BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G33990.1 Length=2472 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg944515 jgi|Araly1|944515|scaffold_700744.1 3842 0.0 > Ahg944515 jgi|Araly1|944515|scaffold_700744.1 Length=2520 Score = 3842 bits (2080), Expect = 0.0 Identities = 2351/2482 (95%), Gaps = 17/2482 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAAATTTGGAACCTTTTCACT-TCCCAGACAAATTCCAACCTGCAAAGGTGGGCGCTT 59 |||||||||||||| |||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 26 ATGAAATTTGGAACTTTTTCACTGT-TCAGACAAGTTCCGACCTGCAAAGGTGGACGCTT 84 Query 60 TACACGAGTTTTGCAATCTATCGGATCAGTTATTAGAGAATTTTCAGCATCTGCAAATGC 119 ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 85 TACACGAGTTTTGCAATCTGTCGGAGCAGTTGTTAGAGAATTCTCAGCATCTGCAAATGC 144 Query 120 TTTGCAAGACTGTTGGAAAAATGGGAATGAAAGTAAAGAGATTGATGATGTTCACACACT 179 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 145 TTTGCAAGATTGTTGGAAAAATGGGAATGAAAGTAAAGAGATTGATGATGTTCACACACT 204 Query 180 TTTCAGATATTGCACTAATTTGCAATCAGCCAAATGTCTCCACGCACGTCTCGTTGTCTC 239 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 205 TTTCAGATACTGCACTAATTTGCAATCAGCCAAATGTCTTCACGCACGTCTCGTTGTCTC 264 Query 240 CAAAC-AAATCCAAAATGTTTGTATCTCTGCTAAACTTGTTAATCTCTATTGTTACCTTG 298 | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 265 C-AACGCAATCCAAAATGTTTGTATCTCTGCTAAACTTGTTAATCTCTATTGTTATCTTG 323 Query 299 GCAATGTCGCATTGGCTAGGCACACGTTTGATCATATCCAGAACAGAGATGTATACGCTT 358 | || |||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| Sbjct 324 GTAACGTCGCATTGGCTAGATATACGTTTGATCATATCCATAACAGAGATGTTTATGCTT 383 Query 359 GGAATTTGATGATTTCTGGTTATGGCCGTGCGGGAAATTCTTCAGAAGTGATTAGGTGTT 418 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| Sbjct 384 GGAATTTGATGATTTCTGGTTATGGCCGTGCGGGATATTCTTCAGAAGTTATTAGGTGTT 443 Query 419 TTAGTCTCTTTATGTTGAGTTCTGGACTTAC-ACCTGATTACAGGACTTTTCCTTCGGTT 477 ||||||| || |||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||| Sbjct 444 TTAGTCTATTCATGTTGAGTTCTGGACTT-CAACCGGATTACCGGACTTTTCCTTCGGTT 502 Query 478 TTGAAAGCTTGTAGGACTGTGATTGATGGGAATAAGATTCATTGCTTGGCTTTGAAGTTT 537 |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 503 TTGAAAGCTTGTAGGAATGTGACTGATGGGAATAAGATTCATTGCTTGGCTTTGAAGTTT 562 Query 538 GGGTTTATGTGGGATGTCTATGTTGCTGCCTCGTTGATTCATTTGTACTCTCGATATAAA 597 || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||| ||| | Sbjct 563 GGATTTATGTGGGATGTCTATGTTGCTGCTTCGTTGATCCATTTGTATTGTCGGTATGGA 622 Query 598 GCTGTGGGGAATGCACGTATACTGTTTGATGAAATGCCT-GTAAGAGATATGGGTTCTTG 656 || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 623 GCGGTGGTGAATGCACGTATACTGTTTGATGAAATGCCTACT-CGAGATATGGGTTCTTG 681 Query 657 GAATGCAATGATTTCTGGGTATTGTCAAAGCGGAAATGCTAAAGAGGCGTTAACTCTGTC 716 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 682 GAATGCGATGATTTCTGGGTATTGTCAAAGCGGAAATGCTAAAGAGGCGTTAACTCTGTC 741 Query 717 TAATGGGTTGAGAGCTATGGATTCAGTTACCGTTGTGAGTCTCCTTTCGGCTTGCACTGA 776 | |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 742 TGATGGATTGAGAGCTATGGATTCAGTTACTGTTGTGAGTCTCCTTTCGGCTTGCACGGA 801 Query 777 AGCCGGTGATTTCAATAGAGGAGTTACTATTCATTCATACTCGATAAAACATGGTCTGGA 836 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 802 AGCCGGTGATTTCAATAGAGGAGTTACGATTCATTCATACTCGATAAAACATGGACTGGA 861 Query 837 GTCCGAATTGTTTGTTTCCAACAAGCTGATTGATTTGTATGCTGAATTTGGTAGGCTTAG 896 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 862 GTCCGAATTGTTTGTTTCCAACAAGCTGATTGATTTGTATGCTGAATTTGGTAGCCTTAA 921 Query 897 GGATTGCCAGAAGGTTTTTGATAGGATGTATGTGAGGGATTTGATTTCTTGGAATTCGAT 956 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 922 GGATTGCCAGAAGGTTTTTGACAGGATGTATGTGAGGGATTTGATTTCTTGGAATTCTAT 981 Query 957 AATTAAGGCGTACGAGCTGAATGAGCAGCCGCTTAGAGCGATTTCGTTGTTTCAGGAGAT 1016 ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 982 AATTAAGGCTTACGAGCTGAATGAGCAACCGCTTAGAGCGATTTTGTTGTTTCAGGAGAT 1041 Query 1017 GCGGTTGAGTAGAATTCAACCAGATTGCCTTACTTTGATTAGTTTGGCTTCTATACTATC 1076 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1042 GCGTTTGAGTAGAATTCAACCAGATTGCCTTACTTTGATTAGTTTGGCTTCTATACTATC 1101 Query 1077 ACAGTTAGGGGACATTCGTGCTTGTAGATCTGTGCAGGGTTTCACTTTGAGGAAAGGCTG 1136 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1102 ACAGTTAGGGGAAATTCGTGCTTGTAGATCTGTGCAGGGTTTCACTTTGAGGAAAGGCTG 1161 Query 1137 GTTCTTGGAAGATATTACCATCGGGAATGCTGTTGTGGTTATGTATGCAAAACTAGGCCT 1196 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1162 GTTCTTGGAAGATATTACCATTGGGAATGCTGTTGTTGTTATGTATGCAAAACTAGGCCT 1221 Query 1197 TGTAGATTCAGCAAGAGCAGTGTTTAATTGGCTTCCGAATACAGATGTTATTTCATGGAA 1256 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| Sbjct 1222 TGTAGATTCAGCAAGAGCAGTGTTTAATTGGCTACCGAATAAAGATGTGATTTCGTGGAA 1281 Query 1257 TACCATAATCTCGGGTTATGCTCAAAACGGTTTTGCTAGTGAAGCAATTGAAATGTATAA 1316 ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1282 TACCATAATATCTGGTTATGCTCAAAACGGCTTTGCTAGTGAAGCAATTGAAATGTATAA 1341 Query 1317 CATAATGGAGGAAGAAGGTG-A-A-AT-AGCCGCTAACCAAGGGACTTGGGTGAGTGTTT 1372 |||||||||||||||||||| | | || || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1342 CATAATGGAGGAAGAAGGTGGAGAGATTAGT-GCTAACCAAGGGACTTGGGTGAGTGTTT 1400 Query 1373 TGCCCGCTTGTTCGCAGGCTGGAGCGTTGCGTCAAGGTATGAAACTCCATGGCCGTCTCT 1432 ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1401 TGCCCGCTTGTTCGCAGGCCGGAGCATTGCGTCAAGGTATGAAACTCCATGGCCGTCTCT 1460 Query 1433 TGAAGAACGGTCTTTATTTGGATGTTTTTGTTGTTACAAGCCTTGCTGATATGTATGGAA 1492 ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| Sbjct 1461 TGAAGAACGGTCTTTATTTGGATGTTTTTGTTGGAACCAGCCTTGCTGATATGTATGGAA 1520 Query 1493 AGTGTGGACGACTAGAGGATGCCCTCTCTTTGTTTTATCAAATCCCAAGAGTCAACTCTG 1552 |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1521 AGTGTGGACGACTAGACGATGCACTCTCTTTGTTTTATCAAATCCCAAGAGTCAACTCGG 1580 Query 1553 TGCCATGGAACACCCTAATAGCGTGTCACGGGTTTCACGGGCATGGCGAGAAAGCAGTGA 1612 ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1581 TGCGATGGAACACCCTGATAGCGTGTCACGGGTTTCACGGGCATGGCGAGAAAGCAGTGA 1640 Query 1613 TGCTGTTCAAAGAAATGCTGGATGAAGGAGTGAAGCCAGATCACATTACATTTGTGACTC 1672 ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1641 TGCTGTTTAAAGAAATGCTGGATGAAGGAGTGAAACCAGATCACATTACATTTGTGACTC 1700 Query 1673 TGTTATCGGCTTGTAGCCATTCTGGGTTAGTAGACGAGGGTCAATGGTGCTTTGAGATGA 1732 |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 1701 TGTTATCGGCTTTTAGCCATTCTGGGCTAGTAGACGAGGGTGAATGGTGTTTTGAGATGA 1760 Query 1733 TGCAAACGGATTATGGGATAACACCGAGCTTGAAACATTACGGTTGTATGGTAGATATGT 1792 |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1761 TGCAAACGGATTATGGCATAACACCAAGCTTGAAACATTACGGTTGTATGGTAGATTTGT 1820 Query 1793 ATGGTCGAGCTGGTCAGTTAGAAACCGCGTTGAAGTTTATAAAAAGTATGTCGCTTCAGC 1852 |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1821 ATGGTCGAGCTGGTCAGTTAGAAATCGCGTTGAACTTTATAAAAAGTATGCCGCTTCAGC 1880 Query 1853 CTGATGCATCCATTTGGGGAGCTCTTCTCAGCGCTTGTAGAGTCCATGGGAATGTTGATC 1912 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||| Sbjct 1881 CTGATGCATCCATTTGGGGAGCTCTTCTCAGTGCTTGTAGAGTCCATGGAAACGTCGATC 1940 Query 1913 TTGGCAAGATCGCATCTGAACATTTGTTCGAGGTTGAACCTGAGCATGTCGGGTATCATG 1972 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | Sbjct 1941 TTGGCAAGATCGCATCTGAACATTTGTTCGAGGTTGAACCCGAGCATGTCGGGTATCACG 2000 Query 1973 TTCTATTGTCAAACATGTATGCTAGTGCTGGAAAATGGGAAGGAGTTGATGAAATACGTT 2032 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2001 TTCTATTGTCAAACATGTATGCTAGTGCTGGAAAATGGGAAGGAGTTGATGAAATACGGT 2060 Query 2033 CAAT-AGCCCATGGCAAAGG-TTTGAGGAAGACACCGGGTTGGAGCTCAATGGAAGTAGA 2090 |||| | ||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2061 CAATCA-CCCGTGG-AAAGGGTTTGAGGAAAACACCGGGTTGGAGCTCGATGGAAGTAGA 2118 Query 2091 CAACAAAGTCGAAGTCTTTTACACGGGAAACCAAACGCATCCAATGTATGAAGAGATGTA 2150 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2119 CAACAAAGTGGAAGTCTTTTACACGGGAAACCAAACGCATCCAATGTATGAAGAGATGTA 2178 Query 2151 CAGAGAATTAACGGCATTACAAGCGAAACTGAAGATGATTGGGTATGTACCGGACCATAG 2210 |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2179 CAGAGAATTAACTGCATTACACGAGAAACTGAAGATGGTTGGGTATGTACCGGACCATAG 2238 Query 2211 ATTTGTGTTGCAGGATGTTGAAGACGACGAGAAAGAGCATATCCTCATGAGTCATAGTGA 2270 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2239 ATTTGTGTTACAGGATGTTGAAGACGACGAGAAAGAGCATATCCTCATGAGTCATAGTGA 2298 Query 2271 AAGATTAGCTATTGCATTTGCACTTATCGCCACTCCTGCAAAGACAACGATTCGGATTTT 2330 |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2299 AAGATTGGCTATGGCATTTGCACTTATCACCACTCCTGCAAAGACAACGATTCGGATATT 2358 Query 2331 TAAGAATCTAAGGGTATGCGGCGATTGCCATAGCGTAACCAAGTTCATATCGAAAATCAC 2390 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2359 TAAGAATCTAAGGGTATGCGGTGATTGCCATAGCGTAACCAAGTTCATATCGAAAATCAC 2418 Query 2391 TGAGAGAGAGATCATTGTGAGGGATTCAAACCGGTTTCATCATTTCAAGAATGGAGTCTG 2450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2419 AGAGAGAGAGATCATTGTGAGGGATTCAAACCGGTTTCATCATTTCAAGGATGGAGTCTG 2478 Query 2451 CTCTTGCGGTGATTACTGGTGA 2472 |||||| ||||||||||||||| Sbjct 2479 CTCTTGTGGTGATTACTGGTGA 2500 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 93168739270 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5