BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G13970.1
Length=2935
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg330119 jgi|Araly1|330119|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002346 3786 0.0
> Ahg330119 jgi|Araly1|330119|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002346
Length=2331
Score = 3786 bits (2050), Expect = 0.0
Identities = 2242/2336 (96%), Gaps = 8/2336 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 92 ATGGCTAGATGGGATCAGATTTTCTCCTTACCTGTGCAAAATCCTACCTTGCCAGAATTT 151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTAGATGGGATCAGATTTTCTCCTTACCTGTGCAAAATCCTACTTTGCCAGAATTT 60
Query 152 TCTTCTACCGATCTTGTCTGGTCAAAGGTTGAAGGTTACCGGGACAATATAGATAGGTTA 211
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTTCTGCCGATCTTGTTTGGTCAAAGGTTGAAGGTTACCGGGACAATATAGATAGGTTA 120
Query 212 GCCCTCATCCCATATACTAGGGTGGATGATTTTGTAAGAGGTGAATGCTCGAATAAAGAT 271
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 121 GCCCTCATCCCGTATACTAGGGTCGATGATTTTGTAAGAGGTGAATCCTCGAATAAAGAT 180
Query 272 TGTCCTACAAGTTTCCATGTTGAAGCTAGACGACGGAAAGCCAAAGGaaaaaaaTATAAG 331
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 TGTCCTACAAGTTTCCATGTCGAAGCTAGACGACGGAAAGCCAAAGGGAAAAAATATAAG 240
Query 332 CCAAAGGTGGATGGCATCTTGGAGTATATTCTGTATTGGTGTTCCTTTGGACCGGATGAC 391
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CCAAAGGTGGATGGCATCCTGGAGTATATTCTGTATTGGTGTTCCTTTGGACCGGATGAC 300
Query 392 AATAGGAAAGGCGGAACTGTACGGCCAAGTAGGAGTACGTATGTTCCGAAAAAGAACAAT 451
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AATAGGAAAGGCGGAGCTGTACGACCAAGTAGGAGCACATATGTTCCGAAAAAGAACAAT 360
Query 452 GCAGGCCGACCCAATTCTAAGAGAGGGTGCAGGTGTCACTTCATTGTGAAACGCTTAATT 511
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCAGGCCGACCCAATTCTAAGAGAGGTTGCAGGTGTCACTTCATTGTGAAACGCTTAATT 420
Query 512 GCAGAACCGACTGTAGCATTAGTAATTTATAACAATGACAAGCATGTAGATGAAAAAGGG 571
|||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GCAGAACCAACTGTGGCTTTAGTAATTTATAACAATGACAAGCATGTAGATGAAAAAGGG 480
Query 572 TTTCCGTGCCATGGTCCACAAGACAAAAAGGCTGCTGGAACAAGAGCCATGTTTGCTCCA 631
|| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTGCCCTGCCACGGTCCACAAGACAAAAAGGCGGCTGGAACAAGAGCCATGTTTGCTCCA 540
Query 632 TATATATCAGAAGACCTTAGGCTACGTGTATCATCTTTGCTCTATGTCGGTGTCTCTGTG 691
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 541 TATATATCAGAAGACCTTAGGCTACGTGTATCATCGTTGCTCTATGTGGGTGTCTCTGTG 600
Query 692 GAGACCATAATGCAAAGGCATAATGAATCAGTGGAAAAACAAGGTGGTCCAAGTAACCGA 751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GAGACCATAATGCAAAGGCATAATGAATCAGTGGAAAAACAAGGTGGTCCAAGTAACCGA 660
Query 752 GATGATCTGTTAACTCATAGATATGTACGAAGACTTGAGAGGAGCATTCGACGTTCAACA 811
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||
Sbjct 661 GATGATTTGTTAACTCATAGATATGTACGAAGACTTGAGAGGAGTATACGACGTTCATCA 720
Query 812 TATGAGCTCGATGAGGATGATGATGTCAGCATCAGCATGTGGGTTGAAAGTCACCAAAGT 871
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 721 TATGAGCTCAATGAGGATGATGATATCAGCATCAGCATGTGGGTTGAAAGTCATCAAAGT 780
Query 872 CATGTGTTTTTCTTCGAGGGGTTCTCTGATACAGACCCTTTTTCCTTGGGTATCCAAACT 931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 781 CATGTGTTTTTCTTCGAGGGGTTCTCTGATACAGACCCTTTCTCCTTGGGTATCCAAACT 840
Query 932 GAGTGGCAGTTGCAACAAATGATTAGATTTGGAAACTGTAGACTTTTGGCTTCAGACTCA 991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GAGTGGCAGTTGCAACAAATGATTAGATTTGGAAACTGTAGACTTTTGGCTTCAGACTCA 900
Query 992 AGGTTTGGGACAAATACACTAAAGTATCCTATCCATAGTCTTGTTGTATTCGACTCTGAG 1051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AGGTTTGGGACAAATACACTAAAGTATCCTATCCATAGTCTTGTTGTATTCGACTCTGAG 960
Query 1052 AATAAGGCTATTCCAGTTGCTTGGATAATTGCACCGCGGTTTTCTAGTGGAGATGCATAC 1111
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 961 AATAAGGCTATTCCAGTTGCTTGGATAATTGCACCGCGGTTTTCCAGTGGAGATGCATAT 1020
Query 1112 AGATGGATGAGAGCTCTTTGTAACCGAGTCCATGCCAAGGATCCCTCCTGGAAGGTGGCT 1171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AGATGGATGAGAGCTCTTTGTAACCGAGTCCATGCCAAGGATCCCTCCTGGAAGGTGGCT 1080
Query 1172 GGGTTCATAGTTGATGATCCTTTTGCTGACATAATAGCGATCAGGGATGTATTTCAGTGT 1231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGGTTCATAGTTGATGATCCTTTTGCTGACATAATAACGATCAGGGATGTATTTCAGTGT 1140
Query 1232 CCAGTCTTGTTTTCCTTTTGGCGTCTTCGCCATGCATGGCATAAGAACATAATCAAGAGA 1291
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CCAGTCTTGTTTTCCTTTTGGCGTGTTCGCCATGCATGGCATAAGAACATAATCAAGAGA 1200
Query 1292 TGTCGAGAAACAAAGACACGCGTTGAGATTTCAAGACATCTTGGGCAGGCTGTAGATAAA 1351
|||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1201 TGTCCAGAAACAGAGACTCGCGTTGATATTTCAAGACATCTTGGGCAGGCTGTTGATAAA 1260
Query 1352 ATCTCTAGAAGGCAAGGAACAGCCACATTGTTTGACAGTTTTGTGGAGGATTTTGTTGGT 1411
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1261 ATCTGTAGAAGGCAAGGAACAGCCACATTGTTTGACACTTTTGCAGAGGATTTTGTTGGT 1320
Query 1412 AGTCCAGAATTTGTGGAGTACTTCAGATCTGTTTGGTCTCCCAGAATAGGAGCCTGGACT 1471
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AGTCCAGAATTTGTGGAGTACTTCAGATCTGTTTGGTCTCCCAGAATAGGAGCCTGGACA 1380
Query 1472 AGTGCGTTACAATCTCTTCCCTTGGCAAGCCAAGAGACCTGTGCAGCGATGGAGCTTTAC 1531
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AGTGCGTTACAATCTCTTCCCTTGGCAAGCCAAGAGACTTGTGCAGCGATGGAGCTTTAT 1440
Query 1532 CACTATCAGCTGAAGTGCAGGCTTTTGAATGAGAGGGACTCTGAAGCTTATCAACGTGCT 1591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CACTATCAGCTGAAGTGCAGGCTTTTGAATGAGAGGGACTCTGAAGCTTATCAACGTGCT 1500
Query 1592 GATTGGTTGGTTGATAAGTTAGGGACAAAAGTACATTCTTACTTCTGGCTTGACGAATAT 1651
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1501 GATTGGTTGGTCGATAAGTTAGGGACAAAAGTACATTCTTACTTCTGGCTTGATGAATAT 1560
Query 1652 TCTGGAAAGGATAATTTTGCCAGGTATTGGAAAGAGGAATGGGTGAGCGGGTTGACTTCC 1711
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TCTGGAAAAGATAATTTTGCCAGGTACTGGAAAGAGGAATGGGTGAGCGGGTTGACTTCC 1620
Query 1712 TTCCGCAAAGCATTGAGTATACCAGATTCTGATGTTGTTATCTCTGGTATGTCTGCAAAA 1771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TTCCGCAAAGCATTGAGTATACCAGATTCTGATGTTGTTATCTCTGGTATGTCTGCAAAA 1680
Query 1772 ATAACAGATGAGTGTGACGGCAACGAAATTCATGTTGTATGGAATCCAGGGTCACAGTTT 1831
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||
Sbjct 1681 ATAACAGATGAGTGTGATGGCAACGAAATTCATGT-GT--GGAATCCAGGTTCACAGTTT 1737
Query 1832 GGGGTTTGCAGTTGCAGCTGGGCAGAAAAGGGATACATATGTAAGCACATGATCAAGCTT 1891
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1738 GGGGTTTGCAGTTGCAGCTGGGCAGAAAAGGGATACTTATGTAAGCACATGATCAAACTT 1797
Query 1892 ACACAACTCTGTCTAGGAAACCGAGCTGCCAGGCAATCTGCGAGCCTTCTACAGTATTAT 1951
||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 ACACAGCTCTGTCTAGGGAACCGAGCTGCTAGGCAATCCGCGAGCCTTCTACAGTATTAT 1857
Query 1952 CAGACTTTGATTGATCTGCTACGCTGCCCACCTCACGATTCCTTGTTTCGTGATTATGCA 2011
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 CAGACCTTGATTGATCTGCTACACTGCCCACCTCACGATTCCTTGTTTCGTGATTATGCA 1917
Query 2012 GTCTCTTTAGCTGTCTCTGTGGAAAAGCAAATAAACGCACTCGGCTATCTGCAAAAGAGT 2071
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1918 ATTTCTTTAGCCGTCTCTGTGGAAAAGCAAATAAACGCACCCGGCAATCTGCAAAAGAGT 1977
Query 2072 GATGCTAATGAAGGTAACTTGCAGAAAGAAATTGCTTTCAGTGAACCATCTAGTGGAAAA 2131
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1978 GATGCTAACGAAGGTAACTTGCAGAAAGAAATTGCTTTCAGTGAACCATCTAATGGAAAA 2037
Query 2132 TCTCTTGATGAATCTGACTTGCTAGATAAGCATGAGGGTCATGGTGAAGTTGCTACTGAT 2191
||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 2038 TCTCTTGATGAATCTAACTTGCTAGATAAACATGAGGGTCATGGCGAAGTTGCTACTAAT 2097
Query 2192 TTAGATGGCG-GATTGAGTAAAATGCCAATGAGTTGTCTGAGGGTCTGCTCAGGAAATGC 2250
|||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2098 TTAGATGGTGCG-TTGAGTAAAATGCCAATGAGTTGTCTGAGGGTCTGCTCAGAAAATGT 2156
Query 2251 AGAAGACATTATTTCGGGTTCTGAAATGGAAATTGGACTTTCACCAG-GTTCAACCAAAG 2309
| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||| | ||||||||||||
Sbjct 2157 AAAAGACATTATTTCAGGTTCTGAAATGGAAATCGAACCTTCACT-GTGTTCAACCAAAG 2215
Query 2310 CTGCTGCAGAAGATGTTACCTCTACTGTTCAGAATGGTACAGACAGTGCGAACGAGAATT 2369
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2216 CTGCTGCAGAAGATGTTACCTCTACTGTGCAGAATGGTACAGACACCGCGAACGAGAATT 2275
Query 2370 GTGAAAGAGGTGCGAAAAGGTTGAAAATTTGGGCACCGGAG-AACGGAGTGTATGA 2424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||
Sbjct 2276 GTGAAAGAGGTGCGAAAAGGTTGAAAATTTGGGCACCCGAGCAAGGGAGTGTATGA 2331
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110804522705
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5