BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G11130.1
Length=3452
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489951 jgi|Araly1|489951|fgenesh2_kg.6__3085__AT4G11130.1 5452 0.0
> Ahg489951 jgi|Araly1|489951|fgenesh2_kg.6__3085__AT4G11130.1
Length=3449
Score = 5452 bits (2952), Expect = 0.0
Identities = 3289/3454 (95%), Gaps = 14/3454 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTGTCAGAGACGACGACGAACCGATCAACGGTTAAAATCTCAAACGTTCCTCAAACC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTGTCAGAGACGACGACGAACCGATCAACACTCAAAATCTCCAACGTTCCTCAAACC 60
Query 61 ATAGTCGCCGACGAACTCCTCCGGTTCTTAGAACTCCACCTCGGCGAAGATACTGTATTC 120
|||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| || ||||||
Sbjct 61 ATAGTCGCTGACGAACTCCTCCGGTTCCTAGAGCTCAACCTCGGCGAAGACACCGTATTC 120
Query 121 GCACTCGAAATCCCAACAACTCGTGACAATTGGAAGCCAAGAGACTTCGCTCGAGTACAA 180
|| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCCCTCGAAATCCTAACAACTCGGGACAATTGGAAGCCAAGAGACTTCGCTCGAGTACAA 180
Query 181 TTCACTACCCTCGAAGTCAAATCTCGAGCCCAGCTTCTCTCTTCTCAAAGCAAGCTCCTT 240
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTCACTACCCTCGAAGTCAAATCTCGTGCCCAGCTTCTCTCTTCTCAAAGCAAGCTCCTT 240
Query 241 TTCAAAACCCATAACCTAAGACTCTCTGAAGCTTATGATGATATCATCCCTCGTCCTGTA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTCAAAACCCATAACCTAAGACTCTCTGAAGCTTACGACGATATCATCCCTCGTCCTGTA 300
Query 301 GATCCAAGGAAAAGGCTAGACGACATCGTTTTGACTGTTGGGTTTCCTGAGTCTGATGAA 360
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 301 GATCCAAGGAGAAGACTAGACGACATCGTTTTGACTGTTGGGTTTCCTGAGTCTGACGAG 360
Query 361 AAAAGGTTTTGTGCCCTAGAAAAATGGGATGGTGTGAGGTGTTGGATTTT-GACTGAGAA 419
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 361 AAGAGGTTTTGTGCCCTAGAAAAATGGGATGGTGTGAGGTGTTGGATTTTGGA-AGAGAA 419
Query 420 GAGAAGAGTTGAGTTTTGGGTTTGGGA-AAGTGGTGATTGTTATAAGATTGAAGTTAGGT 478
||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GAGAAGACTTGAGTTTTGGGTTTGGGACAA-TGGTGAATGTTATAAGATTGAAGTTAGGT 478
Query 479 TTGAGGATATTATTGAAACTCTTAGTTGTTGTGTTAATGGTGACGCTTCTGAGATTGATG 538
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 479 TTGAGGATATTGTTGAAACTCTTTGTTGTTGTGTTAATGGTGATGCTTCTGAGATTAATG 538
Query 539 CATTTCTTCTCAAGCTGAAATATGGACCGAAGGTATTTAAAAGAGTAACA-G--TTCACA 595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |
Sbjct 539 CATTTCTTCTCAAGCTGAAATATGGACCGAAGGTATTTAAAAGAGTATCAGGACCTCATA 598
Query 596 TAGCCACAAAGTTTAAGTCTGATCGGTACAGATTCTGCAAGGAGGATTTTGATTTCATGT 655
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TAGCCACAAAGTTTAAGTCTGATCGGTACCGATTCTGCAAGGAGGATTTTGATTTCATGT 658
Query 656 GGATTCGGACAACTGATTTCTCTGGTTCGAAATCAATTGGTACATCAACTTGCTTTTGTT 715
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 659 GGATTCGGACAACTGATTTCTCTGATTTGAAATCAATTGGTATATCAACTTGCTTTTGTT 718
Query 716 TGGAAGTCCACAATGGCTCAACGATGTTAGACATTTTCTCGGGCTTACCTTACTACCGAG 775
||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 719 TGGAAGTCCACAACGGCTCAACGATGTTGGACGTTTTCTCGGGCTTACCTTACTACAGAG 778
Query 776 AAGACACTTTGAGTCTAACTTATGTGGATGGGAAGACCTTTGCTTCTGCAGCTCAAATTG 835
|||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||
Sbjct 779 AAGAAACTTTGAGTCTAACTTTTGTGGATGGGAAGAACTTTGCCTCTGTATCTCAAATTG 838
Query 836 TTCCCCTCTTGAATGCCGCCATTTTGGGGTTAGAGTTTCCATATGAGATCCTTTTCCAAC 895
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TTCCCCTCTTGAATGCCGCCATTCTGGGGTTAGAGTTTCCATATGAGATCCTTTTCCAAC 898
Query 896 TCAATGCGCTTGTTCATGCGCAGAAAATCAGTCTTTTTGCTGCGTCAGATATGGAACTGA 955
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 899 TCAATGCGCTTGTTCACGCACAGAAAATCAGTCTTTTTGCTGCGTCAAATATGGAACTGA 958
Query 956 TCAAAATCCTTCGTGGTATGAGTTTGGAAACCGCATTGGTGATCCTCAAGAAACTTCACC 1015
|||| || |||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TCAACATTTTTCGTGGTTTGAGCTTGGAAACCACTTTGGTGATCCTCAAGAAACTTCACC 1018
Query 1016 AGCAAAGTTCTATATGTTATGATCCTGTCTTCTTTGTCAAGACTCAGATGCAATCTGTGG 1075
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AGCAAAGCTCTATATGTTATGATCCTCTCTTCTTTGTCAAGACTCAGATGCAATCTGTGG 1078
Query 1076 TTAAGAAGATGAAGCATTCCCCTGCATCAGCTTATAAAAGATTGACCGAGCAGAACATCA 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTAAGAAGATGAAGCATTCCCCTGCATCAGCTTATAAAAGATTAACCGAGCAGAACATCA 1138
Query 1136 TGAGTTGTCAGAGAGCTTACGTTACACCCTCAAAGATCTATCTGTTGGGTCCAGAGCTTG 1195
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TGAGTTGTCAGAGAGCCTACGTTACACCCTCAAAGATTTATCTGTTGGGTCCAGAGCTTG 1198
Query 1196 AGACTGCAAATTATGTTGTGAAGAACTTTGCAGAGCATGTCTCGGATTTCATGAGAGTTA 1255
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1199 AGACTGCCAATTATGTTGTGAAGAACTTTGCAGAGCATGTCTCAGATTTCATGAGAGTTA 1258
Query 1256 CTTTTGTGGAAGAAGATTGGAGCAAGCTTCCCGCAAATGCTCTCTCTGTGAACTCCAAGG 1315
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1259 CTTTTGTTGAAGAAGATTGGAGCAAGCTTCCTGCAAATGCTCTTTCTGTGAACTCCAAGG 1318
Query 1316 AAGGCTATTTTGTGAAGCCCTCTAGAACCAACATTTATAACAGGGTGTTGTCAATCCTTG 1375
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AAGGCTATTTTGTGAAGCCCTTTAGAACCAACATTTATAACAGGGTGTTGTCAATCCTTG 1378
Query 1376 GAGAAGGGATTACCGTTGGGCCTAAGAGGTTTGAGTTCTTGGCTTTTTCAGCGAGCCAAC 1435
|||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1379 GAGAAGGGATCACCGTTGGGCATAAGAGGTTTGAGTTCTTGGCTTTTTCAGCCAGCCAAC 1438
Query 1436 TGCGAGGAAATTCGGTCTGGATGTTTGCTTCTAACGAGAAAGTAAAAGCGGAAGATATAA 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1439 TGCGAGGAAATTCGGTCTGGATGTTTGCTTCTAACGAGAAAATAAAAGCTGAAGATATAA 1498
Query 1496 GAGAATGGATGGGTTGTTTCCGTAAAATCCGAAGCATTTCCAAATGTGCTGCTAGGATGG 1555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1499 GAGAATGGATGGGTTGTTTCCGTAAAATCCGAAGCATTTCTAAATGTGCTGCTAGGATGG 1558
Query 1556 GTCAGTTGTTCAGTGCTTCGCGGCAAACACTTATTGTCCGTGCACAAGATGTGGAGCAGA 1615
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GTCAGTTGTTCAGTGCTTCGCGGCAGACACTTAATGTCCGTGCACAAGATGTGGAGCAGA 1618
Query 1616 TTCCCGACATCGAAGTGACAACTGATGGTGCTGATTACTGCTTCTCGGATGGCATTGGGA 1675
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1619 TTCCCGACATCGAAGTGACTACTGATGGTGCTGATTACTGCTTCTCGGATGGCATCGGGA 1678
Query 1676 AAATTTCACTTGCATTTGCCAAGCAAGTTGCACAGAAGTGTGGATTGAGTCATGTCCCTT 1735
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 AAATTTCACTGGCATTTGCTAAGCAAGTTGCACAGAAGTGTGGATTGAGTCATGTCCCTT 1738
Query 1736 CTGCCTTTCAAATTCGATACGGTGGCTACAAAGGTGTGATTGCTGTTGACCGCAGTTCCT 1795
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1739 CTGCATTTCAAATTCGATATGGTGGCTACAAAGGTGTGATTGCCGTTGACCGCAGTTCCT 1798
Query 1796 TCCGAAAGTTGTCTCTGCGTGATAGTATGCTTAAATTTGACTCGAACAACAGGATGCTGA 1855
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1799 TCAGAAAGATGTCTCTGCGTGATAGTATGCTTAAATTTGACTCGAACAACAGGATGCTTA 1858
Query 1856 ACGTTACCAGGTGGACAGAGTCGATGCCTTGCTTCTTAAACCGGGAGATCATTTGCCTTT 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ACGTTACCAGGTGGACAGAGTCGATGCCTTGCTTCTTAAACCGGGAGATCATTTGCCTTT 1918
Query 1916 TGTCGACCCTTGGAATAGAAGATGCAATGTTTGAGGCGATGCAAGCGGTGCATTTATCTA 1975
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1919 TGTCGACGCTTGGAATAGAAGATGCAGTGTTTGAGGCGATGCAATCGGTGCATTTATCTA 1978
Query 1976 TGCTTGGGAATATGCTTGAAGACCGCGATGCAGCACTTAATGTTCTGCAGAAATTGAGCG 2035
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1979 TGCTGGGGAATATGCTTGAAGACCGCGATGCAGCACTAAATGTTCTGCAAAAATTGAGCG 2038
Query 2036 GAGAAAATTCCAAGAATTTGCTAGTTAAGATGCTGCTTCAAGGATATGCACCGAGTTCAG 2095
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2039 GAGAAAATTCCAAGAATCTGCTAGTTAAGATGCTGCTTCAAGGATATGCACCAAGTTCGG 2098
Query 2096 AACCTTACCTCTCAATGATGCTTCGTGTGCACCACGAGAGCCAGCTTTCTGAACTAAAGA 2155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 AACCTTACCTCTCAATGATGCTTCGTGTGCACCACGAGAGCCAGCTTTCTGAACTAAAGA 2158
Query 2156 GCAGATGCAGGATACTTGTACCGAAAGGACGGATCTTGATCGGTTGCATGGATGAAATGG 2215
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 GCAGGTGCAGGATACTTGTACCGAAAGGACGAATCTTGATCGGTTGCATGGATGAAATGG 2218
Query 2216 GTATCCTGGAGTATGGCCAAGTGTATGTTCGTGTAACCCTGACTAAAGCGGAACTGAAAT 2275
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2219 GTATCCTGGAATATGGCCAAGTGTTTGTTCGTGTAACCCTGACTAAAGCGGAACTTAAAT 2278
Query 2276 CTCGCGATCAGAGCTACTTTCGCAAGATTGATGAGGAAACATCTGTGGTTATTGGGAAAG 2335
||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2279 CTCGCGAACAGAGCTACTTCCACAAGATTGATGAGGAAACATCTGTGGTGATTGGGAAAG 2338
Query 2336 TGGTCGTGACGAAAAACCCATGTCTTCACCCTGGAGATATTAGAGTTCTTGATGCTATAT 2395
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||
Sbjct 2339 TGGTCGTCACGAAAAACCCATGTCTTCACCCTGGAGATATCAGAGTTCTTGACGCAATAT 2398
Query 2396 ATGAGGTCCATTTCGAAGAAAAGGGATATCTCGACTGCATCATCTTTCCTCAGAAGGGAG 2455
|||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 ATGAGGTCAATTTCGAAGAAAAGGGATTTCTTGACTGCATCATCTTTCCTCAGAAGGGAG 2458
Query 2456 AAAGACCACATCCAAATGAATGTTCTGGTGGCGATCTCGACGGAGACCAGTTTTTTGTTA 2515
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 AAAGGCCACATCCAAATGAATGTTCTGGTGGTGATCTCGACGGAGACCAGTTTTTTGTTA 2518
Query 2516 GCTGGGATGAGAAGATTATACCTAGCGAAATGGACCCTCCAATGGACTATGCTGGAAGCA 2575
| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2519 GTTGGGATGAGAAGCTTATACCAAGCCAAATGGACCCTCCAATGGACTACGCTGGAAGCA 2578
Query 2576 GGCCTCGTCTAATGGATCATGACGTCACGTTAGAGGAAATCCACAAATTTTTTGTGGATT 2635
| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 GACCTCGTATAATGGACCATGACGTCACCTTAGAGGAAATCCACAAATTTTTTGTGGATT 2638
Query 2636 ATATGATAAGCGACACGCTTGGGGTGATCTCAACTGCACATTTGGTTCACGCAGACCGTG 2695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 ATATGATAAGCGACACGCTTGGGGTGATCTCAACTGCACATTTGGTTCACGCAGACCGTG 2698
Query 2696 ACCCTGAAAAAGCCCGGAGCCAGAAGTGTCTAGAGTTAGCAAATCTTCACTCTAGGGCTG 2755
| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 ATCCAGAAAAAGCCCGGAGTCAGAAGTGTCTAGAGTTAGCAAATCTTCACTCTAGGGCTG 2758
Query 2756 TTGATTTTGCAAAAACTGGAGCTCCAGCTGAGATGCCTTATGCCTTAAAGCCCAGAGAGT 2815
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 TTGATTTTGCGAAAACTGGAGCTCCAGCTGAGATGCCTTATGCCTTAAAGCCCAGAGAGT 2818
Query 2816 TCCCTGATTTTCTGGAACGGTTTGAGAAACCAACATACATCTCTGAGTCTGTGTTTGGGA 2875
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2819 TCCCTGATTTCCTGGAACGGTTTGAGAAACCAACATACATCTCTGAGTCTGTGTTTGGAA 2878
Query 2876 AACTATACCGTGCTGTGAAGAGCTC-TCTAGCACAGAGAAAGCCAGAAGCTGAGAGCGA- 2933
|||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 AACTCTACCGTGCTGTGAAAAGCTCGT-TAGCACAGAGAAAGCCAGAAGCTGAGAGCGAT 2937
Query 2934 GGACACGGTAGCTTATGATGTGACACTTGAAGAAGCTGGCTTTGAGAGCTTTATAGAGAC 2993
|| |||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 GG-CACGCTAACTTATGATGCGACACTTGAAGAAACTGGCTTTGAGAGCTTTATAGAGAC 2996
Query 2994 AGCGAAAGCCCATAGAGACATGTATGGTGAGAAACTGACCTCGTTGATGATATACTATGG 3053
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 2997 AGCGAAAGCCCATAGAGACATGTATGCTGAGAAATTGACCTCATTAATGATATACTACGG 3056
Query 3054 AGCTGCT-AACGAAGAGGAGATTCTCACAGGCATTTTGAAAACCAAGGAGATGTATCTGG 3112
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3057 AGCTG-TCAACGAAGAGGAGATTCTCACAGGCATTTTGAAAACCAAGGAGATGTATCTGG 3115
Query 3113 CGAGAGATAACCGGAGGTATGGTGATATGAAGGATAGAATTACGCTTTCCGTGAAAGATT 3172
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3116 CGAGAGATAACCGGAGGTATGGTGATATGAAGGATAGAATTACGCTGTCCGTGAAAGATT 3175
Query 3173 TGCATAAAGAGGCCATGGGATGGTTCGAGAAAAGCTGCGAGGACGAACAACAGAAGAAGA 3232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3176 TGCATAAAGAGGCCATGGGATGGTTCGAGAAAAGCTGCGAGGACGAACAACAGAAGAAGA 3235
Query 3233 AGCTAGCATCGGCGTGGTACTATGTAACATACAATCCAAACCATCGCGATGAGAAGTTGA 3292
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||
Sbjct 3236 AGCTAGCATCGGCGTGGTACTATGTAACATACAACCCGAGCCATCGCGATGAGAAGTTGA 3295
Query 3293 CATTCTTGAGTTTCCCATGGATCGTAGGTGACGTTTTGCTTGATATAAAGGCTGAAAATG 3352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3296 CATTCTTGAGTTTCCCATGGATCGTAGGTGACGTTTTACTTGATATAAAAGCTGAAAATG 3355
Query 3353 CACAGAGACAGAGCGTTGAAGAGAAAACAAGTGGACTTGTATCCATTTGA-TTGCCCTAT 3411
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 3356 CACAGAGACAGAGCATTGAAGAGCCAACAAGTGGACTTGTATCCATTTGAATTACCCTAT 3415
Query 3412 ATAACACTTGGTGTAGTAGAATTGCTAGTTAAAG 3445
||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 3416 CTAACACTTGGTGTAGTATAATTGCTAGCTAAAG 3449
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130347187525
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5