BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G25880.1
Length=3211
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg945493 jgi|Araly1|945493|scaffold_701722.1 4152 0.0
> Ahg945493 jgi|Araly1|945493|scaffold_701722.1
Length=2617
Score = 4152 bits (2248), Expect = 0.0
Identities = 2490/2608 (95%), Gaps = 11/2608 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 318 AGAAATGGCAACTGAGAATCCTATTAGGATATCTGGAAGCAATGAAAGATGGTCTAATTC 377
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 17 AGAAATGGCAACTGAGAATCCTATTAGGATGTCTGGAAGCAATGAAAGATGGTCTAATTC 76
Query 378 TAGGAAGGTTTCTGTTCCTAATCGAAGTGGCAGTGCGCCACCGAACATGGAGGGGTCTTT 437
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 77 TAGGAAAGTTTCTGTTCCTAATCGAAGTGGCAGTGCGCCACCGAGCATGGAGGGGTCTTT 136
Query 438 TCTAGCTGTGGATAATCTATTGTCACGACAGGGCGGCTCAGTTTACAATAACTTGATGCT 497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 137 TCTAGCTGTGGATAATCTATTGTCACGACAGGGCGGCTCAGGTTACAATAACTTGAAGCT 196
Query 498 ACCGCGTTACGGGTTTGAGGAGCCCGTGACCACTCATCCTTCTTCTAAACATAGCCTTAA 557
|||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 197 ACCGAGTTACGGGTTTGAGGAGCCTGTGGCCACTCATCCTTCTTCTAAACACAACCTTAA 256
Query 558 CCGCATACCTTCTCCACCGATTTATTACCCTACTGAGTATCAGTTCATAGACAATCGTGT 617
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 257 TCGCATACCTTCCCCACCTATTTATTACCCTACTGATTATCAGTTCATAGACAATCGTGT 316
Query 618 AGGTAGATTTAGAAGTAACCAGGGATTGAATAAAGTTAATTCTCCCATTCATTTGTCCCA 677
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 317 AGGTAGATTTAGAAGTAATCAGGGATTGAATAAAGTTAGTTCTCCTATTCATTTGTCCCA 376
Query 678 AGGCAAACTTTCTACTCATAAGGAAGTTTCTGAGGATGAAAGCTCCCAACAGTTATCTGT 737
||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 377 AGGTAAACTTCCTACTCATAAGGAAGTGTCTGAGGATGAAAGCTCCCAACAGTTATCTGT 436
Query 738 TAATAGTGTTTCAGATAGGAC-AGATGGATTGGACATTCGTCTTTCACCTGGTTCTCAAA 796
|| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 437 TACTAGTGTTTCAGATAGGACTA-ATGGGTTGGACA------TTTCGCCTGGTTCTCAAA 489
Query 797 GTTTGGCCGATTTCAGGCAGGATGATACTTCTTCTGGGCAGACCCCTCAACATAGTCGGT 856
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 490 GTTTGGCTGATTTCAGGCAGGATGATAATTCTTCTGGGCCGACCCTTCAACATAGTCGGT 549
Query 857 CTAACTCTTCAAATGGTGAAGTGAACACAGCAGATGAGAGTGGTAACTTCTCAGAGTTGT 916
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 550 CTAACTCTTCAAATGGTGAAGTGAACACAGCGGATGAGAGTGGTAACTTCTCAGAGATGT 609
Query 917 CAGATGATGTCGTGGTTAAAGATAATGCTGCTTCAACGGCAAGAGCTTCCATTGGCAATG 976
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 610 CAGATGATGTCATGGTTAAAGATAATGCTGCTTCAACAGCAAGAGCTTCCATTGGCAATG 669
Query 977 AGAAGAGTCCTGATGAATCGACTATCATCTCCAAAATGAAGAGTACTAACATATCCGGAC 1036
|||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 670 AGAAGAATCCAGATGAATCGACTATCATCTCTAAAATGAAGAATACTAACATATCCGGAC 729
Query 1037 CTGGAACGGCTAAATACCCTCGAGAACCAAGGTATGGACAGCCAGAAAGGCAGCCGCATC 1096
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 730 CTGGAACGGCTAAATACCCTCGAGAACCAAGGTATGCACAGCCAGAAAGGCAGCTGCATC 789
Query 1097 AACAGCAAAATAATGCAACTTGGATTCAAGGTGGCAGCAATATGGGTTCTCATGGTGTAA 1156
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 790 AACAGCAAAATAATGCAACCTGGATTCAAAATGGCAGCAAAATGGGTTCTCATGGTGTAA 849
Query 1157 ACGATGCAGTTATCGGGGCCGGACAGTTTCATTATGGACAACCTTACAAGTTCTCGGGTG 1216
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 ACGATGCAGTTATCGGGACCGGACAGTTTCATTATGGACAACCTTACAAGTTCTCGGGTG 909
Query 1217 ATGGTCAGCCCGTACTTCAGTCTTCCGGTTTTACACCGCCTCTGCTTTACACTGCTACCC 1276
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 910 ATGGTCAGCCTGTACTTCAGTCTTCCGGTTTTACGCCGCCTCTACTTTACACTGCTACCC 969
Query 1277 AAACGGCTTATATGACTTCACCAGCTCATGTCTATAACATGCAGTCTCCTGCTGTTTATT 1336
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 AAACGGCCTATATGACTTCACCGGCTCATGTCTATAATATGCAGTCTCCTGCTGTTTATT 1029
Query 1337 CTCCTCAGTATGGTTATGGACCATACACCAACATGATCCCTCAGTTTATGCCTGGATACC 1396
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1030 CTCCTCAATATGGTTATGGACCATACACCAACATGATCCCACAGTTTATGCCTGGATACC 1089
Query 1397 CTTCCCATGGTTCTGTTCCTGTTGTTGTCAGTCCAGATTTCATTCCTCAGTTATCTGGGC 1456
||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1090 CTTCCCATGGTTCTGTTCCAGTTATTGTCAGTCCAGATTTCGTTCCTCAATTATCTGGGC 1149
Query 1457 CAAGTGCAGGAAGTGTGGTCCATGGAGGTGAAATGCAGTATGCGGAGAAGCTCTATGTTC 1516
|||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 CAAGTGCAGGAAATGTAGTCCACGGAGGTGAAATGCAGTATGCGGAGAAGCTCTATGTTC 1209
Query 1517 CACCAGGACAACCTTCTTTTCCAGATCCTATGTATATGCAGTACTGTCAACAGTCATTTG 1576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 CACCAGGACAACCTTCTTTTCCAGATCCTATGTATATGCAGTACTGTCAACAGTCATTTG 1269
Query 1577 GGCAGATGGAACCACTGGCTCCTAGGAACCACACCAATGCTCCCGAGTCTCAGAAAGATG 1636
||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1270 GGCAGATGGAACCGCTGGCTCCTAGGAATCACACGAATGCTCCTGAGTCTCAGAAAGATG 1329
Query 1637 ATCCAAAGTTCCTTCGACAAATTAGAGGGCCAAGTAACTCTAATATGGCAAGACCGGGAA 1696
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1330 ATCCAAAGTTCCTTCGACAAATAAGAGGGCCAAGTAACTCTAATATGGGTAGAACGGGAA 1389
Query 1697 TGGGTGTTAATTACTATGGAATCCAGCCAAATATGGGCATTATGGTGCAGTATCTGCCTA 1756
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1390 TGGGTGTTAATTATTATGGAATCCAGCCAAATATGGGCATTATGGTGCAGTATCTGCCTA 1449
Query 1757 CACATCTCGGCCCTCCTCTTTCACCAGGTCATGTTCCTTATGTCGAGGCATATCCTGGAT 1816
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 CACAGCTCGGCCCTCCTCTTTCACCAGGTCCTGTTCCCTATGTCGAGGCATATCCTGGAT 1509
Query 1817 GGCAGCCACAAGGGAGCTTAGAAGGTGCCAATGGCCCTCGATTGTGCAATTTTCTTGAAG 1876
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 GGCAGTCACAAGGGAGCTTAGAAGGTGCCAATGGCCCTCGATTGTGCAATTTTCTTGAAG 1569
Query 1877 AGCTGAAATCTGGGAAAGGTAGGAGGTTTGATCTATCTGACATCACAGGACACATTGTTG 1936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1570 AGCTGAAATCTGGGAAAGGTAGGAGGTTTGATCTATCTGACATCACAGGACACATTGTTG 1629
Query 1937 AATTCAGTGCGGATCAACATGGGAGCCGATTTATTCAGCAAAAGCTTGAGAATTGTAAAC 1996
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1630 AATTCAGTGCGGATCAACATGGGAGCAGATTTATTCAGCAAAAGCTTGAGAATTGTAAAC 1689
Query 1997 CAGAAGAAAAAGCAGCTGTCTTTAGGGAAATTCTTCCTCATGCTTGCAAACTCATGACAG 2056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 CAGAAGAAAAAGCAGCTGTCTTTAGGGAAATTCTTCCTCATGCTTGCAAACTCATGACAG 1749
Query 2057 ATGTGTTTGGAAATTATGTCATTCAGAAGTTTTTTGAATATGGAAACTCAACACAGAGAA 2116
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1750 ATGTGTTTGGCAATTATGTCATTCAGAAGTTTTTCGAATATGGAAACTCAGCACAGAGAA 1809
Query 2117 AGGAACTCGCTGATCAACTCATGGGACAAATAGTACCACTTAGTCTGCAGATGTATGGTT 2176
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1810 AGGAACTCGCCGATCAACTCATGGGACAGATAGTACCACTTAGTCTGCAGATGTATGGTT 1869
Query 2177 GTCGCGTGATACAAAAGGCTCTTGATGTCATAGAACCTGATCAGAGAGTTCGTTTAGCAC 2236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1870 GTCGCGTGATACAAAAGGCTCTTGATGTCATAGAACCTGATCAGAGAGTTCGTTTAGCAC 1929
Query 2237 GTGAACTAGACGGGCAGGTCATGAGATGTGTTCGGGACCAAAATGGAAACCATGTGATCC 2296
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1930 GTGAACTTGATGGGCAGGTCATGAGATGTGTTCGGGACCAGAATGGAAACCATGTGATCC 1989
Query 2297 AGAAATGCATCGAGAACATCCCGGCAGACAAAGTTGGTTTCATGTTATATGCATTCCGTG 2356
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1990 AGAAATGCATCGAGAACATCCCAGCAGACAGAGTTGGGTTCATGTTACATGCATTCCGTG 2049
Query 2357 GTCAAGTTTCCTCGCTCTCTATGCATCCTTATGGCTGCCGTGTCATACAGAGGCTTTTGG 2416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2050 GTCAAGTTTCCTCGCTCTCTATGCATCCTTATGGCTGCCGTGTCATACAGAGGCTTTTGG 2109
Query 2417 AGCGTTGTTCACATGACCATCAATGTAGGTTCATTACCGAGGAGATACTGGAATCAGTCT 2476
||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 2110 AGCGTTGCTCGCATGACCATCAATGTAGGTTCATTACTGAGGAGATACTGGAATCAGTAT 2169
Query 2477 GCGTCCTTTCCAAGGACCAATATGGTAATTATGTCACACAGCATGTCTTGGAGAAAGGGA 2536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2170 GCGTCCTTTCCAAGGACCAATATGGTAATTATGTCACACAGCATGTCTTGGAGAAAGGGA 2229
Query 2537 CATCTGAAGAAAGGGAGAGGATTGGGAGAAAACTCTCAGGGCACATCGTGCAACTTAGCC 2596
||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2230 CATCTGAAGAAAGGGAGAGAATCGTGAGAAAACTCTCAGGGCACATCGTGCAGCTTAGCC 2289
Query 2597 TCCACAAATTTGCGTCAAATGTAATAGAGAAGTGTCTGGAGTATGGTGGTCGAGTTGAGC 2656
| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2290 TACATAAATTTGCATCAAATGTTATAGAAAAGTGTCTGGAGTATGGTGGTCGAATTGAGC 2349
Query 2657 GGGATCTCATCATCAAAGAGATTGCAGGGCCTGACGAGAGCTATAATAGTCTATTGATGA 2716
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2350 GGGACCTCATCATCAAAGAGATTGCAGGGCCTGATGAGAGCTATAATAGTCTATTGATGA 2409
Query 2717 TGATGAAGGACCAGTATGGAAACTATGTGGTGCAGAAGATATTCGAGACATGTACGGCTG 2776
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2410 TGATGAAAGACCAGTATGGAAACTATGTGGTGCAGAAGATATTCGAGACATGTACGGCTG 2469
Query 2777 ATCAGCGTTTAACATTGTTCAGCCGAGTGAGAATGCATGCATCTGCATTGAAGAAATACA 2836
|||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2470 ATCAGCGTGCAACATTGTTCAGCAGAGTCAGAATGCATGCATCTGCATTGAAGAAATACA 2529
Query 2837 CATATGGGAAACATATTGTTAGTCGTTTGGAACAGCCCTCTATTGAAGAAAACCAAGAAT 2896
||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2530 CATATGGGAAACATATTGTTACTCGTTTGGAGCAGCCCTTTATTGAAGAAAACCAAGAAT 2589
Query 2897 TGAGGA-GATGAGTGGCTCTTCTGATTT 2923
|||| | ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2590 TGAG-ATGATGAGTGGCT-TTCTGATTT 2615
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121317430325
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5