BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G03020.1 Length=2007 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg943412 jgi|Araly1|943412|scaffold_603956.1 2556 0.0 > Ahg943412 jgi|Araly1|943412|scaffold_603956.1 Length=1525 Score = 2556 bits (1384), Expect = 0.0 Identities = 1479/1526 (97%), Gaps = 2/1526 (0%) Strand=Plus/Plus Query 199 TCAATGGTTGTTATCTGCTATAATGTTTTTTGGACCAAGTGAGTTTGATGCTGATGAAAT 258 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| Sbjct 1 TCAATGGTGGTTATCTGCTATAATGTTTTTTGGACCAAGTGAGATTGATACTGACGAAAT 60 Query 259 GGGTTATGCAATGAGTAGACTTGAGATAGAATCCGATCTATGTGATACTGGAAAAGACGT 318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 61 GGGTTATGCAATGAGTAGACTTGAGATAGAATCCGATCTATGTGATACTGGAAAAGACTT 120 Query 319 TTGTGGAGTTGGTAGTAGTAGTGGTAGTCACAGATCAAGTGAACATTTGGCTGATCTAGA 378 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 121 TTGTGGAGTTGGTAGTAGTAGTGCTAGTCACAGATCAAGTGAACATTTGGCTGATTTAGA 180 Query 379 CCATGAAATCAGCCAGGTTACTAAATTGAAATCTAGTCCTCATCAACGGTATAGCCGTGA 438 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 CCATGAAATCAGCCAGGTTACTAAATTGAAATCTAGTCCTCATCAACGGTATAGCCGTGA 240 Query 439 AGTCCCTGGGAGACATCAGTTACCTGTGTCTACTGTGAGGATGTTGGCAGGTCGAGAAAG 498 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 241 AGTCCCTGGGAGACATCAGTTACCTGTGTCTACTGTGAGGATGTTGGCTGGTCGAGAAAG 300 Query 499 TAATTTCTCTGGAAGAGGAAGGTTTTCAGCCGCTGATTGTTGCCATATGCTAAGCAGATA 558 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 301 TAATTTCTCTGGAAGAGGAAGGTTTTCTGCCGCTGATTGTTGCCATATGTTAAGCAGATA 360 Query 559 TTTGCCTACAAAAGGTCCTTGGCTTGTAGATCAAATGGACAGCCGAGCATATGTCTCTCA 618 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 TTTGCCTATAAAAGGTCCTTGGCTTGTAGATCAAATGGACAGCCGAGCATATGTCTCTCA 420 Query 619 GTTTTCAACTGATGGTTCTCTCTTTATTGCGGGGTTTCAGGGTAGCCGTATTCGGATTTA 678 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GTTTTCAACTGATGGTTCTCTCTTTATTGCGGGGTTTCAGGGTAGCCGTATTCGGATTTA 480 Query 679 CAATGTAGAGAAGGGTTGGAAAGTTCAAAAGGATATTCTTGCAAAAAGCTTGCGTTGGAC 738 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 481 CAATGTAGAGAAGGGCTGGAAAGTTCAAAAGGATATTCTTGCTAAAAGCTTGCGTTGGAC 540 Query 739 TGTTACTGATACTTCTCTATCCCCTGATCAGCGAAATCTGGTTTACGCAAGCATGTCACC 798 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 TGTTACTGATACTTCTCTATCCCCTAATCAGCGAAATCTGGTTTACGCAAGCATGTCACC 600 Query 799 TATTGTTCACATTGTTGATGTTGGATCCGGTTCAACCGAGTCTCATGCAAATGTTACGGA 858 |||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 TATTGTTCACATTGTTGATGTTGGGTCCGGTACAGCTGAGTCTCATGCAAATGTTACGGA 660 Query 859 GATCCATGATGGCTTAGACTTCTCTTCTGATGAAGATGGAGGGTACTCTTTTGGAATATT 918 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 GATCCATGATGGATTAGACTTCTCTTCTGATGAAGATGGAGGGTACTCTTTTGGAATATT 720 Query 919 CTCTGTGAAATTTTCAACAGATGGCCGAGA-AGTTGTTGCTGGGAGCAGTGATGATTCCA 977 |||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 CTCTGTGAAATTTTCAACCGATGGACGAGACA-TTGTTGCTGGGAGCAGTGATGATTCCA 779 Query 978 TTTATGTTTATGACCTTGAAGCAAATCGAGTTTCACTCCGGACTGTTGCACACACGTCTG 1037 | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 TCTATGTTTATGATCTCGAAGCAAATCGAGTTTCACTCCGGACTGTTGCACACACGTCTG 839 Query 1038 ATGTAAATACTGTGTGCTTTGCTGATGAAAGTGGGAACCTGATTTTATCTGGAAGTGATG 1097 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 ATGTAAATACTGTGTGCTTTGCTGATGAAAGTGGAAACCTGATTTTATCTGGAAGTGATG 899 Query 1098 ATAATCTCTGCAAAGTGTGGGATAGGCGTTGTTTCATTGGGAGAGATAAGCCAGCTGGTG 1157 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 ATAATCTCTGCAAGGTGTGGGATAGGCGTTGTTTCATTGGGAGAGATAAGCCAGCTGGTG 959 Query 1158 TTTTAGTGGGACACCTCGAAGGTGTTACCTTTATCGATAGCCGTGGAGATGGTCGCTATT 1217 ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 960 TTTTAGTGGGACATCTCGAGGGTGTTACTTTTATCGATAGCCGTGGTGATGGTCGCTATT 1019 Query 1218 TCATATCAAATGGTAAAGACCAAACTATCAAATTGTGGGATATCAGAAAAATGTCCTCAA 1277 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 TCATATCAAATGGTAAAGACCAAACTATCAAATTGTGGGATATCAGAAAAATGTCCTCAA 1079 Query 1278 GCGCACCTGCAAGGCATGAGGTGCTAAGAAACTATGAATGGGACTACAGATGGATGGATT 1337 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1080 GCGCACCTGCAAGGCATGAGGTGCTAAGAAACTATGAATGGGATTACAGATGGATGGATT 1139 Query 1338 ATCCTACTGAAGCAAGAGATCTAAAGCACCCACTCGATCAGTCAGTGTCGACATATAAAG 1397 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1140 ATCCTACTGAAGCAAGAGATCTAAAGCACCCACTCGATCAGTCAGTGTCAACATATAAAG 1199 Query 1398 GTCACTCAGTTTTGCGTACTCTCATCCGTTGTTACTTCTCTCCAGCGCATAGTACTGGCC 1457 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1200 GTCACTCAGTCTTGCGTACTCTCATCCGTTGTTACTTCTCTCCAGCACATAGTACTGGCC 1259 Query 1458 AAAAGTACATCTACACAGGATCGAACGACAGTTCCGTCTACATATACGACTTGGTAAGTG 1517 |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| Sbjct 1260 AAAAATACATCTACACAGGATCTAACGACAGTTCCGTCTACATATATGACCTGGTAAGTG 1319 Query 1518 GAGATAAAGTGGCAGTGCTAAAGCACCATAGCTCACCTGTAAGAGACTGTAATTGGCACC 1577 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 GAGATAAAGTGGCAGTGCTAAAGCACCATAGCTCACCTGTAAGAGACTGTAATTGGCACC 1379 Query 1578 CATATTACCCAACGCTTATAAGCTCTTCGTGGGACGGAGATCTTGTGAAGTGGGAATTTC 1637 | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1380 CGTATTACCCAACCCTTATAAGCTCTTCGTGGGACGGAGATCTTGTGAAATGGGAATTTC 1439 Query 1638 CGGGGAGCGGTGAGGCGCCGATTATGAGTAAGAAGAGGGTTCGAAGGAGACATTTCTACT 1697 | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 CAGGGAGCAGTGAGGCGCCGATTATGAGTAAGAAGAGGGTTCGAAGGAGACATTTCTACT 1499 Query 1698 ACTGATGCGTCTCTCTACACATACAT 1723 |||||||| |||||||||| |||||| Sbjct 1500 ACTGATGCATCTCTCTACAAATACAT 1525 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 75456775345 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5