BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G11110.1
Length=3964
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg942945 jgi|Araly1|942945|scaffold_603489.1 4927 0.0
Ahg895260 jgi|Araly1|895260|Al_scaffold_0006_3256 337 5e-91
> Ahg942945 jgi|Araly1|942945|scaffold_603489.1
Length=3139
Score = 4927 bits (2668), Expect = 0.0
Identities = 2983/3135 (95%), Gaps = 22/3135 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 303 AATGATGGATGAGGGATCAGTAGGGGATGTGAGTAGGATTGATGAAGCTGATGTTGCTCA 362
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 20 AATGATGGATGAGGTATCAGTAGGGGATGTGAGTAGGATTGATGAAGCTGATGTTGCTCA 79
Query 363 CCTTCAATTCAAGAATAGTGAGCAGTCGTTTAAACCGGAGAACAT-TGAAGTCCGGGAAG 421
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 80 CCTTCAATTCAAGAATAGTGAGCATTCGTTTAAACCGGAGAAC-TGTGAAGTCCGGGAAG 138
Query 422 TAAAAGAAGTGCAGGTTCAGAGAGAAGCTGGTTCTCCTGATTGTTCTTATGGTGTAATAG 481
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 139 TAAAAGATGTGCAGGTTCAGAGAGAAGCCGGTTCTCCTGATTGTTCGTATGGTGTAATAG 198
Query 482 CAGATTTTTTAGATGGTAAGAATGGTGGTGACCATGTGGAGCTTATAGGGAATGAACCAT 541
|||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 199 CAGAGTTTTTAGATGGTAAGAA---TGGTGACCCTGTGGAGCAAATAGGAAATGAACCAT 255
Query 542 GTTCTAGCCGGCAGAATACAAATGATGAGGGGGATGTTGTCGAGGAGTTGACTGTTAAAA 601
|||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 256 GTTCTAGCCGGCAG-------A--ATGCGGGCGATGTTGTCGAGGAGTTGACTGTTAAAA 306
Query 602 CTTGTGAGGGATCGAGTATGGCTATAGTTGGTAGACCAAGTAGTAGAGCTAGATTAGAGA 661
|||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 307 CTTGTGAGGGTTCAAGCATGGCTATAGTTGGTAGACCAAGTAGTAGAGCTAGGTTAGAGA 366
Query 662 TGAATCGCAGTCAGTTTCTGCATCGTTTTCCGCTAGACGGTGATTTACCGGGTAGTAGTT 721
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 367 TGAATCGCAGCCAGTTTCTGCATCGTTTTCCGCTAGATGGTGATTTACCTGGTAGTAGTT 426
Query 722 CTATGAGTAAGAAGGTAATTGACAGGGGAACAGTAAGTATCTTGAGAAATGCTGGGAAAA 781
||||||||||||||| || | ||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||
Sbjct 427 CTATGAGTAAGAAGGAAAATAACAGGGGAACAATAGGTATCTTGAGAAATGCAGGTAAAA 486
Query 782 TGTCTTTGCCTGAGACTTCAAATGGACAACTGGCTATTATTGCTGTTAATGGAGAAGCTA 841
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 487 TGTCTTTGCCTGAGACTTCAACTGGACAACTGGCTATTGTTACTGTTAATGGAGAAGCTA 546
Query 842 ATGAACATTTGACAAATGTTGAACGAAATCCTGTACCTGTAGAGGCATTGTCTCATGAAG 901
|||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 547 ATGAGCTTTTGAAAAATGTTGAACGAAATCCTGTACCCGTAGAGGCATTGTCCCATGAAG 606
Query 902 GCATCAAGACAAAGATGTTATCGCAGTCTGGGTTTTCTCAGTTTTTTGTTAGAAAAACAT 961
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 607 GCATTAAGACAAAGATGTTATCACAGTCTGGGTTTTCTCAGTTTTTTGTTAGGAAAACAT 666
Query 962 TGAAAGGGAAGGGAGTTAC-TTTCAGAGGCCCGCCAAACAATAGATCTAAAGCGAGGAAT 1020
||||||| |||||||| || ||| |||||||||||| || ||| ||||||||| || |||
Sbjct 667 TGAAAGGCAAGGGAGTCACATTT-AGAGGCCCGCCACACGATATATCTAAAGCTAGCAAT 725
Query 1021 ATGGATCAGCAAACTGTAGCTAGTTCTGGTAGCGCTTTAGTAATAGCTAATACTTCAGCA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||
Sbjct 726 ATGGATCAGCAAACTGTAGCTAGTTCTGGTAGCCCTTTAGTAATATCAAATACTCCAGCA 785
Query 1081 AAGATTTCTAGCAGCATCCCTTTGGCGGCTTATGATGGTTTGCCGTGCTTACCTTCCAAT 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 786 AAGATTTCTAGCAGCATCCCTTTGGCGGCTTATGATGGTTTGCCTTGCTTGCCTTCCAAC 845
Query 1141 ACCAGTAAACCATCTTCTTGTGCTAA-TCCTTCAGATACACATAGAGGTTGTGGAGGTGA 1199
|||||||||| |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 846 GCCAGTAAACCGTCTTCTTGTG-GAAGCCCTTCAGATATACATAGAGGTTGTGGAGGTGA 904
Query 1200 AGGTTTAAGTCTGAGAGAATGGTTGAAGTCGGAGCGGCAGGAAGTTAATAAAGCAGAATG 1259
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 AGGTTTAAGTCTGAGAGAATGGTTGAAGTCAGAGCGGCAGGAAGTTAATAAAGCAGAATG 964
Query 1260 TATGTATATCTTTAGGCAGATCGTGGATCATGTGGACTGTTCTCATTCTCAAGGAGTTGT 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 TATGTATATCTTTAGGCAGATCGTGGATCATGTGGATTGTTCTCATTCTCAAGGAGTTGT 1024
Query 1320 TTTATGTGACCTGCGACCATCTTCATTCAAAATTTTCAAGGAAAATGCAGTAAAGTATGT 1379
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1025 TTTATGTGACCTACGACCATCTTCATTCAAAATTTTCAAGGAAAATGCAGTCAAGTATGT 1084
Query 1380 GGTTTCAGGTTCTCAACGAGAGTC-TTTTGACAGCAACATGAACAAAGAGACTTTAAGTC 1438
|| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 GGGTTCAGGTTCTCAACGAGAGTCATTTT-ACAGCAACATGAACAAAGAGACTTTAAGTC 1143
Query 1439 AACTCGAAAACCCTCTGGTTAGAAGACGGTTAGGAGATACTTCTAGTCTCTCTATCCCTG 1498
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1144 AACTCGAAAACCCTCTGGTTAGAAGGCGGTTAGGAGATACTTATAGTCCCTCTATCCCTG 1203
Query 1499 CAAAGAAGCAGAAATCAAGTGGACCAAGCTCTAGACAGTGGCCTATGTTTCAACGAGCTG 1558
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 CAAAGAAGCAGAAATCAGGTGGACCAAGCTCTAGACAGTGGCCTATGTTTCAACGAGCTG 1263
Query 1559 GTGGCGTCAATATCCAAACTGAAAATAATGATGGCGCGATACAGGAGTTTCATTTCAGAT 1618
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1264 GTGGCGTCAATATCCAAACTGAAAATGGTGATGGCGCAATACATGAGTTTCATTTCAGAT 1323
Query 1619 CTAGTCAACCTCATTGTAGTACAGTTGCCTGCCCTTTTACTTCAGTGAGTGAGCAGTTGG 1678
|||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1324 CTAGTCAACCTCATTGTAGTACAGCTGCCCGTCCTTTTACTTCAGTGAGTGAGCAGTTAG 1383
Query 1679 AAGAGAAATGGTATGCGAGCCCTGAGGAGCTCAGGGGTGACATGCGTTCAGCCTCTTCAA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384 AAGAGAAATGGTATGCGAGCCCTGAGGAGCTGAGGGGTGACATGCGTTCAGCCTCTTCAA 1443
Query 1739 ACATCTATAGTTTGGGTATTCTTCTTTATGAGTTGCTGAGCCAATTTCAGTGTGAAAGAG 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1444 ACATCTATAGTTTGGGTATTCTTCTTTATGAGTTGCTTAGTCAATTTCAGTGTGAAAGAG 1503
Query 1799 CTCGTGAGGCTGCAATGTCTGATATCCGACACCGCATTCTTCCTCCCAAATTTCTGTCGG 1858
|||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1504 CTCGCGAGGCTGCAATGTCTGATATTCGACACCGAATTCTTCCTCCCAAATTTCTGTCGG 1563
Query 1859 AGAATCCAAAGGAAGCTGGGTTTTGTCTTTGGTTACTTCATCCAGAATCTTCATGCCGAC 1918
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1564 AGAATCCAAAGGAAGCTGGGTTTTGTCTATGGTTACTTCATCCAGAATCTTCATGCCGAC 1623
Query 1919 CATCAACCAGGGACATCTTACAATCTGAAGTAGTTAATGGAATCCCGGATTTGTATGCTG 1978
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 CATCAACCAGGGACATCTTACAGTCTGAAGTAGTTAATGGAATCCCGGATTTGTATGCTG 1683
Query 1979 AAGGCTTATCTTTATCCATTGAACAAGAGGACACAGAGTCTGAACTCTTGCAGCATTTCC 2038
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1684 AAGGCTTATCTTTATCCATTGAGCAAGAGGACACAGAGTCTGAACTGTTGCAGCATTTCC 1743
Query 2039 TTTTCTTGTCCCAAGAGAAAAGGCAGAAGCATGCTGGAAATTTGATGGAAGAAATTGCGT 2098
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1744 TTATCTTGTCCCAAGAGAAAAGGCAGAAGCATGCTGGAAAGTTGATGGAAGAAATTGCGT 1803
Query 2099 CCGTAGAAGCAGATATCGAGGAAATTGTCAAGAGACGTTGTGCCATAGGGCCTCCGTCCC 2158
| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 1804 CTGTGGAAGCAGATATCGAAGAAATTGTCAAGAGACGTTATGCCATAGGGCCTCTATCTC 1863
Query 2159 TGGAAGAAGCTTCTAGCTCATCTCCTGCTTCTAGTGTACCTGAAATGAGACTGATCAGGA 2218
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1864 TGGAAGAAGCTTCTAGCTCATCTCCTGCTTCTAGTGTATCTGAAATGAGACTGATCAGGA 1923
Query 2219 ACATTAATCAGCTTGAAAGCGCTTATTTCGCTGCAAGGATAGACGCACATCTCCCTGAAG 2278
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || || |||||||||||||
Sbjct 1924 ACATTAATCAGCTTGAAAGCACTTATTTCGCAGCAAGGATCGATGCCCATCTCCCTGAAG 1983
Query 2279 CACGTTATAGGTTACGCCCAGATAGAGATCTGCTAAGAAATAGTGATAATACTGTAGCAG 2338
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1984 CACGTTATAGGCTACGCCTGGATAGAGATCTGCTAAGAAATCGTGATAATACTGTAGCAG 2043
Query 2339 AAGTAGAAAACAGTGAGACTTGGAGCTCAGATGATCGTGTTGGAGCGTTCTTTGATGGGT 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 AAGTAGAAAACAGTGAGACTTGGAGCTCAGATGATCGTGTTGGAGCGTTCTTTGATGGGT 2103
Query 2399 TATGCAAATATGCTCGATATAGTAAGTTTGAAACTCGGGGTGTGCTGAGGACCAGTGAGT 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2104 TATGCAAATATGCTCGATATAGTAAGTTTGAAACTCGGGGTGTGCTGAGGACCAGTGAGT 2163
Query 2459 TGAACAACACTTCAAATGTGATTTGTTCTCTGGGTTTTGATCGGGACGAGGATTATTTTG 2518
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2164 TGAACAGCACTTCAAATGTGATTTGTTCTCTGGGTTTCGATCGGGACGAGGATTATTTTG 2223
Query 2519 CCACAGCTGGTGTGTCGaaa-aaaaTTAAGATATATGAGTTCAATTCCCTTTTCAACGAA 2577
|||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224 CCACCGCTGGTGTGTC-AAAGAAAATTAAGATATATGAGTTCAATTCCCTTTTCAACGAA 2282
Query 2578 TCTGTTGACATTCATTATCCAGCCATAGAAATGCCAAATAGATCAAAGCTTAGCGGCGTT 2637
|||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2283 TCTGTTGACATTCACTATCCAGCCGTAGAAATGCCAAATAGATCAAAGCTTAGTGGCGTT 2342
Query 2638 TGCTGGAACAACTACATTAGGAACTACCTAGCTTCCTCTGATTATGATGGTATTGTCAAG 2697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 TGCTGGAACAACTACATTAGGAACTACCTAGCTTCCTCTGATTATGATGGTATTGTCAAG 2402
Query 2698 TTATGGGATGTGACAACAGGACAGGCCATTTCACATTTCATAGAGCATGAGAAGAGGGCT 2757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2403 TTATGGGATGTGACAACAGGACAGGCCATTTCACATTTCATAGAGCACGAGAAGAGGGCT 2462
Query 2758 TGGTCTGTTGACTTCTCTGAAGCTTGTCCGACAAAATTAGCCAGTGGAAGCGATGATTGT 2817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463 TGGTCTGTTGACTTCTCTGAAGCTTGTCCGACAAAATTAGCCAGTGGAAGCGATGATTGT 2522
Query 2818 TCTGTGAAGCTATGGAACATCAATGAGAGGAACTGCTTAGGAACAATCAGGAACATTGCA 2877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2523 TCTGTGAAGCTATGGAACATCAATGAGAGGAACTGCTTAGGAACAATCAGGAACATTGCA 2582
Query 2878 AACGTTTGTTGTGTGCAATTTTCTCCACAGTCCTCTCACTTGCTAGCCTTTGGATCATCA 2937
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2583 AACGTTTGTTGTGTGCAATTTTCTCCACAGTCCTCTCATTTGCTAGCCTTTGGATCATCA 2642
Query 2938 GACTTCAGAACCTACTGCTATGATCTAAGGAATTTAAGAACTCCTTGGTGCATACTGTCA 2997
|| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 GATTTCAGAACATACTGCTACGATCTACGGAATTTAAGAACTCCTTGGTGCATACTGTCA 2702
Query 2998 GGACACAACAAAGCAGTTAGCTATGCGAAGTTCTTGGATAATGAAACTCTTGTAACAGCA 3057
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2703 GGACACAACAAAGCAGTTAGCTACGCGAAATTCTTGGATAATGAAACTCTTGTCACAGCA 2762
Query 3058 TCAACTGATAACACGTTAAAGCTTTGGGATCTTAAGAAAACCACTCACGGTGGCCTCTCA 3117
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2763 TCAACTGATAACACGTTAAAGCTTTGGGATCTTAAGAAAACCACTCACGGTGGCCTCTCC 2822
Query 3118 ACAAATGCTTGCAGCTTAACTTTTGGCGGCCATACAAATGAGAAGAACTTTGTTGGTTTG 3177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2823 ACAAATGCTTGCAGCTTAACTTTTGGCGGCCATACAAATGAGAAGAACTTTGTTGGGTTG 2882
Query 3178 TCTACTTCTGATGGATATATAGCTTGTGGCTCTGAGACAAATGAGGTTTATGCCTATCAC 3237
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883 TCTACTTCCGATGGATATATAGCTTGTGGCTCTGAGACAAATGAGGTTTATGCCTATCAT 2942
Query 3238 CGGTCTCTTCCCATGCCAATTACCTCGTACAAGTTTGGTTCTATTGATCCAATATCAGGT 3297
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2943 CGGTCTCTTCCTATGCCTATTACCTCGTACAAGTTTGGTTCTATTGATCCTATATCAGGT 3002
Query 3298 AAGGAGATAGAGGAGGACAACAACCTGTTCGTTTCAAGCGTTTGCTGGAGAAAAAGATCG 3357
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3003 AAGGAGATAGAGGAGGACAACAACCTATTTGTTTCAAGCGTTTGCTGGAGAAAAAGATCG 3062
Query 3358 AATATGGTTGTTTCAGCTAGCTCAAATGGGTCAATCAAAGTTCTACAGTTGGTCTGAAAT 3417
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3063 AATATGGTTGTTTCAGCTAGCTCAAATGGGTCTATCAAAGTTCTACAGTTGGTCTGAAAT 3122
Query 3418 AAATACATACATACA 3432
||||| | ||| |||
Sbjct 3123 AAATATACACACACA 3137
> Ahg895260 jgi|Araly1|895260|Al_scaffold_0006_3256
Length=276
Score = 337 bits (182), Expect = 5e-91
Identities = 258/290 (89%), Gaps = 23/290 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 12 ACAGTCAAATTCATTTTCTGCCTTAGAAAAGATTTTT-ATCGAAAATCGACG-TTTTTGA 69
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 3 ACAGTCAAATTCATTTCCTGCCTTAGAAAAGATTTTTAATCGAAAATCGACGTTTTTTTC 62
Query 70 AAAAACTC-AAATTATCGTCGTTTTGTTCTCAGATttcttctgctctcttcttcttctcc 128
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 63 AAAAACTCAAAATTTTCGTCGTTTTGTTCTCAGATTTCTTCTACTCTCTTCTTCTTCT-- 120
Query 129 ttcttcttcgttccaccgcctctgttgctttatcttcttcttccttccttcGATTGTTGA 188
| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 T-CTTCTTC---C-ACCGCCTCTGTTGCTT-ATCTTCTTCTTC-TTCCTTCGATTGTTGA 173
Query 189 TTACGTCGGTGGATCTTTGTTCTCCTCTGT-GTTGTTTTCATTGCTAGATTTCGTCAATG 247
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | | | || |||||||
Sbjct 174 TTACGTCGGTGGATCTTTGTTCTT-TCTGTTGTTGTTTT--T--C-A--TT--GTCAATG 223
Query 248 ATTGGCTTCTCACGATTCGATTTTTCCGGCTCCTGTTCTTAATTTCCTCT 297
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 224 ATTGGCTTCTTGCGATTCGATTTTTCCGGCTCCTGTTCTTAATTTTCTCT 273
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 149832664901
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5