BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G14210.1 Length=2213 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg493490 jgi|Araly1|493490|fgenesh2_kg.7__2923__AT4G14210.1 3229 0.0 > Ahg493490 jgi|Araly1|493490|fgenesh2_kg.7__2923__AT4G14210.1 Length=2082 Score = 3229 bits (1748), Expect = 0.0 Identities = 1994/2107 (95%), Gaps = 40/2107 (2%) Strand=Plus/Plus Query 116 ACATGTTTCGTAAGCAACAAAAGAGCTTGGTCTGAAAACCAAACAAGACC--AT-ATGGG 172 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| Sbjct 1 ACATATTTCGTAAGCAACAAAAGAGCTTGGTCTGAAAACCAACCAAGACCATATGATGGG 60 Query 173 CACTCGAATACTCCATTTTGTTATCGGCTACTTCCACTAGCCTCCTCCTTCGCTGCG--T 230 ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| | Sbjct 61 CACTCAAAGCCTCCATTTTGTTATCGGCTACTTCCACTAGCTTCCTTCTTCTCTGCGTCT 120 Query 231 -CTCCTGTTTCTCTACTTCACGATTACTCGCTAGATTCATTGAAGCAGTTGTGAGTTAAG 289 |||||| |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 121 CCTCCTGGTTCTCTACTTTACGATTGCTCACTAGATTCATTGAAGCAGTTGTGACTTAAG 180 Query 290 TTGGAGAAAATGGTTGTGTTTGGGAATGTTTCTGCGGCGAATTTGCCTTATCAAAACGGG 349 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GTGGAG-AAATGGTTGTGTTTGGGAATGTTTCTGCGGCGAATTTGCCTTATCAAAACGGG 239 Query 350 TTTTTGGAGGCAC--T-TTCATCTGGAGGT-TGTGAACTAATGGGACATAGCTTTAGGGT 405 ||||||||||||| | ||||||||||||| | |||| | |||||||| ||||||||||| Sbjct 240 TTTTTGGAGGCACTTTCTTCATCTGGAGGTAT-TGAATTGATGGGACACAGCTTTAGGGT 298 Query 406 TCCCACTTCTCAAGCGCTTAAGACAAGAACAAGGAGGAGGAGTACTGCTGGTCCTTTGCA 465 ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| Sbjct 299 TCCGACTTTTCAAGCACTTAAGACAAGAACAAGGAGGAGAAGTAGTGCTGGTCCTTTGCA 358 Query 466 GGTAGTTTGTGTGGATATTCCAAGGCCAGAGCTAGAGAACACTGTCAATTTCTTGGAAGC 525 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 359 GGTGGTTTGTGTGGATATTCCAAGGCCAGAGCTAGAGAATACTGTCAATTTCTTGGAAGC 418 Query 526 TGCTAGTTTATCTGCATCCTTCCGTAGTGCTCCTCGTCCTGCTAAGCCTTTGAAAGTTGT 585 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 419 TGCTAGTTTATCTGCATCTTTCCGTAGTGCTCCTCGTCCTGCAAAGCCTTTAAAAGTTGT 478 Query 586 AATTGCTGGTGCTGGATTGGCTGGATTGTCAACTGCAAAGTACCTGGCTGATGCAGGCCA 645 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 AATTGCTGGTGCTGGATTGGCTGGATTGTCAACTGCAAAGTACCTGGCTGATGCAGGCCA 538 Query 646 CAAACCTCTGTTGCTTGAAGCAAGAGATGTTCTTGGTGGAAAGATAGCTGCATGGAAGGA 705 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 CAAACCTCTGTTACTTGAAGCAAGAGATGTTCTTGGTGGAAAGATAGCTGCATGGAAGGA 598 Query 706 TGAAGATGGGGACTGGTATGAGACTGGTTTACATATTTTCTTCGGTGCTTATCCGAATGT 765 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 599 TGAAGATGGGGACTGGTATGAAACTGGTTTACATATATTCTTCGGTGCTTATCCAAATGT 658 Query 766 GCAGAATTTATTTGGAGAACTTGGGATCAATGATCGGTTGCAGTGGAAGGAACACTCCAT 825 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 GCAGAACTTATTTGGAGAACTTGGGATCAATGATCGGTTGCAGTGGAAGGAACACTCCAT 718 Query 826 GATTTTTGCTATGCCAAGTAAACCTGGAGAATTTAGTAGATTTGACTTCCCAGATGTCCT 885 |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 719 GATTTTCGCTATGCCAAGTAAACCTGGAGAGTTTAGTAGATTTGACTTCCCAGATGTCCT 778 Query 886 ACCAGCACCCTTAAATGGTATTTGGGCTATTTTGCGGAACAACGAGATGCTGACATGGCC 945 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 779 ACCAGCACCCTTAAACGGTATTTGGGCTATTTTGCGGAACAACGAGATGCTGACATGGCC 838 Query 946 AGAGAAAATAAAGTTTGCTATTGGACTTTTGCCAGCCATGGTCGGCGGTCAGGCTTATGT 1005 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 839 AGAGAAAATAAAGTTTGCTATTGGACTTTTGCCAGCCATGGTCGGCGGCCAGGCTTATGT 898 Query 1006 TGAGGCCCAAGATGGTTTATCAGTCAAAGAATGGATGGAAAAGCAGGGAGTACCTGAGCG 1065 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 TGAAGCCCAAGATGGTTTATCAGTCAAAGAATGGATGGAAAAGCAGGGAGTACCTGAGCG 958 Query 1066 CGTGACCGACGAGGTGTTTATTGCCATGTCAAAGGCGCTAAACTTTATAAACCCTGATGA 1125 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 959 TGTGACTGACGAGGTGTTTATTGCCATGTCAAAGGCGCTAAACTTTATCAACCCTGATGA 1018 Query 1126 ACTGTCAATGCAATGCATTTTGATAGCTTTGAACCGGTTTCTTCAGGAAAAACATGGTTC 1185 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 ACTGTCAATGCAATGCATTTTGATAGCTTTGAACCGGTTTCTTCAGGAAAAACATGGTTC 1078 Query 1186 CAAGATGGCATTCTTGGATGGTAATCCTCCGGAAAGGCTTTGTATGCCAGTAGTGGATCA 1245 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1079 CAAGATGGCATTCTTGGATGGTAATCCTCCGGAAAGGCTTTGTATGCCAATAGTGGATCA 1138 Query 1246 TATTCGATCACTAGGTGGGGAAGTGCAACTTAATTCTAGGATAAAGAAAATTGAGCTCAA 1305 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 TATTCGATCACTAGGTGGGGAAGTGCAACTTAATTCTAGGATAAAGAAAATTGAGCTCAA 1198 Query 1306 TGACGATGGCACGGTTAAGAGTTTCTTACTCACTAATGGAAGCACTGTCGAAGGAGACGC 1365 | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 TAACGATGGCACGGTTAAGAGTTTCTTACTAACTAACGGAAGCACTGTCGAAGGAGACGC 1258 Query 1366 TTATGTGTTTGCCGCTCCAGTCGATATCCTGAAGCTCCTTTTACCAGATCCCTGGAAAGA 1425 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 TTATGTGTTTGCCGCTCCAGTCGATATCCTGAAGCTCCTTTTACCAGATCCCTGGAAAGA 1318 Query 1426 AATACCGTACTTCAAGAAATTGGATAAATTAGTTGGAGTACCAGTTATTAATGTTCATAT 1485 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1319 AATACCGTACTTCAAGAAATTGGATAAATTAGTTGGAGTGCCAGTTATTAATGTTCATAT 1378 Query 1486 ATGGTTTGATCGAAAACTGAAGAACACATATGATCACCTACTCTTTAGCAGAAGTAACCT 1545 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 ATGGTTTGATCGAAAACTGAAGAACACATATGATCACCTACTCTTTAGCAGAAGTAACCT 1438 Query 1546 TCTGAGCGTGTATGCCGACATGTCCTTAACTTGTAAGGAATATTACGATCCTAACCGGTC 1605 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1439 TCTTAGCGTGTATGCCGACATGTCCTTAACTTGTAAGGAATATTACGATCCTAACCGGTC 1498 Query 1606 AATGCTGGAGCTAGTATTTGCACCAGCAGAGGAATGGATATCACGGACTGATTCTGACAT 1665 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1499 GATGCTGGAGCTAGTATTTGCACCAGCAGAGGAATGGATATCACGAACTGACTCTGACAT 1558 Query 1666 CATAGATGCAACAATGAAAGAACTTGAGAAACTCTTCCCTGATGAAATCTCAGCTGACCA 1725 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1559 CATAGATGCAACAATGAAAGAACTTGAGAAACTCTTCCCTGATGAAATCTCAGCTGACCA 1618 Query 1726 AAGCAAAGCTAAAATTCTGAAGTACCATGTCGTTAAGACTCCAAGATCTGTGTACAAGAC 1785 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| Sbjct 1619 AAGCAAAGCTAAAATTCTGAAGTACCATGTCGTTAAAACTCCAAGGTCTGTGTATAAGAC 1678 Query 1786 CATCCCAAACTGTGAACCATGTCGTCCTCTACAAAGATCACCTATTGAAGGATTCTACTT 1845 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| Sbjct 1679 CATCCCAAACTGTGAACCATGTCGTCCTCTACAGAGATCACCTATTCAAGGGTTCTACTT 1738 Query 1846 AGCTGGAGATTACACAAAACAGAAGTACTTAGCTTCCATGGAAGGCGCTGTCCTCTCTGG 1905 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 1739 AGCTGGAGATTACACAAAACAGAAGTACTTAGCTTCCATGGAAGGCGCGGTTCTCTCTGG 1798 Query 1906 CAAATTCTGCTCTCAGTCTATTGTTCAGGATTACGAGCTACTGGCTGCGTCTGGACCAAG 1965 |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | || Sbjct 1799 CAAATTCTGCTCACAGTCTATTGTGCAGGATTACGAGCTACTGGCTGCATCTGGATCGAG 1858 Query 1966 AAAGTTGTCGGAGGCAACAGTATCATCATCATGA----GA-AGAGGACAAAACTTAAAGA 2020 |||||| ||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |||||||| Sbjct 1859 AAAGTTATCGGAGGCAACAGTATCATCATCATCATCATGAGAGAGGACAAAGCTTAAAGA 1918 Query 2021 TGATTTGCTTGTAAGCATTATTATTTGTGTATAAATCTCATTGCAATCCAAACTTAACCT 2080 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| Sbjct 1919 TGATTT-CTTGTAAGCATTATTATTTGTGTATAAATCTCACTGCAATCCAAAATTGACCC 1977 Query 2081 TACTCTCTTCAGTAAATGAATCTCACAGATTTGACATCTCACGTTTCTGTCAATTTTATA 2140 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || | | Sbjct 1978 TACTCTCTTCAGTAAATGAATCTCACAAATTTGACATCTC---TTT-----AA----A-A 2024 Query 2141 ATTTTTAAAAAGTAATTACTGTCGACCTTTTGTAATCATAGTGATTTATCATTATGTCTC 2200 | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2025 G-----A----GTAATTACTGTCGAGCTTTTGTAATCATAGTGATTTATCATTATGTCTC 2075 Query 2201 TCTTTTT 2207 ||| ||| Sbjct 2076 TCTCTTT 2082 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 83303365815 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5