BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G24690.1
Length=2604
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492373 jgi|Araly1|492373|fgenesh2_kg.7__1806__AT4G24690.1 3526 0.0
> Ahg492373 jgi|Araly1|492373|fgenesh2_kg.7__1806__AT4G24690.1
Length=2496
Score = 3526 bits (1909), Expect = 0.0
Identities = 2313/2499 (93%), Gaps = 64/2499 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 GTTGTTTACGAGAAAAGCGGATTACGGGTACGCTTCTTCTAAGATAAATCTCTCCCCGAT 63
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1 GTTGTTTACGATAAAAGCGGATTACGGGTACGCTTCTTCTAGGATAAATCTTTCCCCGAT 60
Query 64 TCTCTC-TTTTTCTCGCTAGATAC-TCTTTTTCTTCAATTAGGG--T-TTCTTCTCGCTT 118
|||||| ||||||| || | | |||| ||| ||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 61 TCTCTCTTTTTTCT-TCT-TCTTCTTCTTCTTCGCCAATTAGGGTTTCTTCTTCTCGCTT 118
Query 119 GC-CTTTTAATTCTCTCCAGCTGATCTGAT-CTCC-GTT-ACCGATGGAGTCTACTGCTA 174
| ||||| |||||||||||||||||| || | || || | |||||||||||||||||
Sbjct 119 -CTCTTTTGATTCTCTCCAGCTGATCTCATCCCCCTTTTGAGCGATGGAGTCTACTGCT- 176
Query 175 AC-GCACTCGTCGTCAAGGTGAGCTATGGAGGTGTGCTTAGGCGTTTCAGGGTGCCTGTT 233
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 177 ACTGCTCTCGTCGTCAAGGTGAGCTATGGAGGTGTGCTTAGGCGCTTCAGGGTGCCTGTT 236
Query 234 AAAGCTAATGGACAGCTTGATCTTGAAATGGCTGGTCTTAAGGAAAAGATCGCTGCTCTC 293
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 AAAGCCAATGGACAGCTTGATCTTGAAATGGCTGGTCTTAAGGAAAAGATCGCTGCTCTC 296
Query 294 TTTAACCTCTCTGCGGATGCTGAATTGAGTCTGACTTACTCTGATGAGGATGGGGATGTG 353
||||| | |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TTTAA-C-CTCT-CGGATGCTGATTTGTCTCTGACTTACTCTGATGAGGATGGGGATGTG 353
Query 354 GTTGCCCTTGTTGATGACAACGATCTCTTTGATGTTACTAATCAGCGTCTTAAGTTCTTA 413
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 GTTGCCCTTATTGATGACAACGATCTCTTTGATGTTACTAATCAGCGTCTTAAGTTCTTG 413
Query 414 AAGATCAA--T---G-TGAACGCTGGCGTGT-CCACTAACTCTGCTGCTCCAGAGAGTAG 466
|||||||| | | ||||| ||||| | | |||| ||| || | |||||||||||||
Sbjct 414 AAGATCAATGTGCAGTTGAACTCTGGCAT-TCCCACAAACCCTATTACTCCAGAGAGTAG 472
Query 467 TGGGAGTTCCACACCTGCGGGTATGCCT---------AACCCGGTTTCCAAAATCCAGAA 517
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 473 TGGGAGTTCCACACCTGCTGGTATGCCTAACAGCCAAAACCCTGTTTCCAAAATCCAGAA 532
Query 518 GGGTATAAATGATGTTCTGATGGCTGTACCTAACCCGATGCGTGATACCATATCAAAGGT 577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 533 GGGTATAAATGATGTTCTGATGGCTGTACCTAACCCCATGCGTGATACCATATCGAAGGT 592
Query 578 GTACATGGACCTTGCATCCAAGGCCT-CAACTTCTAGTCCTGTAGTTGGTGAGATGCTTG 636
|||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 593 GTACATGGACCTTGCATCAAAGG-CTACAACTTCTAGTCCTGTAGTTGGTGAGATGTTTG 651
Query 637 ATTGCATTTCCAAGCTAGGGCAGCTCTCAATTCCTCAGGAAAGTAGTCCTTGCTCACCTG 696
|||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 652 ATTGTATCTCCAAGCTAGGGCAACTCTCAGTTCCTCAGGACAGTAGTCCTTGCTCACCTG 711
Query 697 TTACCAAGCCTGGTTCTTCAGGTGCTTCCCTGAGCAGGGATGTTCCTTCCGCTGGTGGAA 756
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 712 TTACTAAGCCTGGTTCTTCAGGCCCTTCCCTGAGCAGGGATGTTCCTTCCGCTGCTGAAA 771
Query 757 AGAAGGATATCTCTGAGAGGACCCAGACCGGAAGGAAACCTGTTAATCTGAATGAACCCA 816
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 772 AGAAGGATATCTCTGAGAGGACCCAGACCGGAAGGAAACCTGCTAATCTGAATGAACCCA 831
Query 817 CTGGC---GCTCATTCAAAGACTTCTGGTCATGTACCAAACTCGTCTGGACTGGGTGCTA 873
||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 832 CTGGCTTTGCTGATTCTAAGACTTCTGGTCATGTACCAACCTCGTCTGGACTGGGTGCTA 891
Query 874 ATTTCAACGAGTGTCCCTTTAGTGGCAGTACCATGAATTACTCCTGTCCAAATCCAGTTA 933
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 ATTTCAACGAGTGTCCCTTTAGTGGCAGTACCCTGAATTACTCCTGTCCAAATCCAGTTA 951
Query 934 ACCTCAACAAGCATCCTCGTCGTGTTTGTCATTCCAAAAAGAGCACCAATGGTGATTACT 993
|||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 ACCTCAACAAGCATGGTCGTCGTGTATGTCATTCCAAAAAGAGCACCAATGGTGATTACT 1011
Query 994 GGACTTCATTGGGTGTATTCCATAAGGGCATCCGTTGTGACGGATGTGGAGTTCTTCCAA 1053
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 GGACTTCATTGGGTGTATTCCATAAGGGCATCCGTTGTGACGGATGTGGAGTTCTTCCAA 1071
Query 1054 TTACTGGGCCTAGATTTAAGTCGAAAGTTAAAGAAGACTATGATCTGTGCACCATCTGCT 1113
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1072 TTACTGGGCCTAGATTTAAGTCGAAAGTTAAAGAAGACTATGATCTTTGCACCATCTGCT 1131
Query 1114 ATTCGGTGATGGGTAACGAGGGGGATTACACAAGAATGGATAAGCCTGTATCCGTTCAAC 1173
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1132 ATTCGGTGATGGGTAACGAGGGGGATTACACAAGGATGGATAAGCCTGTATCAGTTCAAC 1191
Query 1174 ATCTGCATCCTTTTAGAGGACCGTTTACCCAATTTCCTAATCCTTGGTTGAGCCACCCTG 1233
|||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1192 ATCTACATCCTTTTAGAGGACAGTTTATCCAATTTCCTAATCCTTGGTCGAGCCACCCTG 1251
Query 1234 TGCCACGAGCAACCAATGGAGGTGCACCTCTCA-GGTGTACTCGCCCTAAACTAGACAGT 1292
|||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1252 TGCCGCGAGCAACCAATGGAGGTTCACCT-TCAAGGTGTACTCGGCCTAAACTAGACAGT 1310
Query 1293 CGGTTTGTCCTTGATGTGAATGTAATTGATGGAACCGTTGTTGCTCCATCCGCCCCATTT 1352
|| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 CGCTTTGTCCTTGATGTGAACGTTGCTGATGGAACCGTTGTTGCTCCATCCGCCCCATTT 1370
Query 1353 ACTAAGATTTGGAAAATGAGGAACAGTGGTTCGCTGGTGTGGCCACAGGGCACACAGATT 1412
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1371 ACTAAGATTTGGAAAATGAGGAACAGTGGTTCGCTGGTGTGGCCTCAGGGCACACAGATT 1430
Query 1413 GTCTGGATCGGTGGGGACAGGTTCTGCAACTCCTTGTCAGTTGATTTACAGATTCCAAAG 1472
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 GTCTGGATCGGTGGGGACAGGTTCTGCAACTCATTGTCAGTTGATTTACAGATTCCAAAG 1490
Query 1473 GAGGGTGTGCCTATCTATAGTGAACTTGACGTCAAAGTTGATTTTGTTGCACCAGAGTTA 1532
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 GAGGGTGTGCCTATCTATAGTGAGCTTGATGTCAAAGTTGATTTTGTTGCACCAGAGTTA 1550
Query 1533 CCTGGTCGATACATTTCTTATTGGAGGATGGCTACCTCTGACGGTGCTAAGTTTGGGCAA 1592
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 CCTGGTCGATACATTTCTTATTGGAGGATGGCTTCCTCTGACGGTGCTAAGTTTGGGCAA 1610
Query 1593 CGTGTTTGGGTGTTGATACATGTTGATGCATCTCTGAAGAATTCTGTTGTGAATGAGTTT 1652
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1611 CGTGTTTGGGTGTTGATACATGTTGATGCATCCCTCAAGAATTCTATTGTGAATGAGCTC 1670
Query 1653 CATGGACTGAACCTTAATGCCTCCCCCTCCCTTGATGAGAATTTTCCAAGCGAATTTCTA 1712
|| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |
Sbjct 1671 CACGGACTCAACCTGAATGCCTCCCCCTCCCTTGATGAGAATTTTTCAAGTGAATTTCCA 1730
Query 1713 GGGATTATGAATTATGAGTCAGCTCAACCTGGCAGCTCCAGTGTCAATCCTGGGACCGTG 1772
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||
Sbjct 1731 GGGATTATTAATTATGAGTCAGCTCAACCTGGCAGCTCCAATGTCAATCCTGGTACAGTG 1790
Query 1773 AAAGGTACTGATCTAGAGGGCGAAG---TTGGTGAAACACAGG-CCGTGGAAAAAGAAAA 1828
|||||| ||||||||||||| |||| |||||||| | |||| || |||| ||||||||
Sbjct 1791 AAAGGTGCTGATCTAGAGGGAGAAGAAGTTGGTGAATCGCAGGTCC-TGGAGAAAGAAAA 1849
Query 1829 C-CTTTTGGTTGGTGAAGCTCATCCTGCTATCCCTCACG-GTCATTCTCCTTCATCTTCA 1886
| | || | ||||||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 CACGTT-GATTGGTGAAGTTCGTCTTGCTATCCCTCA-GAGTCATTCTCCTTCATCTTCA 1907
Query 1887 TCTTCTTCATTTAACATGGTCGACTTCCCAAGCATGCCTGCTGTTGAGGTCTTGTCTGGT 1946
||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1908 TCTTCGTCATTTAACATGGTCGAGTTCCCAAGTATGCCTGCTGTTGAGGTCGTGTCTGGT 1967
Query 1947 GGTTCTTCATCTACTACAAAAGACGTGCCAGTTCCTCTTCAGGAGGATATAGAAAAGAAT 2006
|||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||
Sbjct 1968 GGTTCTTCATCTAC-A-AAA-GACGTCCCAGTTCCTCTTCAAGAGGATTTAGAGAAGAAT 2024
Query 2007 GACGTGGAGATAACCATGCTCAAGGAGCTCGAGGAAATGGGTTTCAAGGAGATAGATTTG 2066
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 GACGTTGAGATAACCATGCTCAAGGAGCTCGAGGAAATGGGTTTCAAGGAGATAGATTTG 2084
Query 2067 AACAAGGAGATCTTGAGGGATAACGAGTACAACCTGGAGCAGTCTGTTGATGCTCTTTGT 2126
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2085 AACAAGGAGATCTTGAGGGATAACGAGTACAACTTGGAGCAGTCCGTTGATGCTCTTTGT 2144
Query 2127 GGAGTTAGCGAGTGGGATCCAATCCTAGAGGAGCTTCAGGAGATGGGCTTCTGTGATGAT 2186
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2145 GGAGTTAGCGAGTGGGATCCTATCCTAGAGGAGCTTCAGGAAATGGGCTTCTGTGATGAT 2204
Query 2187 GTGACGAACAAGAGACTGCTGAAGAAGAACAATGGAAGCATCAAAGGCGTGGTAATGGAT 2246
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 GTGACGAACAAGAGGCTGCTGAAGAAGAACAATGGAAGCATCAAAGGCGTGGTAATGGAT 2264
Query 2247 CTCCTCACAGGGGAGAAGGAGGCTTGATGAGCTCTTTGGTTTCTGGCAACTCTTCTCTAT 2306
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 2265 CTCCTCACAGGGGAGAAGGAGGCTTAATGAGCT-TTTGGATTCTGGCTACTCTTCTCTAT 2323
Query 2307 CTCTCTTATCTATCAGGAATAATTATGTTTT-ATAAATAAAACCTGATCTCTTAGTTTGG 2365
|| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2324 CTATCTTATC-A---GGAATAATTATGTTTTTATAAATAAAACCTGATCTCT-AGTTTGA 2378
Query 2366 TTTCGTGCTGCGTCACATGG-TCTGTTCCTTTGCTTTGTGTTGGGATGATGTTACTATGT 2424
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 2379 TTTCGTGCTGCGTCACATGGGTGTGTTCCTTTGCTTTGTGTTGG-ATGATGTTACTAT-T 2436
Query 2425 TAAC-TCTATCTAAGACATGGATGGTTTCTTTCTTATTT 2462
||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2437 TAAAATTTATCTAAGACGTGGATGGTTTCTTTCTTATTT 2475
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98196651610
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5