACGCCAATGCTT 1077
Query 1051 GGGAAGAAGAGGATGAAGTCGTCCTCATCACTTGTCGTCTTGAGAATCCAGATCTTGACA 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GGGAAGAAGAGGATGAAGTCGTCCTCATCACTTGTCGTCTTGAGAATCCAGATCTTGACA 1137
Query 1111 TGGTCAGTGGGAAAGTGAAAGAAAAACTCGAAAATTTTGGCAACGAACTGTACGAAATGA 1170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TGGTCAGTGGGAAAGTGAAAGAAAAACTCGAAAATTTTGGCAACGAACTGTACGAAATGA 1197
Query 1171 GATTCAACATGAAAACGGGCTCAGCTTCTCaaaaaaaaCTATCCGCATCTGCGGTTGATT 1230
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1198 GGTTCAACATGAAAACGGGCTCAGCTTCTCAAAAAAAACTATCGGCATCTGCGGTTGATT 1257
Query 1231 TCCCCAGAATCAATGAGTGCTACACCGGAAAGAAACAGAGATACGTATATGGAACAATTC 1290
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1258 TCCCCAGAATCAACGAGGGCTACACCGGAAAGAAACAGAGATATGTATATGGAACAATTC 1317
Query 1291 TGGACAGTATCGCAAAGGTTACCGGAATCATCAAGTTTGATCTGCATGCAGAAGCTGAGA 1350
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 TGGACAGTATCGCAAAGGTTACCGGAATTATCAAGTTTGATCTGCATGCAGAAGCTGAGA 1377
Query 1351 CAGGGAAAAGAATGCTGGAAGTAGGAGGTAATATCAAAGGAATATATGACCTGGGAGAAG 1410
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1378 CAGGGAAAAGAATGCTGGAAGTAGGAGGCAATATCAAAGGAATATATGACCTGGGACAAG 1437
Query 1411 GCAGATATGGTTCAGAGGCTATCTATGTTCCGCGTGAGACAGCAGAAGAAGACGACGGTT 1470
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 GCAGATATGGTTCAGAGGCTATTTATGTCCCGCGTGAGGCAGCAGAAGAAGACGACGGTT 1497
Query 1471 ACTTGATATTCTTTGTTCATGATGAAAACACAGGGAAATCATGCGTG-ACTGTGATAGAC 1529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1498 ACTTGATATTCTTTGTTCATGATGAAAACACAGGGAAATCATGCGTGCA-TGTGATAGAC 1556
Query 1530 GCAAAAACAATGTCGGCTGAACCGGTGGCAGTGGTGGAGCTGCCGCACAGGGTCCCATAT 1589
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 GCAAAAACAATGTCGGCTGAACCTGTGGCTGTGGTGGAGCTGCCGCACAGGGTCCCATAT 1616
Query 1590 GGCTTCCATGCCTTGTTTGTTACAGAGGAACAACTCCAGGAACAAACTCTTATATAAGCC 1649
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 GGCTTCCATGCCTTGTTTGTTACAGAGGAACAACTCCAGGAACAAACTCTTATATAAGCC 1676
Query 1650 AAGCTGTGTGCATATACACATAATACTTCTGAGTCAGAGATGTGAAACTCGGTGATACTG 1709
|||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1677 AAGCTGTGTGCATACACATATAATACTTCAGAGTCAGAGATGTGGAACTGGGTGATACTG 1736
Query 1710 A 1710
|
Sbjct 1737 A 1737
Score = 503 bits (272), Expect = 2e-141
Identities = 296/308 (96%), Gaps = 0/308 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 TTGCAGCAAAACAAACAATCATGGCGGAGAAACTCAGTGATGGCAGCAGCATCATCTCAG 69
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 TTGCAGCAAAACAAACAATCATGGCGGAGAAGCTCAGTGATGGCAGCAGCATCGTCTCAG 60
Query 70 TCCATCCTAGACCCTCCAAGGGTTTCTCCTCGAAGCTTCTCGATCTTCTCGAGAGACTTG 129
|| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||
Sbjct 61 TCAATCCTAAACCCTCCAAGGGTTTCTCCTCTAAGCTTGTTGATCTTCTGGAGAGACTTG 120
Query 130 TTGTCAAGCTCATGCACGATGCTTCTCTCCCTCTCCACTACCTCTCAGGCAACTTCGCTC 189
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 121 TTGTCAAGCTCATGCACGATGCTTCTCTCCCTCTCCACTACCTCTCCGGCAACTTCGCTC 180
Query 190 CCATCCGTGATGAAACTCCTCCCGTCAAGGATCTCCCCGTCCATGGATTTCTTCCCGAAT 249
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCATCCGTGAAGAAACTCCTCCCGTCAAGGATCTCCCCGTCCATGGATTTCTTCCCGAAT 240
Query 250 GCTTGAATGGTGAATTTGTGAGGGTTGGTCCAAACCCCAAGTTTGATGCTGTCGCTGGAT 309
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCTTGAATGGTGAATTTGTGAGGGTTGGTCCAAATCCTAAGTTTGATGCTGTCGCTGGAT 300
Query 310 ATCACTGG 317
||||||||
Sbjct 301 ATCACTGG 308
Score = 113 bits (61), Expect = 4e-24
Identities = 65/67 (97%), Gaps = 0/67 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1759 ATACTGCCTGGTTTCTCTTTACATATAATTACATTTCATCCTCCAATATCAACAAGGTCT 1818
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1737 ATACTGCCTCGTTTCTCTTTACATATAATTACATTTCATCCTCCAATATCAACAAGGTTT 1796
Query 1819 CTACTTT 1825
|||||||
Sbjct 1797 CTACTTT 1803
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68638621490
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5