BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G26640.2 Length=2043 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg945405 jgi|Araly1|945405|scaffold_701634.1 2826 0.0 > Ahg945405 jgi|Araly1|945405|scaffold_701634.1 Length=1728 Score = 2826 bits (1530), Expect = 0.0 Identities = 1667/1731 (96%), Gaps = 18/1731 (1%) Strand=Plus/Plus Query 123 TACCCTTGCGAATCTCTGAAATGAACCCTCAAGCTAATGACCGGAAGGAGTTTCAGGGAG 182 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TACCCTTGCGATTCTCTGAAATGAACCCTCAAGCTAATGACCGGAAGGAGTTTCAGGGAG 60 Query 183 ATTGTTCGGCGACGGGAGATCTCACGGCAAAGCACGATTCAGCT------GGAGGAAACG 236 |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | Sbjct 61 ATTGCTCGGCGACGGGAGATCTCACGGCAAGGCACGATTCAGCTGGAGGAGGAGGAAATG 120 Query 237 GAGGTGGAGGTGCTAGGTATAAGCTGATGTCACCGGCCAAGCTTCCGATCTCGAGGTCGA 296 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GAGGTGGAGGTGCTAGGTATAAGCTGATGTCACCGGCGAAGCTTCCGATCTCGAGGTCGA 180 Query 297 CTGATATCACGATTCCTCCTGGGTTGAGTCCGACTTCGTTTTTGGAATCTCCTGTTTTCA 356 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 CTGATATCACGATTCCTCCTGGGTTGAGTCCGACTTCGTTTTTGGAATCTCCTGTTTTCA 240 Query 357 TCTCCAACATCAAGCCAGAACCTTCCCCTACTACTGGTTCTTTGTTCAAGCCTCGACCAG 416 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TCTCCAACATCAAGCCAGAACCTTCCCCTACTACTGGTTCTTTGTTCAAGCCTCGACCAG 300 Query 417 TGCACATTTCTGCTAGCTCAAGTTCTTATACAGGCAGGGGGTTCCATCAGAACACCTTTA 476 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| Sbjct 301 TGCACATTTCTGCTAGCTCAAGTTCTTATACAGGTAGGGCGTTCCATCAGAACACCTTTA 360 Query 477 CTGAGCAGAAGTCCAGTGAATTTGAGTTCAGACCTCCTGCATCAAATATGGTATATGCAG 536 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 361 CTGAGCAGAAGTCCAGTGAATTTGAGTTCAGACCTCCTGCATCCAATATGGTTTATGCAG 420 Query 537 AGCTTGGCAAG-ATTAGAAGTGAGCCACCAGTACATTTTCAAGGCCAGGGCCATGGATCC 595 ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 AGCTTGGCAAGCAT-AGAAGTGAGCCACCGGTACAATTTCAAGGCCAGGGCCATGGATCC 479 Query 596 TCACACTCACCTTCTTCGA-TCAGTGATGCTGCAGGTTCCTCAAGTGAGCTAAGCCGGCC 654 |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 GCACACTCACCTTCTTC-ACTCAGTGATGCTGCAGGTTCCTCAAGTGAGCTAAGCCGGCC 538 Query 655 AACTCCTCCTTGTCAGATGACACCAACGAGCTCAGATATTCCGGCTGGATCTGATCAAGA 714 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 AACTCCTCCTCGTCAGATGACACCAACGAGCTCAGATATTCCGGCTGGATCTGATCAAGA 598 Query 715 GGAATCAATCCAGACTTCCCAAAATGACTCCAGAGGAAGCACTCCATCCATCTTGGCTGA 774 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 599 GGAATCAATCCAGACTTCCCAAAATGACCCCAGAGGAAGCACACCATCCATCTTGGCTGA 658 Query 775 TGATGGTTATAACTGGAGAAAATATGGTCAAAAGCATGTCAAAGGGAGTGAATTTCCCCG 834 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 TGATGGTTATAACTGGAGAAAATATGGTCAAAAACATGTCAAAGGGAGTGAATTTCCCCG 718 Query 835 GAGCTATTATAAATGTACACATCCTAATTGTGAAGTGAAAAAGTTATTTGAAAGATCTCA 894 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 719 GAGCTATTATAAATGTACACATCCTAATTGTGAAGTGAAAAAGTTATTTGAAAGATCTCA 778 Query 895 TGATGGGCAGATCACCGATATTATATACAAGGGTACACATGACCATCCTAAACCTCAACC 954 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 779 TGATGGGCAGATCACCGATATTATATACAAGGGTACACATGACCATCCTAAACCTCAACC 838 Query 955 TGGTCGCCGAAACTCTGGTGGT------ATGGCTGCACAAGAAGAAAGGCTAGACAAGTA 1008 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 TGGTCGCCGAAACTCTGGTGGTCTTGGTATGGCTGCACAAGAAGAAAGGCTAGACAAGTA 898 Query 1009 TCCTTCTTCAACTGGCCGAGATGAGAAGGGATCTGGCGTCTACAACTTGTCTAACCCCAA 1068 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| Sbjct 899 TCCTTCTTCAACTGGCCGAGATGAGAAGGGATCTGGCGCCTACAACTTGTCTCACCCCAA 958 Query 1069 TGAACAAACTGGTAACCCTGAAGTACCTCCTATCTCAGCATCTGACGATGGTGGAGAAGC 1128 ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 959 TGAGCAAACTGGTAACCCTGAAATACCTCCTGTCTCAGCATCTGAGGATGGTGGAGAAGC 1018 Query 1129 GGCAGCGTCAAATAGGAATAAAGATGAGCCGGACGATGATGATCCATTCTCAAAACGGAG 1188 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 TGCAGCGTCAAATAGGAATAAAGATGAGCCGGACGATGATGATCCATTCTCAAAACGGAG 1078 Query 1189 GAGGATGGAGGGTGCGATGGAAATAACTCCACTAGTGAAACCCATCCGGGAGCCTCGGGT 1248 ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1079 GAGGATGGATGGTGCGATGGAAATAACTCCACTTGTGAAACCCATCCGAGAGCCTCGGGT 1138 Query 1249 TGTTGTTCAAACTCTGAGTGAGGTTGACATTCTGGATGATGGTTATAGATGGCGCAAATA 1308 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1139 TGTTGTTCAAACTCTGAGTGAGGTTGACATACTGGATGATGGTTATAGATGGCGTAAATA 1198 Query 1309 TGGGCAGAAAGTCGTAAGGGGGAACCCAAATCCCAGGAGCTACTACAAATGCACAGCTCA 1368 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1199 TGGGCAGAAAGTCGTAAGGGGGAACCCAAATCCCAGGAGCTATTACAAATGCACAGCTCC 1258 Query 1369 TGGAT-GCCCAGTGAGAAAACACGTGGAGAGAGCATCACATGATCCAAAAGCTGTAATAA 1427 | || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1259 TA-ATTGCCAAGTGAGAAAACACGTGGAGAGGGCATCACATGACCCAAAAGCTGTAATAA 1317 Query 1428 CAACATACGAAGGCAAACACGATCATGATGTTCCCACTTCAAAGTCTAGCAGCAATCACG 1487 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 CAACATACGAAGGCAAACACGATCACGATGTTCCCACTTCAAAGTCTAGCAGCAATCACG 1377 Query 1488 AAATCCAGCCTCGGTTCAGACCAGATGAAACAGACACCATCAGCCTCAATCTTGGTGTTG 1547 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1378 ACATCCAGCCTCGGTTCAGACCAGATGAAACAGACACCATCAGCCTCAATCTTGGTGTTG 1437 Query 1548 GAATCTCATCTGATGGACCTAACCACGCTTCCAACGAACATCAGCACCAGAATCAACAAC 1607 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 1438 GAATCTCATCTGATGGACCTAACCACGCTTCCAACGAGCATCAGCATCAGAATCAACAAC 1497 Query 1608 TTGTCAACCAAACTCACCCAAATGGAGTCAATTTCAGGTTTGTTCATGCTAGTCCCATGT 1667 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 TCGTCAACCAAACTCACCCAAATGGAGTCAATTTCAGGTTTGTTCATGCTAGTCCCATGT 1557 Query 1668 CATCCTACTATGCTAGCTTAAATAGCGGTATGAATCAGTACGGCCAGAGAGAAACAAAGA 1727 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1558 CATCCTACTATGCTAGCTTAAATAGCGGTATGAATCAGTACGGCCAGAGAGAAACAAAGA 1617 Query 1728 ACGAGACTCAAAATGGTGACATCTCGTCCTTGAACAATTCATCTTACCCATATCCGCCCA 1787 |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1618 ACGAGACTCAGAATGGCGACATCTCGTCCTTGAACAATTCATCTTACCCATATCCGCCCA 1677 Query 1788 ACATGGGGAGAGTACAATCGGGTCCGTAAAACAAAAAGTAAGCAACATTAT 1838 |||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| Sbjct 1678 ACATAGGGAGAATACAATCGGGTCCTTAAAAGAAAAAGTAAGCAACAGTAT 1728 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 76828024165 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5