BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G01800.2
Length=3343
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490399 jgi|Araly1|490399|fgenesh2_kg.6__3533__AT4G01800.1 2780 0.0
> Ahg490399 jgi|Araly1|490399|fgenesh2_kg.6__3533__AT4G01800.1
Length=3221
Score = 2780 bits (1505), Expect = 0.0
Identities = 1628/1689 (96%), Gaps = 1/1689 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1615 GATGAGTCAGATGTGGTTTTCAAGGCAGTCAATGGCAAATGGCGGGCAGTAGTAGTGGAG 1674
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 GATGAGTCGGATGTAGTTTTCAAGGCAGTCAATGGTAAATGGCGGGCAGTAGTAGTGGAG 1488
Query 1675 ATCTCTAGAATGCACAAGACAGGTAGGGCTGTGCTAGTTGGCACAACCAGTGTCGAGCAG 1734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1489 ATCTCTAGAATGCACAAGACAGGTAGGGCTGTGCTAGTTGGTACAACCAGTGTCGAGCAG 1548
Query 1735 AGTGATGAACTATCGCAACTGTTGAGGGAAGCTGGAATAACTCATGAGGTCCTCAATGCC 1794
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 AGTGATGAACTATCGCAACTATTGCGGGAAGCTGGAATACCTCATGAGGTCCTCAATGCC 1608
Query 1795 AAGCCAGAAAATGTGGAGAGGGAAGCTGAAATTGTAGCACAAAGTGGCCGTTTAGGGGCA 1854
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1609 AAACCAGAAAATGTGGAGAGGGAAGCTGAAATTGTAGCACAAAGTGGCCGTTTAGGAGCA 1668
Query 1855 GTAACAATTGCCACAAATATGGCAGGGCGTGGGACAGACATAATTCTTGGTGGAAACGCA 1914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 GTAACAATTGCCACAAATATGGCAGGGCGTGGGACAGACATAATTCTTGGTGGAAACGCA 1728
Query 1915 GAGTTCATGGCACGTTTGAAGCTTCGTGAGATACTTATGCCCAGAGTGGTAAAGCCTACT 1974
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 GAGTTTATGGCACGTTTGAAGCTCCGTGAGATACTTATGCCCAGAGTGGTAAAGCCTACT 1788
Query 1975 GATGGTGTTTTTGTATCTGTGAAGAAGGCCCCTCCCAAGAGAACATGGAAGGTGAATGAG 2034
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1789 GATGGTGTTTTCGTATCTGTGAAGAAGGCCCCTCCCAAGAGAACATGGAAGGTGAACGAG 1848
Query 2035 AAGTTATTTCCATGCAAACTGTCAAATGAGAAAGCAAAGCTAGCTGAAGAAGCTGTACAA 2094
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 AAGTTATTTCCATGCAAATTGTCAAATGAGAAAGTAAAGCTAGCTGAAGAAGCTGTACAA 1908
Query 2095 TCAGCTGTAGAGGCTTGGGGCCAGAAATCGTTAACTGAGCTTGAAGCAGAGGAACGTTTA 2154
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1909 TCAGCTGTAGAGGCTTGGGGCCAGAAAGCTTTAACTGAGCTTGAAGCAGAGGAACGTCTA 1968
Query 2155 TCTTATTCTTGTGAAAAGGGTCCTGTCCAAGATGAAGTTATAGGTAAACTGAGGACTGCA 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |
Sbjct 1969 TCTTATTCTTGTGAAAAGGGTCCTGTCCAAGATGAAGTTATAGCTAAACTGAGGACCGGA 2028
Query 2215 TTTCTGGCGATAGCGAAAGAATATAAGGGCTACACTGATGAAGAAAGGAAGAAGGTGGTG 2274
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2029 TTTCTGGCGATAGCGAAAGAATATAAGGGCTACACTGATGAAGAAAGGAAGAAGGTTGTG 2088
Query 2275 GAAGCTGGTGGACTTCACGTGGTGGGGACAGAGCGGCATGAATCACGTCGAATAGACAAT 2334
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2089 GAAGCTGGTGGACTTCACGTTGTGGGGACAGAGCGGCATGAATCACGCCGAATAGACAAT 2148
Query 2335 CAGTTGCGTGGGCGAAGTGGCCGGCAAGGGGATCCTGGAAGTTCCCGATTCTTCCTTAGT 2394
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2149 CAGTTGCGTGGGCGAAGTGGTCGGCAGGGGGATCCTGGAAGTTCCCGGTTCTTCCTTAGT 2208
Query 2395 CTTGAAGATAACATATTCCGCATTTTTGGTGGAGATCGGATTCAGGGTATGATGAGGGCA 2454
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2209 CTTGAAGATAACATATTCCGCATTTTTGGTGGAGATCGGATTCAGGGTATGATGAGAGCA 2268
Query 2455 TTCAGGGTGGAAGATTTACCGATCGAATCCAAGATGCTTACTAAAGCTCTAGATGAAGCT 2514
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 TTCAGGGTGGAAGACTTACCGATCGAATCCAAGATGCTTACTAAAGCTCTAGATGAAGCT 2328
Query 2515 CAGAGAAAAGTTGAGAATTACTTCTTTGACATCAGAAAGCAATTATTCGAATTTGACGAG 2574
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2329 CAGAGAAAAGTTGAGAATTACTTCTTTGACATCAGAAAGCAACTATTCGAATTTGACGAG 2388
Query 2575 GTTCTCAATAGCCAAAGAGATCGTGTTTATACAGAGAGAAGGCGTGCTCTTGTGTCGGAC 2634
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2389 GTTCTCAATAGCCAAAGAGATCGTGTTTACACAGAGAGAAGGCGTGCTCTTGTGTCAGAC 2448
Query 2635 AGCCTTGAGCCTCTGATTATCGAGTATGCTGAATTGACAATGGATGACATTCTAGAGGCA 2694
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 AGCCTCGAGCCTCTGATTATCGAGTATGCTGAATTGACAATGGATGACATTCTAGAGGCA 2508
Query 2695 AATATTGGCCCAGATACTCCAAAGGAAAGCTGGGATTTTGAAAAGCTCATTGCGAAAGTT 2754
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 AATATTGGCCCAGAAACTCCAAAAGAAAGCTGGGATTTTGAAAAGCTCATTGCGAAAGTT 2568
Query 2755 CAGCAGTACTGTTACCTGTTGAACGATCTCACTCCCGATTTGCTGAAAAGCGAAGGATCA 2814
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2569 CAGCAGTACTGTTACCTGTTGAACGATCTCACTCCAGATTTGCTAAAAAGCCAAGGATCA 2628
Query 2815 AGTTATGAAGGGTTGCAAGATTATCTCCGTGCCCGTGGCCGCGATGCATACTTACAGAAA 2874
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2629 AGTTACGAAGGGTTGCAAGATTATCTACGTGCCCGTGGCCGCGAGGCATACTTACAGAAA 2688
Query 2875 AGAGAAATCGTGGAGAAACAATCACCAGGGCTAATGAAAGATGCCGAACGATTCTTAATC 2934
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2689 AGAGAAATTGTGGAGAAACAATCACCAGGGCTAATGAAAGATGCTGAACGATTCTTAATC 2748
Query 2935 TTGAGCAATATTGATAGGTTATGGAAAGAACACCTTCAAGCACTCAAGTTCGTGCAACAA 2994
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2749 TTGAGCAATATTGACCGGTTATGGAAAGAACACCTTCAAGCGCTCAAGTTTGTGCAACAA 2808
Query 2995 GCTGTGGGGCTCAGAGGATATGCGCAACGCGATCCACTCATCGAGTATAAGCTCGAAGGA 3054
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2809 GCTGTGGGGCTTAGAGGATATGCGCAACGCGATCCACTCATCGAGTATAAGCTTGAAGGA 2868
Query 3055 TACAATCTATTTCTGGAAATGATGGCTCAAATACGAAGAAATGTGATATACTCCATATAT 3114
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2869 TACAATCTATTTCTGGAAATGATGGCTCAAATACGAAGAAATGTTATATACTCCATATAT 2928
Query 3115 CAGTTTCAACCAGTGCGGGTAAAGAAGGACGAAGAGAAGAAGTCTCAGAACGGGAAACCG 3174
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2929 CAGTTTCAACCAGTGCGGGTAAAGAAGGACGATGATAAGAAATCTCAGAACGGGAAACCG 2988
Query 3175 AGCAAACAAGTAGATAATGCTAGTGAGAAGCCTAAACAAGTTGGTGTCACAGATGAGCCA 3234
||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2989 AGCAAACAAATGGATAATGTTAGTGAGAAGCCTAAACAAGTCGGTGTCACAGATGAGCCA 3048
Query 3235 TCCTCAATTGCAAGCGCCTAAGAGCGGTAAACGGTAAAATCTTTTTGGG-TACAAGAGCG 3293
||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 3049 TCCTCAATTGCCAGCGCCTAAGAGCAGTAAACGGTAAAATCTTTTTGGGATACTAGAGCG 3108
Query 3294 GGAATTCGT 3302
|||||||||
Sbjct 3109 GGAATTCGT 3117
Score = 1203 bits (651), Expect = 0.0
Identities = 718/751 (96%), Gaps = 2/751 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 130 ATGGTGTCTCCACTCTGCGACTCTCAGTTACTTTACCACCGCCCCTCGATCTCACCTACC 189
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1 ATGGTGTCTCCACTCTGCGACTCTCAGTTACTTAACCACCGACCCTCGATCTCACCCACA 60
Query 190 GCTTCTCAGTTCGTGATCGCGGATGGAATCATCCTCCGGCAAAATCGTCTTCTGAGCTCT 249
||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 61 GCTTCCCAGTTCGTGATCGCTGATGGAATCTTCCTCCGGCAGAATCGTCTTTTGAGCTCT 120
Query 250 TCGTCGTTTTGGGGCACCAAATTCGGAAACACCGTCAAGTTGGGAGTATCTGGATGTAGT 309
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 TCGTCGTTTTGGGGCACCAAATTCGGAAACACCGTGAAGTTGGGAGTATCCGGATGTAGT 180
Query 310 AGCTGCTCTCGGAAGAGAAGCACGAGTGTGAATGCTTCACTAGGTGGTCTTCTTAGCGGA 369
||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 181 AGCTGCTCTCGGAGGAGGACCACGAGTGTGAATGCTTCATTAGGTGGTCTTCTCAGCGGG 240
Query 370 ATTTTCAAGGGTTCTGATAACGGAGAGTCGACTAGGCAACAGTACGCATCCATCGTCGCA 429
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 241 ATTTTCAAGGGTTCTGATAACGGAGAGTCGACGAGGCAACAGTACGCATCAATCGTTGCC 300
Query 430 TCCGTTAATCGCTTGGAGACTGAGATTTCGGCTCTTTCGGATTCTGAGTTGCGA-GAGAG 488
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||
Sbjct 301 TCCGTCAATCGCTTGGAGACTGAGATTTCGGCTCTTTCGGATTCAGAGTTGCGAGGA-AG 359
Query 489 GACTGATGCGTTGAAGCAACGTGCTCAGAAAGGAGAATCCATGGATTCACTTTTACCTGA 548
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 AACTGATGCGTTGAAGCAACGGGCTCAGAAAGGAGAATCCATGGATTCACTTTTACCTGA 419
Query 549 AGCATTTGCTGTTGTGAGAGAAGCTTCCAAGAGAGTTCTTGGACTCAGACCTTTCGATGT 608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 420 AGCATTTGCTGTTGTGAGAGAAGCTTCCAAGAGAGTTCTTGGACTAAGACCTTTTGATGT 479
Query 609 GCAATTAATTGGTGGTATGGTTCTTCATAAAGGAGAAATAGCTGAAATGAGAACTGGTGA 668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GCAATTAATTGGTGGTATGGTTCTTCATAAAGGAGAAATAGCTGAAATGAGAACTGGTGA 539
Query 669 AGGGAAAACGCTTGTTGCTATTTTACCAGCTTATTTGAATGCATTAAGTGGGAAAGGTGT 728
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AGGGAAAACGCTTGTTGCTATTTTACCTGCTTATTTGAATGCATTAAGTGGGAAAGGTGT 599
Query 729 TCATGTGGTTACAGTTAATGATTATCTTGCTCGAAGAGATTGTGAATGGGTTGGTCAAGT 788
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCATGTGGTTACAGTCAATGATTATCTTGCTCGAAGAGATTGTGAATGGGTTGGTCAAGT 659
Query 789 TCCTCGGTTCCTTGGATTGAAGGTTGGTCTAATCCAACAGAATATGACACCTGAACAAAG 848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TCCTCGGTTCCTTGGATTGAAGGTTGGTCTAATCCAACAGAATATGACACCTGAACAAAG 719
Query 849 AAAGGAAAATTATTTATGCGATATCACATAT 879
||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 720 AAAGGAAAATTATTTATGCGACATCACTTAT 750
Score = 1050 bits (568), Expect = 0.0
Identities = 608/628 (97%), Gaps = 0/628 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 880 AGTGTTGAGGAGCTCGTCTTGAGGGATTTCAATTATTGTGTGATTGATGAAGTTGATTCC 939
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 802 AGTGTGGAGGAGCTCGTCTTGAGGGATTTCAATTATTGTGTAATTGATGAAGTTGATTCC 861
Query 940 ATACTTATTGATGAAGCAAGGACTCCTCTCATTATCTCTGGGCCTGCAGAGAAACCTAGT 999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 ATACTTATTGATGAAGCAAGGACTCCTCTCATTATCTCTGGGCCTGCAGAGAAACCTAGT 921
Query 1000 GACCAATATTACAAAGCTGCAAAGATTGCTTCAGCCTTTGAGCGGGATATACATTACACT 1059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 GACCAATATTACAAAGCTGCAAAGATTGCTTCAGCCTTTGAGCGGGATATACATTACACT 981
Query 1060 GTTGATGAAAAGCAGAAGACTGTTTTACTGACGGAACAGGGTTATGAGGATGCAGAAGAA 1119
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 GTTGATGAAAAGCAGAAGACTGTTTTACTAACAGAACAGGGTTATGAGGATGCAGAAGAA 1041
Query 1120 ATCCTGGACGTGAAAGATTTGTATGATCCCCGTGAACAGTGGGCATCATATGTTCTTAAT 1179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 ATCCTGGACGTGAAAGATTTGTATGATCCCCGTGAACAATGGGCATCATATGTTCTTAAT 1101
Query 1180 GCCATTAAGGCAAAAGAACTTTTTCTCAGAGATGTGAACTATATCATCCGAGCAAAGGAG 1239
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1102 GCCATTAAGGCAAAAGAACTTTTTCTCAGAGATGTTAACTATATCATCCGGGCAAAGGAG 1161
Query 1240 GTTCTTATCGTGGATGAGTTTACTGGTCGTGTAATGCAGGGAAGACGTTGGAGTGATGGA 1299
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1162 GTTCTTATCGTGGATGAGTTTACTGGCCGTGTAATGCAGGGAAGACGTTGGAGTGACGGA 1221
Query 1300 CTACATCAAGCTGTTGAAGCAAAAGAAGGCTTGCCTATTCAGAATGAATCTATTACTCTG 1359
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 1222 CTACATCAAGCAGTTGAAGCAAAAGAAGGCTTGCCTATTCAGAATGAATCCATTACTTTG 1281
Query 1360 GCGTCAATTAGTTATCAAAACTTCTTTCTGCAGTTTCCGAAACTTTGCGGGATGACGGGT 1419
|| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1282 GCATCAATTAGTTATCAAAATTTCTTTTTGCAGTTTCCGAAACTTTGCGGGATGACTGGT 1341
Query 1420 ACAGCATCGACCGAGAGTGCAGAATTTGAAAGCATATACAAGCTTAAAGTTACAATTGTA 1479
|| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1342 ACTGCATCCACCGAGAGTGCAGAATTTGAGAGCATATACAAGCTCAAAGTTACAATTGTA 1401
Query 1480 CCCACAAATAAGCCCATGATAAGAAAGG 1507
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1402 CCCACAAATAAGCCCATGATAAGAAAGG 1429
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126198912068
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5