BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24520.1
Length=2398
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492391 jgi|Araly1|492391|fgenesh2_kg.7__1824__AT4G24520.1 3747 0.0
> Ahg492391 jgi|Araly1|492391|fgenesh2_kg.7__1824__AT4G24520.1
Length=2341
Score = 3747 bits (2029), Expect = 0.0
Identities = 2252/2357 (96%), Gaps = 25/2357 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 33 TCTTCGATCTCTCCTGAATCCTCAAACCCTGgagagagagagagagagTGACGGGGGAAG 92
||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1 TCTTCGATCTCTCCTAAATCCTCAAACCCT---G-GAGAGAGAGAGTGTGAC-GGGGAAG 55
Query 93 AAGATGACTTCTGCTTTGTATGCTTCCGATTTGTTTAAGCAGCTCAAGTCAATTATGGGG 152
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 56 AAGATGACCTCTGCTTTGTATGCTTCCGATTTGTTTAAGCAGCTCAAGTCAATTATAGGG 115
Query 153 ACAGATTCGTTATCCGACGATGTTGTACTTGTGATTGCAACGACGTCTTTGGCACTAGTA 212
|| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 116 ACCGATTCGATATCGGACGATGTTGTACTTGTGATTGCAACCACGTCTTTGGCACTAGTA 175
Query 213 GCTGGATTTGTGGTGTTGTTATGGAAGAAAACGACGGCGGATCGGAGCGGGGAGCTGAAG 272
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 176 GCTGGGTTTGTGGTGTTGTTATGGAGGAAAACGACTGCGGATCGGAGCCAGGAGCTGAAG 235
Query 273 CCTTTGATGATCCCTAAGTCTCTTATGGCTAAGGACGAGGATGATGATTTGGATTTGGGA 332
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 236 CCTTTGATGATCCCTAAGTCTCTTATGGCTAAAGATGAGGACGATGATTTGGATTTGGGA 295
Query 333 TCCGGGAAGACTAGAGTCTCTATCTTCTTCGGTACGCAGACTGGAACAGCTGAGGGATTT 392
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 TCCGGGAAGACCAGAGTCTCTATCTTCTTCGGTACGCAGACTGGAACAGCTGAGGGATTT 355
Query 393 GCTAAGGCATTATCCGAAGAAATCAAAGCGAGATATGAAAAAGCAGCAGTCAAAGTCATT 452
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 GCTAAGGCATTATCAGAAGAAATCAAAGCGAGATATGAAAAAGCAGCAGTCAAAGTCATT 415
Query 453 GACTTGGATGACTATGCTGCCGATGATGACCAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAAACT 512
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 416 GACTTGGATGACTATGCTGCCGATGACGACCAATATGAAGAGAAACTGAACAAGGAAACT 475
Query 513 TTGGCATTTTTCTGTGTTGCTACTTATGGAGATGGAGAGCCTACTGACAATGCTGCCAGA 572
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 TTGGCATTTTTTTGTGTTGCTACTTATGGAGACGGAGAGCCTACTGACAATGCTGCCAGA 535
Query 573 TTTTACAAATGGTTTACGGAGGAAAATGAACGGGATATAAAGCTTCAACAACTAGCATAT 632
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 536 TTTTACAAATGGTTTACGGAGGAAAATGAACGGGAGATAAGGCTTCAACAACTAGCATAT 595
Query 633 GGTGTGTTTGCTCTTGGTAATCGCCAATATGAACATTTTAATAAGATCGGGATAGTTCTT 692
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 GGTGTGTTTGCTCTTGGTAATCGCCAATACGAACATTTTAATAAGATCGGGATAGTTCTT 655
Query 693 GATGAAGAG-TTATGTAAGAAAGGTGCAAAGCGTCTTATTGAAGTCGGTCTAGGAGATGA 751
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 656 GATGAAGAGCTT-TGTAAGAAAGGTGCAAAGCGTCTTATTCAAGTCGGTCTAGGAGATGA 714
Query 752 TGATCAGAGCATTGAGGATGATTTTAATGCCTGGAAAGAATCACTATGGTCTGAGCTAGA 811
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 715 TGATCAGAGCATCGAGGATGATTTTAATGCCTGGAAAGATTCGCTATGGTCTGAGCTAGA 774
Query 812 CAAGCTCCTCAAAGACGAGGATGATAAAAGTGTGGCAACTCCTTATACAGCTGTTATTCC 871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 CAAGCTCCTCAAAGACGAGGATGATAAAAGTGTGGCAACTCCTTATACAGCTGTTATTCC 834
Query 872 TGAATACCGGGTGGTGACTCATGATCCTCGGTTTACAACTCAAAAATCAATGGAATCAAA 931
|||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||| | |||
Sbjct 835 TGAATACCGGCTGGTGATTCATGATCCTAGTTTTACAACTGAAAAATCAAGGGACTTAAA 894
Query 932 TGTGGCCAATGGAAATACTACTATTGACATTCATCATCCCTGCAGAGTTGATGTTGCTGT 991
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 TGTGGCCAACGGAAATACTGCTATTGACATTCATCATCCCTGCAGAGTTGATGTTGCTGT 954
Query 992 GCAGAAGGAGCTTCACACACATGAATCTGATCGGTCTTGCATTCATCTCGAGTTCGACAT 1051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GCAGAAGGAGCTTCACACACATGAATCTGATCGGTCTTGCATTCATCTCGAGTTCGACAT 1014
Query 1052 ATCCAGGACGGGTATTACATATGAAACAGGTGACCATGTAGGTGTATATGCTGAAAATCA 1111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 ATCCAGGACGGGTATTACATATGAAACAGGTGACCATGTAGGTGTATATGCTGAAAATCA 1074
Query 1112 TGTTGAAATAGTTGAAGAAGCTGGAAAATTGCTTGGCCACTCTTTAGATTTAGTATTTTC 1171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1075 TGTTGAAATAGTTGAAGAAGCTGGAAAATTGCTTGGCCACTCTCTAGATTTAGTATTTTC 1134
Query 1172 CATACATGCTGACAAGGAAGATGGCTCCCCATTGGAAAGCGCAGTGCCGCCTCCTTTCCC 1231
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1135 CATACATGCTGACAAGGAAGATGGCTCCCCATTGGGAAGCGCAGTGCCGCCTCCATTCCC 1194
Query 1232 TGGTCCATGCACACTTGGGACTGGTTTGGCAAGATACGCAGACCTTTTGAACCCTCCTCG 1291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 TGGTCCATGCACACTTGGGACTGGTTTGGCAAGATACGCAGACCTTTTGAACCCTCCTCG 1254
Query 1292 AAAGTCTGCGTTAGTTGCCTTGGCGGCCTATGCCACTGAACCAAGTGAAGCCGAGAAA-C 1350
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |
Sbjct 1255 AAAGTCTGCGTTAGTTGCCTTGGCGGCCTATGCCACTGAACCAAGTGAAGCC-ACAAAAC 1313
Query 1351 TTAAGCACCTGACATCACCTGATGGAAAGGATGAGTACTCACAATGGATTGTTGCAAGTC 1410
|||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1314 TTAAACATCTGACATCACCTGATGGAAAGGATGAATACTCACAGTGGATTGTTGCAAGTC 1373
Query 1411 AGAGAAGTCTTTTAGAGGTGATGGCTGCTTTTCCATCTGCAAAACCCCCACTAGGTGTAT 1470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 AGAGAAGTCTTTTAGAGGTGATGGCTGCTTTTCCATCTGCAAAACCCCCACTAGGTGTAT 1433
Query 1471 TTTTTGCTGCAATAGCTCCTCGTCTACAACCTCGTTACTACTCCATCTCATCCTCGCCAA 1530
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 TTTTTGCTGCAATAGCTCCTCGTCTACAACCTCGCTACTACTCCATCTCATCCTCGCCAA 1493
Query 1531 GATTGGCGCCAAGTAGAGTTCATGTTACATCCGCACTAGTATATGGTCCAACTCCTACTG 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 GATTGGCGCCAAGTAGAGTTCATGTTACATCCGCACTAGTATATGGTCCAACTCCTACTG 1553
Query 1591 GTAGAATCCACAAGGGTGTGTGTTCTACGTGGATGAAGAATGCAGTTCCTGCGGAGAAAA 1650
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 GTAGAATCCACAAGGGTGTGTGTTCGACGTGGATGAAGAATGCAGTTCCTGCGGAGAAAA 1613
Query 1651 GTCATGAATGTAGTGGAGCCCCAATCTTTATTCGAGCATCTAATTTCAAGTTACCATCCA 1710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1614 GTCATGAATGTAGTGGAGCCCCAATCTTTATTCGAGCATCTAATTTCAAATTACCATCCA 1673
Query 1711 ACCCTTCAACTCCAATCGTTATGGTGGGACCTGGGACTGGGCTGGCACCTTTTAGAGGTT 1770
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1674 ACCCTTCAACTCCAATCGTTATGGTGGGACCTGGGACTGGCCTGGCACCTTTTAGAGGGT 1733
Query 1771 TTCTGCAGGAAAGGATGGCACTAAAAGAAGATGGAGAAGAACTAGGTTCATCTTTGCTCT 1830
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1734 TTCTGCAGGAAAGGATGGCTCTAAAAGAAGATGGAGAAGAACTAGGTTCATCGTTGCTAT 1793
Query 1831 TCTTTGGGTGTAGAAATCGACAGATGGACTTTATATACGAGGATGAGCTCAATAATTTTG 1890
||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1794 TCTTTGGGTGTAGAAATCGACGGATGGATTTTATATACGAGGATGAACTCAATAATTTTG 1853
Query 1891 TTGATCAAGGCGTAATATCTGAGCTCATCATGGCATTCTCCCGTGAAGGAGCTCAGAAGG 1950
| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1854 TGGATCAAGGCGTGATATCTGAGCTCATCGTTGCATTCTCCCGTGAAGGAGCGCAGAAGG 1913
Query 1951 AGTATGTTCAACATAAGATGATGGAGAAGGCAGCACAAGTTTGGGATCTAATAAAGGAAG 2010
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1914 AGTATGTTCAACATAAGATGATGGAGAAGGCAGCACAAGTTTGGAATCTAATAAAGGAAG 1973
Query 2011 AAGGATATCTCTATGTATGCGGTGATGCTAAGGGCATGGCGAGGGACGTCCACCGAACTC 2070
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1974 AAGGATATCTCTATGTATGTGGTGATGCTAAGGGCATGGCGAGGGATGTCCACCGAACTC 2033
Query 2071 TACACACCATTGTTCAGGAGCAGGAAGGTGTGAGTTCGTCAGAGGCAGAGGCTATAGTTA 2130
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 TACATACCATTGCTCAGGAGCAGGAAGGTGTGAGTTCGTCAGAGGCAGAGGCTATAGTTA 2093
Query 2131 AGAAACTTCAAACCGAAGGAAGATACCTCAGAGATGTCTGGTGATTGATGATATGATTTA 2190
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2094 AGAAACTTCAAACTGAAGGAAGATACCTCAGAGATGTCTGGTGATTGATGAT--GATTTA 2151
Query 2191 TTGGTAATTCTCTTCTGCTTTCTCAA-CTTTTCTTGGTACG----CTGTCCTTACCATTT 2245
|||||| |||||| || ||| |||| |||| ||||||||| |||| ||||||| ||
Sbjct 2152 TTGGTA-TTCTCTACT--TTT-TCAAGCTTT-CTTGGTACGAAGACTGTTCTTACCAATT 2206
Query 2246 AGATATTTATTTGTTTATTTTCCTTCGTCTCCCTTCTTTTAGTCAAACATGAATGATTTG 2305
| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2207 ATATATTTATTTGTTTATTTTCATTCGTCTCTCTTCTTTTAGTCAAACATGAATGGTTTG 2266
Query 2306 TCAAAGTTTTCTTTGTATGAACAAAAGTATAAA-CTA-CAAAATAAATCTGTGAGAGTGA 2363
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||| |
Sbjct 2267 TCAAAGTTGTCTTTGTATGAACAAAAGTATAAAACTATCAAA-TAAATCTG-GAGAGTTA 2324
Query 2364 TAAAATTGAGAGAAGAT 2380
|||||||||||||||||
Sbjct 2325 TAAAATTGAGAGAAGAT 2341
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90350061140
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5