BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G34830.1
Length=3674
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944415 jgi|Araly1|944415|scaffold_700644.1 5243 0.0
> Ahg944415 jgi|Araly1|944415|scaffold_700644.1
Length=3327
Score = 5243 bits (2839), Expect = 0.0
Identities = 3177/3336 (95%), Gaps = 39/3336 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 12 GTTTTCTCTCTAAGCCTCTCCAATGGAGGTTACCTCCACCACCTTCATCTCCACTACCAG 71
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1 GTTTTCTCTCTAAGCCTCTCCAATGGAGGTTACCTCCACCACCTTCATCTCTACCACCAG 60
Query 72 ATCTTCTAAATACCTTACCTTAACTTCGTACTCTCCGGTGATTCTTCCGGCTTCTACTCT 131
||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATCTTCTAAGTATCTCACCTTGACTTCTTACTCTCCGGTGATTCTTCCGGCTTCTACTCT 120
Query 132 CCGCCGTGATTTTCTTGGTTGTTGTCATAGTCT-C--CGTCCTTCTCCTCATCTTCGAAC 188
||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 121 CCGCCGTGATTTTCTCGGTTGTTGTCATAGTCTCCGACGTCCTTCTCCTCATCTTCGTAC 180
Query 189 TCGCGCCGGGAAACGCAATTCTCGTCGTTCTTCAATTCGATCGCCTCGTTTAGTTGTTAG 248
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCGCGCCGGGAAACGCAATTCTCGTCGCTCTTCAATTCGATCGCCTCGTTTAGTTGTTAG 240
Query 249 AGCTTCTATCGATTCTGGTTTGATTCTTATTGTTGTTGCTGTCACTGCGTTCTCTGCCAT 308
||||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| || || |||||
Sbjct 241 AGCTTCTCTCGATTCTGGTTTGATTCTTGTTATTGTGGCTGTCACTGCCTTTTCCGCCAT 300
Query 309 TGCTTTCGCTTATTGCCAAAGTACTTTCAGGAAGCGGAAATCTTCCGATGAGGTT---GC 365
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||
Sbjct 301 TGCTTTCGCTTACTGCCAAAATACTTTCAGGAAGCGGAAAACTTCCGATGTGGTTGCAGC 360
Query 366 A---AC--G---G-TTCATGGCGGAAAAAAT-AGTGCTGAGAATCGGC-GG---G--AA- 408
| || | | ||| |||||| |||||| ||| |||||||||||| || | ||
Sbjct 361 ATCTACTGGAACGATTCGTGGCGG-AAAAATCAGTACTGAGAATCGGCGGGAAAGTAAAC 419
Query 409 A-TT-CATGGAGATATTCATGAAGGCAATCCTGTGGAAATAAATGTAGGTTTCAGAAAGG 466
| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 420 ATTTAGATGGAGATGTTCATGAAGGCAATCCTGTGGAAATAAATGGAGGTTTCAGAAAGA 479
Query 467 TAGAGGAAGAAAGTGTGAATCTTTTGGAGGAAGAAAAGGCTCATCAAATCCATGAAGTTG 526
| |||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||
Sbjct 480 TGGAGGAACAAAGTGTGAAGCTTTTGGAGGAAGAGGAGACTCATCAAATCCAGGAAATTG 539
Query 527 CTGTGATGGATTATGATTCAGTTTCAGCTGAGGATTCTCAGTTTGCTGTTGCTAGTGTGA 586
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 540 CTGTGATGGAGTATGATTCATTTTCAGCTGAGGAGTCTCAGTTTGCTGTTGCCAGTGTCA 599
Query 587 CCACAGTTGCCACGGCACATACCTTAATAGATGAATCCTTTTCATCTTCTATTGTTAATG 646
||||||| ||| || |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GCACAGTTACCAAGGAACATACTTTAATAGATGAATCCCTTTCATCTTCTATTGTTAATG 659
Query 647 GGTCTGTTGCTTTGGAATCAGCTACCTTTGGAGTAAAAACACCTGAAAAACAAGTTGGAA 706
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | | |||||||| ||
Sbjct 660 GGTCTGTTGCTTTGGAATCAGCTACCTTTAGAGT-TAAA-A-C------ACAAGTTGAAA 710
Query 707 ATAGCGAAGATCAGAAGGGTTTGGAGCATGATTTTTCACAGGCAGTGGTGGGAATTCATT 766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 ATAGCGAAGATCAGAAGGGTTTGGAGCATGATTTTTCTCAGGCAGTGGTGGGAATTCATT 770
Query 767 CGATTGCTTCTCCACAGGTGGTAGATGATACACGTGCTCTAGAGTATGAGTACAATGGTT 826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 771 CGATTGCTTCTCCACAGGTGGTAGATGATACACGTGCTCTAGAGTATGAGTACAATGGTT 830
Query 827 TGCTCCAGAAGCCTCTCGAGTACAGCATCTTTGCCGAGAGTAAGAGAGAAGAGATTCACA 886
||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 TGCTCCAGAAGCCTCTCGAATACAGCGTCTTTGCGGAGAGTAAGAGAGAAGAGATTCACA 890
Query 887 CATTCTATGGGTCTAATCATTCATCAGCCAAGTCATCACGGTTGCCAAGTCTTAAAGCCG 946
| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||| |
Sbjct 891 CTTTTTATGGGTCTAAGCATTCATCAGCCAAGTCTTCAAGGTTACCAAGTCTAAAAGCAG 950
Query 947 TCTCTCCT-GCTGTTACTTCTGCAACTAATAGTTTATTCCTGGACCACAAGAACAATGGA 1005
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 951 TCTCTCCTAG-TGTTACTTCTGCAACTAATAGTTTATTGCTGGACCACAAGAACAATGGA 1009
Query 1006 GTAATTGATACTCAGTTCCCAGGACAGAGTTCTGGTCAGGCTACTGGTGATGTGCAAGAA 1065
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 1010 GTAATTGATACTCAGTTCCCAGGACATAGTTCTGGTCAGGCTACTGCTGATGTTCAAGAA 1069
Query 1066 GAAAACCTTGTGGCACACAGTAACGGTGGTGTATCCCACATTAGGAAAGATGTTAAAGGA 1125
||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1070 GAAAAACTTGTGGCAAACGGTAACGGCGGTGTATCCCACATTAGGAAAGACGTTAAAGGA 1129
Query 1126 GACTGGAAATTTCCAAGTGATGGGAAGCATGTGGGTCACCAAATTGATGAAAGCATGCCC 1185
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1130 GACTGGAAATTTCCAAATGATGGGACGCATGTGGGTCACCAAACTGATGAAAGCATGCCT 1189
Query 1186 CAGTTCCCTGCTCGAAATTTTGAGCTACATAATAGTAATGGACGTTCTCCAGAAACTAGT 1245
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1190 CAGTTCCCTGCTCGAAACTTTGAGCTACATAATAGTAATGGACGTTCTCCAGAAAGTAAT 1249
Query 1246 GATGCTTACAACCGTTTACTTAGAGATGGAAGGATAAAGGATTGCATAAGCTTGCTCGAA 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1250 GATGCTTACAACCGTTTACTTAGAGATGGAAGGATAAAGGATTGCATTAGCTTGCTCGAA 1309
Query 1306 GATTTGGACCAAAGGGATCTATTGGACATGGACAAGATTTATCATGCGAGTTTCTTTAAA 1365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 GATTTGGACCAAAGGGATCTATTGGACATGGACAAGATTTATCATGCGAGTTTCTTTAAA 1369
Query 1366 GCCTGCAAGAAGCAAAGGGCTGTCAAGGAAGCATTTCGCTTTACCAAGTTGATTCTAAAT 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 GCCTGCAAGAAGCAAAGGGCTGTCAAGGAAGCATTTCGCTTTACCAAGTTGATTCTAAAT 1429
Query 1426 CCAACCATGAGCACATTCAATATGTTAATGTCTGTCTGCGCAAGCTCCCAGGACATAGAA 1485
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 CCAACCATGAGCACATTCAATATGTTAATGTCTGTCTGCGCAAGCTCCCAGGACATAGAA 1489
Query 1486 GGAGCTCGGGGAGTGTTACGTCTGGTACAAGAGAGCGGTATGACTGCTGATTGCAAACTT 1545
|||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1490 GGAGCTCGGGGAGTTTTGCGTCTGGTACAAGAGAGTGGTATGACTGCTGATTGCAAACTT 1549
Query 1546 TACACAACTTTAATATCAAGTTGTGCTAAAAGTGGAAAAGTTGATGCAATGTTCGAGGTG 1605
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1550 TACACAACTTTAATATCGAGTTGTGCTAAAAGTGGAAAAGTTGATGCAATGTTCGAGGTG 1609
Query 1606 TTCCACCAGATGTCAAATTCTGGAGTGGAAGCCAATCTTCACACATTTGGTGCACTTATT 1665
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1610 TTCCACCAGATGTCAAATTCTGGAGTGGAAGCCAATCTTCACACATTCGGTGCACTTATT 1669
Query 1666 GATGGCTGTGCTAGAGCTGGACAAGTAGCTAAGGCATTTGGTGCGTATGGAATTTTAAGG 1725
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1670 GATGGCTGTGCTAGAGCTGGACAAGTAGCTAAGGCATTTGGTGCTTATGGAATTTTAAGG 1729
Query 1726 TCTAAGAATGTTAAGCCAGACCGGGTTGTATTCAATGCCCTCATCTCTGCATGTGGTCAA 1785
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 TCTAAGAATGTTAAGCCAGACCGGGTTGTATTCAACGCCCTCATCTCTGCATGTGGTCAA 1789
Query 1786 TCAGGAGCTGTCGACCGTGCTTTTGATGTGTTAGCTGAAATGAAGGCTGAGACGCACCCT 1845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 TCAGGAGCTGTCGACCGTGCTTTTGATGTGTTAGCTGAAATGAAGGCTGAGACGCACCCT 1849
Query 1846 ATAGACCCTGATCATATCTCGATCGGTGCATTGATGAAAGCATGCTGTAATGCTGGTCAG 1905
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 ATAGACCCTGATCATATCACGATCGGTGCATTGATGAAAGCATGCTGTAATGCTGGTCAG 1909
Query 1906 GTCGAACGAGCAAAAGAAGTTTACCAGATGATCCATAAATATGGAATCAGGGGTACTCCA 1965
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1910 GTAGAACGAGCAAAAGAAGTTTACCAGATGATCCATAAATATGGAATCAGGGGTACTCCA 1969
Query 1966 GAAGTGTATACCATTGCTGTGAATAGTTGCAGCAAGTCTGGGGACTGGGATTTTGCGTGT 2025
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1970 GAAGTGTATACCATTGCTGTGAATAGTTGCAGCAAGTCTGGGGACTGGGATTTTGCATGT 2029
Query 2026 AGCATATACAAGGACATGAAAGAAAAAGACGTGACCCCTGACGAGGTGTTTTTTAGTGCA 2085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2030 AGCATATACAAGGACATGAAAGAAAAAGACGTGACCCCTGACGAGGTGTTTTTCAGTGCA 2089
Query 2086 TTGATTGATGTTGCAGGACATGCAAAAATGTTAGACGAGGCTTTTGGCATTCTTCAGGAT 2145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2090 TTGATTGATGTTGCAGGACATGCAAAAATGTTAGACGAGGCTTTTGGCATTCTTCAGGAT 2149
Query 2146 GCAAAATCTCAAGGGATACGTCTTGGAACTATATCATATAGCTCACTGATGGGAGCTTGT 2205
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 GCAAAATCTCAAGGGATACGTCTTGGAACTGTATCATATAGCTCACTGATGGGAGCTTGT 2209
Query 2206 TGTAACGCGAAAGATTGGAAGAAAGCACTGGAGCTCTATGAAAAAATCAAGTCAATCAAA 2265
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2210 TGTAACGCGAAGGATTGGAAGAAAGCACTGGAGCTCTATGAAAAAATCAAGTTAATCAAA 2269
Query 2266 CTTAGACCAACAATTTCAACAATGAATGCCCTTATAACTGCTTTGTGTGAAGGTAATCAA 2325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 CTTAGACCAACAATTTCAACAATGAATGCCCTTATAACTGCTTTGTGTGAAGGTAATCAA 2329
Query 2326 CTGCCCAAGGCTATGGAATATCTTGATGAGATAAAGACTTTAGGGTTAAAACCAAATACT 2385
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 CTGCCCAAGGCTATGGAATATCTCGATGAGATAAAGACTTTAGGGTTAAAACCAAATACT 2389
Query 2386 ATCACTTACTCTATGCTCATGCTGGCAAGTGAGAGAAAGGATGACTTTGAGGTAAGCTTT 2445
|| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2390 ATTACTTACTCAATGCTCATGCTGGCAAGTGAAAGAAAGGATGACTTTGAGGTAAG-TTT 2448
Query 2446 -AAGCTCCTTTCTCAAGCAAAAGGAGATGGAGTATCACCAAACTTGATCATGTGCAGATG 2504
||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2449 CAAGCTTCTTTCTCAAGCAAAAGAAGATGGAATATCACCAAACTTCATCATGTGCAGATG 2508
Query 2505 CATAACCAGCCTATGCAAACGAAGGTTTGAGAAAGCTTGCGCTGGTGGTGAACCTGTTGT 2564
|||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 CATAACCAGCCTGTGTAAGCGAAGGTTTGAGAAAGCTTGCGCTGGTGGTGAACCTGTTGT 2568
Query 2565 GTCCTTCAAATCAGGGCGCCCTCAAATTGAAAATAAATGGACATCAATGGCTTTGATGGT 2624
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2569 GTCCTTCAAATCAGGGCGACCTCAAATTGAAAATAAATGGACATCAATGGCCTTGATGGT 2628
Query 2625 TTACCGCGAGACAATTTCAGGTGGAACGGTTCCTACTACAGAAGTAGTTTCACAAGTTTT 2684
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 TTACCGTGAGACAATTTCAGGTGGAACGGTTCCTACTACAGAAGTAGTTTCACAAGTTTT 2688
Query 2685 GGGGTGCTTGCAACTTCCACATGATGCTGCTTTGCGGGATAGGCTGATTTCGACTTTAGG 2744
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2689 GGGGTGCTTGCAACTTCCACATGATGCTGCTTTGCGGGATAGGCTGATATCGACTTTAGG 2748
Query 2745 CATAAACATTTCTTCACAAAAACAACATAACATATTCCCACTAGTCGATGGATTTGGAGA 2804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2749 CATAAACATTTCTTCACAAAAACAACATAACATATTCCCACTAGTCGATGGATTTGGAGA 2808
Query 2805 GTATGATCCTCGTGCATTTTCACTGCTTGAGGAGGCTACTTCTCTTGGAGTTCTTCCTTC 2864
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2809 GTATGATCCTCGTGCATTTTCACTACTTGAGGAGGCTACTTCTCTTGGAGTTCTTCCTTC 2868
Query 2865 TGTGTCATTCAATAAAATTCCACTATTTTTTGACACGACAGAATTGCCGAAAAACGTTGC 2924
|||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2869 TGTGTCCTTTAATAAAATTCCACTATTTTTTGACACAACAGAATTGCCGAAAAACGTAGC 2928
Query 2925 TGAGGTTTACCTGTTAACCATCTTTAAAGGTCTTAAGCATCGCCTTGCTGCTGGTGCGAA 2984
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2929 TGAGGTTTACCTCTTAACCATCTTTAAAGGTCTTAAGCATCGCCTTGCAGCTGGTGCGAA 2988
Query 2985 GATACCTCACATTAATTTGATCATTTCCATTCAAGAGAAGGAAATTAGGACTCCTGAAGG 3044
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2989 GATACCTCACATTAATTTGATCATTTCCATGGAAGAGAAGGAAATTAGGAGTTCTGAAGG 3048
Query 3045 AGAGAAGACAATTGACCTTACAGGAAGGGTCGGACAGGAAATTGGTGCATTGTTGAGAAG 3104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3049 AGAGAAGACAATTGACCTTACAGGAAGGGTCGGACAGGAAATTGGTGCATTGTTGAGAAG 3108
Query 3105 GTTAGATATACCATATCATAGAAAGGATTCAAGATTAAGAATCAATGGTGTTTCTTTGAA 3164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 GTTAGATATACCATATCATAGAAAGGATTCAAGATTAAGAATCAATGGTGTTTCTTTGAA 3168
Query 3165 GAACTGGTTTCAACCAAAGCTCGATTCGCCATTCTCTGGTGGGAAACCAGGGGATTTAAG 3224
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3169 GAACTGGTTTCAACCAAAGCTGGATTCGCCTTTCTCTGGTGGGAAACCAGGGGATTTAAG 3228
Query 3225 ATCATCGCAAGTACCATTAGGAAACCAAATCAGTCGTCAGCAACGCAGCATTCGACTAGG 3284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3229 ATCATCGCAAGTACCATTAGGAAACCAAATCAGTCGTCAGCAACGCAGCATTCGACTAGG 3288
Query 3285 GAACCTGTCACTTGAGTGAGAAACTGAGAAGGCGTC 3320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3289 GAACCTGTCACTTGAGTGAGAAACTGAGAAGGCGTC 3324
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 138795968731
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5