BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G35800.1
Length=6126
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491060 jgi|Araly1|491060|fgenesh2_kg.7__493__AT4G35800.1 9507 0.0
> Ahg491060 jgi|Araly1|491060|fgenesh2_kg.7__493__AT4G35800.1
Length=5781
Score = 9507 bits (5148), Expect = 0.0
Identities = 5589/5800 (96%), Gaps = 38/5800 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 237 ATGGATACGAGGTTTCCGTTCTCTCCGGCCGAGGTCTCTAAAGTCCGGGTGGTCCAGTTT 296
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATACGAGGTTTCCGTTCTCACCGGCCGAGGTCTCTAAAGTCCGGGTGGTCCAGTTT 60
Query 297 GGCATACTCAGCCCCGATGAGATCAGGCAAATGTCTGTTATACATGTTGAGCATAGTGAG 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GGCATACTCAGCCCCGATGAGATCAGGCAAATGTCTGTTATACATGTTGAGCATAGTGAG 120
Query 357 ACGACCGAGAAGGGTAAACCTAAGGTGGGAGGATTGAGTGATACCCGTCTTGGTACGATT 416
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||| |||
Sbjct 121 ACGACCGAGAAGGGTAAACCTAAGGTTGGAGGGTTGAGTGATATCCGGCTTGGTACCATT 180
Query 417 GATCGGAAGGTGAAGTGTGAGACATGTATGGCTAATATGGCTGAGTGTCCGGGACATTTT 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GATCGGAAGGTGAAGTGTGAGACATGTATGGCTAATATGGCTGAGTGTCCGGGACATTTT 240
Query 477 GGCTATCTTGAGCTCGCTAAGCCAATGTATCATGTCGGTTTTATGAAGACAGTGTTAAGT 536
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 241 GGCCATCTTGAGCTCGCTAAGCCAATGTATCATGTCGGTTTTATGAAGACGGTGTTAAGC 300
Query 537 ATCATGAGATGTGTCTGTTTCAATTGCTCCAAGATTTTAGCTGATGAGG-A-GGA-GCA- 592
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | |
Sbjct 301 ATCATGAGATGTGTCTGCTTCAATTGCTCCAAGATTTTAGCTGATGAGGTATGTAGGAAC 360
Query 593 TAAGTTTAAG-CAGGCTATGAAGATCAAGAATCCTAAGAATAGGCTTAAGAAGATTCTGG 651
| | | | | |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTA-TCT-CGTCAGGCTATGAAGATAAAGAACCCCAAGAATAGGCTTAAGAAGATTCTGG 418
Query 652 ATGCCTGCAAAAACAAGACCAAATGTGATGGTGGTGATGACATTGACGATGTCCA-AAGC 710
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |
Sbjct 419 ATGCCTGTAAAAACAAGACCAAATGTGAAGGTGGTGATGATATTGATGATGTCCAGAA-C 477
Query 711 CACAG-CACGGATGAACCAGTAAAAAAGAGCCGAGGTGGATGTGGTGCACAACAACCAAA 769
|| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 CA-AGACACTGACGAACCAGTAAAAAAGAGCCGAGGTGGATGTGGTGCACAACAACCAAA 536
Query 770 ACTGACTATTGAGGGTATGAAGATGATTGCAGAATACAAAATTCAAAGGAAGAAAAATGA 829
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 537 GCTGACTATTGAGGGTATGAAGATGATTGCAGAATACAAAATTCCAAGGAAGAAAAACGA 596
Query 830 TGAGCCAGATCAGCTTCCCGAGCCTGCAGAAAGGAAACAGACACTTGGTGCTGATAGGGT 889
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 TGAGCCAGACCAGCTTCCGGAGCCTGCAGAAAGGAAACAGACACTTGGTGCTGATAGGGT 656
Query 890 TTTGAGTGTTTTGAAAAGGATTAGTGACGCGGATTGTCAACTCCTAGGTTTCAACCCTAA 949
||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 657 TTTGAGTGTTTTGAAGAGGATTAGTGATGAGGATTGTCAACTCCTAGGGTTCAACCCTAA 716
Query 950 GTTTGCTCGTCCTGACTGGATGATTCTTGAAGTCCTTCCTATTCCTCCACCCCCTGTCAG 1009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 GTTTGCTCGTCCTGACTGGATGATTCTTGAAGTCCTTCCTATTCCTCCACCCCCTGTCAG 776
Query 1010 ACCATCTGTAATGATGGACGCCACTTCCAGGAGTGAGGATGACTTGACCCATCAGCTAGC 1069
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 ACCATCTGTAATGATGGATGCCACTTCCAGAAGTGAGGATGACTTGACCCATCAGCTAGC 836
Query 1070 TATGATTATTCGACACAATGAAAACTTGAAAAGGCAGGaaaaaaaTGGAGCGCCAGCTCA 1129
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 CATGATTATTCGACACAATGAAAACTTGAAAAGGCAGGAAAAAAATGGAGCGCCAGCTCA 896
Query 1130 TATTATATCAGAGTTTACACAACTCTTGCAGTTTCATATAGCTACGTATTTTGATAACGA 1189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 897 TATTATATCAGAGTTTACACAACTCTTGCAGTTTCATATAGCTACATATTTTGATAACGA 956
Query 1190 GTTGCCTGGACAGCCAAGGGCTACTCAGAAATCAGGGAGGCCTATTAAATCAATATGTAG 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 GTTGCCTGGACAGCCAAGGGCTACTCAGAAATCAGGGAGGCCTATTAAATCAATATGTAG 1016
Query 1250 TAGGCTGAAGGCAAAGGAAGGCAGAATCAGGGGTAACTTGATGGGAAAACGTGTTGATTT 1309
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1017 TAGGCTGAAGGCCAAGGAAGGCAGAATCAGGGGTAACTTGATGGGAAAACGAGTTGATTT 1076
Query 1310 CTCGGCACGTACTGTTATTACTCCAGATCCAACAATAAATATTGATGAACTTGGTGTTCC 1369
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CTCGGCACGTACTGTTATTACACCAGATCCAACAATAAATATTGATGAACTTGGTGTTCC 1136
Query 1370 GTGGAGTATTGCTCTGAATCTCACATACCCAGAAACAGTTACTCCCTATAACATTGAAAG 1429
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GTGGAGTATTGCCCTGAATCTCACATACCCAGAAACAGTTACTCCCTATAACATTGAAAG 1196
Query 1430 ATTAAAGGAGCTTGTTGATTATGGACCACATCCTCCACCTGGGAAGACTGGAGCGAAATA 1489
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1197 ATTAAAAGAGCTCGTTGATTATGGACCACATCCTCCACCTGGCAAGACTGGAGCGAAATA 1256
Query 1490 TATCATAAGAGATGATGGCCAAAGACTAGATCTTCGGTATCTTAAGAAGAGCAGTGATCA 1549
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TATCATAAGGGACGATGGCCAAAGACTAGATCTTCGGTACCTTAAGAAGAGCAGTGATCA 1316
Query 1550 ACATTTGGAACTTGGATACAAGGTGGAGCGGCATTTACAGGATGGTGATTTTGTTCTGTT 1609
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 ACATTTGGAACTTGGATACAAAGTGGAGCGGCATTTACAGGATGGTGATTTTGTTCTGTT 1376
Query 1610 TAATCGTCAACCAAGTCTGCACAAAATGTCTATCATGGGTCACAGGATTAGGATTATGCC 1669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 TAATCGTCAACCAAGTCTGCACAAAATGTCTATCATGGGTCACAGGATTAGGATTATGCC 1436
Query 1670 ATATTCCACTTTCCGTCTGAATTTGTCTGTCACGTCTCCGTACAATGCTGATTTTGATGG 1729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 ATATTCCACTTTCCGTCTGAATTTGTCTGTCACGTCTCCGTACAATGCTGATTTTGATGG 1496
Query 1730 GGATGAGATGAACATGCATGTACCACAATCATTCGAGACCAGAGCCGAGGTGTTAGAGCT 1789
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 GGATGAGATGAACATGCATGTACCACAGTCATTCGAGACCAGAGCCGAGGTGTTAGAGCT 1556
Query 1790 GATGATGGTTCCTAAATGTATTGTCTCCCCCCAGGCGAATCGTCCTGTGATGGGAATTGT 1849
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1557 GATGATGGTTCCTAAATGTATTGTCTCCCCCCAGGCGAATCGGCCTGTGATGGGAATTGT 1616
Query 1850 GCAGGATACCCTCTTGGGGTGCCGTAAAATTACAAAGAGAGATACTTTCATAGAGAAGGA 1909
||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1617 GCAGGATACCCTCCTAGGGTGCCGTAAAATCACAAAGAGAGATACCTTCATAGAGAAGGA 1676
Query 1910 TGTATTCATGAACACACTGATGTGGTGGGAAGACTTCGATGGGAAAGTTCCGGCTCCTGC 1969
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TGTATTCATGAATACACTAATGTGGTGGGAAGACTTCGACGGGAAAGTTCCGGCTCCTGC 1736
Query 1970 AATCTTGAAGCCTCGTCCTCTTTGGACTGGCAAACAAGTTTTTAATCTTATCATACCAAA 2029
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 AATTTTGAAGCCTCGTCCTCTTTGGACTGGCAAACAAGTTTTTAATCTTATCATACCAAA 1796
Query 2030 ACAGATAAATCTGTTGAGGTACTCTGCTTGGCACGCAGATACAGAGACTGGATTTATAAC 2089
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1797 ACAGATAAATCTGTTGAGGTATTCTGCTTGGCACGCAGATACAGAGACTGGATTCATAAC 1856
Query 2090 TCCGGGGGATACTCAAGTGCGAATTGAAAGAGGGGAACTTCTTGCCGGAACTCTTTGCAA 2149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 TCCGGGGGATACTCAAGTGCGAATTGAAAGAGGGGAACTTCTTGCCGGAACTCTTTGCAA 1916
Query 2150 AAAGACCCTTGGTACATCTAATGGAAGTCTCGTGCATGTCATTTGGGAAGAGGTTGGTCC 2209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 AAAGACCCTTGGTACATCTAATGGAAGTCTCGTGCATGTCATTTGGGAAGAGGTTGGTCC 1976
Query 2210 TGATGCAGCTAGAAAATTCCTCGGTCATACTCAATGGCTTGTCAATTACTGGCTTCTGCA 2269
||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TGATGCAGCAAGGAAATTCCTCGGCCATACTCAATGGCTTGTCAATTACTGGCTTCTGCA 2036
Query 2270 GAATGGTTTTACCATCGGAATTGGTGACACAATTGCCGATTCATCAACAATGGAGAAAAT 2329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 GAATGGTTTTACCATCGGAATTGGTGACACAATTGCCGATTCATCAACAATGGAGAAAAT 2096
Query 2330 TAATGAAACTATTTCCAATGCAAAAACTGCTGTGAAAGATCTTATCCGGCAGTTCCAGGG 2389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2097 TAATGAAACTATTTCCAATGCAAAAACTGCTGTGAAAGATCTTATCCGGCAGTTCCA-GG 2155
Query 2390 AAAGGAA-TTGGACCCTGAGCCTGGCCGAACTATGAGAGATACATTTGAGAACAGGGTTA 2448
||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2156 AAAAGAAGTTGGACCCTGAGCCTGGCCGAACTATGACTGAGACATTTGAGAACAGGGTTA 2215
Query 2449 ACCAGGTTTTGAATAAAGCTCGTGATGATGCTGGAAGTAGTGCTCAAAAGAGTTTAGCAG 2508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 ACCAGGTTTTGAATAAAGCTCGTGATGATGCTGGAAGTAGTGCTCAAAAGAGTTTAGCAG 2275
Query 2509 AAACCAATAACCTTAAGGCCATGGTGACAGCAGGATCCAAAGGAAGTTTCATCAATATTT 2568
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 AAACCAATAACCTTAAGGCCATGGTGACAGCAGGATCCAAAGGAAGTTTCATCAATATTT 2335
Query 2569 CTCAAATGACAGCGTGTGTCGGTCAGCAAAATGTTGAAGGGAAGCGAATTCCATTTGGAT 2628
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2336 CTCAAATGACAGCGTGTGTCGGTCAGCAAAATGTTGAAGGGAAGCGAATTCCCTTTGGAT 2395
Query 2629 TTGATGGGCGGACATTGCCACATTTCACCAAAGATGATTATGGTCCTGAAAGTCGTGGTT 2688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 TTGATGGGCGGACATTGCCACATTTCACCAAAGATGATTATGGTCCTGAAAGTCGTGGTT 2455
Query 2689 TTGTTGAGAATTCGTACCTGCGTGGCTTGACTCCTCAAGAGTTCTTTTTCCATGCTATGG 2748
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2456 TTGTTGAGAATTCGTACCTGCGTGGGTTGACTCCTCAAGAGTTCTTTTTCCATGCCATGG 2515
Query 2749 GAGGACGAGAAGGTCTTATTGATACTGCTGTGAAGACATCAGAAACTGGATACATTCAGA 2808
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 GAGGAAGAGAAGGTCTTATTGATACTGCTGTGAAGACATCAGAAACTGGATACATTCAGA 2575
Query 2809 GGCGATTGGTAAAGGCTATGGAGGATATTATGGTTAAGTATGATGGGACAGTCAGAAACT 2868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 GGCGATTGGTAAAGGCTATGGAGGATATTATGGTTAAGTATGATGGGACAGTCAGAAACT 2635
Query 2869 CTTTGGGTGATGTTATTCAATTTCTCTATGGAGAAGATGGTATGGATGCTGTATGGATAG 2928
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 CTTTGGGTGATGTTATTCAGTTTCTCTATGGAGAAGATGGTATGGATGCTGTATGGATAG 2695
Query 2929 AATCACAGAAGCTGGATTCCTTGAAAATGAAGAAATCAGAGTTTGATAGGACTTTTAAGT 2988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 AATCACAGAAGCTGGATTCCTTGAAAATGAAGAAATCAGAGTTTGATAGGACTTTTAAGT 2755
Query 2989 ATGAGATTGACGACGAAAACTGGAATCCTACTTACCTAAGTGATGAACATCTTGAAGACT 3048
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2756 ATGAGATTGACGACGAAAACTGGAATCCTACATACCTAAGTGATGAACATCTCGAGGACT 2815
Query 3049 TGAAGGGGATTCGGGAGTTGCGTGATGTATTCGATGCGGAATATTCGAAACTTGAGACTG 3108
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2816 TGAAGGGGATTCGGGAGTTGCGTGATGTATTTGATGCAGAGTATTCGAAACTTGAGACTG 2875
Query 3109 ACAGATTCCAACTCGGGACAGAAATTGCAACAAATGGTGATAGCACTTGGCCATTGCCTG 3168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 ACAGATTCCAACTCGGGACAGAAATTGCAACAAATGGTGATAGCACTTGGCCATTGCCTG 2935
Query 3169 TTAACATCAAGAGGCATATCTGGAATGCGCAGAAGACTTTCAAAATTGACTTGCGCAAAA 3228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 TTAACATCAAGAGGCATATCTGGAATGCGCAGAAGACTTTCAAAATTGACTTGCGCAAAA 2995
Query 3229 TTTCAGATATGCACCCTGTTGAAATTGTTGATGCTGTTGATAAACTACAGGAGAGGCTGT 3288
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2996 TTTCGGATATGCACCCTGTTGAAATTGTTGATGCTGTTGATAAACTACAGGAGAGGCTGC 3055
Query 3289 TGGTTGTTCCTGGTGATGATGCGTTGAGTGTGGAAGCACAGAAAAACGCAACATTGTTCT 3348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3056 TGGTTGTTCCTGGTGATGATGCGTTGAGTGTGGAAGCACAGAAAAACGCAACATTGTTCT 3115
Query 3349 TTAACATTTTGCTTCGCAGCACTCTTGCTAGTAAAAGAGTGTTGGAAGAATACAAGCTCA 3408
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 3116 TTAACATTTTGCTTCGCAGCACTCTTGCTAGTAAAAGAGTTTTGGAAGAATACAAGCTTA 3175
Query 3409 GCCGCGAGGCTTTTGAGTGGGTCATTGGTGAGATTGAATCAAGGTTTTTACAATCGCTAG 3468
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 3176 GCCGCGAGGCTTTTGAGTGGGTCATTGGTGAGATCGAATCGAGGTTTTTACAATCTTTAG 3235
Query 3469 TGGCCCCAGGGGAAATGATCGGTTGTGTTGCTGCTCAATCAATTGGAGAACCTGCTACGC 3528
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3236 TGGCCCCTGGGGAAATGATCGGTTGTGTTGCTGCTCAATCAATTGGAGAACCTGCTACGC 3295
Query 3529 AGATGACTCTGAATACCTTCCATTATGCTGGTGTCAGTGCAAAGAACGTTACGCTCGGAG 3588
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 3296 AGATGACTCTGAACACCTTCCATTATGCTGGTGTTAGTGCAAAGAACGTTACACTTGGAG 3355
Query 3589 TTCCCAGGTTGCGTGAAATTATTAATGTAGCTAAGAGGATCAAAACACCATCCCTATCAG 3648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3356 TTCCCAGGTTGCGTGAAATTATTAATGTAGCTAAGAGGATCAAAACACCATCCCTATCAG 3415
Query 3649 TCTATCTCACTCCGGAAGCTAGCAAATCAAAAGAGGGGGCTAAGACTGTTCAGTGTGCTT 3708
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3416 TCTATCTCACTCCGGAAGCTAGCAAATCAAAAGAGGGGGCCAAGACTGTTCAGTGTGCTT 3475
Query 3709 TGGAGTATACTACTCTCAGGAGTGTTACTCAAGCTACGGAAGTCTGGTATGACCCAGATC 3768
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3476 TGGAGTATACTACTCTGAGGAGTGTCACTCAAGCTACGGAAGTCTGGTATGACCCAGATC 3535
Query 3769 CAATGAGTACAATAATTGAAGAGGACTTTGAATTTGTGAGGTCCTACTATGAAATGCCAG 3828
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3536 CAATGAGTACTATAATTGAAGAGGACTTTGAATTTGTGAGGTCCTACTATGAGATGCCAG 3595
Query 3829 ATGAAGATGTTTCCCCAGATAAGATATCTCCGTGGCTACTTCGTATAGAGTTGAATCGCG 3888
||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3596 ATGAAGATGTTTCTCCAGATAAAATATCTCCTTGGCTACTTCGTATAGAGTTGAATCGTG 3655
Query 3889 AGATGATGGTTGATAAGAAATTGAGTATGGCGGATATTGCGGAGAAGATCAACCTTGAGT 3948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3656 AGATGATGGTTGATAAGAAATTGAGTATGGCGGATATTGCGGAGAAGATCAACCTTGAGT 3715
Query 3949 TCGATGATGACCTAACTTGCATATTCAATGATGATAATGCTCAAAAACTGATCCTTCGAA 4008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3716 TCGATGATGACCTAACTTGCATATTCAATGATGATAATGCTCAAAAACTGATCCTTCGAA 3775
Query 4009 TTCGCATTATGAACGATGAGGGCCCAAAGGGAGAGTTGCAAGATGAATCGGCTGAAGATG 4068
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 3776 TTCGCATTATGAACGATGAGGGCCCAAAGGGAGAGTTGCAAGATGAGTCGGCTGAGGATG 3835
Query 4069 ATGTTTTCCTCAAAAAGATTGAGAGCAACATGCTGACAGAAATGGCACTCAGAGGTATTC 4128
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3836 ATGTTTTCCTTAAAAAGATTGAGAGCAACATGCTGACAGAAATGGCGCTCAGAGGTATTC 3895
Query 4129 CAGACATCAACAAGGTTTTTATAAAACAGGTTAG-AAAGAGCAGGTTTGATGAGGAGGGA 4187
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3896 CAGACATCAACAAGGTTTTTATTAAACAGGTTAGGAAA-AGCAGGTTTGATGAGGAGGGA 3954
Query 4188 GGCTTCAAGACATCTGAGGAGTGGATGTTGGATACAGAAGGTGTGAACCTCTTAGCTGTC 4247
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 3955 GGTTTCAAGACATCTGAGGAGTGGATGTTGGATACAGAAGGTGTTAATCTCTTAGCTGTT 4014
Query 4248 ATGTGTCACGAAGATGTGGATCCAAAGAGGACAACAAGCAATCACTTGATTGAAATTATT 4307
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4015 ATGTGCCACGAAGATGTGGATCCAAAGAGAACAACAAGCAATCACTTGATTGAAATTATT 4074
Query 4308 GAAGTTCTCGGAATTGAGGCAGTTCGTCGTGCTTTGCTTG-ATGAACTCCGTGTTGTGAT 4366
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4075 GAAGTTCTCGGAATTGAGGCAGTTCGTCGTGCTTTG-TTGGATGAACTCCGTGTTGTGAT 4133
Query 4367 ATCCTTTGATGGTTCTTATGTGAATTACCGTCATCTTGCCATCTTGTGTGATACTATGAC 4426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4134 ATCCTTTGATGGTTCTTATGTGAATTACCGTCATCTTGCCATCTTGTGTGATACTATGAC 4193
Query 4427 CTATCGCGGTCATCTGATGGCTATCACTCGACACGGTATCAATAGAAATGACACTGGGCC 4486
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4194 CTATCGCGGTCATCTGATGGCTATCACTCGACATGGTATCAATAGAAATGACACTGGGCC 4253
Query 4487 TCTGATGAGATGCTCTTTTGAAGAAACAGTTGATATTCTGCTAGATGCTGCGGCTTATGC 4546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4254 TCTGATGAGATGCTCTTTTGAAGAAACAGTTGATATTCTGCTAGATGCTGCGGCTTATGC 4313
Query 4547 TGAGACAGACTGCTTACGGGGTGTTACTGAGAATATAATGTTGGGTCAACTTGCACCAAT 4606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4314 TGAGACAGACTGCTTACGGGGTGTTACTGAGAATATAATGTTGGGTCAACTTGCACCAAT 4373
Query 4607 TGGGACAGGAGATTGTGAGTTGTATCTGAATGATGAGATGCTGAAGAATGCAATTGAACT 4666
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4374 TGGGACAGGAGATTGTGAATTGTATCTGAATGATGAGATGCTGAAGAATGCAATTGAACT 4433
Query 4667 TCAGCTCCCTAGCTATATGGATGGTCTTGAATTTGGAATGACTCCTGCTCGTTCACCAGT 4726
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4434 TCAGCTCCCTAGCTATATGGATGGTCTGGAATTTGGAATGACTCCTGCTCGTTCACCAGT 4493
Query 4727 GTCAGGCACTCCTTACCATGAAGGCATGATGTCTCCAAACTACCTGTTAAGTCCAAATAT 4786
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4494 GTCAGGCACTCCTTACCATGAAGGCATGATGTCTCCGAACTACCTGTTAAGTCCAAATAT 4553
Query 4787 GCGTTTATCCCCAATGTCAGATGCACAGTTTTCTCCATATGTTGGTGGAATGGCCTTTTC 4846
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4554 GCGTTTGTCGCCAATGTCAGATGCACAGTTTTCTCCATATGTTGGTGGAATGGCCTTTTC 4613
Query 4847 GCCTTCTTCTTCTCCAGGATATAGTCCATCATCGCCTGGATACAGTCCTACTTCTCCCGG 4906
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4614 GCCTTCTTCTTCTCCAGGCTATAGCCCATCATCCCCTGGATACAGTCCTACTTCTCCCGG 4673
Query 4907 TTACAGTCCAACTTCGCCTGGATATAGCCCGACTTCTCCCGGTTACAGTCCAACTTCGCC 4966
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4674 TTACAGTCCCACTTCACCTGGATATAGCCCGACTTCTCCCGGTTATAGTCCAACTTCGCC 4733
Query 4967 TACCTACAGTCCCAGTTCTCCTGGCTATAGCCCAACAAGCCCTGCTTATTCTCCTACAAG 5026
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4734 TACCTACAGTCCCAGTTCTCCTGGCTATAGCCCAACAAGCCCTGCTTATTCTCCTACAAG 4793
Query 5027 TCCTTCCTATTCTCCTACCTCTCCGAGCTACAGCCCAACGTCTCCAAGCTATAGCCCAAC 5086
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4794 TCCTTCCTATTCTCCTACGTCTCCGAGCTATAGCCCTACGTCTCCAAGCTATAGCCCTAC 4853
Query 5087 GTCGCCAAGCTACAGCCCGACATCTCCGAGCTACAGTCCTACTTCCCCAAGTTACAGCCC 5146
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4854 GTCGCCAAGCTACAGCCCTACATCTCCAAGCTACAGTCCTACGTCCCCAAGTTACAGCCC 4913
Query 5147 GACTTCGCCTGCTTACAGCCCGACTTCACCTGCTTACAGCCCAACTTCACCAGCATACAG 5206
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4914 GACTTCGCCTGCTTACAGCCCGACTTCACCTGCATATAGCCCGACTTCACCAGCATACAG 4973
Query 5207 CCCAACCTCTCCTTCTTACAGCCCAACTTCACCTTCTTACAGCCCAACATCGCCTTCTTA 5266
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4974 CCCAACCTCTCCTTCTTACAGCCCAACTTCACCATCTTACAGCCCAACATCGCCTTCTTA 5033
Query 5267 CAGCCCTACTTCACCATCTTACAG-CCCAACATCTCCGTCTTACAGCCCTACTTCACCCG 5325
|||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5034 CAGCCCTACTTCACCATCATACAGTCCCA-CATCACCGTCTTACAGTCCTACTTCACCCG 5092
Query 5326 CATATAGCCCCACATCTCCTGGCTACAGCCCTACTTCACCAAGTTACAGTCCAACATCAC 5385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5093 CATATAGCCCCACATCTCCTGGCTACAGCCCTACTTCACCAAGTTACAGTCCAACATCAC 5152
Query 5386 CAAGCTACGGTCCTACGTCTCCAAGCTACAACCCTCAGTCTGCTAAATATAGCCCATCTA 5445
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5153 CAAGCTATGGTCCTACGTCTCCAAGCTACAACCCTCAGTCTGCCAAATATAGCCCATCTA 5212
Query 5446 TAGCTTACTCTCCTAGCAATGCAAGACTATCACCAGCTAGCCCCTACAGTCCTACATCTC 5505
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5213 TAGCTTACTCTCCTAGTAATGCGAGACTATCACCAGCTAGCCCCTACAGTCCTACGTCTC 5272
Query 5506 CCAACTACAGCCCGACATCTCCATCATACTCACCCACATCTCCATCTTATTCACCTTCAA 5565
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5273 CGAACTACAGCCCGACATCACCATCATACTCACCCACATCTCCATCTTATTCACCTTCAA 5332
Query 5566 GTCCAACATACAGTCCCAGCAGCCCATACAGCTCAGGAGCAAGCCCAGACTACAGCCCAA 5625
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5333 GTCCAACATACAGTCCCAGCAGCCCGTACAGCTCAGGAGCAAGCCCTGACTACAGCCCAA 5392
Query 5626 GCGCAGGCTACTCGCCAACACTTCCCGGTTATTCACCGTCATCAACGGGTCAGTATACCC 5685
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 5393 GCGCAGGCTACTCGCCGACACTTCCCGGTTATTCACCGTCATCTACGGGTCAGTATACTC 5452
Query 5686 CACATGAGGGCGATAAAAAGGACAAGACTGGaaaaaaaGATGCCAGTAAGGATGATAAAG 5745
||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 5453 CACATGAGGGCGAGAAAAATGCCAAGACTGGAAAA---GATGTCAGTAAGGATGGTAAAA 5509
Query 5746 GCAACCCTTGAAAGAGAGTGAG-AAT-T--G-GCAATCCATGTTTTAGGTCATGATTTAA 5800
|||||||||||||||||| ||| ||| | | | || || | ||| ||| ||| ||
Sbjct 5510 GCAACCCTTGAAAGAGAGAGAGGAATATCTGTGTAACCC--GC---AGGGCATAATTCAA 5564
Query 5801 GAGACAGTGAAAGCTGAGAAAAGGAAGGGACCGTTTCAAAGTGATCTTCTGTGGATAACT 5860
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5565 GAGTCAGTGAAAGCTGAGAAA-GGAAGGGACCGTTTCAAAGTGATCTTCTGTGGATAACT 5623
Query 5861 TTGTGAACA-AGGTTTTCTTAATAGATCCTTTTTTCGTGAGTTGTATATTATTCCAAACT 5919
|||||| || ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 5624 TTGTGA-CAGAGGCTTTCTTAGTAGATCCTTTTTT-GTGAGTTGTGTATTATTCTAAACT 5681
Query 5920 GATCCATAAATCCATCCAATCCTCATCCCCCAAAAAGAAAATAGTATAAACATAGAAAAA 5979
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 5682 GATCCATAAAGCCATCCAATCCTCATCCCCCAAAAAGAAAATAGTATAAGCAAAGAAAAA 5741
Query 5980 CGAAAACATATCAGA--CTTTGGGCTTTTCGTATGGTTTA 6017
| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5742 CAAAAACATCTCATAAACTTTGGGCTTTTCGTATGGTTTA 5781
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 232113137727
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5