BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G32180.1
Length=2935
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491515 jgi|Araly1|491515|fgenesh2_kg.7__948__AT4G32180.1 4708 0.0
Ahg909243 jgi|Araly1|909243|Al_scaffold_0002_2324 224 3e-57
> Ahg491515 jgi|Araly1|491515|fgenesh2_kg.7__948__AT4G32180.1
Length=2899
Score = 4708 bits (2549), Expect = 0.0
Identities = 2770/2877 (96%), Gaps = 13/2877 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 61 aaaaaTGGCGGGTCAAGAGGATGAGTATGATCCAATTCTTGACAATAAAAGAGAAGCTGA 120
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 31 AAAAATGGCGGGTCAAGAGGACGAGCATGATCCAATTCTTGACGATAAAAAAGAAGCTGA 90
Query 121 AGCAAAATCTCAGGTTTCTGTTGCTGCTGAT-A-A-AAATATGGCTCCTTCTACTTCTGG 177
|||||||||| |||||| ||||| || || | | | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 91 AGCAAAATCTGAGGTTTGTGTTGGTGGTGGTGAGAGAGATATGGCTCCTTCTACTTCTGG 150
Query 178 TACTCCGATCCACAGATCAGGCTCTAGACCTCAGCTTGATCTAAGCAAAGCCGAAATTCA 237
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 151 AACTTCGATCCACAGATCGGGCTCTAGACCTCAGCTTGATCTAAGCAAAGCTGAAATTCA 210
Query 238 GGGGAACCTCGAGGAGAGAGATCCCACCATTTTATTGCCTAATCAGTCTGATGATATCTC 297
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 211 GGGGAATCTCGAGGAGAGAGATCCCACCATTTTGTTGCCTAATCAGTCTGATGATATCTC 270
Query 298 TCATTTGGCTCTTGATATCGGAGGTTCTTTGATAAAGTTGTTGTATTTTTCACGACATGA 357
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 TCATTTAGCTCTTGATATCGGAGGTTCTTTGATAAAGTTGTTGTATTTTTCACGACATGA 330
Query 358 GGACTACTCTAATGATGATGATAAGCGGAAGAGGACGATCAAGGAGAGATTGGGTATTAC 417
||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 331 GGACTACTCGAATGATGGTGATAAGCGGAAGAGGACGATCAAGGAGAGATTGGGTATAAC 390
Query 418 CAATGGCAACTTGAGAAGTTATCCTGTTCTTGGTGGTAGACTTCATTTTGTCAAGTTTGA 477
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 391 TAATGGCAACTTGAGAAGCTATCCTGTTCTTGGTGGCAGACTTCATTTTGTCAAGTTTGA 450
Query 478 GACTCACAAAATTAATGAGTGCTTGGATTTTATTCATTCCAAGCAGCTTCATCGCCGAGA 537
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 451 GACTCACAAAATAAATGAGTGCTTGGATTTTATTCATTCCAAGCAGCTTCATCGCCGAGA 510
Query 538 TCCTTATCCTTGGAGTTCAAAGACCTTGCCTTTGGGGACTGGTGTTATCAAGGTCACAGG 597
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 511 TCCTTATCCTTGGAGTTCAAAAACCTTGCCTTTGGGGACTGGTGTTATCAAGGTCACAGG 570
Query 598 TGGCGGGGCATTTAAATTTGCAGACTTGTTCAAGGAACGGCTGGGCGTTAGTATTGAGAA 657
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 571 TGGCGGGGCCTATAAATTTGCAGACTTGTTCAAGGAACGGCTGGGCGTTAGTATTGAGAA 630
Query 658 AGAAGATGAAATGCATTGTCTTGTTTCTGGAGCAAATTTTTTGCTCAAGGCTATTCGACA 717
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 631 AGAAGATGAAATGCATTGCCTTGTTTCTGGAGCAAATTTTTTGCTCAAAGCTATTCGACA 690
Query 718 TGAAGCCTTTACGCACATGGAGGGTGAGAAAGAATTTGTACAGATAGATCCCAATGACTT 777
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 691 TGAAGCCTTCACGCACATGGAGGGTGAGAAAGAATTTGTACAGATAGATCCCAATGACTT 750
Query 778 GTATCCTTATCTTCTTGTGAACGTTGGATCTGGTGTTAGCATAATCAAGGTTGATGGTGA 837
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 751 GTATCCCTATCTTCTTGTGAACGTTGGATCTGGTGTTAGCATAATCAAGGTTGATGGTGA 810
Query 838 AGGAAAGTTTGAACGTGTGAGTGGAACTAATGTTGGCGGTGGTACCTATTGGGGCTTAGG 897
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 811 GGGAAAGTTTGAACGTGTGAGTGGGACTAATGTTGGCGGTGGTACCTATTGGGGCTTAGG 870
Query 898 AAGACTTCTAACGAAGTGCAAGAGTTTTGATGAATTGCTAGAACTCAGCCAAAAGGGAGA 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 871 AAGACTTCTAACGAAGTGCAAGAGTTTTGATGAATTGCTAGAACTCAGCCAAAAGGGAGA 930
Query 958 TAATAGTGCCATTGACATGCTCGTTGGTGATATTTATGGTGGCATGGATTACTCCAAGAT 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 931 TAATAGTGCCATTGACATGCTCGTTGGTGATATTTATGGTGGCATGGATTATTCCAAGAT 990
Query 1018 TGGTCTCTCTGCTTCAACAATAGCTTCTAGTTTTGGCAAGGCGATATCTGAAAATAAGGA 1077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 991 TGGTCTCTCTGCTTCAACAATAGCTTCTAGTTTTGGCAAGGCCATATCTGAAAATAAGGA 1050
Query 1078 ACTGGACGATTACAGACCTGAAGATATTTCCTTGTCTCTGTTGCGGATGATTTCATACAA 1137
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1051 ACTGGATGATTACAGACCTGAAGATATTTCCTTGTCTCTGCTGCGGATGATTTCGTACAA 1110
Query 1138 TATTGGGCAGATATCGTACTTGAATGCCCTTCGCTTTGGGTTGAAGCGAATATTTTTTGG 1197
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 TATTGGGCAGATATCATACTTGAATGCCCTTCGCTTTGGGTTGAAGCGAATATTTTTTGG 1170
Query 1198 AGGATTTTTCATAAGGGGTCATGCATATACCATGGATACAATTTCATTTGCTGTACATTT 1257
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1171 AGGATTTTTCATAAGGGGTCACGCATATACCATGGACACAATTTCCTTTGCTGTACATTT 1230
Query 1258 CTGGTCTAAGGGAGAGATGCAAGCTATGTTCTTGAGACATGAAGGTTTTCTGGGTGCTCT 1317
|||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1231 CTGGTCGAAAGGAGAGATGCAAGCTATGTTCTTGAGGCATGAAGGTTTTCTGGGTGCTCT 1290
Query 1318 AGGTGCGTTCATGAGCTATGAGAAGCACGGATTGGATGATTTAATGTCCCATCAGTTGGT 1377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291 TGGTGCGTTCATGAGCTATGAGAAGCACGGATTGGATGATTTAATGTCCCATCAGTTGGT 1350
Query 1378 TGAGAGGTTCCCAATGGGTGCACCATATACTGGAGGAAATATTCACGGACCACCACTCGG 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1351 TGAGAGGTTCCCAATGGGTGCACCATATACTGGAGGAAATATTCACGGACCACCGCTCGG 1410
Query 1438 TGATTTGGACGAGAAGATTTCGTGGATGGAGAAGTTTGTGCGTAGAGGAACTGAAATAAC 1497
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 TGATTTGAACGAGAAGATTTCGTGGATGGAGAAGTTTGTGCGTAGAGGAACTGAAATAAC 1470
Query 1498 TGCTCCTGTACCAATGACTCCATCAAAAACGACTGGGCTTGGAGGGTTTGAAGTTCCATC 1557
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1471 TGCTCCTGTACCGATGACTCCATCAAAAACGACTGGGCTTGGAGGGTTTGAAGTTCCCTC 1530
Query 1558 ATCCAGAGGTAGTGCTTTAAGATCTGACGCCAGTGCTTTAAATGTTGGTGTTCTCCATCT 1617
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1531 ATCCAGAGGTAGTGCTCTAAGATCTGACGCCAGTGCTTTAAATGTTGGTGTTCTCCATTT 1590
Query 1618 TGTGCCCACATTGGAGGTGTTCCCATTACTAGCTGATCCGAAA-ACGTATGAGCCTAACA 1676
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1591 TGTGCCCACACTGGAGGTGTTCCCATTACTGGCTGATCC-AAAGACGTATGAGCCTAACA 1649
Query 1677 CGATTGATCTATCAGATCAAGGCGAACGAGAGTACTGGCTCAAAGTTTTGTCCGAGCATT 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1650 CGATTGATCTATCAGATCAAGGCGAACGAGAGTACTGGCTCAAAGTTTTGTCCGAGCATT 1709
Query 1737 TGCCAGACCTCGTTGATACGGCTGTAGCAAGTGAAGGAGGAACCGAGGATGCGAAAAGGC 1796
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1710 TGCCAGACCTCGTTGATACGGCTGTGGCAAGTGAAGGAGGAACTGAGGATGCGAAAAGGC 1769
Query 1797 GGGGTGATGCTTTTGCTCGTGCTTTTTCTGCTCATTTGGCAAGATTAATGGAGGAGCCAG 1856
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1770 GGGGTGATGCTTTTGCTCGTGCCTTTTCTGCTCATTTGGCAAGATTAATGGAGGAGCCAG 1829
Query 1857 CTGCATATGGAAAGCTGGGGCTGGCAAATCTCTTGGAACTTAGGGAAGAATGCTTAAGAG 1916
|||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1830 CTGCATATGGAAAGCTAGGGCTAGCAAATCTTTTGGAACTTAGGGAAGAATGCTTAAGGG 1889
Query 1917 AATTCCAGTTTGTTGATGCCTATAGAAGCATCAAGCAAAGGGAGAACGAGGCATCACTTG 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1890 AATTCCAGTTTGTTGATGCCTATAGAAGCATCAAGCAAAGAGAGAACGAGGCATCACTTG 1949
Query 1977 CTGTTTTACCTGATTTACTTGAGGAGCTTGATTCGATGAGCGAGGAGGCAAGGTTGCTTA 2036
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1950 CTGTTTTACCTGATTTACTTGAAGAGCTTGATTCGATGAGCGAGGAGGCAAGGTTGCTTA 2009
Query 2037 CACTTATAGAAGGTGTTCTTGCTGCAAACATATTTGACTGGGGATCTCGAGCATGTGTGG 2096
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2010 CACTTATAGAAGGTGTTCTTGCAGCAAACATATTCGACTGGGGATCTCGAGCATGTGTGG 2069
Query 2097 ATCTATATCACAAAGGAACCATTATTGAAATATACAGAATGAGTCGCAACAAGATGCAGA 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2070 ATCTATATCACAAAGGAACCATTATTGAAATATACAGAATGAGCCGCAACAAGATGCAGA 2129
Query 2157 GACCGTGGAGGGTAGACGATTTTGATGCTTTCAAAGAAAGGATGCTTGGATCTGGAGGTA 2216
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2130 GACCGTGGAGGGTAGATGATTTTGATGCTTTTAAAGAAAGGATGCTTGGATCTGGAGGTA 2189
Query 2217 AGCAGCCTCATCGACATAAAAGAGCATTACTTTTTGTTGATAACTCGGGAGCAGATGTCA 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2190 AGCAGCCTCATCGACATAAAAGAGCATTACTTTTTGTTGATAACTCGGGCGCAGACGTCA 2249
Query 2277 TTCTTGGGATGCTTCCTCTTGCTCGAGAGTTTCTCCGTCGAGGGACTGAAGTTGTTCTAG 2336
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2250 TTCTTGGGATGCTTCCTCTTGCCCGAGAGTTTCTCCGCCGTGGGACTGAAGTTGTTCTAG 2309
Query 2337 TGGCAAACTCTCTTCCTGCTCTTAACGACGTGACCGCTATGGAACTGCCTGATATAGTCG 2396
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2310 TGGCGAACTCTCTTCCTGCTCTTAACGACGTGACCGCTATGGAACTCCCTGATATAGTCG 2369
Query 2397 CTGGGGCTGCTAAGCACTGTGACATCTTGAGGAGAGCGGCAGAAATGGGAGGCTTACTTG 2456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2370 CTGGGGCTGCTAAGCACTGTGACATCTTGAGGAGAGCGGCAGAAATGGGAGGCTTACTTG 2429
Query 2457 TGGATGCGATGGTAAATCCAGGGGATGGATCAAAGAAGGATTCAACGTCAGCACCATTGA 2516
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2430 TGGATGCGATGGTAAATCCGGGGGATGGATCAAAGAAGGATTCAACGTCAGCACCATTGA 2489
Query 2517 TGGTTGTTGAAAATGGATGTGGAAGTCCTTGTATCGACCTCAGACAAGTCAGCTCTGAGC 2576
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2490 TGGTTGTTGAAAATGGATGTGGAAGTCCTTGCATTGACCTGAGACAAGTCAGCTCTGAGC 2549
Query 2577 TTGCAGCCGCTGCCAAAGACGCTGATCTTGTTGTCTTGGAAGGTATGGGAAGAGCACTTC 2636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2550 TTGCAGCCGCTGCCAAAGACGCTGATCTTGTTGTCTTGGAAGGTATGGGTAGAGCACTTC 2609
Query 2637 ACACCAACTTCAACGCTCAATTCCAATGCGAGGCTCTCAAGCTAGCAATGGTTAAAAATC 2696
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2610 ACACCAACTTCAACGCTCAATTCAAATGCGAGGCTCTCAAGCTAGCAATGGTGAAAAATC 2669
Query 2697 AGAGATTGGCTGAGAAGTTGATAAAAGGAAACATATATGATTGTGTATGCAGATACGAGC 2756
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2670 AGAGATTGGCTGAGAAGTTGATAAAAGGAAACATTTATGATTGCGTATGCAGATACGAGC 2729
Query 2757 CTCCCTCGCTTTAACAATGTTATGTATCA-TTTCTTCAACCTTTAGACTACTGTTGTATA 2815
||||||| |||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2730 CTCCCTCTCTTTAACAATGTAATGT-TAAGTTTCTTCAACCTTTAGACTACTGTTGTATA 2788
Query 2816 CAGATTAAGCATTCGTCATGTGGCATATGTATTTTTATTTAGACTACACTTTTACTGTAT 2875
||||||||||||||| ||| || || | | ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2789 CAGATTAAGCATTCGGCATATGT-AT-T-T-TTTTTATTTAGACTAAACTTTTACTGTAT 2844
Query 2876 AAAATTGTATTTGAATGAATCAAAATCACTTGCTATAAAGAGCATCATGAGGGTTCA 2932
|||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||
Sbjct 2845 AAAATTGTATTTGAATAAATCAAAATCGCTTGCTA-AA-GAGCATCATCAGGGTTCA 2899
> Ahg909243 jgi|Araly1|909243|Al_scaffold_0002_2324
Length=288
Score = 224 bits (121), Expect = 3e-57
Identities = 138/146 (95%), Gaps = 1/146 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 705 AGGCTATTCGACATGAAGCCTTTACGCACATGGAGGGTGAGAAAGAATTTGTACAGATAG 764
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 143 AGGCTATTCGATGTGAAGCCTTCACGCACATGGAGGGTGAGATAGAATTTGTACAGATAG 202
Query 765 ATCCCAATGACTTGTATCCTTATCTTCTTGTGAACGTTGGATCTGGTGTTAGCATAATCA 824
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 203 ATCCAAATGACTTGTATCCCTATCTTCTTGTGAACGTTGGATCTGGTGTTAGCATTATCA 262
Query 825 AGGTTGATGGTGAA-GGAAAGTTTGA 849
|||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 263 AGGTTGATGGTGAAAGGAAAGTTTGA 288
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110804522705
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5