BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G04955.1 Length=1809 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg490140 jgi|Araly1|490140|fgenesh2_kg.6__3274__AT4G04955.1 2543 0.0 > Ahg490140 jgi|Araly1|490140|fgenesh2_kg.6__3274__AT4G04955.1 Length=1620 Score = 2543 bits (1377), Expect = 0.0 Identities = 1544/1625 (95%), Gaps = 9/1625 (1%) Strand=Plus/Plus Query 16 AGAGATATGGAGAGAACTTTGCTTCAATGGAGACTATTGCCTCTTCTCGCACTCATCGTT 75 ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | Sbjct 1 AGAGAGATGGAGAGGACTTTGCTTCAATGGAGATTATTGCCTCTTCTCGCTCTCATCGCT 60 Query 76 GCTCTTTTCTCCTTCTTCTTCGCTTCTCCTCGCTCTTTACAGGGGAATAATAAGTGTAGT 135 |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 61 GCTCTTTTCTCCATATTCTTCGCTTCTCCTCGCTCTTTACAGGGGAATAATAGGTGTAGT 120 Query 136 CTTCTTCCTCATGATCATTACTGGATCTCAAGTAAACGCATCGTCACACCTAATGGTCTC 195 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 121 CTTCTTCCTCATGATCATTACTGGATCTCAAGTAAACGCATCGTCACACCTGATGGTCTC 180 Query 196 ATCTCTGGTTCTGTGGAGGTGAAGGGAGGAATTATTGTGTCGGTGGTGAAGGAAGTTGAT 255 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 ATCTCTGGTTCTGTGGAGGTGAAGGGAGGAATTATTGTGTCGGTGGTGAAGGAAGTTGAT 240 Query 256 TGGCATAAGAGTCAAAGGAGTCGAGTGAAAGTGATTGATTATGGAGAAGCTGTCCTCATG 315 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| Sbjct 241 TGGCATAAGAGCCAAAGGAGTCGAGTGAAAGTGATTGACTATGGAGAAGCTGTCATCATG 300 Query 316 CCTGGTCTCATTGATGTGCATGTTCATCTTGATGATCCTGGAAGAAGTGAATGGGAAGG- 374 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 CCTGGTCTCATTGATGTGCATGTTCATCTTGATGATCCTGGAAGAAGTGAATGGGAAGGG 360 Query 375 TTTTCCTTCTGGAACTAAGGCTGCTGCTGCTGGGGGAATAACTACATTGGTTGACATGCC 434 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 361 TTTTC-TTCTGGAACTAAGGCTGCTGCTGCTGGGGGAATAACCACATTGGTTGACATGCC 419 Query 435 CTTAAACAGTTTCCCTTCAACTGTATCTCCTGAAACTTTGAAACTCAAGATTGAAGCTGC 494 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 CTTAAACAGTTTCCCTTCAACTGTATTTCCTGAAACTTTGAAACTCAAGATTGAAGCTGC 479 Query 495 GAAAAACAGAATACATGTTGATGTTGGGTTCTGGGGAGGTCTGGTACCTGACAATGCACT 554 | ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 480 GGAAAACAGAATACATGTTGATGTTGGTTTTTGGGGAGGTCTGGTGCCTGATAATGCACT 539 Query 555 CAACTCAAGTGCTCTTGAGTCTCTCTTAGATGCTGGAGTTCTTGGTCTCAAGTCCTTTAT 614 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 CAACTCAAGTGCTCTTGAGTCTCTCTTAGATGCTGGAGTTCTTGGTCTCAAGTCCTTTAT 599 Query 615 GTGCCCTTCAGGAATCAACGATTTTCCAATGACAAACATCACTCATATAAAGGAAGGACT 674 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 600 GTGTCCTTCAGGAATCAACGATTTTCCAATGACAAACATAACTCATATAAAGGAAGGACT 659 Query 675 ATCTGTATTAGCTAAATACAAACGACCATTGCTTGTACACGCAGAGATCGAGAGAGACTT 734 |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | || | |||||| Sbjct 660 ATCTGTATTAGCTAAATATAGACGACCATTGCTTGTACACGCAGAGGTTGAAAAAGACTT 719 Query 735 AGAGATTGAAGATGGTAGTGAAAATGATCCTCGTTCTTATCTGACTTATTTAAAAACCAG 794 ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 720 AGAGATTGAAGATGGCAATGACAATGATCCTCGTTCTTATCTTACTTATTTAAAAACCAG 779 Query 795 GCCTACTTCATGGGAGGAGGGAGCAATCAGAAACCTATTATCGGTTACTGAAAACACAAG 854 || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 ACCAACTTCATGGGAGGAGGGAGCAATCCGAAACTTATTATCGGTTACTGAAAACACAAG 839 Query 855 AATTGGTGGTTCTGCAGAAGGAGCTCATCTTCATATTGTACATTTATCTGATGCCAGTTC 914 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 GATTGGTGGTTCTGCAGAAGGAGCTCATGTTCATATTGTACATTTATCTGATGCCAGTTC 899 Query 915 TTCCTTGGATTTGATAAAGGAAGCAAAAGGCAAAGGAGACAGTGTTACTGTTGAAACATG 974 |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 TTCCTTGGATTTGATAAAGGAAGCCAAAGGTAAAGGAGACAGTGTTACTGTTGAAACATG 959 Query 975 TCCACATTACCTAGCTTTCTCAGCCGAAGAGATTCCAGAAGGTGATACTCGTTTCAAATG 1034 || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 CCCGCATTACCTGGCTTTCTCAGCCGAAGAGATTCCAGAAGGTGATACTCGTTTCAAATG 1019 Query 1035 CTCCCCTCCTATACGTGATGCGGCAAATAGAGAAAAATTGTGGGAAGCTTTGATGGAAGG 1094 |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 1020 CTCCCCACCTATACGTGATGCAGCAAATAGAGAAAAGTTGTGGGAAGCTATGATGGAAGG 1079 Query 1095 AGACATTGATATGCTGAGCTCTGATCATTCACCTACAAAGCCTGAACTCAAACTTATGAG 1154 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1080 AGACATTGATATGCTGAGCTCTGATCATTCACCTACAAAGCCTGAACTCAAACTTCTGAG 1139 Query 1155 TGATGGCAACTTCTTGAAAGCTTGGGGTGGGATATCTTCTTTACAGTTTGTTCTTCCTAT 1214 |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || Sbjct 1140 TGATGGTAACTTCTTGAAAGCATGGGGTGGGATATCATCTTTACAGTTTGTTCTTCCAAT 1199 Query 1215 CACATGGTCTTATGGAAAAAAGTATGGAGTAACGCTCGAGCAGGTAACTTCTTGGTGGAG 1274 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 1200 CACATGGTCTTATGGAAAAAAGTATGGAGTGACGCTCGAGAAGGTAGCTTCTTGGTGGAG 1259 Query 1275 TGATAGGCCTTCCAAACTCGCTGGACTACACTCTAAGGGAGCGGTTACGGTTGGAAAACA 1334 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1260 TGATAGGCCTTCTAAACTCGCTGGACTACACTCTAAGGGAGCGATTACGGTTGGAAAACA 1319 Query 1335 CGCAGATCTTGTTGTGTGGGAACCTGAAGCCGAATTTGATGTAGATGAAGATCATCCAAT 1394 ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 1320 CGCAGATTTTGTTGTTTGGGAACCTGAAGCCGAATTTGATCTCGATGAAGATCATCCAAT 1379 Query 1395 TCACTTCAAACACCCTAGTATCTCAGCTTATTTGGGAAGAAGATTATCAGGCAAAGTGGT 1454 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1380 TCACTTCAAACACCCCAGTATCTCAGCTTATTTGGGAAGAAGATTATCAGGCAGAGTGGT 1439 Query 1455 TTCGACATTTGTGAGAGGGAACTTGGTTTTTGGAGAAGGCAAGCATGCTTCTGATGCTTG 1514 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1440 TTCGACATTTGTGAGAGGGAACTTGGTCTTTGGAGAAGGCAAGCATGCTTATGATGCTTG 1499 Query 1515 CGGGTCTCTGCAACTTGCAACTACTTAA-CTTAAAAAGGGATTTAAAAGATCTTGATCTG 1573 ||| |||||||||||||| ||| | || || |||||||||||||||||||||| ||| | Sbjct 1500 CGGATCTCTGCAACTTGCGACT--TGAAACT-AAAAAGGGATTTAAAAGATCTTAATCGG 1556 Query 1574 CACCATT-TAAACAAATGTAAATATGCGATTAA-GAGTTGCTCTCATGTTGCAAGATGGT 1631 ||||||| ||| |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1557 CACCATTGTAA-CAAATGTAAATAGGTGATTAAAGAGTTGCTCTCATGTTGCTAGATGGT 1615 Query 1632 TGATG 1636 ||||| Sbjct 1616 TGATG 1620 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 67914906835 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5