BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G10590.2
Length=3287
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg352131 jgi|Araly1|352131|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002724 3980 0.0
> Ahg352131 jgi|Araly1|352131|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002724
Length=2742
Score = 3980 bits (2155), Expect = 0.0
Identities = 2564/2758 (93%), Gaps = 41/2758 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 177 ATGACGATCCCTAATTCCGATTTCATGATCGAGAACGGAGTCTGTGATTTTCCGACTACT 236
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACGATCCCTAATTCCGATTTCATGATTGAAAACGGAGTCTGTGATTTTCCGACTACT 60
Query 237 CCTGAAGAAGAGAAACGGATTGTATCGGAGCTGATTACCGAATCGGAGGATAATTTGAAG 296
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 61 CCTGCCGAAGAGAAACGTATTGTATCGGAGCTGATTACCGAATCGGAAGATAATTTGAAA 120
Query 297 GAAGGGAACTTGTATTTTGTCATCTCTAAAAGGTGGTATACAAGCTGGGAGAAATATGTT 356
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 121 GAAGGAAACTTGTATTTTGTCATCTCTAAAAGGTGGTATGCAAGCTGGCAGAAATATGTT 180
Query 357 GAGCAATCGACAAAAGAATATATAAGTGGAGAGTCCTCTGAAGCTTCAAGGCCAGGACCG 416
|||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||| | ||||| ||| ||
Sbjct 181 GAGCAATCGACAGATGAATGTATAAGTGGGGAGTCCTC----G-----AGGCCTGGAGCG 231
Query 417 ATTGATAACCATGATATTATCGAAAGTGAAAGCGACGTTAATGATCCACAACTTCGTAGA 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 232 ATTGATAACCATGATATTATCGAAAGTGAAAGCGACGCGAATGATCCACAGCTTCGTAGA 291
Query 477 TTGTTGATGGAACGGGTTGACTACGTTTTAGTTCCTCAAGAAGTTTGGAAAAGACTTGTT 536
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 292 TTGTTGGTGGAAGGGGTTGACTACGTTTTAGTTCCTCAAGAAGTCTGGAAAAGACTTGTT 351
Query 537 GAATGGTATAGCGGAGGTCCTCCGATAGAAAGGAAGTTGATCTGTCAAGGATTTTATACT 596
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 352 GAATGGTATAGCGGAGGTCCTCCGATAGAAAGGAAGTTGATCTGTCAAGGCTTTTATAGT 411
Query 597 AGGAGTTATAGTGTAGAGGTTTACCCACTCTGCCTTATGTTGACGGACGGACGAGATGAA 656
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 412 AGGAGTTATAGTGTAGAGGTTTACCCACTCTGCCTTATGTTGACAGACGGACGAGATGAG 471
Query 657 AGTAGAACTGTAATACGGTTGGGAAAACAGGCCTCTATAAGGGAACTTTATGAGAAGGTT 716
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 472 AGTAGAACTACAATACGGTTGGGAAAACAAACCTCTATAAGGGAACTTTGTGAGAAGGTT 531
Query 717 TGTGCTTTGACAGGGGTACCACAAGAAAAGGCTCATATCTGGGATTACTTCGATAAGAGG 776
|| || ||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||
Sbjct 532 TGCACTATGACAGGGGTAGCGCAAGAAAAGGCTCACATATGGGATTATTTCCATAAGAGG 591
Query 777 AAAAACGGACTCTTGGATTCTTTATCTTACAAGAGCCTGGAAGAGTCAAGCCTTCATATG 836
|||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 592 AAAAACGGACTCTTGGATCCTTCATCTAACAAGAGCCTGGAAGAGTCTAGCCTTCAGATG 651
Query 837 GACCAAGATATTCTACTTGAAGTTGATGGGTCGTCTTCCTCTCAGTCTGCTATGAGCTCG 896
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 652 GACCAAGATATTCTTCTTGAAGTTGATGGGTCGTCTTCCTCTCAATATGCTATGAGCTCG 711
Query 897 ACAGGAAATGAGTTAGCTCTGGTACCTCTGGAACCTTCCAGGTCGAGTGTTACAATTGCT 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 712 GCAGGAAATGAGTTAGCTCTGGTACCTCTGGAACCTTCAAGGTCGCGTGTTACAATTGCT 771
Query 957 GGGGGGCCTACCCTATCAAATGGTCATTCCACTACGTCCAACTTTAGTCTCTTTCCGAGA 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 772 GGGGGGCCTACCCTATCAAATGGTCATTCCACTACGTCCAAGTTTAGTCTCTTTCCGAGA 831
Query 1017 ATAACTTCTGAAGACGACGGCAGCAATTCTTTGAGTATTCTTGGAAAAGGAGAAAAGGGA 1076
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 ATAACTTCTGAAGACGACGGCTGCAATTCTTTGAGTATTCTTGGAAAAGGAGAAAAGGGA 891
Query 1077 GGATTAGCAGGATTGAGTAATTTGGGAAATACCTGCTTTATGAATAGCGCTCTTCAGTGT 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 GGATTAGCAGGATTGAGTAATTTGGGAAATACCTGCTTTATGAATAGCGCTCTTCAGTGT 951
Query 1137 TTGGCCCACACACCTCCAATTGTTGAATACTTCTTGCAAGATTACAGTGACGACATAAAT 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 952 TTGGCCCACACACCTCCAATTGTTGAATACTTCTTGCAAGATTACAGTGATGACATAAAT 1011
Query 1197 AGAGATAATCCTTTGGGAATGTGTGGTGAGCTTGCTATCGCGTTTGGTGATTTGTTGAAG 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1012 AGAGATAATCCTTTGGGAATGTGTGGTGAGCTTGCTATCGCATTTGGTGATTTGTTGAAG 1071
Query 1257 AAATTATGGTCATCAGGAAGGAACTCAGTTGCACCACGCGCATTTAAGACAAAATTGGCT 1316
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||
Sbjct 1072 AAATTATGGTCATC---AAGGAACGCAGTTGCACCACGCTCTTTTAAGACAAAGTTGGCT 1128
Query 1317 AGATTTGCTCCACAGTTTAGTGGTTACAATCAGCATGATTCTCAAGAACTGCTTGCTTTC 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 AGATTTGCTCCACAGTTTAGTGGTTACAATCAGCATGATTCTCAAGAACTGCTTGCTTTC 1188
Query 1377 TTATTGGATGGGCTGCATGAAGATCTGAATAAGGTCAAACGAAAACCTTACATCGAACTT 1436
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 TTATTGGATGGGCTGCATGAAGATTTGAATAAGGTCAAACGAAAACCTTACATCGAACTT 1248
Query 1437 AAAGATTCTGACAGTCGTCCGGATGATGAAGTTGCTGAAGAGCTTTGGAATTATCATAAG 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 AAAGATTCTGACAGTCGTCCGGATGATGAAGTTGCTGAAGAGCTTTGGAATTATCATAAG 1308
Query 1497 GCCCGAAATGATTCTGT-A-A--T-A-G--T-T---G-A-T-G--TT-TGTCAAGGCCAA 1538
||||||||||||||||| | | | | | | | | | | | || ||||||||||||
Sbjct 1309 GCCCGAAATGATTCTGTAATAGTTAACGTCTGTCAAGTATTCGATTTCTGTCAAGGCCAA 1368
Query 1539 TACAAGTCCACTCTGGTTTGTCCAGCTTGCGGAAAAATATCAATCACTTTTGATCCCTTC 1598
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 TACAAGTCAACTCTGGTTTGTCCAGTTTGCGGAAAAATATCAATCACTTTTGATCCCTTC 1428
Query 1599 ATGTACTTGTCTGTACCTTTGCCATCAACACTTACGCGATCCATGACAGTTACGGTGTTT 1658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 ATGTACTTGTCTGTACCTTTGCCATCAACACTTACGCGATCCATGACAGTTACGGTGTTT 1488
Query 1659 TATTGCGATGGAAGTCATCTTCCGATGCCATACACAGTAATAGTGCCTAAAAATGGATCT 1718
|||||||||||||||| |||||||||||| || || |||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 1489 TATTGCGATGGAAGTCGTCTTCCGATGCCGTATACTGTAACAGTGCCTAAACATGGATCT 1548
Query 1719 ATTAGAGATCTCATTACCGCATTAGGTACTGCTTGTT-TATTAGCCGAAGATGAGAGTCT 1777
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||| |||||||| ||
Sbjct 1549 ATTAGAGATCTCATTACCGCATTAGGTACTGCTTGCTGTCT-AGCCGATGATGAGAGCCT 1607
Query 1778 TTTACTTGCAGAGGTATATGACCACAAGATTTTTAAATATTTTGAGAATCCCCTGGATTC 1837
|||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1608 ATTACTTGCAGAGGTATATGATCACAAGATCTTTAGATATTTTGAGAATCCCCTGGAGTC 1667
Query 1838 ACTGAGT-TCGATAAAAGATGATGAGCATATTGTAGCCTATCGGTTAAATCAGATGCCGA 1896
||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 ACTGAGTGT-GATAAAAGATGATGAGCATATTGTGGCGTATCGGTTAAATCAGATGCCGA 1726
Query 1897 AAGGATCAGGGAAAGCAAAACTCGAAATTCTTCATGGAGGGCAGAAAAGGCCTATTCTGG 1956
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| | ||||||
Sbjct 1727 AAGGATCAGGAAAAGCAAAACTCGAGATTCTTCATGGAGGGCTGGAAAGGGATGTTCTGG 1786
Query 1957 AGAGTGTTAGAGGCAGAGATGTGAAGCTCTTTGGAACTCCTTTTGTGACTTATGTCAACA 2016
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1787 AGAGTGTTAGAGGCAGAGACGTGAAGCTTTTTGGAACTCCTTTAGTGACTTATGTCAACA 1846
Query 2017 CAGAACCACTAAGTGGAGCTGACATTGATGCAGTTCTCTCTCGATTTCTGTCGCCTCTGC 2076
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1847 CAGACCCACTAAGTGGAACTGACATTGATGCAGTTATCTCTGGATTTCTGTCACCTCTGC 1906
Query 2077 ACAAGGTCCATGCCCCATCTAAGATTCATAACGGAAGTGAAAATGGCCACCTTCCTGATG 2136
||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1907 ACAGGGTCCATGCCTCATCTAAGATTCATAACGGAAGTGACAATGGCCACCTTGCTGATG 1966
Query 2137 CTACTGTTGACGAAGCATCCGAAATTTTATCATCCCCAGATACCGAGATAGACGATGCAT 2196
| |||| ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 CGACTGCTGACGAAACATCCGGAAGTTTATCATCCCCAGATACCGAGATAGACGATGCAT 2026
Query 2197 CTGATAGAGAGTTATCCTTCAGGATATTCTTGACAGATGAACGTGGTTTGAACTTTAAAC 2256
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2027 CTGATGGACAGTTATCCTTCAGGATATTCTTGACAGATGAACGTGGTTTGAACTATAAAC 2086
Query 2257 CACTGCAGTCTGAATCTTCCATAAGCCTGGGTATCGCT-ACAAGAGTTTTAGTCGAGTGG 2315
|||| |||||||||||||| | |||| ||||| | | |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2087 CACTTCAGTCTGAATCTTCTGTGAGCCCGGGTA-CAATTACAAGAGTTTTAGTTGAGTGG 2145
Query 2316 AATGAGGGTGAGCATGAAAGATATGATTCCAGCTACTTGAGTGATCTTCCGGAGGTTCAT 2375
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2146 AATGAGGGTGAGCATGAAACATATGATTCCAGCTACTTGAATGAACTTCCGGAGGTTCAT 2205
Query 2376 AAAACAAGTTTCTCTGCAAAGAAGACAAGGCAAGAATCGATATCCCTGTTTTCGTGTTTG 2435
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2206 AAAACAAGTTTCTCTGCAAAGAAGACAAGACAAGAAGCGATATCCCTGTTTTCGTGTTTG 2265
Query 2436 GAGGCGTTTTTAGCAGAAGAACCTCTGGGACCAGATGACATGTGGTTTTGTCCGAGCTGC 2495
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 GAGGCCTTTTTAGCAGAAGAACCTCTGGGACCAGATGACATGTGGTTTTGTCCGAGCTGC 2325
Query 2496 AAAGAACACAGACAAGCGAACAAAAAGCTAGACCTGTGGAAGTTACCAGATATTCTTGTG 2555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 2326 AAAGAACACAGACAAGCGAACAAAAAGCTAGACCTGTGGAAGTTGCCCGATATCCTTGTG 2385
Query 2556 TTTCATTTAAAAAGGTTCACTTACAGCAGATATCTCAAGAATAAGATTGATACGTTTGTG 2615
|| ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2386 TTCCATTTAAAACGGTTCACATATAGCAGATATCTCAAGAACAAGATTGATACGTTTGTG 2445
Query 2616 AATTTCCCAGTTCATGATCTAGACTTGAGCAAGTATGTGAAAAACAAGAATGACCAGTCA 2675
||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2446 AATTTCCCAATTCAGGATTTAGACTTGAGCAAGTACGTGAAAAACAAGAATGGCCAGTCA 2505
Query 2676 TATCTATATGAACTGTATGCCGTTAGTAATCATTATGGTGGACTTGGTGGTGGCCACTAC 2735
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2506 TATCTATATGAACTATATGCCATTAGTAATCATTACGGTGGACTTGGTGGTGGTCATTAC 2565
Query 2736 ACTGCCTACGCTAAGTTGATTGATGACAATGAATGGTACCATTTCGACGACAGTCATGTG 2795
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||| ||
Sbjct 2566 ACTGCCTACGCGAAGTTGATTGATGACAACAAATGGTATCATTTCGATGATAGTCACGTT 2625
Query 2796 TCATCTGTAAATGAATCTGAAATAAAAAACTCAGCTGCATATGTTCTTTTCTACCGAAGA 2855
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2626 TCATCAGTAAATGAATCTGAAATCAAAAACTCAGCTGCATATGTACTGTTCTACCGAAGA 2685
Query 2856 GTGAGAAGTGAAACAGAGACACAAACAG-TGGAGATGTCGAC---TGATATGGATTAG 2909
||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2686 GTGGGAAGTGAAACAGAGACACAAACAGCTG-AGATGCCGAGGAGTGATATGGATTAG 2742
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124067687980
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5