BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G00490.1 Length=2000 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg490517 jgi|Araly1|490517|fgenesh2_kg.6__3651__AT4G00490.1 2861 0.0 > Ahg490517 jgi|Araly1|490517|fgenesh2_kg.6__3651__AT4G00490.1 Length=1876 Score = 2861 bits (1549), Expect = 0.0 Identities = 1772/1876 (94%), Gaps = 29/1876 (2%) Strand=Plus/Plus Query 95 GTTTAGTGATGGCGATTAGGTTGAATCATAGTGTAATTCCAGTGAGCGTGAAGCTTGGAG 154 ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 18 GTTTAGTAATGGCGATTAGGTTGAATCATTGTGTAATTCCAGTGAGCGTGAAGCTTGGAG 77 Query 155 CTCCGACGAGAGTATCGGCTCGGAGCTCGTTACCGTTCAGCGTTGGAGATTGGCGTGGTG 214 ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 78 CTCCGGCGAGAGTATCAGCTCGGAGCTCGTTACCGTTTAGCGTTGGAGATTGGCGTGGTG 137 Query 215 TTTCTACATTTTCCGGTGCTAGGCC-T--TTGG-TTCTCGCGAAGGTGAAACTGAGAGCA 270 ||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||| || || ||||||| ||||||| Sbjct 138 TTTCTACATTTTCTGGTGCTAGGCCGTCGTTGGTTTCT-GCCAAAGTGAAACAGAGAGCA 196 Query 271 GAGAGTACTGAGGAAGATCGAGTTCCAATTGATGACGACGACGATTCTACTGATCAGCTC 330 |||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 197 GAGAGTACTGAGGAGGATCCAGTTCCAATTGAT---GACGACGATTCTACTGATCAGCTC 253 Query 331 GTTGATGAAGAAATTGTGCATTTCGAAGAGCGTGATTTTGCTGGCACAGCGTGTGTTCCT 390 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 254 GTTGATGAAGAAATTGTGCATTTTGAAGAGCGTGATTTTTCTGGCACAGCGCGTGTTCCC 313 Query 391 GTATATGTTATGCTACCACTGGGAGTGATTGATATGAACTCGGAAGTGGTGGAACCGGAG 450 |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| Sbjct 314 GTATATGTTATGCTACCATTGGGAGTCATTGATATGAACTCGCAAGTGGTTGAACCGGAA 373 Query 451 GAGCTTTTGGATCAGTTAAGAACTTTAAAGTCGGTTAATGTTGATGGTGTTATGGTTGAC 510 ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 374 GAGCTTTTGGATCAGTTAAGAACCTTGAAGTCGGTTAATGTTGATGGTGTTATGGTTGAC 433 Query 511 TGCTGGTGGGGAATTGTTGAGTCACATACACCACAGGTTTATAACTGGAGTGGTTACAAG 570 ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| Sbjct 434 TGCTGGTGGGGAATTGTCGAGGCTCATACACCACAGCTCTATAATTGGAGTGGTTACAAG 493 Query 571 AAACTTTTTCAGATGATTCGTGAGCTTGGACTTAAGATTCAGGTTGTTATGTCGTTTCAC 630 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| Sbjct 494 AAACTCTTTCAGATGATTCGTGAGCTTGGACTTAAGATACAGGTTGTTATGTCCTTCCAC 553 Query 631 GAATGTGGAGGCAATGTTGGAGATGATGTGCATATACAAATCCCTGAGTGGGTGAGAGAA 690 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 554 GAATGTGGAGGCAATGTTGGAGATGATGTGCATATACAAATCCCTGAGTGGGTTAGAGAA 613 Query 691 ATTGGTCAAAGCAATCCTGACATCTACTTCACTGACAGTGCTGGCAGGCGTAACACTGAA 750 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 614 GTTGGTCAAAGCAATCCTGACATATACTTCACTGACAGAGCAGGCAGGCGTAACACTGAA 673 Query 751 TGCCTTACTTGGGGAATTGACAAGCAACGTGTTTTAAGAGGACGGACTGCTCTTGAGGTT 810 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 674 TGCCTTACTTGGGGAATTGACAAGCAACGGGTTTTAAGAGGACGAACTGCTCTGGAGGTT 733 Query 811 TACTTTGATTACATGAGAAGCTTTCGTGTGGAATTTGATGAATTCTTTGAGGAGAAAATC 870 ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 734 TACTTTGATTACATGCGAAGCTTTCGGGTGGAATTTGATGAATTCTTTGAGGATAAAATC 793 Query 871 ATCCCTGAAATTGAAGTTGGACTAGGTCCATGTGGGGAGCTGAGGTATCCTTCATACCCT 930 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 794 ATCCCTGAAATTGAAGTTGGACTAGGTCCATGTGGGGAGCTGAGGTATCCTTCATACCCT 853 Query 931 GCACAATTTGGGTGGAAATACCCTGGTATTGGTGAATTCCAGTGTTATGATAAATATTTG 990 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 854 GCACAATTTGGGTGGAAATATCCTGGTATTGGTGAATTTCAGTGTTATGATAAATATTTG 913 Query 991 ATGAATAGCTTAAAGGAGGCTGCAGAAGTAAGAGGCCACAGCTTTTGGGGCAGAGGACCT 1050 ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 914 ATGAAGAGCCTAAAGGAGGCTGCAGAAGTAAGAGGCCACAGCTTTTGGGGCAGAGGACCT 973 Query 1051 GATAACACAGAGACTTATAATTCAACACCACATGGGACTGGATTTTTTCGCGATGGAGGC 1110 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 974 GATAACACAGAGACTTATAATTCAACACCACATGGGACCGGATTTTTTCGCGATGGAGGC 1033 Query 1111 GATTATGACAGCTACTATGGTAGATTCTTTCTTAATTGGTACTCAAGAGTTCTGATTGAC 1170 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1034 GATTATGACAGCTACTATGGTAGATTCTTTCTTAATTGGTACTCAAGAGTTCTGATTGAC 1093 Query 1171 CATGGTGATCGTGTTCTTGCTATGGCAAATTTGGCTTTCGAAGGAACTTGCATTGCTGCA 1230 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1094 CATGGTGATCGTGTTCTTGCTATGGCAAATTTGGCTTTCGAAGGAACTTGCATCGCTGCA 1153 Query 1231 AAGCTCTCAGGTATACACTGGTGGTATAAAACAGCTAGTCATGCTGCTGAACTCACTGCT 1290 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1154 AAGCTCTCAGGTATACACTGGTGGTATAAAACAGCTAGTCATGCTGCTGAACTCACTGCT 1213 Query 1291 GGCTTCTACAACTCCTCAAACCGTGATGGCTATGGTCCAATAGCTGCAATGTTTAAGAAA 1350 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1214 GGCTTCTACAACTCCTCAAACCGTGATGGCTATGGTCCAATAGCTGCAATGTTCAAGAAA 1273 Query 1351 CATGATGCTGCTCTCAACTTCACATGTGTGGAGTTACGGACACTTGATCAACATGAGGAT 1410 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1274 CATGATGCTGCTCTCAATTTCACATGTGTGGAGTTACGGACACTTGATCAACATGAGGAT 1333 Query 1411 TTCCCAGAGGCTCTGGCAGATCCAGAAGGTCTAGTTTGGCAGGTGCTGAATGCTGCTTGG 1470 || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1334 TTTCCAGAGGCTCTGGCAGATCCAGAAGGCCTAGTTTGGCAGGTGCTGAATGCTGCTTGG 1393 Query 1471 GATGCTAGTATACCTGTTGCTAGTGAAAATGCTCTTCCTTGTTATGACAGAGAAGGTTAC 1530 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1394 GATGCTAGTATACCTGTTGCTAGTGAAAATGCTCTTCCTTGTTATGATAGAGAAGGTTAC 1453 Query 1531 AACAAGATACTTGAAAACGCAAAGCCCCTTACCGATCCTGATGGTCGCCACCTTTCATGT 1590 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1454 AACAAGATACTTGAAAACGCAAAGCCCCTTACCGATCCTGATGGTCGCCACCTTTCATGT 1513 Query 1591 TTCACTTACCTGAGGCTTAACCCAACTCTGATGGAGTCTCAAAACTTCAAAGAGTTTGAG 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1514 TTCACTTACCTGAGGCTTAACCCAACTCTGATGGAGTCTCAAAACTTCAAAGAGTTTGAG 1573 Query 1651 AGATTCCTCAAACGAATGCATGGTGAAGCCGTTCCGGATCTTGGTTTGGCTCCAGGGACA 1710 |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1574 AGATTCGTCAAACGAATGCATGGTGAAGCCGTTCCTGATCTTGGTTTGGCTCCAGGGACA 1633 Query 1711 CAAGAGACCAACCCCGAGTGAATATATATAGT-CCTCCA------CCATGCTACTAAAAA 1763 |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| || ||||||||||||||| Sbjct 1634 CAAGAGACCAACCCCGAGTGAACATAT-TAGTACCTTCATTAGATCCATGCTACTAAAAA 1692 Query 1764 CACTTATTAGCGCCTGGTTACATATAATAAGAACGTCTTGGCTTGGGTTTACCAATTCAG 1823 |||| ||||| |||||||| || | ||||||||| ||||||||| |||||||||| || Sbjct 1693 CACTCATTAGTACCTGGTTA--TA-A-TAAGAACGTTTTGGCTTGGCTTTACCAATTAAG 1748 Query 1824 CATAGCTAAGTTGGAGGGAAT-CAAAACCAAGATTGTAAACTGAGCTTGTAAGTTGTAAG 1882 | |||| | |||| | ||| |||||||||||||||||| | ||||||||| || Sbjct 1749 CGTAGCCATGTTGAATA-AATTCAAAACCAAGATTGTAAAATTAGCTTGTAA-----AA- 1801 Query 1883 ATGAATAGTGTATAGAACAATATAAGTGGTATGTCCATTGATATTTCAGAAGAAATTGCT 1942 |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1802 -TGAACAGTGTATATAACAATATAAGTGTTATGTCCATTGATATTTCAGAAGAAATTGCT 1860 Query 1943 AGCAACATTACAGGCT 1958 |||||||||||||||| Sbjct 1861 AGCAACATTACAGGCT 1876 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 75190143630 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5