BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G17090.1 Length=2035 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg946523 jgi|Araly1|946523|scaffold_702752.1 2876 0.0 > Ahg946523 jgi|Araly1|946523|scaffold_702752.1 Length=1687 Score = 2876 bits (1557), Expect = 0.0 Identities = 1640/1681 (98%), Gaps = 1/1681 (0%) Strand=Plus/Plus Query 70 AGAGAGaaaaaaaCTATGGAATTGACACTGAATTCCTCGAGTTCTCTTATCAAACGTAAA 129 |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 7 AGAGAG-AAAAAACTATGGAATTGACACTAAATTCCTCCAGTTCTCTTATCAAACGTAAA 65 Query 130 GATGCCAAGAGTTCTAGAAACCAAGAAAGTTCCTCCAACAACATGACCTTTGCGAAGATG 189 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 66 GATGCCAAGAGTTCTAGAAACCAAGAGAGTTCCTCTAACAACATGACCTTTGCGAAGATG 125 Query 190 AAGCCGCCAACATATCAATTCCAAGCAAAGAACTCGGTTAAGGAAATGAAGTTCACTCAC 249 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 126 AAGCCGCCAACATATCAATTCCAAGCAAAGAACTCGGTTAAGGAAATGAAGTTCACTCAC 185 Query 250 GAGAAGACCTTCACGCCAGAAGGTGAAACCCTTGAGAAATGGGAGAAGCTCCACGTTCTC 309 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 186 GAGAAGACCTTCACGCCAGAAGGTGAAACCCTTGAGAGATGGGAGAAGCTCCACGTTCTC 245 Query 310 TCATACCCACACTCCAAGAACGACGCTAGCGTTCCGGTGTTCGTCATGTTACCGCTCGAC 369 ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 246 TCATACCCACACTCCAAGAACGAATCTAGCGTTCCTGTGTTCGTCATGTTACCGCTCGAC 305 Query 370 ACAGTAACAATGTCAGGGCATTTGAACAAACCACGAGCCATGAACGCTAGTTTGATGGCC 429 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 306 ACGGTAACAATGTCAGGGCATTTGAACAAACCACGAGCCATGAACGCTAGTTTGATGGCT 365 Query 430 CTGAAAGGAGCTGGTGTGGAAGGTGTGATGGTGGATGCTTGGTGGGGATTGGTGGAGAAA 489 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 366 CTGAAAGGAGCTGGTGTGGAAGGTGTTATGGTGGATGCTTGGTGGGGATTGGTGGAGAAA 425 Query 490 GATGGACCTATGAATTATAACTGGGAAGGCTATGCCGAGCTTATACAGATGGTTCAAAAG 549 |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 426 GATGGACCTATGAATTATAATTGGGAAGGATATGCCGAGCTTATACAGATGGTTCAAAAG 485 Query 550 CACGGTCTCAAACTCCAGGTCGTTATGTCATTCCATCAATGTGGAGGAAACGTAGGAGAC 609 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 486 CACGGTCTCAAACTCCAGGTCGTTATGTCTTTCCATCAATGTGGAGGAAACGTCGGAGAC 545 Query 610 TCTTGCAGTATCCCCTTGCCTCCATGGGTGCTTGAAGAGATCAGCAAGAACCCTGATCTT 669 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| Sbjct 546 TCTTGCAGTATCCCCTTGCCCCCATGGGTGCTTGAAGAAATCAGCAAGAACCCCGATCTT 605 Query 670 GTCTACACAGACAAATCTGGGAGAAGGAACCCTGAATATATCTCCTTGGGATGTGATTCT 729 |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 606 GTCTACACAGACAAATCTGGGAGAAGGAACGCTGAGTATATCTCCTTGGGATGTGATTCT 665 Query 730 GTGCCTGTCCTAAGAGGAAGAACACCTATCCAGGTCTACTCAGATTTCATGAGGAGCTTC 789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 666 GTGCCTGTCCTAAGAGGAAGAACACCTATCCAGGTCTACTCAGATTTCATGAGGAGCTTC 725 Query 790 CGTGAACGATTTGAAGGCTACATAGGAGGAGTTATTGCGGAAATTCAAGTAGGAATGGGA 849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 726 CGTGAACGATTTGAAGGCTACATAGGAGGAGTTATTGCGGAAATTCAAGTAGGAATGGGA 785 Query 850 CCTTGTGGAGAATTGAGATACCCATCATACCCTGAGAGCAACGGGACCTGGAGATTCCCC 909 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 786 CCTTGCGGAGAATTGAGATACCCATCATACCCTGAGAGCAACGGGACCTGGAGATTTCCC 845 Query 910 GGAATTGGAGAGTTCCAGTGCTACGACAAGTATATGAAATCGTCACTTCAAGCATATGCT 969 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 846 GGAATTGGAGAGTTCCAGTGCTACGACAAGTATATGAAATCGTCACTTCAAGCATATGCT 905 Query 970 GAGTCAATCGGGAAAACTAACTGGGGAACAAGTGGACCTCATGATGCCGGCGAGTACAAG 1029 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 906 GAATCAATCGGGAAAACTAACTGGGGAACAAGTGGACCTCATGATGCCGGCGAGTACAAG 965 Query 1030 AACCTCCCAGAAGATACTGAATTTTTCAGGAGAGACGGAACATGGAATAGCGAGTATGGA 1089 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 966 AACCTCCCAGAAGATACTGAATTTTTCCGGAGAGACGGAACATGGAATAGCGAGTATGGA 1025 Query 1090 AAGTTTTTCATGGAATGGTACTCCGGGAAGCTGCTAGAACATGGAGACCAACTCCTATCT 1149 ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1026 AAGTTTTTCATGGAATGGTACTCTGGGAAGCTACTAGAACATGGAGACCAACTCCTATCT 1085 Query 1150 TCAGCGAAAGGTATCTTTCAAGGAAGCGGAGCAAAGCTATCAGGAAAGGTAGCTGGAATT 1209 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1086 TCAGCGAAAGGAATCTTTCAAGGAAGCGGAGCAAAGCTATCAGGGAAGGTAGCTGGAATT 1145 Query 1210 CACTGGCACTACAACACCAGGTCACACGCAGCTGAGCTAACCGCTGGATACTACAACACA 1269 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1146 CACTGGCACTACAACACCAGGTCACACGCAGCTGAGCTAACCGCTGGATATTACAACACA 1205 Query 1270 AGAAACCATGACGGGTATCTGCCAATAGCTAAGATGTTCAACAAACATGGAGTTGTGCTC 1329 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1206 AGAAACCATGACGGGTATCTGCCAATAGCTAAGATGTTCAACAAACATGGAGTTGTGCTC 1265 Query 1330 AACTTCACCTGCATGGAGATGAAAGACGGGGAGCAACCTGAGCACGCGAATTGCTCACCA 1389 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| Sbjct 1266 AACTTCACCTGCATGGAGATGAAAGATGGGGAGCAACCGGAGCACGCAAATTGCTCACCA 1325 Query 1390 GAAGGTCTGGTCAAGCAAGTACAGAACGCGACAAGGCAGGCCGGAACCGAACTAGCAGGG 1449 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1326 GAAGGTCTGGTGAAGCAAGTACAGAACGCGACAAGGCAGGCTGGAACCGAACTAGCAGGG 1385 Query 1450 GAGAACGCGCTAGAACGATATGACTCAAGCGCATTCGGACAAGTGGTAGCAACAAATAGG 1509 |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1386 GAGAACGCGCTAGAACGATACGACTCGAGCGCATTCGGACAAGTGGTAGCAACAAATAGG 1445 Query 1510 TCAGATTCTGGAAATGGGTTAACCGCATTTACTTACCTAAGAATGAACAAGCGGTTATTT 1569 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1446 TCAGATTCTGGAAATGGGTTAACCGCATTTACTTACCTAAGAATGAACAAGCGGTTATTT 1505 Query 1570 GAGGGTCAAAATTGGCAGCAGTTAGTGGAGTTTGTTAAGAACATGAAGGAAGGTGGTCAT 1629 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1506 GAGGGTCAAAATTGGCAGCAGTTAGTGGAGTTTGTTAAGAACATGAAGGAAGGTGGTCAT 1565 Query 1630 GGGAGGAGACTCTCAAAAGAAGACACAACTGGAAGTGACCTTTATGTTGGATTTGTCAAA 1689 || |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1566 GGAAGGAAACTTTCAAAAGAAGACACAACTGGAAGTGACCTTTATGTTGGATTTGTCAAA 1625 Query 1690 GGCAAGATCGCTGAGAATGTGGAGGAGGCTGCTTTAGTGTAATTTCCCACATAGGTACAT 1749 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1626 GGCAGGATCGCTGAGAATGTGGAGGAGGCTGCTTTAGTGTAATTTCCCACATAGGTACAT 1685 Query 1750 A 1750 | Sbjct 1686 A 1686 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 76523302205 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5