BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G30210.1
Length=2619
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944970 jgi|Araly1|944970|scaffold_701199.1 3653 0.0
> Ahg944970 jgi|Araly1|944970|scaffold_701199.1
Length=2177
Score = 3653 bits (1978), Expect = 0.0
Identities = 2116/2183 (97%), Gaps = 7/2183 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 116 agctacaacatctacaacgccatgtcctcttcttcttcttcGTCAACCTCCATGATCGAT 175
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGCCACACCATCTACAACGCCATGTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCAACCTCCATGATCGAT 60
Query 176 CTCATGGCAGCAATCATCAAAGGAGAGCCTGTAATTGTCTCCGACCCAGCTAATGCCTCC 235
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 CTCATGGCTGCAATCATCAAAGGAGAGCCTGTAATCGTCTCCGACCCCGCTAATGCCTCC 120
Query 236 GCTTACGAGTCCGTAGCTGCTGAATTATCCTCTATGCTTATAGAGAATCGTCAATTCGCC 295
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTTACGAGTCCGTCGCAGCTGAATTATCCTCTATGCTCATAGAGAATCGTCAATTCGCT 180
Query 296 ATGATTGTTACCACTTCCATTGCTGTTCTTATTGGTTGCATCGTTATGCTCGTTTGGAGG 355
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 181 ATGATTGTTACCACTTCCATTGCTGTTCTTATTGGTTGCATCGTTATGCTGGTTTGGAGG 240
Query 356 AGATCCGGTTCTGGGAATTCAAAACGTGTCGAGCCTCTTAAGCCTTTGGTTATTAAGCCT 415
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 241 AGATCCGGTTCTGGGAATTCAAAACGCGTCGAGCCTCTTAAGCCTTTGGTGATTAAGCCT 300
Query 416 CGTGAGGAAGAGATTGATGATGGG-CGTAAGAAAGTTACCATCTTTTTCGGTACACAAAC 474
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 301 CGTGAGGAAGAGATTGATGATGGGAAG-AAGAAAGTTACAATCTTTTTCGGTACTCAAAC 359
Query 475 TGGTACTGCTGAAGGTTTTGCAAAGGCTTTAGGAGAAGAAGCTAAAGCAAGATATGAAAA 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TGGTACTGCTGAAGGTTTTGCAAAGGCTTTAGGAGAAGAAGCTAAAGCAAGATATGAAAA 419
Query 535 GACCAGATTCAAAATCGTTGATTTGGATGATTACGCGGCTGATGATGATGAGTATGAGGA 594
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AACCAGATTCAAAATCGTTGATTTGGATGATTACGCGGCTGATGATGATGAGTATGAGGA 479
Query 595 GAAATTGAAGAAAGAGGATGTGGCTTTCTTCTTCTTAGCCACATATGGAGATGGTGAGCC 654
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GAAATTGAAGAAAGAGGATGTTGCTCTCTTCTTCTTAGCCACATATGGAGATGGTGAGCC 539
Query 655 TACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAGGGGAATGACAGAGGAGAATG 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAGGGGAATGACAGAGGAGAATG 599
Query 715 GCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGATTAGGAAACAGACAATATGAGCATTTTAA 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 600 GCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGATTAGGAAACAGACAATATGAACATTTTAA 659
Query 775 TAAGGTTGCCAAAGTTGTAGATGACATTCTTGTCGAACAAGGTGCACAGCGTCTTGTACA 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TAAGGTTGCCAAAGTTGTAGATGACATTCTTGTCGAACAAGGTGCACAGCGTCTTGTACA 719
Query 835 AGTTGGTCTTGGAGATGATGACCAGTGTATTGAAGATGACTTTACCGCTTGGCGAGAAGC 894
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 720 AGTTGGTCTTGGAGATGATGACCAGTGTATTGAAGATGACTTCACAGCTTGGCGAGAAGC 779
Query 895 ATTGTGGCCCGAGCTTGATACAATACTGAGGGAAGAAGGGGATACAGCTGTTGCCACACC 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 780 ATTGTGGCCCGAGCTTGATACAATACTGAGGGAAGAAGGTGATACAGCTGTTGCCACACC 839
Query 955 ATACACTGCAGCTGTGTTAGAATACAGAGTTTCTATTCACGACTCTGAAGATGCCAAATT 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 840 ATACACTGCAGCTGTGTTAGAATACAGAGTTTCTATTCACGACTCTGAAGATGCCGAATT 899
Query 1015 CAATGATATAAACATGGCAAATGGGAATGGTTACACTGTGTTTGATGCTCAACATCCTTA 1074
|||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 900 CAATGATAAAAACATGGCCAATGGGAATGGTTACACTGTGTTTGATGCCCAACATCCTTA 959
Query 1075 CAAAGCAAATGTCGCTGTTAAAAGGGAGCTTCATACTCCCGAGTCTGATCGTTCTTGTAT 1134
|| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CAGGGCAAATGTCGCCGTGAAAAGGGAGCTTCATACTCCTGAGTCTGATCGTTCTTGTAT 1019
Query 1135 CCATTTGGAATTTGACATTGCTGGAAGTGGACTTACGTATGAAACTGGAGATCATGTTGG 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CCATTTGGAATTTGACATTGCTGGAAGTGGACTTACGTATGAAACTGGAGATCATGTTGG 1079
Query 1195 TGTACTTTGTGATAACTTAAGTGAAACTGTAGATGAAGCTCTTAGATTGCTGGATATGTC 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1080 TGTACTTTGTGATAACTTAAGTGAAACTGTAGATGAAGCGCTTAGATTGCTGGATATTTC 1139
Query 1255 ACCTGATACTTATTTCTCACTTCACGCTGAAAAAGAAGACGGCACACCAATCAGCAGCTC 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ACCTGATACTTATTTCTCACTTCACGCTGAAAAAGAAGACGGCACACCAATCAGCAGCTC 1199
Query 1315 ACTGCCTCCTCCCTTCCCACCTTGCAACTTGAGAACAGCGCTTACACGATATGCATGTCT 1374
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GCTTCCTCCTCCATTCCCACCTTGCAACTTGAGAACAGCGCTTACACGATATGCATGTCT 1259
Query 1375 TTTGAGTTCTCCAAAGAAGTCTGCTTTAGTTGCGTTGGCTGCTCATGCATCTGATCCTAC 1434
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TTTGAGTTCTCCGAAGAAGTCTGCTTTAGTTGCTTTGGCTGCTCATGCATCTGATCCTAC 1319
Query 1435 CGAAGCAGAACGATTAAAACACCTTGCTTCACCTGCTGGAAAGGTTGATGAATATTCAAA 1494
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1320 CGAAGCAGAACGATTAAAACACCTTGCTTCACCTGCTGGAAAGG---ATGAATATTCAAA 1376
Query 1495 GTGGGTAGTAGAGAGTCAAAGAAGTCTACTTGAGGTGATGGCCGAGTTTCCTTCAGCCAA 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GTGGGTAGTAGAGAGTCAAAGAAGTCTACTTGAGGTGATGGCCGAGTTTCCTTCAGCCAA 1436
Query 1555 GCCACCACTTGGTGTCTTCTTCGCTGGAGTTGCTCCAAGGTTGCAGCCTAGGTTCTATTC 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GCCACCACTTGGTGTCTTCTTCGCTGGAGTTGCTCCAAGGTTGCAGCCTAGGTTCTATTC 1496
Query 1615 GATATCATCATCGCCCAAGATTGCTGAAACTAGAATTCACGTCACATGTGCACTGGTTTA 1674
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 GATATCATCATCTCCCAAGATTGCTGAAACTAGAATTCACGTCACATGTGCACTGGTTTA 1556
Query 1675 TGAGAAAATGCCAACTGGCAGGATTCATAAGGGAGTGTGTTCCACTTGGATGAAGAATGC 1734
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1557 TGAGAAGATGCCAACTGGCAGGATTCATAAGGGAGTGTGTTCTACTTGGATGAAGAATGC 1616
Query 1735 TGTGCCTTACGAGAAGAGTGAAAACTGTTCCTCGGCGCCGATATTTGTTAGGCAATCCAA 1794
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1617 TGTGCCATATGAGAAGAGTGAAAACTGTTCCTCGGCGCCGATTTTTGTTAGGCAATCCAA 1676
Query 1795 CTTCAAGCTTCCTTCTGATTCTAAGGTACCGATCATCATGATCGGTCCAGGGACTGGATT 1854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 CTTCAAGCTTCCTTCTGATTCTAAGGTACCGATCATCATGATCGGTCCAGGGACTGGATT 1736
Query 1855 AGCTCCATTCAGAGGATTCCTTCAGGAAAGACTAGCGTTGGTAGAATCTGGTGTTGAACT 1914
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 GGCTCCATTCAGAGGATTCCTTCAGGAAAGACTCGCGTTGGTAGAATCTGGTGTTGAACT 1796
Query 1915 TGGGCCATCAGTTTTGTTCTTTGGATGCAGAAACCGTAGAATGGATTTCATCTACGAGGA 1974
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TGGACCATCAGTTTTGTTCTTTGGATGCAGAAACCGTAGAATGGATTTCATCTACGAGGA 1856
Query 1975 AGAGCTCCAGCGATTTGTTGAGAGTGGTGCTCTCGCAGAGCTAAGTGTCGCCTTCTCTCG 2034
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1857 AGAGCTTCAGCGATTTGTTGAGAGTGGTGCTCTCGCAGAGCTAAGTGTGGCCTTCTCTCG 1916
Query 2035 TGAAGGACCCACCAAAGAATACGTACAGCACAAGATGATGGACAAGGCTTCTGATATCTG 2094
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TGAAGGACCCACTAAAGAATATGTACAGCACAAGATGATGGACAAGGCTTCTGATATCTG 1976
Query 2095 GAATATGATCTCTCAAGGAGCTTATTTATATGTTTGTGGTGACGCCAAAGGCATGGCAAG 2154
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 GAACATGATCTCTCAAGGAGCTTATGTATATGTTTGTGGTGACGCCAAAGGCATGGCAAG 2036
Query 2155 AGATGTTCACAGATCTCTCCACACAATAGCTCAAGAACAGGGGTCAATGGATTCAACTAA 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2037 AGATGTTCACAGATCTCTCCACACAATAGCTCAAGAACAGGGGTCAATGGACTCAACCAA 2096
Query 2215 AGCAGAGGGCTTCGTGAAGAATCTGCAAACGAGTGGAAGATATCTTAGAGATGTATGGTA 2274
|||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2097 AGCAGAGGGCTTTGTGAAGAATCTCCAAACGACTGGAAGATATCTGAGAGATGTATGGTA 2156
Query 2275 ACGAAACTATTGAAGCCACACAC 2297
|||||| |||||||||||| |||
Sbjct 2157 ACGAAA-TATTGAAGCCAC-CAC 2177
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98768005285
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5