BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G34610.1 Length=2123 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg944437 jgi|Araly1|944437|scaffold_700666.1 2567 0.0 > Ahg944437 jgi|Araly1|944437|scaffold_700666.1 Length=1651 Score = 2567 bits (1390), Expect = 0.0 Identities = 1573/1657 (95%), Gaps = 29/1657 (2%) Strand=Plus/Plus Query 307 AAAGAACACTCCATTTCGATGGAGAATTATCCAGAAACACAGTTTATTCCCGGAGATTCA 366 ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 4 AAA-AACACTCCATTTCGATGGAGAATTATCCGGAAACACAGTTTCTTCCCGGAAATTCA 62 Query 367 ATGATCCAGAATGCTATAGTTTCTTACTCTGAGGAATCAGCCGGTAGAGAAAGAAGAACT 426 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||| Sbjct 63 ATGATCCAGAATGCTACAGTTTCTTACTCTGAGGAATTAGCTGGTAGAG--A-AAGAACT 119 Query 427 GAAGCTAACAATGTCTCAGCCTCACAAGAGAGGCAAGCATTGTCCAGATTTGGGGGAGTT 486 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || Sbjct 120 GAAGCTAACAATGTCTCAGCCTCACAAGAGAGGCAAGCATTGTCCAGATTTGGCGGAATT 179 Query 487 CCACAAATGCAGAA-CATTGGTCAAGATTTCGGTTCTTGGAGAGATCAAGCGAGTGACAG 545 | ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 TCGCAAATGCAGAATC-TTGATCAAGATTTCGGTTCTTGGAGAGATCAAGCGAGTGACAG 238 Query 546 GAACGGTTTCCAGCTAATGAGCGCGATGGCAGGTGCCACGGGGATTCTTCAGACCGGTCA 605 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 239 GAACGGTTTCCAGCTAATGAGCGCGATGGCAGGTGCCACGGGGATTCTTCAGACCGGTCA 298 Query 606 GGGACTGTCCCTTAGCCTTGGTTCACAGATTCTTCCAGGAATTCATCAGATAAGCCATCA 665 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| Sbjct 299 GGGACTGTCCCTTAGCCTTGGTTCACAGATTCTTCCTGGAATTCATCAAATGAGCCATCA 358 Query 666 AAATAT-G-G-C----GCC--G------AGAGGCAATGAGTATGCAACACAGAGTTTTCC 710 |||||| | | | ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 359 AAATATGGCGCCGAGAGCCGAGCATTTCAGAGGCAATGAGTATGCAACACAGAG-CTTCC 417 Query 711 -GGGCGGGAATCAGAACTTGGATGTTGTGA-GAACAATTCCCAACTCAAAGTATCTTAAG 768 || || ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 418 TGGTCGAGAATCAGAATTTGGATGTTGTGAGGAA-AATTCCCAACTCAAAGTATCTCAAG 476 Query 769 GCGGCTCAACAGCTTCTAGATGAGGCTGTTAATGTAAAGAAAGCTCTAAAGCAGTTTCAG 828 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| Sbjct 477 GCGGCTCAACAGCTTCTAGATGAGGCTGTTAATGTTAGGAAAGCTCTAAAGCAGTTTCAG 536 Query 829 GCAGAGGGAGATAAAAACAATGAGAACCCTCAAGAACCGAATCAGAGCACTCAAGACTCG 888 ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 537 GCAGAAGGAGATAAAAACAACGAGAACCCTCAAGAACCGAATCAGAACACTCAAGACTCG 596 Query 889 AGCACGAATCCTCCTGCGGACATCTCTCAGTCGGAGAGACAAGAAATGCAGAGCAAGTTG 948 |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 597 AGCACGAATCCTCCTGCGGAAATCTCTCATTCAGAGAGACAAGAAATGCAGAGCAAGTTG 656 Query 949 ACAAAACTCTTGTCAATGTTGGATGAGGTGGATAGAAGATATAAGCAATATTACCAGCAG 1008 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 657 ACAAAACTCTTGTCAATGTTGGATGAGGTGGATAGAAGATATAAGCAATATTACCAGCAG 716 Query 1009 ATGCAGATAGTTGTATCCTCGTTCGATGTGATAGCTGGTTATGGAGCAGCTAAGCCATAC 1068 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 717 ATGCAGATAGTTGTATCCTCGTTCGATGTGATAGCAGGTTATGGAGCAGCTAAGCCATAC 776 Query 1069 ACAGCACTCGCCCTTCAAACAATTTCTCGCCATTTTCGTAGCCTAAGGGATGCGATATCC 1128 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 777 ACAGCACTCGCCCTTCAAACAATTTCTCGCCATTTTCGTAGCCTAAGGGATGCGATATCC 836 Query 1129 GGACAAATCCTCGTGCTACGTAAATGCCTTGGGGAACAACAAGATGGATCAGATGGGAAA 1188 ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 837 GGACAAATCCTCGTGATACGGAAATGCCTTGGGGAACAACAAGATGGATCAGATGGGAAA 896 Query 1189 AGAGTTGGGATTATAAGCCGGCTTAAGTACGTTGATCAACATTTAAGACAACAAAGAGGT 1248 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 897 AGAGTTGGGATAATAAGCCGGCTTAAGTACGTTGATCAACATTTAAGACAGCAAAGAGGT 956 Query 1249 TTTATGCAACCTCAAGCTTGGAGACCTCAACGCGGTCTACCTGAAAACTCTGTTTTGATT 1308 ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 957 TTTATGCAACCTCAAGCGTGGAGGCCTCAACGCGGTCTACCTGAAAACTCTGTTTTGATT 1016 Query 1309 CTCCGTGCTTGGCTCTTTGAGCATTTTCTTCACCCTTACCCAAAGGATTCTGATAAGATC 1368 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1017 CTTCGTGCTTGGCTCTTTGAGCATTTTCTTCACCCTTACCCAAAGGATTCTGATAAGATC 1076 Query 1369 ATGCTAGCAAGACAAACGGGCTTGAGCCGCGGTCAGGTTTCAAACTGGTTCATAAATGCA 1428 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1077 ATGCTAGCAAGACAAACAGGCTTGAGCCGCGGTCAGGTTTCAAACTGGTTTATAAATGCG 1136 Query 1429 CGAGTGCGTTTATGGAAGCCAATGGTGGAGGAGATATACAAGGAGGAATTCACAGAGAAT 1488 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1137 CGAGTGCGTTTATGGAAGCCAATGGTGGAGGAGATATACAAGGAGGAATTCACAGAGAAT 1196 Query 1489 GATTCCAACTCGTCTTCCGAAAATACACCGAAAATGTCTGAGATAGGACCTGTTGCTGCT 1548 ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 1197 GATTCCAACTCTTCTTCCGAAAATACACCAAAAATGTCTGAGATAGGACATGCTGCTGCT 1256 Query 1549 GATGATGAAGATCGAGCTCGAGAGTTTTCACAAGACCAGACCAAACCGGACCATGGACAT 1608 ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1257 GATGATGAAGATCGAGCTCAAGAGCTTTCACAAGACCAGACCAAACTGGACCATGGACAT 1316 Query 1609 GGATATGGCGAGGAAACTCGTGGCATGGTCCAAGGCAGTCATATGGATGGTCGCCGGTTC 1668 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1317 GGATATGGTGAGGAAACTCGTGGCATGGTCCAAGGCAGTCATATGGATGGTCGCCGGTTC 1376 Query 1669 ATGGCAGTTGAGCCTACATATCATGTGGCTGATACGTCAAGATTGGGTCGTGGTGATGTG 1728 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1377 ATGGCAGTTGAGCCTACATATCATGTGGCTGATATGTCAAGATTGGGTCGTGGTGATGTG 1436 Query 1729 TCCTTGACTCTAGGGCTTCAAAACTCTCAAGGACA-GGACAATGTTGTGGCTATGTCTAG 1787 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || Sbjct 1437 TCCTTGACTCTAGGGCTTCAAAACTCTCAAGGACATGGT-AATGTTGTGGCTATGTCCAG 1495 Query 1788 TGAGGCATACA-ACAACTTTTCCGGGGTGGATATTTACGAGAATGCCATCCCGGGAGATG 1846 |||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || Sbjct 1496 TGAGGCGG-CATACAACTTTTCCGGGGTAGATATATACGAGAATGCCATCCCGGGAGCTG 1554 Query 1847 AAATGGAGTATGTAAACCCCGGAAGTCGCCAGAACCGGATAAATTCTTCACAATTGGTAC 1906 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1555 AAATGGAGTATGTAAACCCCGGAAGTCGCCAGAACCGGATTAATTCTTCACAATTGGTAC 1614 Query 1907 ATGATTTTGTAGCTTGAAGAAGTAAGCAATGGAGAGG 1943 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1615 ATGATTTTGTAGCTTGAAGAAGTAAGCAATGGAGAGG 1651 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 79875243765 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5