BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G28080.1
Length=5850
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg945228 jgi|Araly1|945228|scaffold_701457.1 5319 0.0
Ahg470142 jgi|Araly1|470142|fgenesh2_kg.1__96__AT1G01320.1 507 5e-142
> Ahg945228 jgi|Araly1|945228|scaffold_701457.1
Length=5537
Score = 5319 bits (2880), Expect = 0.0
Identities = 3195/3347 (95%), Gaps = 22/3347 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2145 GGTGGCAGACTTTGGATCTCTTGAACTCTCACCCGTCGATGGAAGAACTCTGACAGACTT 2204
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2202 GGTGGCAGACTTTGGATCTCTTGAACTCTCACCCGTCGATGGAAGAACTCTTACAGACTT 2261
Query 2205 TATGCACACCAGAGGCTTGCAAATGCATTCCTTGGGAAGAGTGGTCGAGCTGGCTGAAAA 2264
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2262 TATGCACACCAGAGGCTTGCAAATGCATTCCTTGGGGAGAGTGGTCGAGCTGGCTGAAAA 2321
Query 2265 GCTTCCTCATGTGCAATCCCTCTGTGTTCATGAAATGATTGTTCGGGCGTACAAGCATAT 2324
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 2322 GCTCCCTCATGTGCAATCCCTCTGTGTTCATGAAATGGTTGTTCGGGCATACAAGCATAT 2381
Query 2325 ACTGCAGGCTGTTGTAGCAGCTGTTGAAAACACCGCTGATGTGGCCACCTCAATAGCAAC 2384
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 ACTGCAGGCTGTTGTTGCAGCTGTTGAAAACACCGCTGATGTGGCCACCTCAATAGCAAC 2441
Query 2385 ATGCTTAAATGTCCTATTGGGGACACCGTCTGACACTGAGAGTGTATACGATGAAAAGAT 2444
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2442 ATGCTTAAATGTCCTATTGGGAACACCGTCTGACACTGATAGTGTATACGATGAAAAGAT 2501
Query 2445 TAAGTGGACCTGGGTGGAAACGTTCATTTCCAAGAGGTTTGGGTGGGATTGGAAGCATGA 2504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2502 CAAGTGGACCTGGGTGGAAACGTTCATTTCCAAGAGGTTTGGGTGGGACTGGAAGCATGA 2561
Query 2505 AGGCTGCCAGGAACTGAGAAAATTTTCCATTCTTAGAGGACTGTCACACAAGGTTGGACT 2564
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 AGGCTGCCAGGAACTGAGAAAATTCGCCATTCTTAGAGGACTGTCACACAAGGTTGGACT 2621
Query 2565 GGAGCTTGTTCCTAAAGACTATGAGATGGACACGTCTTATCCTTTTAAGAAGTTTGATAT 2624
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 GGAGCTTGTTCCTAAAGACTATGAGATGGACACTTCATATCCTTTTAAGAAGTTTGATAT 2681
Query 2625 TATCAGTATGGTTCCTGTGTATAAGCACGTAGCATGTTCATCCGCAGATGGGCGCACTTT 2684
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||
Sbjct 2682 TATCAGTATGGTTCCTGTGTATAAGCACGTAGCATGTTCATCTGCTGATGGACGCACTTT 2741
Query 2685 GTTGGAATCATCCAAAACCTCCTTAGATAAAGGCAAACTGGAGGATGCTGTCAATTATGG 2744
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2742 GTTGGAATCATCCAAAACCTCCTTAGATAAAGGAAAACTGGAGGATGCTGTCAATTATGG 2801
Query 2745 CACCAAGGCATTGGCCAAGCTTGTAGCTGTGTGCGGCCCATATCATAGAATGACCGCTGG 2804
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2802 CACCAAGGCATTGGCGAAGCTTGTAGCAGTGTGCGGCCCATATCATCGAATGACCGCTGG 2861
Query 2805 AGCGTATAGTCTTCTCGCTGTTGTGCTGTACCATACTGGGGATTTTAACCAGGCTACCAT 2864
||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2862 AGCATATAGTCTTCTCGCGGTTGTGCTTTACCATACTGGGGATTTTAACCAGGCTACCAT 2921
Query 2865 TTATCAGCAGAAAGCACTCGACATAAATGAAAGGGAACTTGGACTTGATCACCCAGACAC 2924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2922 TTATCAGCAGAAAGCACTCGACATAAATGAAAGGGAACTTGGACTTGATCACCCAGACAC 2981
Query 2925 AATGAAAAGCTACGGCGACCTGGCTGTCTTCTATTATCGTCTTCAGCACACAGAGTTAGC 2984
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2982 TATGAAAAGCTACGGCGACCTGGCCGTCTTCTATTATCGTCTTCAGCACACAGAGTTAGC 3041
Query 2985 CTTGAAGTATGTCAACCGTGCCTTGTATCTTTTGCATCTAACATGTGGACCATCACATCC 3044
|||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3042 TTTGAAGTACGTCAACCGTGCATTGTACCTTTTGCATCTAACATGTGGACCATCACATCC 3101
Query 3045 AAATACAGCTGCCACTTATATAAACGTAGCAATGATGGAAGAAGGTATGAAGAATGCCCA 3104
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3102 AAATACGGCTGCCACTTATATTAACGTAGCAATGATGGAAGAAGGTATGAAGAATGCCCA 3161
Query 3105 TGTGGCTTTAAGATACCTTCATGAAGCATTGAAATGTAACCAGAGACTACTTGGAGCTGA 3164
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3162 TGTCGCTTTAAGATACCTTCATGAAGCTTTGAAATGTAACCAGAGACTACTTGGAGCTGA 3221
Query 3165 TCATATCCAGACTGCTGCAAGCTACCATGCCATTGCTATTGCTCTTTCTCTGATGGACGC 3224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3222 TCATATCCAGACTGCTGCAAGCTACCATGCCATTGCTATTGCTCTCTCTCTGATGGACGC 3281
Query 3225 ATACTCCTTGAGCGTTCAACATGAGCAGACCACTCTACAGATTCTACAAGCAAAACTAGG 3284
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3282 ATACTCCTTGAGCGTTCAACACGAGCAGACCACTCTGCAGATTCTACAAGCAAAGCTAGG 3341
Query 3285 CCCTGAGGATCTTCGGACACAGGATGCGGCTGCGTGGCTTGAATATTTCGAGTCCAAAGC 3344
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3342 CCCTGAGGATCTTCGGACACAGGATGCGGCTGCGTGGCTTGAATATTTCGAGTCTAAAGC 3401
Query 3345 TCTGGAACAGCAAGAAGCTGCACGAAATGGTACTCCCAAGCCAGACGCCTCTATTTCCAG 3404
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3402 TCTGGAACAGCAAGAAGCTGCACGAAATGGTACTCCCAAGCCAGACGCCTCTATATCCAG 3461
Query 3405 CAAAGGCCATCTCAGTGTATCAGACCTGTTGGATTATATAACCCCGGATTCTGGTATTAA 3464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3462 CAAAGGCCATCTCAGTGTATCAGACCTGTTGGATTATATAACCCCGGATTCTGGTATTAA 3521
Query 3465 AGCAAGGGACGCTCAAAGGAAAGCTCGCCCAAAGGTCAAGGGAAAGCCAGGTCAAAGTCC 3524
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3522 AGCAAGGGACGCTCAAAGGAAAGCTCGCCCGAAGGTCAAGGGAAAACCAGGACAAAGTCC 3581
Query 3525 AGGACCAGTGTCAGAAGAAAATCAGAAAGATGATGAAATTTTGAGTCCGGCTCATCTCAC 3584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3582 AGGACCAGTGTCAGAAGAAAATCAGAAAGATGATGAAATTTTGAGTCAGGCTCATCTCAC 3641
Query 3585 TGGGGAGAGTTCAAGTGATAAAGAGAACAAATCCGAAACAAAATCTGAAGaaaaaaaGGT 3644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||
Sbjct 3642 TGGGGAGAGTTCAAGTGATAAAGAGAACAAATCCGAAGCAAAATTTGAAGAGAAAAAGGT 3701
Query 3645 TGAAAATTTTGATTTGGAACAATCAAAACCTCAAGACCAGCTGAAGCTGGTTAAGCCCGA 3704
||| || ||||||||||||| | |||||| || |||| |||||||||||| ||
Sbjct 3702 TGAGAACTTTGATTTGGAAC---C------TCAAGAACATCTGACGCTGGTTAAGCCTGA 3752
Query 3705 AGCCACGGTCCACGAAGATGATGATTCTGACGAAGGATGGCAAGAAGCTGTCCCCAAAAA 3764
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3753 AGCCATTGTCCAAGAAGATGATGATTCTGACGAAGGATGGCAAGAAGCTGTCCCGAAAAA 3812
Query 3765 TCGTTTTTCTTCTGGGCGTAGAACACGGCCCAGCCTGGCAAAGCTGAACACCAACTTCAT 3824
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3813 TCGTTATTCTTCTGGGCGTAGAACACGGCCCAGCCTGGCAAAGCTGAACACCAACTTCAT 3872
Query 3825 GAACGTGACCCAGCAGCCATCAAGAAGCAGAGGAAAATCCACCAATTTCACATCCCCAAG 3884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3873 GAACGTGACCCAGCAGCCATCAAGAAGCAGAGGAAAATCCACCAATTTCACATCCCCAAG 3932
Query 3885 AACCAGTTCTAATGAGCTTTCAATTTCTGTTGCTGGTTCCACTTCTTCCCCAGCCTCGAA 3944
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3933 GACTAGTTCTAATGAGCTTTCAATTTCTGTTGCTGGTTCCACTTCTTCCCCAGCCTCGAA 3992
Query 3945 GATGTTTGTAAAGAGCCCATTGAACAAAAAGCAAAACAATTCCAGTGTAGTGGGAGAAAG 4004
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3993 GATGTTTGTAAAGAGCCCATTGAACAGAAAGCAAAACAATTCCAGTGTAGTGGGAGAAAG 4052
Query 4005 ACCAGTCAACGATAAATCAG-CCCTGGCAAGCTCAGCTTGCACTGAACAGATCAACAAGC 4063
|||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4053 ACCAGTCAACGATAAATCAGGCCCAG-CAAGCCCAGCTTGCACTGAACAGATCAACAAGC 4111
Query 4064 CAACTCCGATGTTGAGTCCTGT-------G--AGTGTCAAAGCTGGAAAACTGTTTTCCT 4114
||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4112 CAACTCCGATGGTGAGTCCTGTCACTCCTGTGAGTGTCAAAGCTGGAAAACTGTTTTCCT 4171
Query 4115 ATAAGGAGGTTGCACTGGCTCCCCCTGGAACGATTGTAAAAATAGTTGCAGAGCAGTTGC 4174
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4172 ATAAGGAGGTTGCACTGGCACCCCCTGGAACGATTGTTAAAATAGTTGCAGAGCAGTTGC 4231
Query 4175 CAGAAGAAACAAAGGCCCCACAGAATTTGGATGCGGCAAAAATTGCAGTAGATGGTCCTG 4234
|||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4232 CAGAAGAAACGAAGGCCCCAGAGATTTTGGAAACGGCAAAAATTGCAGTAGATGGTCCTG 4291
Query 4235 AAAAAGTTAATGCTCAGGATGCTGAGAGCGAGAATAAGCATGTGGCTACAGAAACGGAAG 4294
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4292 AACAAGTTAATGCTCAGGATGCTGAGAGCGAGAATAAGCATGTGGCTACAGAAATGGAAG 4351
Query 4295 CGGAAAACACTGATTGCAATGAACAAGGAAGAGTTGTTGTTGGTGGATCGGAGTTGACTA 4354
| |||| ||||||| || ||||| |||| | || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4352 CCGAAAGCACTGATAGCGGTGAACGAGGAGGGGTGGTTGTTGGTGGATCGGAGTTGACTA 4411
Query 4355 GTTCTCCAAAGGAAATCAAGAATGTGGAGGTCGAAAAGGCAGCTGAAAAAGCATTTCCAA 4414
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4412 GTTCTCCAAAGGAAATCAAGAATGTGGAGGCCGAGAAGGCAGCTGAAGAAGCATTTCCAA 4471
Query 4415 -TAGAAACAGCCGTATCAAATGCAAGACCAGGAAAATCTAAGAGTGCACAAATGGCTGAG 4473
| || |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4472 CT-GAGACAGCCGTATCAAATGCAAGACAAGGAAAATCTGAGAGTGCACAAATGGCTGAG 4530
Query 4474 GATTCAGATACATGTCTCTTGAATAAGTCACCAACAGCAAATGATTCAAATGGCAGTGAA 4533
|||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4531 GATTCAAATAAATGTCTCTTGAATAAGTCACTAACAGCAAATGATTCAAATGGCAGTGAA 4590
Query 4534 TCAGTTATTGGAGTGAAGCTTCAAAAGGATTTATGTGATGCTGAACTGAAAACAGTAGAT 4593
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4591 TCAGTTATTGGAGTGAAGCTACAAAAGGATTTATCTGATGCTGAACTGAAACCAGTAGAT 4650
Query 4594 GGTGAAACCGAAAATCTGCCCAATGGAGACTCAAGCCCAAAGTCATCAGTAGCTGCAGAT 4653
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4651 GGCGAAACAGAAAATCTGCCCAATGGAGACTCAAGCCCAAAGTCATCAATAGCTGCAGAT 4710
Query 4654 GGAGAAAAGCAAGATGCATGTGAGGCACAAAAAGAGATGAGCAAGAAGCTCTCTGCTTCT 4713
|||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4711 GGAGAAAAGCAAGACGCGTGCGAGGCTCAAAAAGAGATGAGCAAGAAGCTCTCTGCTTCT 4770
Query 4714 GCACCGCCGTATACCCCAACAACCATTCCAATATTTGGATCAATTGCAGTTCCAGGATTC 4773
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4771 GCACCGCCGTATACCCCAACCACCATTCCAATATTTGGATCAATTGCAGTTCCAGGATTC 4830
Query 4774 AAAGACCACGGTGGAATCCTCCCCTCTCCATTGAATATGCCACCAATGCTTCCTATTAAC 4833
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4831 AAAGAGCACGGAGGAATCCTCCCCTCTCCATTGAATATGCCACCAATGCTTCCTGTTAAC 4890
Query 4834 CATGTCCGCAGATCAACTCCTCATCAGTCTGTAACAGCTCGAGTTCCTTATGGGCCTAGA 4893
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4891 CATGTCCGCAGATCTACTCCTCATCAGTCTGTAACAGCTCGAGTTCCTTATGGGCCTAGA 4950
Query 4894 CTCTCTGGTGGTGGTTACAACCGATCTGGAAACAGGGTTCCGCGTAACAAACCAAGCTTC 4953
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4951 CTCTCGGGTGGTGGTTACAACCGATCTGGAAACAGGGTTCTGCGTAACAAACCAAGCTTC 5010
Query 4954 CCCAATAGCACCGAGTCCAATGGTGAGGCTAATCAATTCAATGGCCCAAGAATAATGAAC 5013
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5011 CCCAATAGCACCGAGTCCAATGGCGAGGCTAATCAATTCAATGGCCCAAGAATAATGAAC 5070
Query 5014 CCCCATGCTGCTGAGTTCATACCGAGTCAACCTTGGGTTTCTAATGGGTATCCAGTGTCA 5073
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5071 CCCCATGCGGCTGAGTTCATACCGAGTCAACCTTGGGTTTCTAATGGGTATCCAGTGTCA 5130
Query 5074 CCAAATGGCTATTTAGCATCCCCAAATGGTGCAGAAATAACACAGAATGGGTACCCTTTG 5133
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 5131 CCAAATGGCTATTTAGCATCCCCAAATGGGGCAGAAATAACACAGAATGGGTATCCACTG 5190
Query 5134 TCACCAGTAGCAGGTGGATATCCGTGTAACATGTCCGTTACACAGCCTCAGGATGGACTT 5193
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5191 TCACCAGTAGCAGGTGGATATCCATGTGACATGTCCGTTACACAGCCTCAGGATGGACTT 5250
Query 5194 GTTTCAGAGGAATTACCTGGTGCTGGAAGCTCTGAGGAGAAGAGCGGAAGCGAAGAAGAA 5253
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5251 GTTTCGGAGGAATTACCTGGTTCTGGAAGCTCTGAGGAGAAGAGCGGAAGCGAAGAAGAA 5310
Query 5254 AGCAACAACGACAAAAATGCTGGAGAGGATGACGAAGCCGTTGGACAAGAAACTACAGAT 5313
||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 5311 AGCAACAACGAGAAAAAAGCTGGAGAGGATGAAGAAGCCGTTGTACAAGAAACTTCAGAT 5370
Query 5314 ACACCTGAAAATGGACATTCGACAGTAGGTGAAGTGGAAACCACATCACATGAGACTTGT 5373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |
Sbjct 5371 ACACCTGAAAATGGACATTCGACAGTAGGTGAAGTGGAAACTACATCACATGAGACCTCT 5430
Query 5374 GATGAGAAAAATGGAGAACGACAAGGAGGCAAGTGCTGGGGAGATTACAGCGATAATGAA 5433
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5431 GATGAGAAAAATGGAGAACGACAGGGAGGCAAGTGCTGGGGAGATTACAGCGATAATGAA 5490
Query 5434 ATCGAGCAAATTGAAGTTACAAGTTGAAGACGCAACTGTCTGTTACT 5480
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 5491 ATTGAGCAAATTGAAGTTACAAGTTGAAGAAGCAACTGTCTGTCACT 5537
Score = 3489 bits (1889), Expect = 0.0
Identities = 2064/2150 (96%), Gaps = 6/2150 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTCCTAAAGCGGGGAAAACAAAGCCACACaagagtaaaggagagaagaagaagaag 60
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 22 ATGGCTCCTAAAGCTGGGAAAACAAAGCCACACAAGAGTAAAGGAGAGAAGAAGAAGAAG 81
Query 61 gaagagaaagTTTTGCCCACTGTCATTGAGATAAGTGTTGAAACACCAGATGAATCCCAA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 82 GAAGAGAAAGTTTTGCCCACTGTCATTGAGATAAGTGTTGAAACACCAGACGAATCCCAA 141
Query 121 GTGACACTCAAGGGTATCTCCACAGACAGAATCTTAGATGTGAGGAAGCTCTTGGCGGTC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 142 GTGACACTCAAGGGTATCTCCACAGACAGAATCTTAGATGTAAGGAAGCTCTTGGCGGTC 201
Query 181 CATGTTCAGACATGCCACTTCACCAACTtctctctctctcACCAGGTGCGTGGCACTAAA 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 202 CATGTTCAGACATGCCACTTCACCAACTTCTCTCTCTCTCACCAGGTGCGTGGCACTAGA 261
Query 241 CTCAAGGATTCCGTTGACATCGTATCGCTCAAGCCCTGCCACCTCACTATTGTTGAAGAG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||
Sbjct 262 CTCAAGGATTCCGTTGACATCGTATCGCTCAAGCCTTGCCACCTCACCATCGTCGAAGAG 321
Query 301 GACTATACGGAGGAGCAAGCCACCGCGCACATACGGCGGCTCCTCGACATCGTCGCTTGC 360
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 322 GATTATACGGAGGAGCAAGCCACCGCGCACATACGGCGGCTCCTCGATATCGTCGCTTGC 381
Query 361 ACCACCGCATTTGGTCCGTCGAAACCCCCGGTGTCTCGTACGCTTCCTAAGGATTCTGAA 420
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 382 ACCACCGCATTCGGTCCGTCGAAACCGCCGGTGTCTCGCACGCCTCCTAAGGATTCTGAA 441
Query 421 AAGAAGGAGTCAGGCTCGACGGATGGAGATTCTCCGACCGAAAAAGATGCCGGTGATTCA 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 442 AAGAAGGAGTCAGGCTCGACGGATGGAGATTCTCCGGCCGAAAAGGATGCCGGTGATTCA 501
Query 481 AATTCCGGTCTCAGCCCTAAACCTAAGGAATCAGAGAAGAAATCCGTCGGCGCATGTGAG 540
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 502 AATTCCGGTCTCAGCCCTAAATCTAAGGAATCAGAGAGGAAATCCGTCGGCGGATGTGAG 561
Query 541 GCTCAGTCGGCGGAAGGAGCGGCCAAGAGTGACATTGACATGTGCCCACCGACTCGTCTC 600
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 GCTCAGTCGGTGGAAGGAGCGGCTAAGAGTGACATCGACATGTGCCCACCGACTCGTCTC 621
Query 601 GGACAATTTTACGAATTTTTCTCATTCTCCTACCTTACTCCTCCGATTCAATACATCAGA 660
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 622 GGACAATTTTACGAATTTTTCTCCTTCTCCTACCTTACTCCTCCAATTCAATATATCAGA 681
Query 661 AGGTCTGTTCGTCCATCCAAAGAGGATAAAGGATTAGATGATTTGTTTCAAATCGATATT 720
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 682 AGGTCTGTTCGTCCATCTAAAGATGATAAAGGATTAGATGATTTGTTTCAAGTCGATATT 741
Query 721 AAAGTTTCAAGTGGGAAGCCGTTCACGGTTGTTGCTTCAAGAACAGGTTTTTATCCACCT 780
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 742 AAAGTTTCAAGTGGGAAGCCATTCACGGTTGTTGCTTCAAGAACAGGTTTTTATCCAGCT 801
Query 781 GGGAAACAGCAACTTCTGTGCCACTCCTTGGTTGAGCTGCTGCAACAGATAAGCCGGCCA 840
||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 GGGAAACAGCAGCTTCTGTGTCACTCTTTGGTTGAGTTGCTGCAACAGATAAGCCGGCCT 861
Query 841 TTTGATGCGGCTTATGACGCTCTTATGAAAGCTTTCATTGAGCACAATAAGTTTGGCAAC 900
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 TTTGATGCGGCTTATGATGCTCTTATGAAAGCTTTCATTGAGCACAATAAGTTTGGCAAC 921
Query 901 CTTCCTTATGGTTTCCGGGCAAACACTTGGGTAGTTCCTCCGGTTGTTGCAGATAGTCCA 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 922 CTTCCTTATGGTTTCCGGGCAAACACTTGGGTAGTTCCTCCCGTTGTTGCAGATAGTCCA 981
Query 961 TCTACTTTTCCGTCACTTCCAGTGGAGGATGAGACATGGGGAGGGGATGGTGGTGGGGTA 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 TCTACTTTTCCGTCACTTCCAGTGGAGGATGAGACATGGGGAGGGGATGGTGGTGGGGTT 1041
Query 1021 GGCCGGTCTGGAAAGTATGACAAAAGAAAGTGGGCTAAGGAATTTGCCATTTTGGCAGCA 1080
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1042 GGCCGGTCTGGGAAGTATGACCAAAGAAAGTGGGCAAAGGAATTTGCGATTTTGGCTGCA 1101
Query 1081 ATGCCTTGTAAAACACCTGAAGAGAGACAGGTTCGAGATAGGAAGGCCTTTCTACTCCAC 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1102 ATGCCTTGTAAAACACCTGAAGAGAGACAGGTTCGAGATAGGAAGGCCTTCCTACTCCAC 1161
Query 1141 AGTTTATTTGTCGACGTTTCAGTTTTCAAAGCAGTGGAAATAATAAAAAA-GATAGTAGA 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1162 AGTTTATTTGTCGACGTTTCAGTTTTCAAAGCAGTGGAAATAATAAAAAATG-TAGTAGA 1220
Query 1200 GAATAATCAATGCTCACTTAAGGATCCTGCTGCATTGGGTTTCCATGAAGAAAGAATAGG 1259
|| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1221 GAGTAATCAACGCTCACCAAAGGATCCTGCTGCATTGGGTTTCCAAGAAGAAAGAATAGG 1280
Query 1260 TGATTTGATCGTAAGGGTGGCTAGAGATGATCCTGACGCCAGTGCCAAGCTTGACCGGAA 1319
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1281 TGATTTGATCATAAGGGTGGCTAGAGATGATCCTGACGCCAGTGCCAAGCTTGACCGAAA 1340
Query 1320 GAGCGATGGGACCCAGGTTCTGGAGATTTCTCAGGAAGAGCTTGCTCAAAGGAATTTGCT 1379
||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 GAGTGATGGGATCCAGGTTCTAGAGATCTCTCAGGAAGAGCTTGCTCAAAGGAATTTGCT 1400
Query 1380 TAAAGGGATCACTGCTGATGAGAGTGCGACAGTTCATGATACGTCTACTTTGGGGGTGGT 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1401 TAAAGGGATCACTGCTGATGAGAGTGCGACAGTTCATGATACTTCTACCTTGGGGGTGGT 1460
Query 1440 GGTTGTAAGACATTGTGGTTGTACAGCCATTGTAAAGGTTGCTTCTGAATTTAAGTTGAA 1499
||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1461 GGTTGTAAGGCATTGTGGTTTTACAGCCATTGTAAAGGTTGCTCCTGAATTTAAGTTAAA 1520
Query 1500 TGATGGCCATATCCTACAGGATATTGACATTGAAGACCAATCCGAAGGAGGTGCAAATGC 1559
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1521 TGATGGCCAGATCCTACAGGATATTGACATTGAAGAGCAATCCGAAGGAGGTGCAAATGC 1580
Query 1560 ACTGAATGTAAATAGCTTGAGAACTCTATTGCACAAGTCGTCAACGCCTTCTAGCTTAGC 1619
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1581 ACTGAATGTAAATAGCTTGAGAAGTCTATTGCACAAGTCGTCAACACCTTCTAGCTTAGC 1640
Query 1620 ACAGAGATCACCAAATGCAGACTCGGAACAAATACGTGTGGCTAAGTCTCTTGTGAGGAA 1679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 TCAGAGATCACCAAATGCAGACTCGGAACAAATACGTGTGGCTAAGTCTCTTGTGAGGAA 1700
Query 1680 AGTAATCGAGGATAGTTTGAAGAAATTGGAGATTGAGCCCTCAAGATATA-G-TAAGCCG 1737
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||
Sbjct 1701 AGTAATCGAGGATAGTTTAAAGAAATTGGAGATTGAGCCCTCAAGA-A-ACGCTAAGCCT 1758
Query 1738 ATAAGGTGGGAATTAGGAGCCTGTTGGGTGCAACATCTGCAAAATCAAGCTTCAAGTAAA 1797
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 ATAAGGTGGGAATTAGGAGCTTGTTGGGTGCAACATCTACAAAATCAAGCTTCAAGTAAA 1818
Query 1798 AGTGAGTCTAAGAAAACTGAAGATCCCAAGCCTGAACCAGCTGTCAAGGGTCTTGGAAAG 1857
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1819 AGTGAGTCTAAGAAAACTGAAGATGCTAAGCCTGAACCAGCTGTTAAGGGTCTTGGAAAG 1878
Query 1858 CAAGGTGCACTGCTGAAGGAGATAAAAAGGAAGATCGATGTGAAAGCTAACAAGACTGAA 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 CAAGGTGCACTGCTGAAGGAGATAAAAAGGAAGATCGATGTGAAAGCTAACAAGACTGAA 1938
Query 1918 CAGGGCAAAGAGGCCCCTGCTAATGACACTGACAATACATCAGAGACTGAGGATCAAAAG 1977
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1939 CAGGGCAAAGAGGCCCTTGCTAATGACACTGACAATAAATCAGAAACTGAGGATCAGAAG 1998
Query 1978 GAACTCGAGAAACAAAACGAGGAAATAGAAAAGATGTGGAAAGAACTGGTGACAGAAACT 2037
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 GAACTCGAGAAACATAACGAGGAAATGGAAAAGATGTGGAAAGAACTGGTGACAGAAACT 2058
Query 2038 GCATATCAGCGCCTTAAAGAATCAGAAACTGGTTTCCATCTCAAGTCACCCAAAGAGCTG 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2059 GCATATCAGCGCCTTAAAGAATCAGAAACTGGTTTCCATCTCAAGTCACCCAAAGAGCTG 2118
Query 2098 ATTGAAATGGCCCGCAAATATTACACTGACACTGCTCTTCCAAAACTGGT 2147
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 ATTGAAATGGCCCGCAAATACTACACTGACACTGCTCTTCCAAAACTGGT 2168
> Ahg470142 jgi|Araly1|470142|fgenesh2_kg.1__96__AT1G01320.1
Length=5756
Score = 507 bits (274), Expect = 5e-142
Identities = 626/793 (79%), Gaps = 36/793 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 2648 AGCACGTAGCATGTTCATCCGCAGATGG--GCGC-ACTTTGTTGGAATCATCCAAAACCT 2704
|||| | |||||||||||| || ||||| | || || || |||| ||||| |||||
Sbjct 2612 AGCAAGCAGCATGTTCATCTGCTGATGGAAG-GCAAC-TT-CTGGAGTCATCTAAAACAG 2668
Query 2705 CCTTAGATAAAGGCAAA-CTGGAGGATGCTGTCA-ATTATGGCACCAAGGCAT-TGGCCA 2761
| ||||| ||||| ||| || || ||||| || | | ||||| || ||||| | | || |
Sbjct 2669 CTTTAGACAAAGG-AAAGCTTGAAGATGCAGTTACA-TATGGAACGAAGGC-TCTTGCTA 2725
Query 2762 AGCTTGTAGCTGTGTGCGG-CCCATATCATAGAATGACCGCTGGAGCGTATAGTCTT-CT 2819
| |||||||| || ||||| ||| ||||| |||||||| || ||||| || ||| || ||
Sbjct 2726 AACTTGTAGCAGTTTGCGGTCCC-TATCACAGAATGACAGCCGGAGCTTACAGT-TTACT 2783
Query 2820 CGCTGTTGTGCTGTACCATACTGGGGATTTTAACCAGGCTACCATTTATCAGCAGAAA-G 2878
||||| || || || || ||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||| |
Sbjct 2784 TGCTGTAGTTCTATATCACACTGGTGACTTTAACCAGGCTACAATATATCAGCA-AAAGG 2842
Query 2879 CACTCGACATAAATGAAAGGGAACTTGGACTTGATCACCCAGACACAATGAAAAGCTACG 2938
| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || |
Sbjct 2843 CTTTAGACATCAATGAAAGGGAACTTGGACTTGATCATCCAGATACAATGAAGAGTTATG 2902
Query 2939 GCGACCTGGCTGTCTTCTATTATCGTCTTCAGCACACAGAGTTAGCCT-TGAAGTATGTC 2997
| || || ||||||||||||||| | |||||||| |||||| | | || | ||||||||
Sbjct 2903 GTGATCTTGCTGTCTTCTATTATAGGCTTCAGCATACAGAGCT-GGCTCTCAAGTATGTT 2961
Query 2998 AACCGTGCCTTGTATCTTTTGCATCTAACATGTGGACCATCACATCCAAATACAGCTGCC 3057
|| ||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||| || |||||
Sbjct 2962 AAGCGTGCGTTGTATCTCTTACATCTCACATGCGGTCCATCTCATCCAAACACTGCTGCT 3021
Query 3058 ACTTATATAAACGTAGCAATGATGGAAGAAGGTATGAAG-AATGCCCATGTGGCTTTAAG 3116
|| || || || ||||| ||||||||||||||| | | | |||| || || || || ||
Sbjct 3022 ACATACATCAATGTAGCCATGATGGAAGAAGGTCT-AGGAAATGTACACGTTGCGTTGAG 3080
Query 3117 ATACCTTCATGAAGCAT-TGAAATGTAACCAGAGACTACTTGGAGCTGATCATATCCAGA 3175
|| ||||| |||| | | || ||||| || || | ||||| | || ||||||||||
Sbjct 3081 GTATCTTCACAAAGC-TCTCAAGTGTAATCAAAGGTTGCTTGGTCCGGACCATATCCAGA 3139
Query 3176 CTGCTGCAAGCTACCATGCCATTGCTATTGCTCTTTC-TCTGATGGACGCATACTCCTTG 3234
|||||||||||||||||||||| || ||||| || || | ||||||| |||||| | ||
Sbjct 3140 CTGCTGCAAGCTACCATGCCATAGCAATTGCGCTCTCGT-TGATGGAGGCATAC-CATTT 3197
Query 3235 A-GCGTTCAACATGAGCAGACCACTCT-ACAGATTC-TACAAGCAAAACTAGGCCCTGAG 3291
| | ||||| |||||||| || || || | ||| || | | |||||| || || || ||
Sbjct 3198 AAGTGTTCAGCATGAGCAAACAAC-CTTA-AGAATCCTCCGAGCAAAGCTGGGGCCAGAT 3255
Query 3292 GATCTT-CGGACACAGGATGCGGCTGCGTGGCTTGAATA-TTTCGAGTCCAAAGCTCTGG 3349
||| || || || || ||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||||||| ||| | |
Sbjct 3256 GAT-TTACGTACTCAAGATGCTGCTGCTTGGCTAGAATACTTT-GAGTCCAAGGCTTTTG 3313
Query 3350 AACAGCAAGAAGCTGCACGAAATGGTACTCCCAAGCCAGACGCCTCTATTTCCAGCAAAG 3409
|||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 3314 AACAACAAGAAGCTGCGCGAAATGGTACTCCGAAGCCAGACGCGTCTATAGCCAGCAAAG 3373
Query 3410 GCCATCTCAGTGT 3422
|||| || |||||
Sbjct 3374 GCCACCTAAGTGT 3386
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 221609247579
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5