BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G30600.1 Length=2309 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg491691 jgi|Araly1|491691|fgenesh2_kg.7__1124__AT4G30600.1 3483 0.0 > Ahg491691 jgi|Araly1|491691|fgenesh2_kg.7__1124__AT4G30600.1 Length=2209 Score = 3483 bits (1886), Expect = 0.0 Identities = 2139/2252 (95%), Gaps = 53/2252 (2%) Strand=Plus/Plus Query 61 AGAAACGACAGGAACCAAGGGTTACGAAATTGAAGATCGAAGATGTTAGAACAGCTTTTA 120 |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1 AGAAACGACAGGAACCAAGGGTAACGAACTTGGAGATCGAAGATGTTAGAACAGCTATTA 60 Query 121 ATCTTTACCCGAGGAGGATTAATCCTTTGGACATGCAAAGAGATTGGTAATGCATTAAAA 180 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 61 ATCTTTACCCGAGGAGGATTAATCCTTTGGACATGCAAAGAGATTGGTAATGCTTTGAAA 120 Query 181 GGATCACCTATCGATACTTTGATCCGGTCCTGTCTCCTTGAGGAACGATCTGGTGCTGTT 240 |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GGATCACCCATCGACACTTTGATCCGGTCTTGTCTCCTTGAGGAACGATCTGGTGCTGTT 180 Query 241 TCGTTTAACTACGATGCTCCTGGTGCTGCCTACACTCTCAAGTGGACGTTTCACAATGAT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TCGTTTAACTACGATGCTCCTGGTGCTGCCTACACTCTCAAGTGGACGTTTCACAATGAT 240 Query 301 CTTGGACTTGTCTTTGTCGCTGTTTATCAGCGGATTCTCCATTTGCTTTATGTGGATGAT 360 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 241 CTTGGACTTGTCTTTGTCGCTGTTTATCAGCGGATTCTCCACTTGCTTTATGTCGATGAT 300 Query 361 TTGCTTTCTATGGTCAAGCAAAGCTTCTCTGAGGTCTATGATCCTAAACGGATGGCTTAT 420 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 TTGCTTTCTATGGTCAAGCAAAGCTTCTCTGAGATCTATGATCCTAAACGGATGGCTTAT 360 Query 421 GATGATTTCGATGAGACTTTTAGGCAGCTTAGGATTGAAGCTGAAGCTCGTGCTGAGGAA 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 GATGATTTCGATGAGACTTTTAGGCAGCTTAGGATTGAAGCTGAAGCTCGTGCTGAGGAA 420 Query 481 TTGAGGAAGACTAAGCAAGTGGGGAAGCCTGTGACCAGTGTTAAGAAGCAAGGGCAGGTT 540 |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TTGAGGAAGACTAAGCAAGTTGGAAAGCCTGTGAGCAGTGTTAAGAAGCAAGGGCAGGTC 480 Query 541 TCAAAACCTGGACTTGAAGGAGGAAACAAAAGGGTTAGTAGTGAAGGTGGTTCGAAGAAA 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| Sbjct 481 TCAAAACCTGGACTTGAAGGAGGAAACAAAAGGG-T--TAGTGAAGGTGGCTCGAAGAAA 537 Query 601 GATGATGGCGATGGTGGTAATAAGGCCAAAGTTAGTACCTTGACTAATGGTCATTCCAAT 660 |||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 538 GATGAT-G-G-TGATGGTAATAAGGCCAAAGTTAGTACCTTGACTAATGGTCATTCTAAT 594 Query 661 GGGAATCATCAAATGGAAGATGATTCTCAGGAGACTAATGATCTTGCTAACGGGAAAGAA 720 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 595 GGGAATCATCAAATGGAAGATGATTCTCAGGAGAC---TGATCTTGCTAACGGGAAAGAA 651 Query 721 AACACGAGTTCTAATGTTGCTGTTGATTTAAGTAAACTTCAGAAACTTAGAAGTAAAGGA 780 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 652 AACACGAGTTCTAATGTTGCTGTTGATTTAAGTAAACTTCAGAAACTAAGAAGTAAAGGA 711 Query 781 GTCAGAGGTAGAGGAGGTGTAAGGAAAACTGACAGTATAGGTAATAAGAGTTCCAA-G-- 837 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 712 GTAAGAGGTAGAGGAGGTGTAAGGAAAACTGACAGTATAGGTAATAAGAGTTCCAAGGTT 771 Query 838 G-T--AGCGGAACCAGCCAAAAAGGCGACAAAGAAAAACAGGGTTTGGGATGATGCGGCT 894 | | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 772 GCTGCTGCGGAGCCAGCCAAAAAGGCGACAAAGAAAAATAGGGTTTGGGATGATGCGGCT 831 Query 895 CCCAAACAATCGAAATTGGACTTCACGGATTCCATCGATGAAAATGGGAACAATGATCAT 954 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 832 CCCAAACAATCGAAATTGGACTTCACGGATTCCATCGATGAAAATGGGAACAATGATCAT 891 Query 955 GTAGATATTGTGGCTGCTGACCAAGGAGAAAGTATGATGGACAAGGAAGAGGTTTTCAGC 1014 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 892 GTAGATATTGTGGCTGCTGACCAAGGAGAAAGTATGATGGACAAGGAAGAGGTTTTCAGC 951 Query 1015 AGTGATAGTGAAAGTGAAGATGATGACGAACCAGGAAGTGATGAGAAGCCTGCTCAGGCT 1074 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 952 AGTGATAGTGAAAGTGAAGATGATGACGAACCAGGAAGTGATGAGAAGCCTGCTGAGGCT 1011 Query 1075 AAGAAAAAGGGATGGTTTTCTTCTGTTTTCCAGAGTATTACTGGGAAAGCGAATCTTGAA 1134 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1012 AAGAAAAAGGGATGGTTTTCTTCTGTTTTCCAGAGTATTACTGGGAAAGCGAATCTTGAA 1071 Query 1135 AGGACAGACCTTGGACCGGCGTTGAAAGCTCTGAAGGAACGGCTCATGACCAAGAATGTG 1194 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1072 AGGACAGACCTTGGACCGGCATTGAAAGCTCTGAAGGAACGGCTCATGACCAAGAATGTG 1131 Query 1195 GCAGAAGAGATTGCTGAGAAGCTTTGCGAATCAGTGGAAGCTAGTCTTGAAGGAAAGAAA 1254 | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1132 GTTGAAGAGATTGCTGAGAAGCTTTGTGAATCAGTGGAAGCTAGTCTTGAAGGAAAGAAG 1191 Query 1255 TTGTCATCTTTCACCAGGATCTCTTCAACCGTTCAGGCAGCGATGGAGGATGCTCTGGTT 1314 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1192 TTGTCATCGTTCACCAGGATCTCTTCAACCGTTCAGGCAGCGATGGAGGATGCTCTGGTT 1251 Query 1315 CGTATATTGACTCCAAGACGCTCCATTGATATATTAAGAGATGTTCATGCTGCCAAAGAA 1374 |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1252 CGTATATTGACTCCGAGACGCTCCATTGACATATTGAGAGATGTTCATGCTGCCAAAGAA 1311 Query 1375 CAGAGGAAACCTTATGTGGTTGTGTTTGTTGGAGTCAATGGAGTTGGGAAATCCACCAAT 1434 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1312 CAGAGGAAACCTTATGTGGTTGTGTTTGTTGGAGTCAATGGAGTTGGGAAATCCACCAAT 1371 Query 1435 CTCGCTAAAGTGGCGTATTGGCTTCAGCAGCATAAGGTCAGTGTAATGATGGCTGCTTGT 1494 || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1372 CTGGCCAAAGTGGCGTATTGGCTTCAGCAGCATAAGGTCAGTGTAATGATGGCTGCTTGT 1431 Query 1495 GACACTTTCCGTTCTGGAGCTGTTGAGCAGTTACGGACTCATGCTCGTAGGTTACAGATA 1554 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1432 GACACATTCCGTTCTGGAGCTGTTGAGCAGTTACGGACTCATGCTCGTAGGTTACAGATA 1491 Query 1555 CCGATATTTGAAAAGGGTTATGAAAAGGATCCAGCAGTAGTTGCTAAAGAAGCCATACAA 1614 |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1492 CCGATATTTGAAAAAGGCTATGAAAAGGATCCAGCTGTAGTTGCTAAAGAAGCCATACAA 1551 Query 1615 GAAGCAACTCGAAATGGATCCGATGTTGTTCTTGTTGACACAGCTGGTCGGATGCAGGAT 1674 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1552 GAAGCAACTCGAAATGGATCCGATGTTGTTCTTGTTGACACAGCTGGTCGGATGCAGGAT 1611 Query 1675 AATGAACCTTTGATGAGAGCACTCTCAAAGCTCATCAACCTTAATCAGCCGGACTTGGTC 1734 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 1612 AATGAACCTTTGATGAGAGCACTCTCAAAGCTCATCAACCTTAATCAGCCAGACTTAGTC 1671 Query 1735 TTGTTTGTTGGTGAAGCTCTTGTTGGAAACGATGCAGTAGACCAGCTCTCGAAGTTCAAT 1794 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 1672 TTGTTTGTTGGGGAAGCTCTTGTTGGAAACGATGCAGTAGACCAGCTCTCAAAGTTTAAT 1731 Query 1795 CAGAAACTTTCGGATCTCTCGACTTCTGGGAACCCAAGACTGATCGATGGAATCTTACTT 1854 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1732 CAGAAACTTTCGGATCTCTCGACTTCTGGGAACCCAAGACTGATCGATGGAATCTTACTG 1791 Query 1855 ACAAAGTTTGATACCATTGACGACAAGGTCGGAGCAGCGTTGTCTATGGTTTACATATCG 1914 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1792 ACAAAGTTTGATACCATTGACGACAAGGTTGGAGCAGCGTTATCTATGGTTTACATATCG 1851 Query 1915 GGATCACCGGTTATGTTCGTGGGTTGTGGCCAGTCTTACACTGACCTGAAGAAGCTTAAT 1974 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1852 GGATCACCGGTTATGTTCGTGGGTTGTGGCCAGTCTTACACTGACCTGAAGAAGCTTAAT 1911 Query 1975 GTCAAAGCCATAGTCAAGACACTTCTCAAGTGATCTCCTCTtcatcatcatcatcatca- 2033 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1912 GTCAAAGCCATAGTGAAGACACTTCTCAAGTGATCTCCTGTTCATCATCATCATCATCAT 1971 Query 2034 ctatcatcattaccatctactatcaacaatcaatgtcttatccatcatGCtgttgttttt 2093 | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | | |||||| Sbjct 1972 C-ATCATCATTACCATCTACTATCAACAATCAATG-CT----------G-T-T-GTTTTT 2016 Query 2094 ggttttttatttgaagacggtttctctttggaagtgttgtgttttctttAAAACTCAAAA 2153 ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2017 GGTTTTTGATTTGAAGACGATTTCTCTTTGGAAGTGTTGTGTTTTCTTTAAAACTCAAAA 2076 Query 2154 GACTGGAGTCGCAAAAAATACCATCCCATGACTTTATATGATGCAACGTAACTTTTGTTT 2213 |||||||||| |||||| |||||||||||||| | | | | ||| |||| Sbjct 2077 GACTGGAGTCTCAAAAA-TACCATCCCATGAC---A-A-----C----T---TTT-GTTT 2118 Query 2214 TAAATTAAA-GATTAATAATCATGTGAAATAGTGTCATCTTTTATTTTGTTATTTTAAAT 2272 | ||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||| || ||||||| Sbjct 2119 TGAATTAAAAGACTAATAATCATGTGAAATCGTGGCATTTTTTGTTTT-TT-TTTTAAA- 2175 Query 2273 AATTATAACCAAATGAAGATTGAATTTAGCAT 2304 |||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2176 AATTATAACCAAATGAAGATTGAAGTTAGCAT 2207 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 86960029335 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5