BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G31850.1
Length=3474
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491552 jgi|Araly1|491552|fgenesh2_kg.7__985__AT4G31850.1 5546 0.0
Ahg491551 jgi|Araly1|491551|fgenesh2_kg.7__984__AT4G31860.1 82.4 2e-14
> Ahg491552 jgi|Araly1|491552|fgenesh2_kg.7__985__AT4G31850.1
Length=3448
Score = 5546 bits (3003), Expect = 0.0
Identities = 3322/3472 (96%), Gaps = 38/3472 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTCGCGTTACTCTGCTCTGCGAGTTTGTGTGGTGATA-TATCAGTTGGTGATGCTTG 59
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||
Sbjct 1 ATGGTCGCGTTACTCTGCTCTACGAGTCTGTGTGGTGATATTA-CAGTCGGTGATGCTTG 59
Query 60 TCTTG-TTAGTAACATCAAAGCAAAA---TG-T-----CGCGATAATTTGGTTACTGGAG 109
|| || ||||||||| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TC-TGATTAGTAACAGCAAAGCAAAATGTTGTTGGAGACGCGATAATTTGGTTACTGGAG 118
Query 110 GATTAAAGTTCCACGCTTTGAAGATTGGGTCTCGGAAGAAACACTGGAGAAGGAAGAGTA 169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 119 GATTAAAGTTCCACGCTTTGAAGATTGGGTCTCGGAAGAAACACTGGAGAATGAAGAGTA 178
Query 170 TGAGATGTAGTGTAGTCTCCATGAAAAGTTCTGACTTTTCGGGTTCTATGATAAGAAAGA 229
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TGAGATGTAGTTTAGTATCCATGAAAAGTTCTGACTTTTCGGGTTCTATGATAAGAAAGA 238
Query 230 GCTCAAAACCTGATTTGTCATCGAGTGAAGAAGTAACGAGGGGTTTAAAGTCGTTTCCTG 289
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 239 GCTCAAAACCTGATTTGTCATCGAGT---GAAGTAACGAGGGTTTTAATGTCGTTTCCTG 295
Query 290 ATACTGATTCTTCATTTTCGTATTTCAAATCAGTGGCTGGGAATTTGAATTTAGTTCACA 349
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 296 ATACTGATTCTTCGTTTTCTTATTTCAAATCAGTGGCTGGGAATTCGAATTTGGTTCACA 355
Query 350 CTACTGAGACTTGTAACTACATGCTTGAAGCTTTGAGGGTTGATGGTAAACTTGAGGAAA 409
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 356 CTACTGAGACTTGCAACTACATGCTTGAAGCTTTGAGGGTTGATGGCAAAATTGAGGAAA 415
Query 410 TGGCTTATGTGTTTGATTTGATGCAGAAAAGAATCATAAAGAGGGATACTAATACTTACT 469
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 TGCCTTATGTGTTTGATTTGATGCAGAAAAGAATCATAAAGAGGGATACTAATACTTACT 475
Query 470 TGACTATCTTCAAGAGTCTTTCTGTGAAAGGTGGATTGAAGCAAGCACCTTATGCACTTC 529
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||
Sbjct 476 TGACTATCTTCAAGAGTCTTTCTGTGAAAGGTGGATTGCGGCAAGCGCCTTTTGCACTTC 535
Query 530 GGAAGATGAGAGAATTTGGTTTTGTGTTGAATGCATATTCATACAATGGGTTGATTCATC 589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 536 GGAAGATGAGAGAATTTGGTTTTGTGTTGAATGCATATTCATACAATGGATTGATTCATC 595
Query 590 TTCTGCTTAAGTCTAGGTTTTGCACAGAGGCAATGGAGGTTTATAGAAGAATGATCTTGG 649
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 TTCTGCTTAAGTCTAGGTTTTGCACAGAGGCAATGGAGGTTTATAGAAGAATGATCTTGG 655
Query 650 AAGGTTTTAGACCTAGTTTGCAGACTTACTCTTCACTTATGGTAGGTTTGGGGAAAAGAA 709
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 656 AAGGTTTTAGGCCTAGTTTGCAGACTTACTCTTCACTTATGGTAGGATTGGGAAAAAGAA 715
Query 710 GGGATATTGATTCTGTGATGGGTTTACTTAAAGAGATGGAGACTTTGGGGTTAAAGCCGA 769
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 716 GGGATATTGAATCTGTGATGGGTTTACTTAAAGAGATGGAGACTTTGGGATTAAAGCCGA 775
Query 770 ATGTTTACACCTTTACGATATGTATTCGGGTGCTTGGTAGGGCAGGG-AAGATTAATGAA 828
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 776 ATGTCTACACGTTTACGATATGTATTCGGGTGCTTGGTAGGGC-GGGTAAGATTAATGAA 834
Query 829 GCATATGAAATACTGAAGCGGATGGATGATGAAGGATGTGGACCTGATGTAGTTACTTAC 888
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 GCATATGAAATACTGAAGCGAATGGATGATGAAGGATGTGGACCTGATGTAGTTACTTAC 894
Query 889 ACTGTTCTTATTGATGCTCTGTGTACTGCTAGGAAGCTCGATTGTGCGAAGGAGGTTTTC 948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 895 ACTGTTCTTATTGATGCTCTGTGTACTGCTAGGAAGCTCGATTGTGCTAAGGAGGTTTTC 954
Query 949 GAAAAGATGAAAACAGGAAGACACAAACCAGATCGTGTAACTTACATTACTTTGCTGGAC 1008
| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GCAAAGATGAAAACGGGAAGACACAAACCGGATCGTGTAACTTACATTACTTTGCTGGAC 1014
Query 1009 AGGTTTAGTGATAACAGAGATCTGGATTCAGTGAAGCAGTTTTGGAGTGAAATGGAGAAG 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 AGGTTTAGTGATAACAGAGATCTGGATTCAGTGAAGCAGTTTTGGAGTGAAATGGAGAAG 1074
Query 1069 GATGGTCATGTACCTGATGTTGTAACCTTTACCATTCTCGTGGATGCTCTGTGCAAAGCT 1128
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 GATGGTCATGCACCTGACGTTGTAACCTTTACCATTCTCGTGGATGCTCTGTGCAAAGCT 1134
Query 1129 GGGAATTTTGGTGAAGCATTTGATACATTGGATGTGATGAGGGACCAAGGTATCTTACCG 1188
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GGGAATTTTGGTGAAGCATATGATACATTGGATGTGATGAGGGACCAAGGTATCTTACCG 1194
Query 1189 AACCTTCATACATATAACACATTGATTTGCGGTCTTCTAAGAGTCCACCGGTTGGATGAT 1248
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1195 AACCTCCATACATACAACACATTGATTTGCGGTCTTCTAAGAGTTCACAGGTTGGATGAT 1254
Query 1249 GCACTTGAACTGTTTGGTAATATGGAGTCTCTGGGCGTGAAGCCCACTGCCTATACGTAC 1308
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1255 GCACTTGAACTTTTTGATAATATGGAGTCTCTGGGCGTGAAGCCCACTGCTTATACGTAC 1314
Query 1309 ATAGTTTTCATTGATTACTATGGAAAGTCTGGAGATTCCGTCAGTGCTCTTGAGACTTTT 1368
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 ATAGTATTCATTGATTACTATGGAAAGTCTGGAGATTCCGTCAGTGCTCTTGAGACTTTT 1374
Query 1369 GAGAAGATGAAAACCAAAGGAATAGCTCCGAACATTGTAGCCTGTAATGCGTCTCTCTAC 1428
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1375 GAGAAGATGAAAACCAAAGGAATAGCTCCGAACATTGTAGCCTGTAATGCATCTCTCTAC 1434
Query 1429 AGTCTAGCTAAAGCGGGAAGGGACCGAGAAGCGAAACAAATCTTCTATGGCTTGAAAGAC 1488
|||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 AGTCTAGCAAAAGCGGGAAGAGACCGAGAAGCAAAACAAATCTTCTATGGCTTGAAAGAC 1494
Query 1489 ATAGGACTGGTCCCTGATTCAGTAACTTATAACATGATGATGAAGTGCTACAGTAAGGTT 1548
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 ATAGGGTTGGTCCCTGATTCAGTAACTTATAACATGATGATGAAGTGCTACAGTAAGGTT 1554
Query 1549 GGGGAGATAGATGAAGCCATCAAGCTGCTTTCTGAGATGATGGAGAATGGTTGTGAACCT 1608
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1555 GGAGAGATAGATGAAGCCATCAAGCTGCTTTCTGAGATGGTGGAGAACGGTTGTGAACCT 1614
Query 1609 GATGTTATTGTTGTTAATTCTTTGATCAATACACTTTACAAAGCTGATAGAGTAGATGAG 1668
|| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 GACGTTATTGTTGTTAACTCTTTGATCAACACGCTTTACAAAGCTGATAGAGTAGATGAG 1674
Query 1669 GCGTGGAAGATGTTTATGAGAATGAAGGAAATGAAGCTGAAGCCTACAGTTGTGACTTAC 1728
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 GCGTGGAAGATGTTTATGAGAATGAAGGAAATGAAGCTCAAGCCTACAGTTGTGACTTAC 1734
Query 1729 AACACATTGCTCGCAGGTCTAGGCAAAAATGGAAAAATTCAAGAGGCCATTGAGTTGTTC 1788
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 AACACATTGCTCGCAGGTTTAGGCAAAAACGGAAAAATTCAAGAGGCCATTGAGTTGTTC 1794
Query 1789 GAGGGGATGGTGCAGAAAGGTTGTCCACCTAACACAATTACTTTCAACACTCTCTTTGAT 1848
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 GAGGGGATGGTGCAGAAAGGTTGTCCACCTAACACAATAACTTTCAACACTCTCTTTGAT 1854
Query 1849 TGCCTTTGCAAAAATGACGAGGTGACTCTAGCCTTGAAGATGTTGTTCAAGATGATGGAC 1908
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TGTCTTTGCAAAAATGACGAGGTGACTCTAGCCTTGAAAATGTTGTTCAAGATGATGGAC 1914
Query 1909 ATGGGTTGTGTCCCAGATGTTTTTACTTACAATACGATTATCTTTGGTTTGGTGAAGAAT 1968
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 ATGGGTTGTGTCCCAGATGTTTTTACTTACAATACAATTATCTTTGGTTTGGTGAAGAAT 1974
Query 1969 GGTCAAGTCAAAGAGGCAATGTGTTTCTTCCACCAGATGAAGAAACTGGTTTACCCTGAT 2028
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1975 TGTCAAGTCAAAGAGGCAATGTGTTTCTTTCACCAGATGAAGAAACTGGTGTACCCTGAT 2034
Query 2029 TTTGTTACACTCTGCACTCTTCTCCCAGGTGTTGTCAAGGCCAGTTTAATCGAAGATGCT 2088
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2035 TTTGTTACCCTCTGCACTCTTCTCCCAGGTGTTGTCAAGGCTGGTTTAATCGAAGATGCT 2094
Query 2089 TACAAAATCATCACCAACTTTCTTTACAATTGTGCAGACCAACCGGCTAATCTTTTCTGG 2148
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2095 TACAAAATCATCGCCAACTTTCTTTACAACTGTGCAGACCAACCGGCCAATCTTTTCTGG 2154
Query 2149 GAAGACTTGATAGGCTCTATCTTGGCTGAAGCTGGAATAGACAATGCCGTTTCATTTTCT 2208
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2155 GAAGACTTGATGGGCTCTATCTTGGCTGAAGCTGGAATAGACAACGCTGTTTCATTTTCT 2214
Query 2209 GAGAGATTGGTAGCTAATGGGATTTGTCGAGATGGTGACTCTATCCTGGTGCCAATAATC 2268
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2215 GAGAGATTGGTAGCTAATGGGATTTGTCGAGATGGTGACTCAATCCTGGTGCCAATAATC 2274
Query 2269 AGATATTCTTGTAAACATAATAACGTCTCAGGTGCTCGAACT-TTATTCGAGAAATTCAC 2327
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2275 AGATATTCTTTTAAACATAATAACGCCTCAGGTGCTCGAA-TGTTATTCGAGAAATTCAC 2333
Query 2328 AAAAGATCTTGGTGTCCAACCCAAACTCCCGACTTATAATCTGCTAATCGGCGGGCTTCT 2387
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2334 AAAAGATCTTGGTGTCCAACCCAAACTTCCGACCTATAATCTGCTAATCAGCGGGCTTCT 2393
Query 2388 TGAAGCTGATATGATTGAAATAGCACAGGACGTGTTCCTACAGGTGAAGAGCACTGGTTG 2447
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 TGAAGGTAATATGATTGAAATAGCACAGGACGTGTTCCTACAGGTGAAGAGCACTGGTTG 2453
Query 2448 CATCCCAGATGTGGCGACCTACAACTTCTTGCTTGATGCTTATGGAAAATCAGGAAAAAT 2507
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454 CATCCCAGATGTGGCTACCTACAACTTCTTGCTTGATGCTTATGGAAAATCAGGAAAAAT 2513
Query 2508 CGACGAACTGTTTGAGCTATACAAAGAAATGTCTACCCATGAGTGCGAAGCAAACACAAT 2567
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2514 CGACGAACTGTTTGAGCTATACAAAGAGATGTCTGCCCATGAGTGCGAACCAAACACAAT 2573
Query 2568 TACTCACAACATTGTCATCTCCGGGCTTGTGAAGGCAGGAAATGTGGACGATGCTCTTGA 2627
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2574 AACTCATAACATTGTCATCTCGGGGCTTGTGAAGGCAGGAAATGTGGATGATGCTCTTGA 2633
Query 2628 TTTATACTACGACCTTATGAGTGATCGGGACTTCTCCCCAACTGCCTGCACGTATGGTCC 2687
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2634 TTTATACTATGACCTTATGAGTGATCGGGACTTCTCCCCAACTGCCTGCACGTATGGTCC 2693
Query 2688 CCTTATCGATGGCCTCTCTAAGTCAGGAAGACTATATGAAGCAAAACAACTCTTTGAAGG 2747
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 CCTTATCGATGGCCTCTCTAAGTCAGGAAGATTATATGAAGCAAAACAACTCTTTGAAGG 2753
Query 2748 AATGTTGGACTACGGTTGCAGGCCAAACTGTGCTATCTACAACATTCTCATTAACGGGTT 2807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2754 AATGTTGGACTACGGTTGCAGGCCAAACTGTGCTATCTACAACATTCTCATTAACGGGTT 2813
Query 2808 TGGAAAAGCAGGTGAGGCTGATGCAGCGTGTGCATTGTTCAAAAGGATGGTAAAAGAAGG 2867
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2814 TGGAAAAGCGGGTGAGGCTGATGCAGCGTGTGCGTTGTTCAAAAGGATGGTAAAAGAAGG 2873
Query 2868 AGTAAGACCGGATCTCAAGACTTACTCGGTTCTAGTAGATTGCCTTTGTATGGTCGGAAG 2927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2874 AGTAAGACCGGATCTCAAGACTTACTCGGTTCTAGTAGATTGCCTTTGTATGGTCGGAAG 2933
Query 2928 AGTTGATGAAGGCTTGCATTACTTCAAGGAGCTGAAGGAATCAGGCCTCAATCCCGATGT 2987
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2934 AGTGGATGAAGGCTTGCATTACTTCAGGGAGCTGAAGGAATCAGGCCTCAATCCCGATGT 2993
Query 2988 AGTATGTTACAATCTCATAATCAATGGACTTGGGAAATCTCATAGACTTGAAGAAGCTCT 3047
|||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2994 AGTATGTTACAATCTCATTATTAACGGACTCGGGAAATCTCATAGACTTGAAGAAGCTCT 3053
Query 3048 TGTGCTTTTCAACGAGATGAAGACCAGCAGAGGAATCACCCCTGATCTCTACACTTACAA 3107
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3054 TGTGCTTTTCAACGAGATGAAGAACAGCAGAGGAATCACCCCTGATCTCTACACTTACAA 3113
Query 3108 CTCCTTGATTCTAAA-CTTGGGTATCGCCGGGATGGTGGAAGAAGCTGGGAAGATTTACA 3166
|||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3114 CTCCTTGATTTTAAATCT-GGGTATCGCCGGAATGGTGGAAGAAGCTGGGAAAATTTACA 3172
Query 3167 ATGAGATTCAAAGAGCAGGTCTTGAACCGAATGTTTTTACATTTAACGCTCTGATCCGCG 3226
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3173 ATGAGATACAAAGAGCAGGTCTTGAACCGAATGTTTTTACATTTAACGCTCTGATCCGCG 3232
Query 3227 GATACAGTTTGTCTGGAAAACCTGAGCACGCTTACGCTGTGTACCAGACAATGGTGACCG 3286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3233 GATACAGTTTGTCTGGAAAACCTGAGCACGCTTACGCTGTGTATCAGACAATGGTGACCG 3292
Query 3287 GTGGTTTTAGCCCCAACACAGGAACATACGAACAGCTCCCCAATAGAGCTTGACATTTTA 3346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3293 GTGGTTTTAGCCCCAACACAGGAACATACGAACAGCTCCCCAATAGAGCTTGACATTTTA 3352
Query 3347 CGCAGCTAATACAAGTAGAGCTCTACACTAAGTGAAGCTTTATGTCCATGTGAAGTGTAC 3406
| ||||||||||| || | | | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3353 CACAGCTAATACAC--AG---T--A------G--A-GCTTTATGTCCATGTGAAGTGTAC 3396
Query 3407 AAAACATAACGTTGTGTAAATGTCTTATTGTTTTGTTTATTTACATGATGAT 3458
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3397 AAAACATAACGTTGTGTAAATGTCTTATTGTTTTGTTTATTTACATGACGAT 3448
> Ahg491551 jgi|Araly1|491551|fgenesh2_kg.7__984__AT4G31860.1
Length=1556
Score = 82.4 bits (44), Expect = 2e-14
Identities = 54/58 (93%), Gaps = 4/58 (7%)
Strand=Plus/Minus
Query 3420 GTGTAAATGTCTTATTGTTTTGTTTATTTACATGATGAT-AT--GTTCTTTTAAGGCC 3474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||
Sbjct 1556 GTGTAAATGTCTTATTGTTTTGTTTATTTACATGATGATGATATGTTCTTT-AAGGCC 1500
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131184454131
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5