BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G08920.1
Length=2551
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg327070 jgi|Araly1|327070|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002290 3417 0.0
> Ahg327070 jgi|Araly1|327070|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002290
Length=2073
Score = 3417 bits (1850), Expect = 0.0
Identities = 1980/2045 (97%), Gaps = 0/2045 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 158 ATGTCTGGTTCTGTATCTGGTTGTGGTTCTGGTGGTTGTAGTATTGTATGGTTTAGAAGA 217
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCTGGTTCTGTTTCTGGTTGTGGTTCTGGTGGTTGTAGTATTGTATGGTTTAGAAGA 60
Query 218 GATCTTAGGGTTGAAGATAATCCAGCTTTAGCAGCAGCAGTAAGAGCTGGTCCAGTGATT 277
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GATCTTAGGGTTGAAGATAATCCAGCTTTAGCTGCAGCAGTAAGAGCTGGTCCAGTGATT 120
Query 278 GCTCTGTTTGTTTGGGCACCAGAAGAAGAAGGACACTATCATCCAGGTAGGGTTTCTAGG 337
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTCTGTTTGTATGGGCACCAGAAGAAGAAGGACACTATCATCCAGGTAGGGTTTCTAGG 180
Query 338 TGGTGGCTCAAGAACAGTTTGGCTCAGCTTGATTCTTCTCTTAGAAGTCTTGGTACTTGT 397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGGTGGCTCAAGAACAGTTTGGCTCAGCTTGATTCTTCTCTTAGAAGTCTTGGTACTTGT 240
Query 398 CTTATCACCAAGAGATCTACTGATAGTGTTGCTTCTCTTCTTGATGTTGTTAAATCCACT 457
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTCATCACCAAGAGATCTACTGATAGTGTTGCTTCTCTTCTTGATGTTGTTAAATCCACT 300
Query 458 GGTGCTTCTCAGATCTTCTTCAACCATTTGTATGATCCATTGTCTTTGGTGCGTGATCAC 517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGTGCTTCTCAGATCTTCTTCAACCATTTGTATGATCCATTGTCTTTGGTGCGTGATCAC 360
Query 518 CGAGCTAAAGATGTTTTGACGGCGCAAGGCATAGCGGTTCGATCATTCAACGCAGACTTG 577
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 CGTGCTAAAGATGTTTTGACGGCACAAGGCATAGCGGTTCGATCATTCAACGCAGATTTG 420
Query 578 CTTTATGAGCCATGGGAAGTGACTGATGAATTAGGCCGTCCTTTCTCTATGTTTGCTGCG 637
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CTTTATGAGCCGTGGGAAGTGACTGATGAATTAGGCCGTCCTTTCTCTATGTTTGCTGCG 480
Query 638 TTTTGGGAGAGATGTCTTAGTATGCCTTATGACCCTGAGTCTCCTCTTCTTCCACCTAAG 697
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTTTGGGAAAGATGTCTTAGTATGCCTTATGACCCTGAGTCTCCTCTTCTTCCACCTAAG 540
Query 698 AAGATCATTTCAGGGGATGTGTCTAAATGTGTTGCGGATCCATTGGTGTTTGAGGATGAC 757
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 541 AAGATCATTTCAGGGGATGTGTCTAAGTGTGTTTCGGATCCATTGGTCTTTGAAGATGAA 600
Query 758 TCTGAGAAAGGAAGCAATGCACTTCTGGCTCGTGCTTGGTCTCCTGGATGGAGTAATGGT 817
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 601 TCAGAGAAAGGAAGTAATGCACTTCTGGCTCGTGCTTGGTCTCCGGGATGGAGTAATGCT 660
Query 818 GATAAAGCTCTCACAACGTTTATAAACGGTCCATTGCTTGAATACTCTAAGAACCGCAGA 877
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GATAAAGCTCTCACAACGTTCATAAACGGACCATTGATTGAATACTCTAAGAACCGCAGG 720
Query 878 AAAGCCGATAGTGCTACAACCTCGTTTCTTTCTCCACACTTGCATTTTGGGGAAGTGAGT 937
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAAGCTGATAGTGCCACAACCTCGTTTCTTTCTCCACACTTGCATTTTGGGGAAGTGAGT 780
Query 938 GTGAGAAAAGTTTTTCATCTTGTTCGGATCAAACAGGTCGCGTGGGCAAACGAAGGAAAC 997
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GTGAGAAAAGTTTTCCATCTTGTTCGGATCAAGCAGGTCGCGTGGGCAAACGAAGGAAAC 840
Query 998 GAGGCCGGGGAAGAAAGCGTGAATCTTTTCCTGAAATCTATTGGTCTCAGGGAGTATTCT 1057
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 841 GAGGCTGGGGAAGAAAGTGTGAATCTTTTCCTGAAATCGATTGGTCTGAGGGAGTATTCT 900
Query 1058 AGGTACATAAGTTTTAACCATCCATATTCCCATGAAAGACCACTTCTTGGCCATCTAAAG 1117
|| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 901 AGATATATAAGTTTTAACCATCCATACTCCCATGAAAGACCGCTTCTTGGCCATCTAAAG 960
Query 1118 TTCTTCCCTTGGGCTGTGGATGAGAACTATTTCAAGGCATGGAGGCAAGGCCGGACTGGA 1177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 961 TTCTTCCCTTGGGCTGTGGATGAGAACTATTTCAAGGCATGGAGACAAGGCCGGACTGGA 1020
Query 1178 TATCCGTTGGTCGATGCCGGGATGAGAGAGTTATGGGCTACTGGTTGGTTGCATGATCGC 1237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1021 TATCCGTTGGTCGATGCCGGGATGAGAGAGTTATGGGCTACTGGTTGGTTGCACGATCGC 1080
Query 1238 ATAAGAGTAGTTGTTTCAAGCTTCTTTGTTAAAGTGCTTCAATTACCATGGAGATGGGGG 1297
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1081 ATAAGAGTAGTTGTTTCAAGCTTCTTTGTTAAAGTGCTTCAATTGCCATGGCGATGGGGG 1140
Query 1298 ATGAAGTATTTCTGGGACACACTTCTTGATGCGGATTTAGAAAGCGATGCTCTTGGTTGG 1357
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1141 ATGAAGTATTTCTGGGACACCCTTATTGATGCGGATTTAGAAAGTGATGCTCTTGGTTGG 1200
Query 1358 CAATACATTACCGGTACTCTCCCGGATAGCCGGGAGTTTGATCGCATAGATAACCCTCAG 1417
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1201 CAATACATTACTGGTACTCTCCCGGATAGCCGAGAGTTTGATCGCATAGATAATCCTCAG 1260
Query 1418 TTTGAAGGGTACAAGTTTGATCCAAATGGTGAATACGTAAGGCGATGGCTTCCTGAACTC 1477
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1261 TTTGAAGGGTACAAGTTTGACCCAAATGGGGAATACGTAAGGCGATGGCTTCCAGAACTC 1320
Query 1478 TCTAGACTCCCGACAGACTGGATACATCATCCGTGGAACGCACCTGAGTCCGTTCTTCAA 1537
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1321 TCTAGACTCCCCACAGACTGGATACATCATCCGTGGAACGCACCTGAGTCTGTTCTTCAA 1380
Query 1538 GCTGCTGGTATCGAGCTTGGATCAAACTATCCTCTACCAATTGTAGGATTAGACGAAGCA 1597
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1381 GCTGCTGGTATCGAGCTTGGATCAAACTATCCTCGACCAATTGTAGGATTAGATGAAGCA 1440
Query 1598 AAAGCACGGCTTCATGAAGCGCTTTCACAGATGTGGCAACTAGAAGCTGCTTCAAGAGCT 1657
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AAAGCACGGCTTCATGAAGCGCTTTCACAGATGTGGCAACTAGAAGCTGCTTCAAGAGCA 1500
Query 1658 GCAATAGAGAACGGATCCGAAGAAGGACTTGGAGATTCTGCTGAGGTAGAGGAAGCTCCT 1717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1501 GCAATAGAGAACGGATCCGAAGAAGGACTTGGAGATTCTGCTGAGGTGGAAGAAGCTCCT 1560
Query 1718 ATAGAGTTCCCAAGGGACATTACAATGGAAGAGACTGAACCAACCAGACTCAACCCAAAC 1777
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 ATAGAGTTCCCAAGGGACATCACAATGGAAGAGACTGAACCAACCAGACTCAACCCAAAC 1620
Query 1778 AGGAGATATGAGGATCAGATGGTTCCAAGCATTACTTCTTCTTTGATCAGACCTGAAGAA 1837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AGGAGATATGAGGATCAGATGGTTCCAAGCATTACTTCTTCTTTGATCAGACCTGAAGAA 1680
Query 1838 GACGAAGAGTCGTCTCTTAATTTGAGAAATTCAGTAGGAGATAGCAGAGCAGAGGTTCCA 1897
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GACGAAGAGTCGTCTCTGAATTTGAGAAATTCAGTAGGAGATAGCAGAGCAGAGGTTCCG 1740
Query 1898 AGGAACATGGTTAACACCAACCAAGCTCAGCAGCGGAGAGCAGAACCGGCTTCAAACCAA 1957
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AGGAACATGGTCAACACCAACCAAGCTCAGCAGCGGAGAGCAGAACCGGCTTCAAACCAA 1800
Query 1958 GTCACTGCTATGATTCCAGAATTTAATATCAGAATTGTTGCAGAGAGCACTGAAGACTCA 2017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GTCACTGCTATGATTCCAGAATTTAATATCAGAATTGTTGCAGAGAGCACTGAAGACTCA 1860
Query 2018 ACAGCGGAATCTTCCAGCAGCGGAAGGAGAGAAAGAAGCGGAGGCATAGTCCCCGAGTGG 2077
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 ACAGCGGAATCTTCCAGCAGCGGAAGAAGAGAGAGAAGCGGAGGCATAGTCCCCGAGTGG 1920
Query 2078 TCTCCAGGGTACTCAGAGCAGTTCCCTAGTGAAGAAAATGGTATTGGAGGAGGAAGTACA 2137
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1921 TCTCCTGGGTACTCAGAACAGTTCCCTAGTGAAGAAAATGGGATTGGAGGAGGAAGTACA 1980
Query 2138 ACGTCTAGCTACTTGCAGAATCACCATGAAATACTGAACTGGAGACGGCTTTCACAAACC 2197
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 ACATCTAGCTACTTGCAGAATCACCACGAAATACTGAACTGGAGACGGCTTTCACAAACC 2040
Query 2198 GGGTA 2202
|||||
Sbjct 2041 GGGTA 2045
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96177868625
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5