BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G17770.1 Length=3052 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg329750 jgi|Araly1|329750|fgenesh1_pm.C_scaffold_7001977 4366 0.0 > Ahg329750 jgi|Araly1|329750|fgenesh1_pm.C_scaffold_7001977 Length=2589 Score = 4366 bits (2364), Expect = 0.0 Identities = 2515/2590 (97%), Gaps = 2/2590 (0%) Strand=Plus/Plus Query 294 ATGGTATCAAGATCTTATTCAAACCTCTTGGATCTTGCTTCTGGTAACTTCCATTCGTTT 353 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 1 ATGGTATCAAGATCTTATTCAAACCTCTTGGATCTTGCTTCTGGCAATTTCCATTCGTTT 60 Query 354 TCTCGAGAAAAGAAGAGGTTTCCAAGAGTAGCAACTGTCACTGGTGTCTTATCTGAGCTA 413 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 61 TCTCGGGAAAAGAAGAGGTTTCCAAGAGTAGCAACTGTCACAGGTGTCTTATCTGAGCTA 120 Query 414 GATGATGATAACAACAGCAACAGTGTCTGCTCTGATGCTCCTTCTTCCGTCACACAAGAT 473 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 121 GATGATGATAACAACAGCAACAGTGTCTGCTCTGATGCTCCTTCTTCAGTCACACAAGAT 180 Query 474 CGAATCATCATCGTTGGAAACCAGCTTCCTATTAAATCACATCGGAACTCTGCTGGTAAA 533 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||| Sbjct 181 CGAATCATCATCGTTGGAAATCAGCTTCCTATTAAGTCACATCGAAACTCGGCCGGTAAA 240 Query 534 TTGAGTTTTAGTTGGGACAATGACTCGCTTCTCTTGCAGCTTAAAGATGGTATGCGTGAA 593 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 241 TTGAGTTTTAGTTGGGACAATGACTCGCTTCTCTTGCAGCTTAAAGACGGTATGCGTGAA 300 Query 594 GATATGGAAGTTGTCTACATTGGTTGCCTTAAGGAACAGATTGATACAGTTGAGCAAGAT 653 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||| Sbjct 301 GATATGGAAGTTGTCTACATTGGTTGTCTTAAGGAACAAATCGATATAGTTGAGCAAGAT 360 Query 654 GATGTTTCTCAAAGGTTGCTTGAGAATTTCAAATGTGTTCCTGCTTATATCCCACCTGAG 713 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 GATGTTTCTCAAAGGTTGCTTGAGAATTTCAAATGTGTTCCTGCTTATATCCCACCTGAG 420 Query 714 CTATTCACTAAGTACTATCATGGATTCTGTAAGCAACATCTATGGCCTTTGTTTCACTAC 773 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 CTATTCACTAAGTACTATCATGGATTCTGTAAGCAACATCTATGGCCTTTGTTTCACTAC 480 Query 774 ATGCTTCCCTTAACTCCTGATCTTGGTGGTAGATTTGATCGTTCTTTATGGCAAGCTTAT 833 |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 ATGCTTCCTTTAACGCCTGATCTTGGAGGTAGATTTGATCGTTCTTTATGGCAAGCTTAT 540 Query 834 CTTTCGGTTAACAAGATCTTTGCTGATAAAGTGATGGAAGTGATTAGTCCTGATGATGAT 893 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 CTTTCGGTTAACAAGATCTTTGCGGATAAAGTGATGGAAGTGATTAGTCCTGATGATGAT 600 Query 894 TTTGTTTGGGTTCATGACTATCACTTAATGGTTTTGCCTACATTTC-TAAGGAAGAGGTT 952 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| Sbjct 601 TTTGTTTGGGTTCATGACTATCACTTAATGGTTTTGCCTACA-TTCTTAAGGAAGAGGTT 659 Query 953 TAATAGAGTAAAGCTTGGTTTTTTCCTTCATAGCCCGTTCCCTTCCTCTGAGATTTACCG 1012 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 660 TAATAGAGTAAAGCTTGGTTTTTTCCTTCATAGCCCGTTCCCTTCCTCTGAGATATACCG 719 Query 1013 TACTCTTCCAGTGAGAAATGAGCTCTTACGTGCACTCCTCAACGCTGATTTGATTGGCTT 1072 ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || Sbjct 720 TACTCTTCCAGTGCGAAACGAGCTCTTACGTGCACTCCTTAACGCGGATTTGATTGGGTT 779 Query 1073 TCATACCTTTGACTATGCAAGACACTTCCTTTCTTGTTGTAGCAGGATGCTTGGTTTATC 1132 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 TCATACCTTTGACTATGCAAGACACTTCCTTTCTTGCTGTAGCAGGATGCTTGGTTTATC 839 Query 1133 CTATCAGTCCAAACGTGGAACCATAGGGCTTGAGTATTATGGTCGAACGGTTAGTATCAA 1192 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 CTATCAGTCCAAACGTGGAACTATAGGGCTTGAGTATTATGGTCGAACGGTTAGTATCAA 899 Query 1193 GATTCTTCCTGTGGGGATTCATATCAGCCAGCTTCAGTCAATTTTAAACCTCCCAGAGAC 1252 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 GATTCTTCCTGTGGGGATTCATATCAGCCAGCTTCAGTCAATTTTAAACCTCCCAGAGAC 959 Query 1253 TCAGACCAAAGTTGCTGAGCTAAGAGATCAGTTCTTGGATCAGAAAGTTCTTCTCGGTGT 1312 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 TCAGACCAAAGTTGCTGAGCTAAGAGATCAGTTCTTGGATCAGAAAGTTCTTCTCGGTGT 1019 Query 1313 TGATGACATGGACATCTTCAAAGGAATCAGCCTCAAACTCTTGGCAATGGAACAACTTCT 1372 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 CGATGACATGGACATCTTCAAAGGAATCAGCCTCAAACTCTTGGCAATGGAACAACTTCT 1079 Query 1373 CACACAGCATCCCGAGAAGAGAGGTCGAGTTGTACTTGTCCAGATTGCAAACCCTGCAAG 1432 |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 CACACAACATCCAGAGAAGAGAGGTCGAGTTGTACTTGTCCAGATTGCAAACCCTGCAAG 1139 Query 1433 AGGTCGTGGGAAAGACGTTCAGGAGGTTCAGTCTGAAACTGAAGCCACGGTTAAAAGGAT 1492 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 AGGTCGTGGGAAAGACGTTCAGGAGGTTCAGTCTGAAACTGAAGCCACGGTTAAAAGGAT 1199 Query 1493 CAATGAAATGTTTGGAAGGCCGGGCTACCAACCCGTGGTTCTGATTGATACACCGCTTCA 1552 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 CAATGAAATGTTTGGAAGGCCGGGCTACCAACCCGTGGTTCTGATTGATACACCGCTTCA 1259 Query 1553 ATTCTTTGAGAGGATTGCTTACTATGTCATTGCAGAGTGTTGTCTTGTTACAGCGGTAAG 1612 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 GTTCTTTGAGAGGATTGCTTACTATGTGATTGCAGAGTGTTGTCTTGTTACAGCGGTAAG 1319 Query 1613 AGATGGTATGAATCTTATACCTTATGAGTACATTATCTGCAGGCAAGGTAATCCGAAACT 1672 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1320 AGATGGTATGAATCTTATACCTTATGAGTACATTATCTGCAGGCAAGGCAATCCGAAACT 1379 Query 1673 CAACGAGACTATAGGCCTTGACCCTTCTGCTGCAAAGAAGAGTATGCTTGTTGTCTCTGA 1732 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 CAACGAGACTATAGGCCTTGACCCTTCTGCTGCAAAGAAGAGTATGCTTGTTGTCTCTGA 1439 Query 1733 GTTTATTGGTTGTTCTCCTTCTTTAAGCGGCGCCATTAGAGTAAATCCGTGGAACATTGA 1792 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1440 GTTTATTGGATGTTCTCCTTCTTTAAGCGGCGCCATTAGAGTGAATCCGTGGAACATTGA 1499 Query 1793 TGCTGTGACTGAAGCAATGGACTATGCATTGATAGTTTCAGAAGCAGAGAAGCAAATGCG 1852 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1500 TGCTGTGACTGAAGCAATGGACTATGCATTGATAGTTTCAGAAGCAGAGAAGCAGATGCG 1559 Query 1853 TCACGAGAAGCATCACAAATATGTTAGCACACATGATGTTGCTTATTGGGCGCGTAGCTT 1912 ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 1560 TCATGAGAAGCATCACAAATATGTGAGCACACACGATGTTGCGTATTGGGCGCGCAGCTT 1619 Query 1913 TATACAAGATCTTGAAAGGGCTTGCGGGGATCATGTGAGGAAGAGGTGTTGGGGGATTGG 1972 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || Sbjct 1620 TATACAAGATCTTGAAAGGGCTTGTGGGGATCATGTGAGGAAGAGGTGCTGGGGGATAGG 1679 Query 1973 ATTCGGGTTAGGCTTTAGAGTTGTGGCGCTTGATCCGAGTTTTAAAAAGCTTTCGATTGA 2032 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1680 TTTCGGGTTAGGCTTTCGAGTTGTGGCGCTTGATCCGAGTTTTAAAAAGCTTTCGATTGA 1739 Query 2033 GCACATTGTCTCAGCTTATAAGAGAACCAAGAACCGAGCCATTTTGTTGGATTATGATGG 2092 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1740 GCACATTGTCTCAGCGTATAAGAGAACCAAGAACCGAGCCATTTTGTTGGATTATGATGG 1799 Query 2093 CACAATGGTGCAGCCAGGTTCCATTAGGACAACACCAACCCGCGAAACAATCGAAATCTT 2152 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| Sbjct 1800 CACAATGGTGCAGCCAGGGTCCATTAGGACAACACCAAGCCGTGAAACAATCAAAATCTT 1859 Query 2153 GAACAACCTGTCTAGTGATCCCAAGAATATCGTGTACCTCGTCAGTGGGAAAGACAGAAG 2212 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1860 GAACAACTTGTCTAGTGATCCCAAGAATATCGTGTACCTCGTCAGCGGGAAAGACAGAAA 1919 Query 2213 GACACTAACTGAATGGTTTTCTTCATGTGACGATCTCGGTTTGGGTGCAGAGCACGGGTA 2272 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1920 GACACTAACCGAATGGTTTTCTTCATGTGATGATCTCGGTTTGGGTGCAGAGCACGGGTA 1979 Query 2273 TTTTATAAGGCCAAATGATGGAACAGACTGGGAAACGTCGAGTTTGGTATCAGGTTTTGA 2332 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1980 CTTTATAAGGCCAAATGATGGAACAGACTGGGAAACGTCGAGTTTGGTATCGGGTTTTGA 2039 Query 2333 GTGGAAACAAATAGCAGAGCCAGTGATGAGACTTTACACTGAGACTACAGATGGATCAAC 2392 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2040 GTGGAAACAAATAGCAGAGCCAGTGATGAGACTGTACACAGAGACTACAGATGGATCAAC 2099 Query 2393 AATAGAGACTAAAGAGACTGCTCTCGTTTGGAATTACCAATTCGCAGATCCTGATTTTGG 2452 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2100 AATAGAGACTAAAGAGACTGCTCTCGTTTGGAATTACCAATTCGCAGATCCTGATTTTGG 2159 Query 2453 ATCTTGTCAAGCCAAAGAGCTTATGGAACACCTCGAAAGCGTGCTTACCAATGATCCAGT 2512 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2160 ATCTTGTCAAGCCAAAGAGCTTATGGAACACCTCGAAAGCGTGCTTACCAATGATCCAGT 2219 Query 2513 CTCTGTCAAGACTGGACAACAACTCGTTGAAGTTAAACCACAGGGTGTGAACAAAGGTCT 2572 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2220 CTCTGTCAAGACTGGACAACAACTCGTTGAAGTTAAACCACAGGGTGTGAACAAAGGTCT 2279 Query 2573 TGTGGCAGAGAGGCTTCTAACAACGATGCAAGAAAAAGGGAAACTTTTGGATTTCATTCT 2632 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2280 TGTGGCGGAGAGGCTTCTAACAACGATGCAAGAAAAAGGGAAACTTTTAGATTTCATTCT 2339 Query 2633 CTGCGTCGGTGATGATCGGTCTGATGAGGATATGTTTGAGGTGATAATGAGTGCTAAAGA 2692 ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2340 CTGCGTCGGCGATGATCGGTCCGATGAGGATATGTTTGAGGTGATAATGAGTGCAAAAGA 2399 Query 2693 TGGTCCAGCTTTGTCTCCTGTGGCTGAGATATTCGCTTGCACCGTTGGACAAAAGCCAAG 2752 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2400 TGGTCCAGCTTTGTCTCCTGTGGCTGAGATATTCGCTTGCACCGTTGGACAAAAGCCAAG 2459 Query 2753 CAAAGCAAAATACTATTTAGACGATACTGCGGAGATAATCAGAATGCTGGACGGTCTAGC 2812 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 2460 CAAAGCAAAATACTATTTAGACGATACGGCGGAGATAATCAGAATGCTTGATGGTCTAGC 2519 Query 2813 CGCTACCAACACAACTATCTCTGATCAAACTGATTCAACCGCCACTGTTCCAACTAAAGA 2872 ||| || |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2520 CGCCACGAACACAACTACCTCTGATCAAACCGGTTCAACCGCCACTGTTCCAACTAAAGA 2579 Query 2873 TCTGTTTTAA 2882 |||||||||| Sbjct 2580 TCTGTTTTAA 2589 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 115261081370 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5