BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G10120.1 Length=3457 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg489859 jgi|Araly1|489859|fgenesh2_kg.6__2993__AT4G10120.2 5419 0.0 > Ahg489859 jgi|Araly1|489859|fgenesh2_kg.6__2993__AT4G10120.2 Length=3443 Score = 5419 bits (2934), Expect = 0.0 Identities = 3267/3428 (95%), Gaps = 22/3428 (1%) Strand=Plus/Plus Query 34 TAAAGAGAAAAAGGAGGGACCTTTTGTATGAGATTATAAAAT-GCAAAGCTAAGTTGATA 92 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 23 TAAAAAGAAAAAGGAGGGACCTTTTGTATGAGATTATAAAATGGCAAAGCTAAGTTGATA 82 Query 93 TACAAAACTAGG-C-CTCTCTTCCACCCT-ATAGCTGA--AGGAG-ATTC-GTGCAACAA 145 |||||||||||| | |||||||| ||||| | || || |||| ||| ||||||||| Sbjct 83 TACAAAACTAGGCCTCTCTCTTCTACCCTGA-AGGAGATTCGGAGTTTTCAGTGCAACAA 141 Query 146 TCAGAGAGATGGCAAGAAATGATTGGATAAACAGTTACCTGGAAGCTATTCTTGATGTTG 205 ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 142 TCAGAGAGATGGCGAGAAATGATTGGATCAACAGTTACCTGGAAGCTATTCTTGATGTTG 201 Query 206 GAACTAGCAAGAAAAAGAGGTTTGAGAGCAACTCCAAGATCGTCCAGAAGCTTGGAGATA 265 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 202 GAACTAGCAACAAAAAGAGGTTTGAGAGCAACTCCAAGATCGTCCAGAAGCTTGGAGATA 261 Query 266 TCAACAGTAAGGATCATCAGGAGAAGGTGTTTGGAGATATGAATGGGAAGG---ATCATC 322 | || || || ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||| |||||| Sbjct 262 TGAATAGGAATAATCATCAAGACAAGGTGTTTGGAGATATGAATAGCAAGGATCATCATC 321 Query 323 AAGAGAAGGTGTTTAGTCCCATCAAATACTTTGTGGAAGAGGTCGTCAACAGTTTCGATG 382 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 322 AAGAAAAGGTGTTTAGTCCCATCAAATACTTTGTTGAAGAGGTTGTCAACAGTTTCGATG 381 Query 383 AGTCTGACCTGTATAAAACATGGATTAAGGTGATAGCAACAAGGAATACTCGTGAACGCA 442 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 382 AGTCTGACCTGTATAAAACATGGATTAAGGTGATAGCAACAAGGAATACTCGTGAACGCA 441 Query 443 GTAACAGGCTTGAGAATATATGCTGGCGCATTTGGCATCTCGCACGCAAGAAAAAGCAGA 502 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 442 GTAACAGGCTTGAGAATATATGCTGGCGTATTTGGCATCTCGCACGCAAGAAAAAGCAGA 501 Query 503 TTGTGTGGGATGACGGGGTTAGACTTTCCAAACGAAGAATTGAACGTGAACAAGGTCGCA 562 ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 502 TTGTGTGGGATGACGGGATTAGACTTTCCAAACGGAGAATCGAACGTGAACAAGGCCGCA 561 Query 563 ATGATGCAGAAGAGGATCTTCTTTCTGAGCTTTCTGAAGGAGAGAAGGATAAGAATGATG 622 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | Sbjct 562 ATGATGCGGAAGAGGATCTTCTTTCTGAGCTTTCTGAAGGAGAAAAGGAGAAGAATGACG 621 Query 623 GAGAGAAGGAGAAGAGTGAAGTTGTTACAACTCTCGAACCACCTCGAGATCACATGCCCC 682 ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 622 GAGAGAAAGAGAAGAATGAAGTTGTTACAACTCTCGAACCACCCCGAGATCACATGCCCC 681 Query 683 GTATCCGCTCTGAAATGCAAATTTGGTCAGAAGATGATAAATCAAGTCGAAACCTTTACA 742 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | Sbjct 682 GTATCCGCTCTGAAATGCAAATTTGGTCAGAAGATGATAAATCAAGTCAAAACCTTTATA 741 Query 743 TTGTCTTAATCAGCATGCATGGACTCGTGCGTGGAGAAAACATGGAGCTTGGAAGAGACT 802 ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 742 TTGTCCTAATCAGTATGCATGGACTCGTGCGTGGAGAAAACATGGAGCTTGGAAGAGACT 801 Query 803 CTGATACTGGTGGGCAGGTGAAATATGTTGTTGAGCTTGCTCGTGCGTTGGCCAACACTG 862 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 802 CTGATACTGGTGGACAGGTGAAATATGTTGTTGAGCTTGCTCGTGCCTTGGCCAACACTG 861 Query 863 AAGGTGTCCACAGGGTCGATCTCTTAACACGGCAGATCAGTTCACCAGAGGTTGACTACA 922 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 862 AAGGAGTCCACAGGGTCGATCTCTTAACACGGCAGATCAGTTCACCAGAGGTTGACTACA 921 Query 923 GCTACGGCGAGCCAGTTGAGATGTTATCATGCCCTCCAGAAGGTAGCGACAGCTGTGGCT 982 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 922 GCTACGGCGAGCCAGTTGAGATGTTATCATGCCCTCCAGAAGGTAGCGACAGCTGTGGCT 981 Query 983 CCTACATTATCCGCATCCCCTGTGGTTCTCGGGACAAGTACATACCAAAGGAGTCACTCT 1042 |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 982 CCTACATTATTCGCATCCCCTGCGGTTCTCGGGACAAGTACATACCAAAGGAGTCACTCT 1041 Query 1043 GGCCCCATATTCCCGAGTTTGTTGACGGGGCGCTAAATCACATAGTGAGCATAGCAAGGT 1102 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1042 GGCCCCATATTCCCGAGTTTGTTGATGGGGCGCTAAATCACATAGTGAGCATAGCAAGAT 1101 Query 1103 CGCTAGGAGAGCAAGTGAATGGAGGGAAACCAATATGGCCTTATGTAATTCATGGCCACT 1162 | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1102 CTCTGGGAGAGCAAGTGAATGGAGGGAAACCAATCTGGCCTTATGTAATTCATGGCCACT 1161 Query 1163 ATGCTGATGCAGGAGAAGTAGCTGCACATTTGGCAGGAGCGTTAAATGTGCCAATGGTTC 1222 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1162 ATGCTGATGCAGGAGAAGTAGCTGCACATTTGGCAGGAGCGTTAAATGTGCCAATGGTGC 1221 Query 1223 TAACTGGTCACTCTTTGGGAAGGAATAAGTTTGAGCAGTTGCTTCAACAAGGGAGAATTA 1282 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1222 TAACTGGTCATTCTTTGGGAAGGAATAAGTTTGAGCAGTTGCTTCAACAAGGGAGAATTA 1281 Query 1283 CCAGAGAGGATATTGACAGAACATATAAGATCATGAGGAGAATAGAAGCTGAAGAACAGA 1342 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1282 CCAGAGAGGATATTGACAGAACATATAAGATCATGAGGAGGATAGAAGCTGAAGAACAGA 1341 Query 1343 GCCTAGATGCAGCGGAGATGGTGGTGACAAGCACACGACAAGAGATTGACGCGCAGTGGG 1402 |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1342 GCCTTGATGCAGCCGAGATGGTGGTGACAAGCACACGACAAGAGATTGAGGCGCAGTGGG 1401 Query 1403 GGCTGTATGATGGTTTTGATATCAAGCTGGAGAGGAAGCTCAGGGTTAGAAGACGGCGTG 1462 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1402 GGCTGTATGATGGTTTTGATATCAAGCTGGAGAGGAAGCTCAGGGTTAGACGACGGCGTG 1461 Query 1463 GAGTCAGCTGCCTTGGTAGATACATGCCACGAATGGTGGTTATACCCCCAGGCATGGATT 1522 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1462 GAGTCAGCTGCCTTGGCCGATACATGCCACGAATGGTGGTTATACCGCCAGGCATGGATT 1521 Query 1523 TCAGCTATGTCTTGACACAAGATTCACAGGAACCCGATGGTGATCTTAAGTCGCTAATTG 1582 ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1522 TCAGCTACGTCTTGACACAGGATTCACAGGTACCTGATGGTGATCTTAAGTCACTAATTG 1581 Query 1583 GCCCTGACCGAAACCAGATAAAAAAGCCTGTGCCTCCAATATGGTCCGAGATAATGAGAT 1642 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| Sbjct 1582 GCCCTGACCGAAACCAGATAAAAAAGCCTGTGCCTCCAATATGGTCTGAGATAATGCGAT 1641 Query 1643 TTTTCTCAAATCCTCATAAACCAACCATACTTGCGCTGTCTCGTCCTGACCACAAGAAAA 1702 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1642 TTTTCTCAAATCCTCATAAACCAACAATACTTGCGCTGTCTCGTCCTGACCACAAGAAAA 1701 Query 1703 ATGTCACCACATTGGTCAAAGCTTTTGGTGAATGTCAGCCTCTTCGAGAACTAGCCAACC 1762 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1702 ATGTCACCACATTGGTCAAAGCTTTTGGTGAATGTCAGCCTCTTCGAGAACTAGCCAACC 1761 Query 1763 TGGTACTTATACTAGGTAACCGAGATGACATCGAAGAGATGCCTAATAGCAGCTCAGTTG 1822 ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1762 TGGTACTTATATTAGGTAACAGAGATGACATCGAAGAGATGCCTAATAGCAGCTCAGTTG 1821 Query 1823 TTCTCATGAATGTACTAAAGCTGATAGACCAGTACGACTTGTACGGCCAAGTAGCTTATC 1882 |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1822 TTCTCATGAACGTACTAAAGCTGATAGACCAGTATGACTTGTACGGCCAAGTAGCTTATC 1881 Query 1883 CAAAGCATCATAAACAATCTGAAGTTCCAGATATTTACCGCTTAGCAGCCAAAACTAAGG 1942 | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| Sbjct 1882 CCAAGCATCACAAACAATCTGAAGTTCCAGATATTTATCGTTTAGCAGCCAAAACAAAGG 1941 Query 1943 GGGTTTTCATCAATCCAGCTCTGGTGGAGCCGTTTGGTCTCACGCTCATTGAGGCAGCTG 2002 |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1942 GGGTCTTCATTAATCCAGCTCTTGTGGAGCCGTTTGGTCTCACGCTCATTGAGGCAGCTG 2001 Query 2003 CTTATGGTCTGCCCATTGTTGCCACCAGAAATGGAGGGCCTGTTGATATTGTGAAGGCAC 2062 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2002 CTTATGGTCTGCCCATTGTTGCCACCAGAAATGGAGGGCCTGTTGATATCGTGAAGGCAC 2061 Query 2063 TAAATAATGGTCTCCTAGTCGACCCCCATGACCAACAAGCCATTTCTGATGCCCTTCTAA 2122 |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||| Sbjct 2062 TAAATAATGGTCTCCTAGTCGACCCCTATGATCAACAAGCTATTTCTGCTGCCCTTCTAA 2121 Query 2123 AGCTAGTTGCTAACAAACATCTCTGGGCTGAGTGTAGAAAAAACGGACTCAAGAACATCC 2182 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2122 AGCTAGTTGCTAACAAACATCTCTGGGCTGAGTGTAGAAAAAACGGACTCAAGAACATCC 2181 Query 2183 ACCGTTTTTCATGGCCAGAGCACTGCCGTAACTACCTATCCCATGTCGAACATTGCAGAA 2242 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2182 ACCGTTTTTCATGGCCAGAGCACTGCCGTAACTATCTATCCCATGTCGAACACTGCAGAA 2241 Query 2243 ACCGTCACCCTACCAGTAGTCTCGACATCATGAAAGTTCCAGAAGAGCTCACAAGTGATT 2302 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2242 ACCGTCACCCCACCAGTAGTCTCGACATCATGAAAGTTCCAGAAGAGCTCACAAGTGATT 2301 Query 2303 CTCTAC-GAGATGTCGATGACATATCTTTGAGATTCTCCACAGAAGGAGATTTCACTCTC 2361 ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2302 CTCTAATG-GATGTCGACGACATATCTTTGAGATTCTCCACAGAAGGAGATTTCACGCTC 2360 Query 2362 AACGGAGAACTAGATGCAGGTACCAGACAGAAGAAACTAGTCGATGCCATAAGTCAAATG 2421 ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| Sbjct 2361 AACGGGGAACTAGATGCAGGTACTAGACAGAGGAAACTAGTTGATGCTATAAGTCAAATG 2420 Query 2422 AATTCAATGAAAGGTTGCTCAGCTGCTATCTACAGCCCTGGTAGAAGGCAGATGCTCTTT 2481 ||||| ||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2421 AATTCTATGAAAGGTCGCCCATCTGTTATCTACAGCCCTGGTAGAAGGCAGATGCTCTTT 2480 Query 2482 GTGGTTGCTGTTGATTCCTATGATGACAACGGAAACATCAAAGCGAATTTGAACGAAATC 2541 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| Sbjct 2481 GTGGTTGCTGTTGATTCATATGATGACAACGGAAACATCAAAGCAAATTTGGACGATATC 2540 Query 2542 ATCAAGAATATGATAAAAGCTGCAGATTTGACATCGGGTAAAGGAAAAATAGGTTTTGTG 2601 |||||| || |||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 2541 ATCAAGGATGTGATGAAAGTTGCAGATTTGACATCGGGCAAAGGGAAAATAGGTTTTGTG 2600 Query 2602 CTAGCCTCAGGTTCAAGCTTACAAGAAGTTGTGGATATTACGCAGAAAAACCTGATTAAT 2661 || || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 2601 CTGGCATCAGGTTCAAGCTTACAAGAAGTTGTGGAGATCACGCAGAAAAACCTGATTAAT 2660 Query 2662 CTGGAAGATTTTGATGCAATAGTTTGCAACAGCGGAAGTGAGATCTACTATCCATGGAGA 2721 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2661 TTGGAAGATTTTGATGCAATAGTTTGCAACAGCGGAAGTGAAATCTACTATCCATGGAGA 2720 Query 2722 GATATGATGGTTGATGCAGACTACGAAACTCATGTGGAATACAAATGGCCTGGTGAAAGT 2781 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2721 GATATGATGGTTGATGCAGACTATGAAACTCATGTGGAATACAAATGGCCTGGTGAAAGT 2780 Query 2782 ATAAGGTCGGTGATTCTGAGACTTATATGTACGGAACCTGCAGCTGAGGATGATATCACA 2841 ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||| Sbjct 2781 ATAAGGTCGGTTATTCTGCGACTTGCATGTACGGAACCTGCAACTGAGGATGACATCACA 2840 Query 2842 GAGTATGCGAGTTCATGCAGTACAAGATGCTATGCAATTTCTGTGAAACAAGGAGTCAAG 2901 |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2841 GAGTATGCTAGTGCATGCAGTACAAGATGCTATGCAATTTCTGTGAAACAAAGAGTCAAG 2900 Query 2902 ACTCGAAGAGTCGATGACCTTAGGCAGAGGCTTCGGATGAGAGGTTTAAGGTGCAACATT 2961 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2901 ACTCGAAGAGTAGATGACCTTAGGCAGAGGCTTCGGATGCGAGGTTTAAGGTGCAACATT 2960 Query 2962 GTCTATACTCATGCAGCAACAAGGCTAAATGTTATACCACTATGTGCATCAAGAATACAA 3021 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2961 GTCTATACGCATGCAGCAACAAGGCTAAATGTTATACCACTATGTGCATCAAGAATACAA 3020 Query 3022 GCACTCAGGTATCTTTCTATAAGGTGGGGAATTGACATGTCGAAGACTGTTTTCTTTTTG 3081 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3021 GCACTCAGGTATCTTTCTATAAGGTGGGGGATTGACATGTCGAAGACTGTTTTCTTTTTG 3080 Query 3082 GGAGAGAAAGG-AGACACAGACTATGAGGACTTACTGGGTGGCCTCCACAAAACCATCAT 3140 ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3081 GGAGA-AAAGGGAGACACAGACTATGAGGACTTACTGGGTGGCCTCCACAAAACCATCAT 3139 Query 3141 TCTAAAAGGTGTAGTGGGATCAGACAGTGAGAAGCTTCTTCGCAGTGAAGAAAACTTCAA 3200 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 3140 TCTAAAAGGTGTAGTGGGATCTGACAGTGAGAAGCTTCTTCGCAGTGAAGAAAATTTCAA 3199 Query 3201 AAGAGAAGACGCAGTTCCACAAGAGAGCCCTAACATTTCCTATGTCAAAGAGAATGGCGG 3260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3200 AAGAGAAGACGCAGTTCCACAAGAGAGCCCTAACATTTCCTATGTCAAAGAGAATGGCGG 3259 Query 3261 ATCTCAGGAAATTATGTCCACTTTAGAGGCCTATGGGATCAAGTAATAATTTTCTATTTC 3320 | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 3260 ACCTCAGGAAATTCTGTCCACTTTAGAGGCCTATGGGATCAAGTAATAAGTTTCTATTTC 3319 Query 3321 AGCTTATTATCTCAAGATCATATACTTCAATGGGTTGGTAAACAGTGAAAAAATAACAAG 3380 |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| Sbjct 3320 AGCTTATTATCTCA-GATCATATACTTCAATGG-TTCGTAAACAGTGAAAA--TAACAAA 3375 Query 3381 ACTACATACTTTCATATATTGTATACCGAAATAAAAAAG--TTGAATATTAACTTTGCTT 3438 |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| Sbjct 3376 ACTACACACTTTCATATATTGTATACCGCAATAAAAAAGAGTTGAATATTAACTTTTCTT 3435 Query 3439 AGTATAGA 3446 |||| ||| Sbjct 3436 AGTACAGA 3443 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 130537475390 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5