BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G31140.1 Length=2039 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg944869 jgi|Araly1|944869|scaffold_701098.1 2483 0.0 > Ahg944869 jgi|Araly1|944869|scaffold_701098.1 Length=1497 Score = 2483 bits (1344), Expect = 0.0 Identities = 1447/1498 (97%), Gaps = 2/1498 (0%) Strand=Plus/Plus Query 362 CGATTTATCT-CTCGGTTCCGATGTTGTTCAAAGGTGTTTTTGCTGTCTTTTTCGTAATC 420 |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 CGATTTAT-TGCTCGGTTCCGATGTTGTCCAAAGGTCTTTTTGCTGTCTTTTTCGTAATC 59 Query 421 ACTTTGTTGTACGCAAGTTTGTTAATTGAAGTTGAAGGGATTGGTGTGAACTGGGGCTCA 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 60 ACTTTGTTGTACGCAAGTTTGTTAATTGAAGTTGAAGGGATTGGTGTGAACTGGGGCTCA 119 Query 481 CAGGCGAGGCATCCCCTACCTCCGGCTACGGTGGTGAGGCTTCTCCGAGAAAACGGTATC 540 |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| Sbjct 120 CAGGCGAGGCATCCACTGCCTCCGGCCACGGTGGTGAGACTTCTCCGGGAAAACGGTATC 179 Query 541 CAAAAGGTGAAACTTTTCGAGGCCGACTCTGCGATTCTCAAAGCTTTAAGTCGGACAGGG 600 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 180 CAAAAGGTGAAACTTTTCGAGGCCGACTCCGCGATTCTCAAAGCTTTAAGTCGGTCAGGG 239 Query 601 ATTCAAGTTATGGTCGGAATCCCTAACGACTTGCTTGCTCCTTTAGCCGGTAGCGTTGCA 660 ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 240 ATTCAGGTTATGGTCGGAATCCCTAACGACTTACTTGCTCCTATAGCTGGTAGCGTTGCA 299 Query 661 GCCGCTGAGAGATGGGTCTCTCAGAATGTATCTGCTCATGTCTCCTCTAATGGCGTCGAT 720 ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 GCCGCAGAGAGATGGGTCTCTCAGAATGTCTCTGCTCATGTCTCCTCTAATGGCGTCGAT 359 Query 721 ATCAGGTATGTGGCAGTTGGGAATGAGCCTTTTCTAAAAGCATTCAATGGAACATTTGAG 780 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 360 ATCAGGTATGTGGCAGTTGGGAATGAGCCTTTCCTAAAAGCATTCAACGGAACATTTGAG 419 Query 781 GGTATAACTCTACCTGCTCTTCAGAATATACAATCAGCTATCATCAAAGCTGGTTTAGCG 840 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 420 AGTATAACTCTTCCTGCTCTTCAGAATATACAATCAGCTATCATCAAAGCCGGTTTAGCG 479 Query 841 ACTCAGGTGAAAGTCACAGTGCCTCTTAACGCAGATGTGTACCAAAGTGCGTCTAATCTC 900 ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 ACTCAGGTGAAAGTCACAGTGCCACTTAACGCGGATGTGTACCAAAGTGCGTCTAATCTT 539 Query 901 CCTTCGGATGGAGATTTCAGGCCTGAAATCCGTGATCTCATGTTGAACATTGTTAAGTTT 960 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 CCTTCGGATGGAGATTTCAGGCCTGAAATCCGCGATCTCATGTTGAACATTGTTAAGTTT 599 Query 961 CTGAGTGATAACGGAGCACCATTCACTATCAACATTTACCCTTTCATCAGTCTCTACAAC 1020 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 600 CTGAGTGATAACCAAGCACCATTCACTATCAACATTTACCCTTTCATCAGTCTATACAAC 659 Query 1021 GACCCGAATTTCCCTGTGGAGTTTGCTTTCTTTGATGGAACTGGTACTCCGATAAACGAC 1080 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 660 GATCCGAATTTCCCTGTGGAGTTTGCTTTCTTTGATGGAACCGGTACTCCTATAAACGAC 719 Query 1081 AATGGAAGAATCTACGACAATGTTCTTGATGCAAACTACGATACACTTGTGTGGTCGTTG 1140 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| Sbjct 720 AATGGAAGAATCTACGACAATGTTCTTGATGCAAACTACGATACACTCGTTTGGTCTTTG 779 Query 1141 CAGAAGAATGGGTTTGGGAATTTGACTATTATTGTTGGGGAAGTTGGGTGGCCAACAGAT 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 CAGAAGAATGGGTTTGGGAATTTGACTATTATTGTTGGGGAAGTTGGGTGGCCAACAGAT 839 Query 1201 GGAGATAAGAACGCAAACTTGATGTATGCCAGGCGGTATAATCAAGGTTTTATGAACCGT 1260 |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||| Sbjct 840 GGAGATAAGAACGCAAACATGATGTATGCGAGGCGGTACAACCAAGGGTTTATGAACCGT 899 Query 1261 CAAAAGGCTAATAAAGGAACACCTATGAGACCTGGGGCAATGGATGCTTACTTGTTTGGT 1320 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 CAAAAGGCTAATAAAGGAACACCTATGAGACCTGGGGCAATGGATGCTTACTTGTTTGGT 959 Query 1321 CTTATCGATGAAGATGCCAAAAGCATTCAGCCTGGAAACTTTGAAAGACACTGGGGGATA 1380 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 CTTATCGATGAAGATGCCAAAAGCATTCAGCCTGGAAACTTTGAAAGACACTGGGGGATT 1019 Query 1381 TTTTATATTGATGGACAGCCTAAGTATCAGCTCAGTCTTGGCAGTGGTAACGGGCTGATC 1440 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1020 TTTTACATTGATGGACAGCCTAAGTATCAGCTCAGTCTTGGCAATGGTAACGGGCTGATC 1079 Query 1441 CCTGCAAAGGATGTTCATTATTTGGCTAAGAAATGGTGTATTCTTGCGCCAAATGCTAAT 1500 ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 CCTGCAAAGAATGTGCATTATTTGGCTAAGAAATGGTGTATTCTTGCGCCAAATGCTAAT 1139 Query 1501 CTTCAGGATCCTCAGTTGGGACCAAGCGTGAGCTACGCTTGTGATCATGCTGATTGCACC 1560 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 CTTCAGGATCCTCAGTTGGGACCAAGTGTGAGCTACGCTTGTGATCATGCTGATTGCACC 1199 Query 1561 AGTCTTGGTTATGGCTCCTCTTGTGGTAACCTGAATCTAGCACAGAATGTTTCGTATGCG 1620 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 AGTCTTGGGTATGGCTCCTCTTGTGGTAACCTGAATCTAGCACAGAATGTTTCGTATGCG 1259 Query 1621 TTCAATAGCTATTACCAGGTAAGTAATCAGCTCGACAGTGCGTGTAAGTTCCCGGGTCTC 1680 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 TTCAATAGCTATTACCAGGTAAGTAATCAGCTCGACAGTGCGTGTAAGTTCCCGGGTCTC 1319 Query 1681 TCTATAGTCAGTACTAGGGATCCTTCTGTTGGGAGTTGCAAATTCAAGATAATGATCAAG 1740 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 TCTATAGTCAGTACTAGGGATCCTTCTGTTGGGAGTTGCAAATTCAAGATAATGATCAAG 1379 Query 1741 TCAGAAGATGCTAGTGAAGCAAGTGCCATGATGCCTATAACACGATCAACGGCAGTGCTG 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 TCAGAAGATGCTAGTGAAGCAAGTGCCATGATACCTCTTACACGATCAACGGCAGTGCTG 1439 Query 1801 CTACTTCTCTCCATCTGTCTGTATATTGTTCTGTGAATACTGAAGAAAATTTGATGGG 1858 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 CTACTTTTCTCCATCTGTCTGTATATTGTTCTGTGAATACTGAAGAAAATTTGATGGG 1497 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 76675663185 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5