BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G32250.1
Length=2156
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491509 jgi|Araly1|491509|fgenesh2_kg.7__942__AT4G32250.2 3053 0.0
> Ahg491509 jgi|Araly1|491509|fgenesh2_kg.7__942__AT4G32250.2
Length=2149
Score = 3053 bits (1653), Expect = 0.0
Identities = 1847/1941 (95%), Gaps = 11/1941 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 70 ACAGAGATAAATGGCTTCAAAGATTATTGCTGGCAAGCCGGATGATACCGAGTATGAAAT 129
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 217 ACAAAGATAAATGGCTTCAAAGATTATTGCTGGCAAGCCGGATGATTCCGAGTATGAAAT 276
Query 130 CATTGAAGGTGAGTCTGAGAGCGCTTTAGCAGCGGGGACAAGCCCTTGGATGAATTCATC 189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 277 CATTGAAGGTGAGTCTGAGAGCGCTTTAGCAGCGGGGACAAGCCCTTGGATGAATTCATC 336
Query 190 AACGTTGAAGCTTCGACATCGAATTGGAAGAGGTCCCTTCGGTGATGTTTGGCTGGCTAC 249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 AACGTTGAAGCTTCGACATCGAATTGGAAGAGGTCCCTTCGGTGATGTTTGGCTGGCTAC 396
Query 250 TCATCATCAGTCAACTGAGGACTATGATGAGCATCATGAAGTGGCCATCAAAATGCTTTA 309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 397 TCATCATCAGTCAACTGAGGACTATGATGAGCATCATGAAGTGGCAATCAAAATGCTTCA 456
Query 310 TCCCATCAAGGAAGATCAAAGAAGGGTTGTGGTAGATAAGTTTGAAGATCTCTTCTCTAA 369
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 457 TCCTATCAAGGAGGATCAAAGAAGGGTTGTGGTAGATAAGTTTGAAGATCTGTTCTCCAA 516
Query 370 ATGTCAAGGACTAGAGAATGTCTGTCTGCTCAGGGGAGTCTCTAGTATCAATGGAAAGAT 429
||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 517 GTGTCAAGGAGTAGAGAATATCTGTCTGCTCCGAGGAGTCTCTAGTATCAGTGGAAAGAT 576
Query 430 ATGTGTCGTCATGAAATTCTACGAGGGCTCTCTTGGTGACAAGATGGCTCGGCTTAAAGG 489
||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 577 ATGCATCATCATGAAATTCTACGAGGGCTCTGTTGGTGATAAGATGGCTCGGCTTAAAGG 636
Query 490 AGGAAAGCTTTCACTGCCAGATGTTTTGAGATACGGGGTTGATCTGGCTACAGGGATCCT 549
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 637 AGGAAAGCTTTCACTGCCTGATGTATTGAGATACGGGGTTGATCTGGCTACAGGGATCCT 696
Query 550 GGAGTTGCACTCAAAAGGGTTTCTCATTCTCAATCTCAAGCCCTCTAACTTTCTTCTCAG 609
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 697 GGAGTTGCACTCAAAAGGGTTTCTGATTCTCAATCTTAAGCCCTCTAACTTTCTTCTAAG 756
Query 610 TGATAACGACAAGGCCATCCTCGGGGATGTTGGGATCCCTTATCTCCTTCTTAGTATCCC 669
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 757 TGATAACGACAAGGCCGTCCTCGGGGATGTTGGGATCCCTTATCTCCTTCTCAGTATCCC 816
Query 670 TTTACCAAGTTCTGATATGACAGAGAGACTTGGAACTCCAAACTATATGGCACCAGAACA 729
||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 817 TTTGCCAAGTTCTGATATGACAGTGAGACTTGGAACACCAAGCTATATGGCTCCAGAACA 876
Query 730 GTGGCAACCGGATGTCAGAGGTCCCATGTCCTTTGAGACTGATTCTTGGGGATTTGGTTG 789
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 877 GTGGCAACCGGAAGTAAGAGGTCCCATGTCCTTTGAGACTGATTCTTGGGGATTTGGTTG 936
Query 790 CAGCATTGTTGAAATGCTGACTGGTGTACAACCTTGGTCTGGGAGATCTGCCGATGAAAT 849
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 937 CAGCATTGTGGAAATGCTGACTGGTGTACAACCTTGGTCGGGGAGATCCGCCGATGAAAT 996
Query 850 ATATGATTTGGTGGTGAGAAAGCAAGAAAAGCTTAGTATCCCCAGTAGCATACCGCCTCC 909
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 997 ATATGATTTGGTGGTGAGAAAGCAAGAAAAGCTTAGTATCCCCAATACCATACCGCCTCC 1056
Query 910 TCTCGAGAACCTACTTCGGGGTTGCTTTATGTATGATCTTCGAAGCCGACCTTCGATGAC 969
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1057 TCTTGATAACCTACTTCGGGGTTGCTTTATGTATGATCTTCGAAGCCGACCTTCGATGAC 1116
Query 970 TGACATCTTACTCGTCTTAAAGAGCTTGCAGAACTCGGAGGAGGAACAGGTCAGGAGAGG 1029
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1117 TGACATCTTACTCGTCTTAAAGAGCTTGCAGAGCTCGGAGGAGGAACAGGTCTGGAGAGG 1176
Query 1030 CATTGATAGTAGAGAAATCAGGAAGAGCTCGGCTACTCTTGGTTATACAGAATGGTTTCT 1089
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 CATTGATAGTAGAGAAATCATGAAGAGCTCGGGTACTCTTGGTTATACAGAATGGTTTCT 1236
Query 1090 TTCAAAGGATCATCTGCAAGTGCGCGACACCGTGCGTTCAAGAAAGCCTGCCAATTCGTG 1149
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1237 TTCAAAGGATCATCTGCAAGTGGGCGACACAGTGCGTTCAAGAAAGCCTGCCAATTCGTG 1296
Query 1150 TAAGCATGAGAACATGGATGTGCCAGAAGGAATGGTGGTTGGTTTAGAACGTGACTCCAC 1209
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1297 TAAGCATGAGAACATGGATGTGCCAGAAGGAATTGTGGTTGGTTTAGAACGTGACACCAC 1356
Query 1210 AGACCCAGATGGATTTGTGCTAGTTAAAGTCCATGGTGTACATGATCCATTAAGGGTTCA 1269
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1357 AGACCCAGATGGATTTGTGCTAGTTAAAGTCCATGGTGTACATGATCCGTTAAGGGTTCA 1416
Query 1270 CGTATCTGTTCTTGAACGGGTAACTAACGGCTTAGCTTCTGGAGATTGGGTGCGTCTGAA 1329
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1417 CGTGTCTGTTCTTGAACGGGTAACTAACGGCTTAGCTTCTGGAGATTGGGTGCGTCTGAA 1476
Query 1330 GGTCAGGAAAGACAAGAGGCACTCTCCGGTTGGTGTTCTCCATTCAATTGACCGTGAGGG 1389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477 GGTCAGGAAAGACAAGAGGCACTCTCCGGTTGGTGTTCTCCATTCAATTGACCGTGAGGG 1536
Query 1390 AAATGTAGCTGTTGGATTTATTGGGTTGCCAACTCTCTGGAAAGGGACATCATCGCAGCT 1449
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1537 AAATGTAGCTGTTGGGTTTATTGGGTTGCCAACTCTCTGGAAAGGGACATCATCGCAGCT 1596
Query 1450 TCAGATGGCTAAAGTATACAGTGTGGGTCAATTTGTGAAACTCAAAGCCAATGTTGTCAT 1509
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1597 TCAGATGGCTAAAGCATACAGTGTGGGTCAATTTGTGAAACTGAAAGCCAATGTTGTCAT 1656
Query 1510 CCCGAGATTCAAATGGATGCGTAAAGGTAGAGGTATTTGGGCAACTGGCAGGATCTCTCA 1569
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 CCCGAGATTCAAATGGATGCGTAAAAGTAGAGGTATTTGGGCAACTGGCAGGATCTCTCA 1716
Query 1570 GGTTCTACCAAACGGTTGCCTTGAAGTGGACTTCCCTGGAATGTTACCTTTTGGAGAGGA 1629
|||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1717 GGTTCTACCAAATGGTTGCCTCGAGGTGGACTTCCCTGGAGTGTTACCTTTTGGAGAGGA 1776
Query 1630 ACATGGAAGCTATCTTGCAGATCCGGCTGAAGTAGAGATTGTGAATTTCAATACATGTCA 1689
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 ACATGGAAGTTGTCTTGCAGATCCGGCTGAAGTAGAGATTGTGAATTTCAATACATGTCA 1836
Query 1690 AGGAGCTGTGGAAAAATATCAACATCTGGAGGATTTTCATTGGGCTGTGAGACCTTTGCT 1749
||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1837 AGGAGTTGTGAAAAAATATCAACATCTGGAGGATATTCATTGGGCTGTGAGACCTTTGCT 1896
Query 1750 TATTGCTATGGGTCTATTGACAGCGATGAAGTTAGGGATCTGTGTCAGGAAGAAAATAGG 1809
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1897 TATTGCTATGGGTCTATTGACAGCAATGAAGTTAGGGTTCTTTGTCGGGAAGAAAATAGG 1956
Query 1810 AAGGTCAAAGGATGGGAAACAACGCGATGGCTCGACTGGACAAGGTGACTGTAAGATTCC 1869
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1957 AAGGTCAAAGGATGGAAAACAGCGCGATGGCTCGAGTGGACAAGATGACTGTAAGATTCC 2016
Query 1870 GGATGGTAAGGGCTCTGACAAATCTAAATGGCTTGTGTTC--T-TTTAGGTCTGCTATGA 1926
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||| ||| | ||
Sbjct 2017 GGAGGGTAAGGGCTCTGGCAAATCTAAATGGCTTGTGTTCAGTGTTTAGGGCTGTT-TGT 2075
Query 1927 GACACAGACCTTGTCTGGTCCATATATTATACTGTTCTAGTCATAATAACGTTTCATGTA 1986
| || | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2076 GTCA-A-ACCTGGTCTGGTCCATATATTATTCTGTTCTAGTCATG-----GTTTCATGTA 2128
Query 1987 CATAATGACGtttttcttttt 2007
|||||| || ||||| |||||
Sbjct 2129 CATAATAACATTTTTATTTTT 2149
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81132221850
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5