BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G29130.1
Length=2030
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg945111 jgi|Araly1|945111|scaffold_701340.1 2595 0.0
> Ahg945111 jgi|Araly1|945111|scaffold_701340.1
Length=1532
Score = 2595 bits (1405), Expect = 0.0
Identities = 1490/1532 (97%), Gaps = 1/1532 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 220 TTGATTCCAAATCGGA-AAAATGGGTAAAGTAGCTGTTGGAGCGACTGTTGTTTGCACGG 278
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 TTGATTCCAAATCGGAGAAAATGGGTAAAGTAGCTGTTGGAGCGACGGTTGTTTGCACGG 60
Query 279 CGGCGGTTTGTGCGGTGGCTGTTTTGGTTGTTCGACGACGGATGCAGAGCTCAGGGAAGT 338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGGCGGTTTGTGCGGTGGCTGTTTTGGTTGTTCGACGACGGATGCAGAGCTCAGGGAAGT 120
Query 339 GGGGACGTGTTTTGGCTATCCTCAAGGCCTTTGAAGAGGATTGTGCGACTCCGATCTCGA 398
|||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGGGACGTGTTTTGGCCATCCTTAAGGCTTTTGAAGAGGATTGTGCGACTCCGATCTCGA 180
Query 399 AACTGAGACAAGTGGCTGATGCTATGACCGTTGAGATGCATGCTGGTCTTGCATCCGACG 458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AACTGAGACAAGTGGCTGATGCTATGACCGTTGAGATGCATGCTGGTCTTGCATCCGACG 240
Query 459 GTGGTAGCAAACTCAAGATGCTTATCAGCTACGTTGATAATCTTCCTTCCGGGGATGAAA 518
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 GTGGTAGCAAACTCAAAATGCTTATCAGCTACGTTGATAATCTTCCTTCTGGGGATGAAA 300
Query 519 AGGGTCTCTTTTATGCATTGGACCTAGGGGGGACAAACTTCCGTGTCATGCGTGTGCTTC 578
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGGGTCTCTTTTATGCATTGGACCTAGGTGGAACAAACTTCCGTGTCATGCGTGTGCTTC 360
Query 579 TTGGCGGGAAGCAAGAGCGTGTTGTTAAACAAGAATTCGAAGAAGTTTCGATTCCTCCTC 638
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 361 TTGGCGGGAAGCAAGAGCGTGTTGTTAAACAAGAATTCGAAGAAGTTTCGATTCCTCCCC 420
Query 639 ATTTGATGACTGGTGGTTCAGATGAGTTGTTCAATTTTATAGCTGAAGCTCTTGCGAAGT 698
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATTTGATGACTGGTGGTTCAGATGAATTGTTCAATTTTATCGCTGAAGCTCTTGCGAAGT 480
Query 699 TTGTCGCTACAGAATGCGAAGACTTTCATCTTCCAGAAGGTAGACAGAGGGAATTAGGTT 758
||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 481 TTGTCGCCACAGAATGCGAAGACTTTCATCTCCCGGAAGGTAGACAGAGGGAATTAGGCT 540
Query 759 TCACTTTCTCGTTTCCTGTTAAGCAGACTTCTCTGTCCTCTGGTAGTCTCATCAAATGGA 818
|||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCACTTTCTCGTTTCCGGTTAAGCAGACTTCTTTATCCTCTGGTAGTCTCATCAAATGGA 600
Query 819 CAAAAGGCTTTTCCATCGAAGAAGCAGTTGGACAAGATGTTGTTGGAGCACTTAATAAGG 878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CAAAAGGCTTTTCCATCGAAGAAGCAGTTGGACAAGATGTTGTTGGAGCACTTAATAAGG 660
Query 879 CTCTGGAAAGAGTTGGTCTTGACATGCGAATCGCAGCACTTGTTAATGATACCGTTGGAA 938
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CTATGGAAAGAGTTGGGCTTGACATGCGAATCGCAGCACTTGTTAATGATACCGTTGGAA 720
Query 939 CACTAGCCGGTGGTAGATACTATAACCCGGATGTTGTTGCTGCTGTTATTTTAGGCACTG 998
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CACTAGCTGGTGGTAGATACTATAACCAGGATGTTGTTGCTGCTGTTATTTTAGGCACTG 780
Query 999 GGACAAACGCAGCCTATGTTGAGCGTGCAACCGCGATCCCTAAATGGCATGGTCTGCTTC 1058
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 781 GGACAAACGCAGCCTATGTTGAGCGTGCAACGGCGATCCCCAAATGGCATGGTCCGCTTC 840
Query 1059 CAAAATCAGGAGAAATGGTTATAAACATGGAATGGGGAAACTTCAGGTCATCACATCTTC 1118
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 841 CAAACTCAGGAGAAATGGTTATAAACATGGAATGGGGAAACTTCAGGTCATCACATCTCC 900
Query 1119 CATTAACCGAGTTTGATCACACGCTGGATTTCGAGAGTCTGAATCCAGGCGAACAGATTC 1178
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CATTAACAGAGTTTGATCACTCGCTGGATTTCGAGAGTCTGAATCCAGGCGAACAGATTC 960
Query 1179 TTGAGAAAATCATTTCCGGTATGTACTTGGGAGAGATTTTGCGAAGAGTTCTTCTAAAGA 1238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTGAGAAAATCATTTCCGGTATGTACTTGGGAGAGATTTTGCGAAGAGTTCTTCTAAAGA 1020
Query 1239 TGGCTGAAGATGCTGCTTTCTTTGGCGATACAGTCCCATCTAAGCTGAGAATACCATTCA 1298
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TGGCTGAAGATGCTGCTTTCTTTGGCGATACCGTCCCATCTAAGCTGAGAATACCATTCA 1080
Query 1299 TCATTAGGACTCCTCACATGTCGGCTATGCACAACGACACTTCTCCAGACTTGAAGATTG 1358
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TCATTAGGACCCCTCACATGTCGGCTATGCACAACGACACTTCTCCAGACTTGAAGATTG 1140
Query 1359 TTGGGAGCAAGATTAAGGATATATTGGAGGTCCCTACAACTTCTCTGAAAATGAGAAAAG 1418
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TAGGGAGCAAGATTAAGGATATATTGGAGGTCCCTACAACTTCTCTGAAAATGAGAAAAG 1200
Query 1419 TTGTGATCAGTCTCTGCAACATCATAGCAACCCGAGGAGCTCGTCTCTCTGCTGCTGGAA 1478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TTGTGATCAGTCTCTGCAACATCATAGCAACCCGAGGCGCTCGTCTCTCTGCTGCTGGAA 1260
Query 1479 TCTATGGTATTCTGAAGAAACTGGGAAGAGATACTACTAAAGACGAGGAGGTGCAGAAAT 1538
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1261 TCTATGGTATCCTGAAGAAACTGGGAAGAGATACGACCAAAGACGAGGAGATGCAGAAAT 1320
Query 1539 CGGTTATAGCCATGGATGGTGGATTGTTTGAGCATTACACTCAGTTTAGTGAGTGTATGG 1598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CGGTTATAGCCATGGATGGTGGATTGTTTGAGCATTACACTCAGTTTAGTGAGTGTATGG 1380
Query 1599 AGAGCTCACTAAAAGAGTTGCTTGGAGATGAAGCTTCAGGAAGCGTTGAAGTCACTCACT 1658
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1381 AGAGCTCACTAAAAGAGTTGCTTGGAGATGAAGCTTCAGGAAGCATTGAAGTCACTCACT 1440
Query 1659 CCAATGATGGATCAGGCATTGGAGCTGCGCTTCTTGCTGCTTCTCACTCTCTCTACCTTG 1718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1441 CCAATGATGGATCAGGCATTGGAGCTGCGCTTCTTGCAGCTTCTCACTCTCTGTACCTTG 1500
Query 1719 AAGACTCTTAAAACCTACCCAAAGAGCGCCAT 1750
|||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1501 AAGACTCTTAAAACCTTCCCAAAGAGCGCCAT 1532
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76332850980
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5