BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G30120.1
Length=2290
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg889110 jgi|Araly1|889110|Al_scaffold_0007_1096 3422 0.0
> Ahg889110 jgi|Araly1|889110|Al_scaffold_0007_1096
Length=2274
Score = 3422 bits (1853), Expect = 0.0
Identities = 2140/2280 (94%), Gaps = 13/2280 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 ATGGCGGAAGGTGAAGAGTCAAAGAAGATGAATTTACAGACAAGTTACTTCGACGTCGTT 68
||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCAGAAGGTGAAGAGGCCAAGAAGAAGAATTTACAGACAAGTTACTTCGACGTCGTT 60
Query 69 GGAATCTGCTGTTCATCGGAGGTTTCTATCGTAGGTAACGTTCTCCGTCAAGTGGACGGC 128
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||
Sbjct 61 GGAATCTGCTGTTCATCGGAGGTTTCTATCGTCGGTGACGTTCTCCGTCCACTTGACGGC 120
Query 129 GTTAAAGAATTCTCAGTCATCGTTCCTTCTAGAACCGTCATCGTTGTCCACGATACTTTT 188
|| ||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 121 GTCAAAGAATTCTCCGTTATCCTCCCTTCTAGAACCGTCATCGTTGTCCATGACACTTTC 180
Query 189 TTGATTTCTCCACTTCAAATCGTCAAGGCTCTGAATCAAGCAAGACTAGAAGCAAGTGTT 248
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTGATTTCTCCGCTTCAAATCGTCAAGGCTCTGAATCAAGCAAGACTAGAAGCAAGTGTG 240
Query 249 AGACCATACGGAGAAACAAGCTTGAAGAGTCAATGGCCAAGCCCTTTCGCAATAGTTTCT 308
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||
Sbjct 241 AGACCATACGGAGAAACAAGCTTGAAGAGTCAATGGCCAAGTCCTTTTGCAATACTTTCT 300
Query 309 GGTGTACTGCTAGTTCTCTCCTTCTTCAAATACTTTTATAGTCCGCTTGAATGGCTCGCT 368
|||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 301 GGTGTATTTCTTGCTCTCTCCTTCTTCAAATACTTTTATAGTCTGCTTGAATGGCTCGCT 360
Query 369 ATTGTTGCCGTGGTGG-CTGGAGTTTTCCCCATTCTTGCTAAAGCTGTTGCTTCAGTCAC 427
||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 361 GTTGTTGCCGTGGTGGCCGGGA-TTTTCCCCATCCTTGCTAAAGCTGTTGCTTCGGTCAC 419
Query 428 AAGGTTCAGGCTTGACATCAACGCTCTCACTCTAATTGCTGTGATAGCAACGCTATGTAT 487
||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 420 AAGGTTCAGACTTGATATCAACGCTCTCACTTTTATTGCTGTGATAGCAACACTATGTAT 479
Query 488 GCAGGATTTCACAGAAGCTGCTACAATTGTGTTTTTATTCTCAGTTGCAGATTGGCTTGA 547
|||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 480 GCAGAATTTCACAGAAGCTGCCACAATTGTGTTTCTATTCTCAGTTGCAGATTGGCTAGA 539
Query 548 GTCTAGTGCTGCTCATAAGGCAAGCATAGTAATGTCATCACTGATGAGCTTAGCGCCACG 607
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GTCTAGTGCTGCTCATAAGGCAAGCACAGTAATGTCATCACTGATGAGCTTAGCGCCACG 599
Query 608 GAAGGCAGTGATCGCGGATACTGGACTA-GAAGTTGATGTTGATGAGGTTGGGATCAACA 666
||||||||||| ||||| ||||||| | ||||| ||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 600 AAAGGCAGTGATAGCGGAAACTGGAC-ACGAAGTCGATGTAGATGAGGTTAGGATCAACA 658
Query 667 CCGTTGTTTCAGTTAAAGCTGGAGAAAGTATACCGATCGATGGAGTTGTGGTGGATGGAA 726
| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 CAATTGTTTCAGTGAAAGCTGGAGAAAGTATACCGATTGATGGAGTTGTGGTGGATGGAA 718
Query 727 GCTGTGATGTGGATGAGAAAACATTGACAGGAGAATCATTCCCTGTCTCCAAACAGAGAG 786
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GCTGTGATGTGGATGAGAAAACATTGACAGGAGAGTCATTCCCTGTCTCCAAACAGAGAG 778
Query 787 AGTCAACTGTTATGGCTGCAACCATAAATCTTAATGGTTATATAAAGGTGAAAACTACAG 846
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 ATTCAACTGTTTTGGCTGCAACCATAAATCTTAATGGTTATATAAAGGTGAAAACTACAG 838
Query 847 CTCTAGCCCGGGACTGCGTGGTTGCGAAAATGACTAAGCTTGTAGAAGAAGCTCAAAAAA 906
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CTCTAGCCCGGGACTGCGTAGTTGCGAAAATGACTAAGCTTGTAGAAGAAGCTCAAAAAA 898
Query 907 GCCAAACCAAAACTCAAAGGTTTATAGACAAATGCTCTCGCTACTACACTCCAGCTGTTG 966
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 GCCAAACCAAAACTCAAAGGTTTATAGATAAATGTTCTCGCTACTACACTCCAGCTGTTG 958
Query 967 TTGTGTCAGCAGCATGTTTTGCGGTAATCCCGGTACTGTTAAAGGTTCAAGACCTTAGCC 1026
| |||| |||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 959 TCGTGTTAGCAGCATGTTTTGCGGTGATCCCGGCATTGTTAAAGCTTCAGGACCTTAGCC 1018
Query 1027 ATTGGTTTCACTTAGCACTTGTAGTGTTAGTAAGTGGTTGTCCCTGTGGTCTTATCCTAT 1086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 1019 ATTGGTTTCACTTAGCACTTGTAGTGTTAGTAAGTGGTTGTCCATGTGGTCTTATCTTAT 1078
Query 1087 CCACACCTGTTGCTACCTTTTGTGCTCTCACTAAGGCAGCCACGTCAGGGTTTCTGATCA 1146
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1079 CCACACCTGTTGCTACCTTTTGTGCTCTCACTAAGGCAGCCATGTCGGGGTTTCTGATCA 1138
Query 1147 AAACTGGTGATTGTCTAGAGACAT-TAGCAAAGATCAAGATTGTTGCTTTTGACAAAACA 1205
|||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 AAACTGGTGATTGTCTAGAGAC-TCTTGCAAAGATCAAGATTGTTGCTTTTGACAAAACA 1197
Query 1206 GGAACTATTACAAAGGCTGAGTTCATGGTCTCGGATTTTAGGTCTCTTTCTCCCAGTATC 1265
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1198 GGAACTATTACAAAGGCTGAGTTCATGGTCTCGGATTTTAGGTCTCTTTCTCACAATATC 1257
Query 1266 AACCTGCACAAGTTGCTTTACTGGGTCTCAAGCATTGAGTGCAAGTCAAGCCATCCGATG 1325
|| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1258 AATCTGCACAACTTGCTTTACTGGGTCTCGAGCATTGAGAGCAAGTCAAGCCACCCGATG 1317
Query 1326 GCAGCTGCGCTTATTGACTACGCAAGATCAGTTTCTGTTGAGCCTAAGCCTGATATAGTC 1385
||||| || ||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1318 GCAGCGGCACTTATTGACTATGCAAGATTAATTTTTGTTGAGCCTAAGCCTGATCTCGTT 1377
Query 1386 GAGAACTTTCAGAACTTTCCAGGAGAAGGAGTTTATGGGAGAATAGATGGTCAAGATATC 1445
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GAGAACTTTCAAAACTTTCCAGGAGAAGGAGTTTATGGGAGAATAGATGGTCAAGATATC 1437
Query 1446 TACATTGGAAACAAAAGAATAGCACAGAGAGCTGGATGCTTAACAGATAATGTTCCGGAT 1505
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||
Sbjct 1438 TACATTGGAAACAAAAGAATTGCACAGAGAGCTGGATGCTTAACAG-T--T---CCGGAT 1491
Query 1506 ATTGAAGCTACTATGAAGCGAGGTAAGACCATTGGTTACATATACATGGGAGCAAAACTG 1565
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1492 ATGGAAGCTAATATGAAGCGAGGTAAGACCATTGGTTACATATACATTGGAGCAAAACTG 1551
Query 1566 ACCGGAAGTTTCAACCTTTTGGATGGTTGTCGATATGGGGTTGCTCAAGCTCTTAAGGAA 1625
||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1552 TCCGGAAGTTTCAACCTTATGGACGGTTGTCGATATGGGGTTGCTCAAGCTCTCAAGGAG 1611
Query 1626 CTCAAATCTT-AGGAATCCAAACTGCAATGCTCACAGGAGATAACCAAGACGCAGCTATG 1684
|| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1612 CTTAAGTCTTTAGGAATCAAAACTGCAATGCTCACAGGAGATAACCGAGACGCAGCCCTG 1671
Query 1685 TCTACTCAAGAACAGTTAGAGAATGCTTTGGATATTGTTCACTCTGAACTTCTTCCACAA 1744
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1672 TCTACTCAAGAACAGTTAGAGAATGCTTTGGATATTGTTCACTCTGAACTCCTTCCACAA 1731
Query 1745 GACAAAGCAAGAATTATTGATGATTTCAAGATCCAAGGGCCAACAATGATGGTAGGAGAT 1804
|||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1732 GACAAAGCAAGAATCATCGATGAATTCAAGATCCAAGGGCCTACAATGATGGTAGGAGAC 1791
Query 1805 GGGCTTAACGATGCACCGGCTTTAGCTAAAGCAGACATTGGTATATCCATGGGGATCTCA 1864
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 1792 GGGCTTAACGATGCACCGGCTTTAGCGAAAGCAGACATTGGCCTTTCAATGGGGATCTCA 1851
Query 1865 GGGTCAGCACTTGCAACAGAGACAGGAGACATCATTCTTATGTCAAACGACATAAGGAAG 1924
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1852 GGGTCAGCACTTGCAACAGAGACAGGAGACATCATTCTTATGTCAAACGATATAAGGAAG 1911
Query 1925 ATTCCTAAAGGGATGAGACTAGCGAAGAGAAGTCATAAGAAAGTGATTGAGAATGTGGTT 1984
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1912 ATCCCGAAAGGGATGAGACTAGCGAAGAGAAGTCATAAGAAAGTGATTGAGAATGTTGTT 1971
Query 1985 TTGTCTGTGAGCATAAAAGGAGCAATCATGGTTCTTGGTTTTGTAGGTTACCCTCTGGTT 2044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 TTGTCTGTGAGCATAAAAGGAGCAATCATGGTTCTTGCTTTTGTAGGTTACCCTCTGGTT 2031
Query 2045 TGGGCAGCTGTTCTTGCAGATGCGGGGACTTGTTTGCTTGTGATACTCAATAGTATGATG 2104
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 TGGGCAGCTGTTCTTGCAGATGCAGGAACTTGTTTGCTTGTGATACTCAATAGTATGATG 2091
Query 2105 CTTCTACGCGATGAGCGTGAAGCCGTGTCTACATGTTACCGTGCTTCTACTTCTTCACCG 2164
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||
Sbjct 2092 CTTCTACGCGATGAGCGTGAAGCCGTGTCTACATGTTACCGTGCGTCTTCTTCTTCGCCG 2151
Query 2165 GTGAAGCTTGAGGAGGATGAAGTAGAGGATCTAGAAGTGGGCTTGTTGCAGAAGAGTGAG 2224
||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 GTGAAACTTGAGGAGGATGAAGCAGAGGATCTAGAAGTTGGCTTGTTGCAGAAGAGTGAG 2211
Query 2225 GAGACAAGTAAAAAGAGTTGTTGCTCTGGTTGTTGTAGTGGTCCTAAGGACAATCAACAA 2284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2212 GAGACAAGTAAAAAGAGTTGTTGCTCTGGTTGTTGTAGTGGCCCTAAGGATAATCAACAA 2271
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86236314680
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5