BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G27300.1 Length=2448 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg492068 jgi|Araly1|492068|fgenesh2_kg.7__1501__AT4G27300.1 3947 0.0 > Ahg492068 jgi|Araly1|492068|fgenesh2_kg.7__1501__AT4G27300.1 Length=2445 Score = 3947 bits (2137), Expect = 0.0 Identities = 2346/2448 (96%), Gaps = 9/2448 (0%) Strand=Plus/Plus Query 5 GAGAAAT--TCATTCTCTGTTTTCGTTATCTCTGTTCTTAATTTCATCTTCTCTCTCTGT 62 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| Sbjct 3 GAGAAATACTCATTCTCTGTTTTCGTTATCTCTGTTCTTAATTTCATCATCTTTCTCTGT 62 Query 63 TGCTTTGGATTATAATGTCATCACTCCAAAAGAATTCCTTAAGGATGGAGATACCCTTAG 122 |||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 63 TGCTATGGATTATAGTGTCATTACTCCAAGAGAATTCCTTAAGGATGGAGATACTCTTAG 122 Query 123 TTCTCCAGACCAGGTTTTCCAACTTGGGTTCTTTAGTCTTGACCAAGAAGAGCAACCTCA 182 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 123 TTCTCCAGACCAGGTTTTCCAACTTGGGTTCTTTAGTCTTGACCAAGATGAGCAGCCTCA 182 Query 183 ACATCGGTTTCTTGGCTTGTGGTACATGGAACCATTTGCAGTCGTTTGGGTGGCCAACCG 242 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 183 ACATCGGTTTCTTGGCTTGTGGTACAAGGAACCATTTGCAGTCGTTTGGGTGGCTAACCG 242 Query 243 AAACAACCCTCTCTACGGCACATCTGGATTCTTAAACTTGAGTTCCCTTGGCGATCTTCA 302 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| Sbjct 243 AAACAATCCTCTCTACGGCACATCTGGATTCTTAAACTTAAGTTCTCTTGGCGACCTTCA 302 Query 303 GCTATTCGACGGTGAACACAAAGCCTTGTGGtcatcatcatcatcatcaACAAAAGCTTC 362 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 303 GCTATTCGACGGTGAACACAAAGCCTTGTGG---TCATCATCATCATCAACAAAAGCTTC 359 Query 363 TAAAACAGCAAATAATCCTCTCTTGAAGATATCATGTTCAGGGAATCTCATATCTAGTGA 422 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 TAAAACAGCAAATAATCCCCTCTTGAAGATATCATGTTCAGGGAATCTCATATCTAGTGA 419 Query 423 CGGAGAAGAAGCTGTGTTGTGGCAGAGTTTTGATTATCCCATGAATACAATACTCGCGGG 482 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 CGGAGAAGAAGCTGTATTGTGGCAGAGTTTTGATTATCCCATGAATACAATACTCGCGGG 479 Query 483 TATGAAGCTTGGGAAA-AACTTCAAGACACAAATGGAATGGTCTCTATCATCTTGGAAAA 541 |||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 480 TATGAAGCTT-GGAAAGAATTTCAAGACACAAAAGGAATGGTCTCTATCGTCTTGGAAAA 538 Query 542 CCCTAAAAGATCCATCACCAGGTGATTTCACGTTGTCTCTAGACACTCGAGGTTTACCAC 601 |||||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 539 CCCTAAAAGATCCATCCCCGGGTGACTTCACGATGTCTCTAGATACTCGAGGTTTACCAC 598 Query 602 AATTGATCTTAAGGAAGAATGGAGATTCGAGTTATTCCTATCGCTTAGGATCTTGGAACG 661 | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 AGTTGATCTTGAGGAAGAATGGAGATTCTAGTTATTCCTATCGCTTAGGATCTTGGAACG 658 Query 662 GCTTATCCTTCACCGGCGCTCCAGCTATGGGACGTGAGAATAGCTTATTCGACTACAAAT 721 |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 GCTTATCCTTCACCGGAGCTCCAGCTATGGGACGAGAGAATAGCTTATTCGACTACAAAT 718 Query 722 TCACGTCGAGTGCGCAAGAAGTAAACTACTCGTGGACTCCACGGCACAGAATTGTCTCAA 781 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| Sbjct 719 TCACGTCGAGTGAGCAAGAAGTAAACTACTCGTGGACTCCTCGACGCAGAATTGTCTCAA 778 Query 782 GATTGGTATTAAACAACACAGGGAAACTCCATAGGTTTATCCAGTCGAAGCAAAACCAGT 841 ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| |||| | Sbjct 779 GATTGGTCTTAAACAACACAGGGAAACTTCACAGGTTTATCCAGTCTAATCAACACCAAT 838 Query 842 GGATCTTAGCAAACACTGCACCAGAAGATGAGTGTGACTACTACTCTATATGTGGAGCTT 901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 GGATCTTAGCAAACACTGCACCAGAAGATGAGTGTGACTACTACTCTATATGTGGAGCTT 898 Query 902 ACGCAGTTTGTGGGATTAATAGCAAAAACACACCTTCTTGTTCATGTTTACAAGGGTTCA 961 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 899 ACGCAGTTTGTGGGATTAATAGCAAAAACACACCTTCTTGTTCATGTTTACAAGGATTCA 958 Query 962 AGCCTAAATCAGGTCGAAAGTGGAATATTTCAAGAGGAGCATACGGGTGTGTCCATGAGA 1021 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 AGCCAAAATCAGGTCGAAAGTGGAATATTTCAAGAGGAGCATACGGGTGTGTCCATGAGA 1018 Query 1022 TTCCAACCAACTGTGAAAAGAAAGATGCATTTGTGAAGTTTCCAGGTCTGAAATTACCAG 1081 |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| Sbjct 1019 TTCCAACCAATTGCGGAAAGAAAGATGCATTTGTGAAGTTCCCAGGTATGAAACTACCAG 1078 Query 1082 ATACTTCATGGTCTTGGTATGATGCAAAAAATGAAATGACACTTGAGGATTGTAAGATCA 1141 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 ATACTTCATGGTCTTGGTATGATGCCAAAAATGAAATGACACTTGAGGATTGTAAGATCA 1138 Query 1142 AGTGTTCAAGTAACTGCTCTTGCACGGCTTATGCGAATACCGATATTCGCGAGGGAGGAA 1201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 AGTGTTCAAGTAACTGCTCTTGCACGGCTTATGCGAATACCGATATTCGCGAGGGAGGAA 1198 Query 1202 AAGGTTGTTTGCTTTGGTTTGGTGACTTGGTTGATATGAGAGAGTATTCTAGCTTTGGAC 1261 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1199 AAGGTTGTTTGCTTTGGTTTGGTGACTTGGTTGATATGAGAGAGTATTCTACCTTTGGAC 1258 Query 1262 AAGATGTTTACATAAGAATGGGTTTTGCTAAAATAGAGTTTAAAGGAAGAGAAGTGGTGG 1321 ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 AAGATGTTTACATAAGAATGGGTATTGCAAAAATAGAGTTTAAAGGAAGAGAAGTGGTGG 1318 Query 1322 GAATGGTCGTTGGATCGGTGGTGG-CAATTGCAGTTGTTTTGGTTGTAGTGTTTGCATGT 1380 |||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1319 GAATGGTCGTTGGATCAGTGGTGGTCA-TTGCAGTTGTTTTGGTTGTAGTGTTTGCATGT 1377 Query 1381 TTCAGAAAGAAGATAATGAAGAGATATCGAGGTGAAAATTTCAGAAAAGGGATTGAGGAA 1440 | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| Sbjct 1378 TGCAGAAAGAAGATAATGAAGAGATATCGCGGTGAAAATTTTAGAAAAGGGATTGGGGAA 1437 Query 1441 GAGGACTTGGACTTGCCTATTTTTGACAGAAAAACGATTTCTATAGCCACTGATGATTTT 1500 |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1438 GAGGACCTGGACTTGCCTATTCTTGACAGAAAAACGATTTCCATAGCCACTGATGATTTT 1497 Query 1501 TCATACGTGAACTTCCTAGGAAGAGGAGGTTTTGGACCAGTTTATAAGGGTAAGTTAGAA 1560 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 TCATACGTGAACTTCCTAGGAAGAGGAGGGTTTGGACCAGTTTATAAGGGTAAGTTAGAA 1557 Query 1561 GATGGACAAGAGATTGCGGTGAAGAGGTTATCCGCGAACTCAGGACAAGGAGTGGAAGAA 1620 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1558 GATGGACAAGAGATTGCGGTGAAGAGGTTATGCGCGAACTCAGGACAAGGAGTGGAAGAA 1617 Query 1621 TTCAAGAACGAAGTAAAACTAATCGCAAAACTTCAACATCGTAACCTCGTGAGGCTTTTA 1680 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1618 TTCAAGAACGAGGTAAAACTAATCGCAAAACTTCAACATCGTAACCTCGTGAGGCTTTTA 1677 Query 1681 GGTTGTTGTATTCAAGGTGAAGAATGTATGTTGATCTATGAGTATATGCCTAACAAAAGT 1740 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1678 GGATGTTGTATTCAAGGTGAAGAATGTATGTTGATCTATGAGTATATGCCTAACAAAAGT 1737 Query 1741 TTAGACTTCTTTATATTTGATGAAAGGAGAAGTACAGAATTGGATTGGAAGAAGAGAATG 1800 |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1738 TTAGACTTCTTTATCTTTGATGAAAGGAGAAGTAAAGAATTGGATTGGAAGAAGAGAATG 1797 Query 1801 AACATTATCAATGGAGTAGCTCGTGGGATTCTCTATCTTCATCAAGATTCAAGATTGAGA 1860 |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1798 GACATTATCAATGGAATTGCTCGTGGGCTTCTCTATCTTCATCAAGATTCAAGATTGAGG 1857 Query 1861 ATCATACATAGAGATTTAAAAGCTGGAAATGTTTTACTAGATAATGATATGAACCCTAAG 1920 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| Sbjct 1858 ATCATACATAGAGATCTAAAAGCTGGAAATGTTTTACTAGATAATGGTATGAATCCTAAG 1917 Query 1921 ATCTCAGATTTTGGATTGGCTAAATCTTTTGGGGGAGATCAGAGTGAATCAAGCACAAAC 1980 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1918 ATCTCAGATTTTGGATTGGCTAAATCTTTTGGGGGAGATCAGAGTGAATCAAGCACAAAC 1977 Query 1981 AGAGTCGTGGGTACTTATGGTTACATGCCTCCGGAGTATGCAATTGATGGACATTTCTCT 2040 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1978 AGAGTCGTGGGTACTTATGGTTATATGCCTCCGGAGTATGCAATTGATGGACATTTCTCT 2037 Query 2041 GTGAAATCTGATGTGTTCAGTTTCGGTGTATTAGTACTTGAGATCATAACTGGCAAGACG 2100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 GTGAAATCTGATGTGTTCAGTTTCGGTGTATTAGTACTTGAGATCATAACTGGCAAGACG 2097 Query 2101 AATCGAGGGTTTCGTCATGCAGATCATGATCTTAATCTTCTTGGACACGTGTGGAAAATG 2160 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| Sbjct 2098 AATCGCGGGTTTCGTCATGCAGATCATGATCTTAATCTCCTTGGACACGTGTGGACAATG 2157 Query 2161 TGGGTTGAAGACAGAGAAATAGAAGTACCAGAGGAAGAGTGGTTGGAAGAGACAAGTGTT 2220 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| Sbjct 2158 TGGGTTGAAAACAGAGAAATAGAAGTACCAGAGGAAGAGTTGTTGGAAGAGACATGTGTT 2217 Query 2221 ATCCCAGAGGTACTAAGATGTATTCATGTTGCTTTGCTTTGTGTTCAACAAAAACCAGAA 2280 |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2218 GTCCCAGAGGTACTAAGATGTATTCATGTGGCTTTACTTTGTGTTCAACAGAAACCAGAA 2277 Query 2281 GACAGACCAACCATGGCTTCTGTTGTCTTGATGTTTGGGAGTGATAGTTCTCTTCCTCAC 2340 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2278 GACAGACCAACCATGGCTTCTGTTGTCTTGATGTTTGGGAGTGACAGTTCTCTTCCTCAC 2337 Query 2341 CCTACACAGCCCGGTTTTTTCACCAACCGGAACGTTCCTGATATCTCTTCATCTTTAAGC 2400 |||| | |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2338 CCTAAAAAGCCTGGATTTTTCACCAACCGGAACGTTCCAGATATCTCTTCATCTTTAAGC 2397 Query 2401 TTACGTTCACAAAACGAAGTTTCCATCACAATGTTGCAGGGACGGTAG 2448 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2398 TTACGTTCACAAAACGAAGTTTCCATCACAATGTTGCAGGGAAGGTAG 2445 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 92254573390 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5