BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G23980.1
Length=2509
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg889766 jgi|Araly1|889766|Al_scaffold_0007_1752 3169 0.0
> Ahg889766 jgi|Araly1|889766|Al_scaffold_0007_1752
Length=1914
Score = 3169 bits (1716), Expect = 0.0
Identities = 1847/1911 (97%), Gaps = 5/1911 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 326 GCGGAGGTGAATATCTGTACGATGAGTTATGGAAATTATGCGCGGGACCTCTTGTTGATG 385
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 5 GCGGAGGTGAATATTTGTACGATGAGTTATGGAAATTATGCGCGGGACCTCTGGTTGATG 64
Query 386 TTCCTCAAGCTCAAGAAAGAGTTTATTATTTTCCTCAAGGTCACATGGAACAACTCGAAG 445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 65 TTCCTCAAGCTCAAGAAAGAGTTTATTATTTTCCTCAAGGTCACATGGAACAACTCGAAG 124
Query 446 CGTCAACGCAACAAGTCGACTTAAATACGATGAAGCCTCTTTTTGTTCTTCCTCCTAAGA 505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 125 CGTCAACGCAACAAGTCGACTTAAATACGATGAAGCCACTTTTTGTTCTTCCTCCGAAGA 184
Query 506 TTCTCTGCAATGTTATGAACGTTAGTCTTCAGGCGGAGAAAGATACGGATGAGGTCTATG 565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 185 TTCTCTGCAATGTTATGAACGTTAGTCTTCAGGCGGAGAAAGATACGGATGAGGTCTATG 244
Query 566 CTCAGATTACTTTGATCCCTGTTGGAACTGAAGTTGATGAACCTATGAGTCCTGATCCCT 625
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 245 CACAGATTACTTTGATCCCTGTTGGAACTGAAGTTGATGAACCTACGAGTCCTGATCCCT 304
Query 626 CTCCTCCTGAGTTGCAAAGGCCGAAAGTTCACTCTTTCAGCAAGGTTTTGACAGCGTCTG 685
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 305 CTCCTCCTGAGTTGCAAAGGCCAAAAGTTCACTCTTTCAGCAAGGTTTTGACAGCATCTG 364
Query 686 ATACAAGCACCCATGGTGGCTTTTCTGTTCTAAGGAAACATGCCACGGAATGTCTTCCTC 745
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 365 ATACAAGCACGCATGGTGGCTTTTCTGTTCTAAGGAAACATGCCACCGAATGCCTTCCTC 424
Query 746 CGCTGGATATGACTCAGCAAACCCCGACCCAGGAGTTAGTAGCCGAAGATGTGCACGGTT 805
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 425 CCCTGGATATGACCCAGCAAACCCCGACCCAGGAGTTAGTAGCCGAAGATGTCCACGGTT 484
Query 806 ATCAGTGGAAATTCAAGCATATTTTTAGAGGCCAACCACGGAGGCATCTATTGACGACAG 865
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 ATCAGTGGAAATTCAAGCATATTTTTAGAGGCCAACCACGGAGGCATCTATTGACGACAG 544
Query 866 GGTGGAGCACCTTTGTTACATCAAAGAGATTGGTTGCTGGGGACACCTTTGTATTCCTGA 925
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 545 GGTGGAGCACCTTTGTTACATCAAAGAGATTGGTTGCTGGGGACACCTTTGTATTCCTGA 604
Query 926 GAGGGGAGAACGGAGAGTTGCGAGTTGGAGTCAGACGTGCTAATCTTCAACAGAGCAGTA 985
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 605 GAGGGGAGAACGGAGAGTTGCGGGTTGGAGTCAGACGTGCTAATCGTCAACAGAGCAGTA 664
Query 986 TGCCTTCATCCGTTATATCAAGTCATAGTATGCATCTGGGAGTGCTTGCTACTGCACGCC 1045
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 TGCCTTCATCCGTCATATCAAGTCATAGCATGCATCTGGGAGTGCTTGCTACTGCACGCC 724
Query 1046 ATGCTACTCAAACGAAAACTATGTTCATTGTATACTATAAACCAAGGACAAGCCAATTCA 1105
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 ATGCTACTCAAACCAAAACTATGTTCATCGTATACTATAAACCAAGGACAAGCCAATTCA 784
Query 1106 TCATTAGCTTGAACAAATATCTAGAAGCCATGAGCAATAAGTTCTCTGTAGGGATGAGAT 1165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 TCATTAGCTTGAACAAATATCTAGAAGCCATGAGCAATAAGTTCTCTGTAGGGATGAGAT 844
Query 1166 TTAAGATGCGTTTTGAGGGAGAGGATTCCCCTGAAAGAAGATATTCTGGCACGGTTATTG 1225
|||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 845 TTAAGATGCGGTTTGAAGGAGAGGATTCCCCCGAAAGAAGATATTCTGGCACGGTTATTG 904
Query 1226 GTGTGAAAGACTGCTCCCCTCACTGGAAAGACTCAAAATGGCGATGCTTAGAAGTTCATT 1285
|||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 905 GTGTTAATGACTGCTCTCCTCACTGGAAAGACTCGAAATGGCGATGCTTAGAAGTTCACT 964
Query 1286 GGGATGAGCCTGCATCGATTTCAAGACCCAATAAGGTTTCACCATGGGAAATTGAACCGT 1345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 965 GGGATGAGCCTGCATCGATTTCAAGACCCAATAAGGTTTCACCATGGGAAATTGAGCCGT 1024
Query 1346 TTGTAAATTCAGAAAACGTTCCCAAATCAGTTATGCTGAAGAACAAAAGGCCCCGTCAAG 1405
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 TTGTAACTTCAGAAAACGTTCCCAAATCAGTTATGCTAAAGAACAAAAGGCCCCGTCAAG 1084
Query 1406 TTAGTGAAGTATCTGCACTTGATGTAGG---CATAACAGCTTCAAACCTTTGGAGCTCTG 1462
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 TTAGTGAAGTATCTGCACTTGATGTAGGAGGCATAACAGCTTCAAACCTTTGGAGCTCTG 1144
Query 1463 TTTTGACGCAACCCCATGAGTTTGCACAATCGTGCATCACCTCACAGTGGAGTTCTCCTC 1522
| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1145 TATTGACGCAATCCCATGAGTTTGCACAGTCGTGCATCACCTCACCGTGGAGTTCTCCTC 1204
Query 1523 AGCAATGTCATCGTGATGCAAATGAGGATGCTAAGAAATCTGACTGGCTAAATAACTCTT 1582
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 AGCAATGTCCTCGTGATGCAACTGAGGATGCTAAGAAATCTGACTGGCTAAATAACTCTT 1264
Query 1583 ACTCTGTGTCAAATGTAGCAAAAGACTCAACACTGAACGACCAAATGGTTTCCCCAGTCG 1642
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265 ACTCTGTGTCAAATGTATCAAAAGACTCAACACTGAACGACCAAATGGTTTCCCCAGTCG 1324
Query 1643 AGCAGAAGAAGCCTGAGACAACCGCTAATTATAGATTATTTGGAATTGATCTGATGAGTT 1702
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 AGCAGAAGAAACCTGAGACAACTACTAATTATAGATTATTTGGAATTGATCTGATGAGTA 1384
Query 1703 CCTCCCTAGCGG-TTCCTGAGGAGAAAACTGCACCCATGCGACCAATCAACATATCCAAA 1761
||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1385 CCTCCTTAGCGGCTTC-TGAGGAGAAAACTGCACCCATGCGACCAATCAACATATCCAAA 1443
Query 1762 CCGACTATGGACAGCCACTCAGACCCAAAATCAGAGATTTCAAAAGTATCAGAAGAGAAA 1821
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 CCGACTATGGACAGCCACTCAGACCCAAAATCGGAGATTTCAAAAGTATCAGAAGAGAAA 1503
Query 1822 AAGCAGGAACCTGCGGAGGGATCACCAAAAGAGGTCCAAAGCAAGCAAAGCAGTTCTACA 1881
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1504 AAGCAGGAACCTGCAGAGGGATCACCAAAAGAGGTCCAAAGCAAGCAAAGCAGTTCTGCA 1563
Query 1882 AGAAGCCGTACCAAGGTGCAGATGCAAGGCGTACCTGTGGGCAGGGCTGTGGATTTAAAT 1941
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1564 AGAAGCCGTACCAAGGTGCAGATGCAAGGCGTACCTGTGGGCAGGGCTGTGGATTTAACT 1623
Query 1942 GCGCTAAAGGGGTACAACGAGCTCATAGATGACATTGAGAAGCTGTTTGACATAAAAGGG 2001
|| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 GCACTAAAGGGGTACAACGAGCTTATAGACGACATTGAGAAGCTGTTTGACATAAAAGGG 1683
Query 2002 GAACTGCGGAGTCGCAATCAATGGGAAATAGTGTTCACAGACGATGAGGGAGATATGATG 2061
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684 GAACTGCAGAGTCGCAATCAATGGGAAATAGTGTTCACAGACGATGAGGGAGATATGATG 1743
Query 2062 CTTGTCGGTGATGACCCATGGCCTGAGTTCTGCAACATGGTGAAGAGAATATTCATATGG 2121
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1744 CTTGTCGGTGATGACCCATGGCCTGAGTTCTGTAACATGGTGAAGAGAATATTCATATGG 1803
Query 2122 TCGAAAGAGGAAGTGAAGAAAATGACGCCTGGGAACCAACTCCGGATGCTGTTAAGGGAA 2181
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1804 TCGAAAGAGGAAGTGAAGAAAATGACGCCGGGGAACCAACTCCGGATGCTGTTAACGGAA 1863
Query 2182 GTTGAAACAACACTAACAACAACTTCCAAAACAGATAATCATTCCAACTAA 2232
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1864 GTTGAAACAACATTAACAACAGCTTCCAAAACAGATAACCACACCAACTAA 1914
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94578078335
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5