BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G15530.5 Length=2945 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg946761 jgi|Araly1|946761|scaffold_702990.1 4619 0.0 Ahg896393 jgi|Araly1|896393|Al_scaffold_0005_359 363 6e-99 > Ahg946761 jgi|Araly1|946761|scaffold_702990.1 Length=2911 Score = 4619 bits (2501), Expect = 0.0 Identities = 2769/2900 (95%), Gaps = 11/2900 (0%) Strand=Plus/Plus Query 48 TGGTTTATGCTTTATATAAGAAAGAAAATGACAAGTATGATCGTGAAGACAACGCCGGAG 107 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TGGTTTATGCTTTATAT----AAGAAAATGACAAGTATGATCGTGAAGACAACGCCGGAG 56 Query 108 CTCTTCAAAGGAAATGGAGTGTTCCGTACGGATCATCTCGGAGAAAACCGAATGGTTAGT 167 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 57 CTCTTCAAAGGAAATGGAGTGTACCGTACGGATCATCTCGGCGAAAACCGAATGGTTAGT 116 Query 168 CGATCAAACCGGCTAGGTGATGGATCAAACCGTTTCCCTAGAACCGGTACAATCCATTGC 227 |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 117 CGATCAAACCGGCTAGGTGATGGATCCAACAGTTTCCCTAGAACCGGTACAATCCATTGC 176 Query 228 CAACGGTTAAGCATAGCAAAG-ACCGGTTTGCATCGTGAGACGAAGGCTCGAGCCATACT 286 ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || Sbjct 177 CAACGGTTAAGCATAGC-AAGAACCGGTTTGCATCGTGATACAAAGGCTCGAGCCATCCT 235 Query 287 TAGCCCTGTGTCCGATCCGGCCGCTTCCATAGCCCAAAAGCGAGTATTCACCTTTGGAAA 346 | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 236 TGGCCTTGTGTCCGATCCGGCCGCTTCCATAGCCCAAAAGCGTGTATTCACCTTTGGGAA 295 Query 347 AGGAAGAAGCGAAGGCAACAAGGGCATGAAGTCCTTGTTGGGAGGGAAAGGAGCCAACCT 406 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 296 AGGAAGAAGCGAAGGCAACAAGGGCATGAAGTCCTTGTTGGGAGGGAAAGGAGCAAACCT 355 Query 407 GGCGGAGATGGCTAGCATAGGCTTGTCGGTGCCGCCGGGGCTAACCATATCGACGGAGGC 466 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 356 GGCGGAGATGGCGAGCATAGGCTTGTCGGTGCCGCCGGGGCTAACCATATCTACGGAGGC 415 Query 467 TTGTCAGCAGTATCAGATCGCCGGCAAAAAGCTTCCAGAAGGTTTATGGGAAGAGATCTT 526 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 416 TTGTCAGCAGTATCAGATCGCCGGCAAGAAGCTTCCAGAAGGTTTATGGGAAGAGATCTT 475 Query 527 AGAAGGTCTTAGCTTCATCGAACGTGACATTGGAGCTTCCCTCGCTGATCCCTCCAAGCC 586 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 476 GGAAGGTCTTTGCTTCATCGAACGTGACATTGGAGCTTCCCTCGCCGATCCCTCTAAGCC 535 Query 587 ACTCCTCCTCTCTGTTCGCTCCGGCGCCGCCATCTCAATGCCTGGTATGATGGACACTGT 646 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 536 ACTCCTCCTCTCTGTTCGCTCCGGCGCCGCCATCTCAATGCCTGGTATGATGGACACTGT 595 Query 647 ACTTAACCTTGGCTTGAACGACCAAGTCGTCGTTGGTCTGGCCGCAAAAAGCGGAGAGCG 706 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| Sbjct 596 ACTTAACCTTGGCTTAAACGACCAAGTCGTCGTTGGTTTGGCTGCCAAAAGCGGAGAGCG 655 Query 707 TTTTGCTTACGATTCGTTCCGGCGTTTTCTTGATATGTTTGGTGATGTTGTGATGGGAAT 766 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| Sbjct 656 TTTTGCTTACGATTCGTTCCGGCGTTTTCTTGATATGTTTGGCGATGTTGTGTTGGGAAT 715 Query 767 TCCACACGCCAAGTTTGAAGAGAAGTTAGAGAGAATGAAGGAGAGGAAAGGAGTTAAAAA 826 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 716 TCCACACGCCAAGTTTGAAGAGAAGTTAGAGAGGATGAAGGAGAGAAAAGGAGTAAAAAA 775 Query 827 TGACACTGACTTAAGCGCGGCTGATCTCAAGGAATTGGTTGAGCAGTACAAGAGTGTTTA 886 |||||| || |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 776 TGACACAGAATTAAGCGCCACTGATCTTAAAGAATTGGTTGAGCAGTACAAGAGTGTTTA 835 Query 887 CTTAGAGGCCAAGGGTCAAGAGTTTCCTTCAGATCCAAAGAAGCAATTGGAGCTAGCGAT 946 | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 836 CGTAGAGGCCAAGGGTCAAGAGTTTCCTTCAGATCCGAAGAAGCAATTGGAGCTAGCGAT 895 Query 947 TGAAGCGGTATTCGATTCTTGGGATAGCCCGAGAGCGAACAAGTACAGAAGTATTAACCA 1006 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 896 TGAAGCGGTATTCGATTCTTGGGATAGCCCTAGAGCGAACAAGTACAGAAGTATTAACCA 955 Query 1007 GATAACTGGATTGAAAGGAACCGCGGTTAACATTCAGTGTATGGTGTTTGGAAACATGGG 1066 |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 956 GATAACCGGATTGAAGGGAACCGCGGTAAACATTCAGTGTATGGTGTTTGGAAACATGGG 1015 Query 1067 GGACACTTCAGGGACTGGTGTTCTCTTCACTAGGAACCCTAGCACAGGAGAGAAGAAGCT 1126 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1016 GGACACTTCAGGGACTGGTGTTCTCTTCACCAGGAACCCTAGCACCGGAGAGAAGAAGCT 1075 Query 1127 TTATGGCGAGTTTCTAGTTAATGCTCAGGGAGAGGATGTGGTTGCAGGGATAAGAACACC 1186 || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 1076 CTACGGAGAGTTTCTAGTCAATGCTCAGGGAGAGGATGTGGTGGCAGGGATTAGAACACC 1135 Query 1187 AGAAGATTTGGATACAATGAAGAGATTTATGCCTGAGGCTTACGCTGAACTTGTTGAGAA 1246 ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1136 CGAAGATTTGGATACAATGAGGAGATTAATGCCTGAGGCTTATGCAGAACTTGTTGAGAA 1195 Query 1247 CTGCAACATCTTAGAAAGACATTACAAAGACATGATGGATATTGAATTCACAGTACAAGA 1306 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 1196 CTGCAACATCTTAGAAAGACATTACAAAGACATGATGGATATCGAATTCACCGTACAAGA 1255 Query 1307 AGAGAGATTGTGGATGCTGCAATGCAGAGCGGGTAAGCGAACGGGTAAAGGCGCCGTGAA 1366 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1256 GGAGAGATTGTGGATGCTGCAATGTAGAGCGGGTAAGCGAACGGGTAAAGGCGCGGTGAA 1315 Query 1367 GATAGCAGTTGATATGGTAGGTGAAGGGCTTGTTGAGAAATCTTCTGCTATCAAAATGGT 1426 ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1316 GATAGCAGTTGATATGGTAAGTGAAGGGCTTGTAGATAAATCTTCTGCAATCAAAATGGT 1375 Query 1427 GGAGCCTCAACATCTTGATCAACTACTTCACCCACAGTTTCATGATCCATCGGGGTATCG 1486 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1376 GGAGCCTCAACATCTTGATCAACTACTTCACCCACAGTTTCATGATCCATCGGGGTATCG 1435 Query 1487 TGAAAAAGTGGTGGCCAAAGGCTTACCTGCGTCACCAGGAGCGGCGGTTGGACAGGTTGT 1546 ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 1436 TGAAAAAGTTGTGGCGAAAGGCTTACCGGCGTCACCAGGAGCTGCGGTTGGGCAGGTTGT 1495 Query 1547 GTTCACGGCGGAGGAAGCCGAAGCTTGGCATTCTCAGGGTAAAACTGTGATTCTGGTTCG 1606 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| Sbjct 1496 GTTCACGGCGGAGGAAGCCGAAGCTTGGCATTCTCAAGGAAAAACCGTGATTCTAGTTCG 1555 Query 1607 AACTGAGACAAGCCCTGACGATGTGGGAGGTATGCACGCAGCGGAAGGTATATTGACGGC 1666 ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1556 AACGGAGACAAGCCCTGATGATGTTGGAGGTATGCACGCAGCCGAAGGTATATTGACGGC 1615 Query 1667 TAGAGGAGGAATGACGTCACACGCGGCTGTTGTTGCTCGCGGTTGGGGAAAATGTTGCAT 1726 ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 GAGAGGTGGAATGACGTCACACGCGGCGGTTGTTGCTCGCGGTTGGGGAAAATGTTGCAT 1675 Query 1727 TGCTGGTTGTTCCGAGATTCGTGTCGACGAGAACCACAAGGTTCTATTGATTGGAGATTT 1786 |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1676 CGCTGGTTGCTCCGAAATTCGTGTCGACGAGAACCATAAGGTTCTATTGATTGGAGATTT 1735 Query 1787 GACGATTAATGAAGGCGAATGGATCTCAATGAACGGATCAACCGGTGAGGTTATATTAGG 1846 ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1736 GACTATTCATGAAGGCGAATGGATCTCGATGAACGGATCAACCGGTGAGGTTATATTAGG 1795 Query 1847 GAAACAAGCATTGGCTCCTCCGGCTTTAAGTCCAGATTTGGAGACTTTCATGTCCTGGGC 1906 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1796 GAAACAAGCATTGGCTCCTCCGGCTTTGAGTCCAGATTTAGAGACTTTCATGTCCTGGGC 1855 Query 1907 TGATGCAATCAGACGTCTCAAGGTTATGGCGAATGCGGATACACCTGAAGACGCCATTGC 1966 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 1856 TGATGCAATCAGACGTCTCAAGGTTATGGCGAATGCGGATACCCCTGAAGACGCGATTGC 1915 Query 1967 AGCTAGGAAAAACGGAGCTCAAGGAATCGGGCTTTGTAGGACAGAGCATATGTTCTTTGG 2026 ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1916 AGCAAGGAAAAACGGCGCTCAAGGGATCGGGCTTTGTAGGACCGAACATATGTTCTTTGG 1975 Query 2027 AGCAGATAGGATTAAAGCAGTGAGAAAGATGATAATGGCGGTAACAACAGAGCAAAGGAA 2086 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1976 CGCAGATAGGATTAAAGCAGTGAGAAAGATGATAATGGCGGTAACAACAGAGCAAAGGAA 2035 Query 2087 AGCTTCTCTCGACATCTTGCTTCCTTACCAACGTTCGGATTTCGAAGGGATCTTCCGTGC 2146 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2036 AGCTTCTCTCGACATCTTGCTTCCTTACCAACGTTCGGATTTCGAAGGGATCTTCCGCGC 2095 Query 2147 TATGGATGGTTTACCGGTAACAATCCGTTTGTTAGACCCTCCGCTTCACGAGTTTCTCCC 2206 |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2096 TATGGATGGTTTACCGGTAACAATTCGCCTGTTAGACCCTCCACTTCACGAGTTTCTCCC 2155 Query 2207 GGAAGGCGACTTGGACAACATTGTACATGAGCTAGCTGAAGAAACTGGTGTGAAAGAAGA 2266 ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| || ||||||||||| Sbjct 2156 GGAAGGCGATTTGGACAACATTGTAAATGAGTTAGCTGCAGAAACAGGCGTGAAAGAAGA 2215 Query 2267 TGAAGTCTTGTCACGGATAGAGAAACTCTCTGAAGTGAATCCAATGCTTGGTTTCCGCGG 2326 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2216 CGAAGTCTTGTCACGAATAGAGAAACTCTCTGAAGTGAATCCAATGCTTGGTTTCCGCGG 2275 Query 2327 TTGCAGGCTCGGAATATCGTATCCAGAGCTAACGGAGATGCAAGCGCGTGCAATTTTTGA 2386 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2276 TTGCAGGCTCGGAATATCGTATCCTGAGCTAACGGAAATGCAAGCGCGTGCAATTTTTGA 2335 Query 2387 AGCTGCAGCGTCAATGCAGGACCAAGGTGTTACTG-TCATTCCTGAGATTATGGTTCCAC 2445 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 2336 AGCAGCAGCGTCAATGCAGGACCAAGGTGTTACTGTTC-TTCCTGAGATTATGGTTCCAC 2394 Query 2446 TTGTAGGAACTCCTCAGGAATTGGGTCACCAAGTTGATGTAATTCGTAAAGTTGCAAAGA 2505 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||| Sbjct 2395 TTGTAGGAACTCCTCAGGAATTGGGTCACCAAGTTAATGTAATCCGAAAAGTGGCAAAGA 2454 Query 2506 AAGTATTTGCTGAGAAGGGTCATACCGTGAGCTACAAGGTTGGGACAATGATTGAGATCC 2565 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2455 AAGTATTTGCTGAGAAGGGTCATACCGTGAGCTACAAGGTTGGGACAATGATTGAGATCC 2514 Query 2566 CTCGAGCCGCGCTCATTGCAGATGAGATTGCGAAAGAGGCGGAGTTTTTCTCGTTCGGGA 2625 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2515 CTCGAGCCGCGCTCATTGCAGATGAGATTGCGAAAGAGGCGGAGTTTTTCTCGTTCGGGA 2574 Query 2626 CAAACGACTTGACGCAGATGACGTTTGGATACAGTAGAGACGATGTCGGCAAGTTTCTAC 2685 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2575 CAAATGACTTGACGCAGATGACGTTTGGATACAGTAGAGACGATGTTGGCAAGTTTCTAC 2634 Query 2686 CGATTTACCTCGCCAAAGGAATCTTACAGCACGACCCTTTTGAGGTTCTTGATCAGCAAG 2745 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2635 CGATTTACCTCGCCCAAGGAATCTTACAGCACGACCCTTTTGAGGTTCTTGATCAGCAAG 2694 Query 2746 GTGTAGGGCAATTGATCAAGATGGCGACAGAAAAAGGACGAGCAGCTAGGCCTAGCCTCA 2805 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2695 GTGTAGGGCAATTGATCAAGATGGCGACAGAAAAAGGACGAGCAGCTAGGCCTAGCCTCA 2754 Query 2806 AGGTTGGGATATGTGGAGAACATGGAGGAGATCCATCTTCTGTGGGATTCTTTGCTGAAG 2865 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2755 AGGTTGGGATATGTGGAGAACATGGAGGAGATCCATCGTCTGTGGGATTCTTTGCTGAAG 2814 Query 2866 CAGGACTTGACTATGTCTCTTGTTCTCCTTTCAGGGTTCCAATTGCAAGGCTTGCAGCTG 2925 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2815 CAGGACTTGACTATGTCTCTTGTTCTCCTTTCAGAGTTCCAATTGCAAGGCTTGCAGCTG 2874 Query 2926 CTCAAGTAGTTGTTGCATGA 2945 ||||||| | ||||||||| Sbjct 2875 CTCAAGT--T-GTTGCATGA 2891 > Ahg896393 jgi|Araly1|896393|Al_scaffold_0005_359 Length=213 Score = 363 bits (196), Expect = 6e-99 Identities = 210/216 (97%), Gaps = 3/216 (1%) Strand=Plus/Plus Query 2730 GTTCTTGATCAGCAAGGTGTAGGGCAATTGATCAAGATGGCGACAGAAAAAGGACGAGCA 2789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GTTCTTGATCAGCAAGGTGTAGGGCAATTGATCAAGATGGCGACAGAAAAAGGACGAGCA 60 Query 2790 GCTAGGCCTAGCCTCAAGGTTGGGATATGTGGAGAACATGGAGGAGATCCATCTTCTGTG 2849 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 61 GCTATGCCTAGCCTCAAGGTTGGGATATGTGGAGAACATGGAGGAGATCCATCGTCTGTG 120 Query 2850 GGATTCTTTGCTGAAGCAGGACTTGACTATGTCTCTTGTTCTCCTTTCAGGGTTCCAATT 2909 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 121 GGATTCTTTGCTGAAGCAGGACTTGACTATGTCTCTTGTTCTCCTTTCAGAGTTCCAATT 180 Query 2910 GCAAGGCTTGCAGCTGCTCAAGTAGTTGTTGCATGA 2945 ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| Sbjct 181 GCAAGGCTTGCAGCTGCTCAAGT--T-GTTGCATGA 213 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 111185425155 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5