BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G35830.1 Length=3214 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg944295 jgi|Araly1|944295|scaffold_700524.1 1908 0.0 Ahg942660 jgi|Araly1|942660|scaffold_603204.1 294 2e-78 > Ahg944295 jgi|Araly1|944295|scaffold_700524.1 Length=2650 Score = 1908 bits (1033), Expect = 0.0 Identities = 1203/1277 (94%), Gaps = 43/1277 (3%) Strand=Plus/Plus Query 1282 GACTGGCATTCTTGCTTGGACAATAGAGTAGGATTCAAGG---G-TTTCGCTGTACCTAA 1337 ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||| Sbjct 1160 GACTGACATTCGTGCTTGGATAATAGAGTGGGATTCAAGGTTAGATTTTGCTGTACCTAA 1219 Query 1338 AGAAGCACAGAGTAAGGCTGTAGAGTTCAATTTTAACGGGACCACAGCACAGCTTAGACA 1397 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1220 AGAAGCACAGAGTAAGGCTGTAGAGTTCAATTTTAACGGGACCACAGCACAGCTTAGACA 1279 Query 1398 TGGAGATGTTGTTATAGCAGCAATCACCAGTTGCACAAATACTTCAAACCCTAGTGTAAT 1457 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1280 TGGAGATGTTGTTATAGCAGCAATCACCAGTTGCACAAATACCTCGAACCCTAGTGTAAT 1339 Query 1458 GCTTGGCGCTGCCTTAGTTGCAAAAAAGGCCTGCGACCTAGGACTGGAGGTTAAGCCATG 1517 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1340 GCTTGGCGCTGCCTTGGTTGCAAAAAAGGCCTGCGAACTAGGACTGGAGGTTAAGCCATG 1399 Query 1518 GATCAAAACTAGTCTTGCTCCAGGCTCTGGAGTTGTAACAAAGTACTTGGCAAAGAGTGG 1577 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1400 GATTAAAACTAGTCTTGCTCCAGGCTCTGGAGTTGTAACAAAGTACTTGGCAAAGAGTGG 1459 Query 1578 CTTGCAGAAGTACTTGAATCAGCTCGGCTTCAGTATCGTTGGTTATGGGTGCACCACATG 1637 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| Sbjct 1460 CTTGCAGAAGTACTTGAATCAGCTCGGCTTCAGTATAGTTGGTTATGGGTGTACCACATG 1519 Query 1638 CATTGGAAACTCGGGGGATATCCATGAAGCTGTGGCTTCAGCAATAGTTGATAATGACTT 1697 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1520 CATTGGAAACTCAGGGGATATCCATGAAGCTGTGGCTTCAGCAATAGTTGATAATGACTT 1579 Query 1698 GGTGGCATCCGCTGTGTTGTCTGGGAACAGAAATTTTGAGGGACGTGTTCACCCGTTAAC 1757 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1580 GGTGGCATCCGCTGTGTTGTCCGGGAACAGAAATTTTGAGGGACGTGTTCACCCGTTAAC 1639 Query 1758 AAGAGCTAACTATCTAGCTTCCCCACCGCTTGTTGTAGCCTATGCTCTGGCTGGAACTGT 1817 ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || Sbjct 1640 AAGGGCTAACTATCTAGCTTCCCCGCCGCTTGTTGTAGCCTATGCTTTGGCTGGAACGGT 1699 Query 1818 TGACATTGATTTTGAGACACAGCCCATTGGAACTGGGAAAGATGGAAAACAGATATTTTT 1877 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1700 TGACATTGATTTTGAGACACAGCCCATTGGAACTGGGAAAGATGGCAAACAGATATTTTT 1759 Query 1878 CAGGGACATTTGGCCCTCTAACAAAGAAGTTGCTGAGGT---T------G--TT---CAA 1923 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||| Sbjct 1760 CAGGGACATCTGGCCCTCTAACAAAGAAGTTGCTGAGGTAAATATATATGGGTTGTTCAA 1819 Query 1924 TCTAGTGTCCTTCCTGATATGTTCAAAGCTACATATGAAGCAATCACCAAAGGAAATTCC 1983 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1820 TCTAGTGTCCTTCCTGATATGTTCAAAGCTACATATGAAGCAATCACCAAAGGAAATTCC 1879 Query 1984 ATGTGGAATCAGTTATCTGTGGCGTCAGGTACTCTCTATGAGTGGGACCCGAAATCAACT 2043 || ||| | | | || | | | | |||||||||||||||||||| Sbjct 1880 AT-TGGGA-C------C-----CGA-A---A-T-T----GAGTGGGACCCGAAATCAACA 1916 Query 2044 TACATTCACGAGCCGCCTTATTTCAAGGGCATGACCATGTCTCCACCCGGTCCACATGGT 2103 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1917 TACATTCACGAGCCACCTTATTTCAAGGGCATGACCATGTCACCACCCGGTCCACATGGT 1976 Query 2104 GTGAAAGACGCATACTGTTTACTCAATTTTGGAGACAGTATTACCACTGATCACATCTCA 2163 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1977 GTGAAAGACGCATACTGTTTACTCAATTTTGGAGACAGTATTACCACTGATCACATCTCA 2036 Query 2164 CCAGCTGGTAGCATCCACAAGGACAGTCCTGCGGCTAAGTACTTGATGGAACGAGGTGTG 2223 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2037 CCAGCTGGTAGCATCCACAAGGACAGTCCGGCGGCTAAGTACTTGATGGAACGAGGTGTG 2096 Query 2224 GATAGAAGAGACTTCAACTCATACGGGAGTCGCCGTGGTAATGATGAGATTATGGCGAGA 2283 || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2097 GACAGAAGAGACTTCAACTCTTACGGGAGTCGCCGTGGTAATGATGAGATTATGGCAAGA 2156 Query 2284 GGCACTTTTGCAAATATCCGTATTGTCAACAAACACTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAA 2343 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2157 GGCACTTTTGCAAATATCCGTATTGTCAACAAACACTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAA 2216 Query 2344 ACAGTTCACATTCCCACTGGAGAGAAGCTTTCTGT-TTTCGATGCTGCCATGAAATATAG 2402 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || Sbjct 2217 ACAGTTCACATTCCCACAGGAGAGAAGCTTTCTGTCTTT-GATGCTGCCATGAAATACAG 2275 Query 2403 GAACGAGGGACGCGACACAATCATTTTGGCTGGTGCTGAATACGGTAGTGGAAGTTCTCG 2462 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2276 GAACGAGGGACGCGACACAATCATTTTGGCTGGTGCTGAATACGGTAGTGGAAGTTCTCG 2335 Query 2463 TGATTGGGCTGCCAAGGGTCCAATGCTTCTGGGTGTGAAAGCTGTGATTTCAAAGAGCTT 2522 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2336 TGATTGGGCTGCCAAGGGTCCAATGCTTCTGGGTGTGAAAGCTGTGATTTCAAAGAGCTT 2395 Query 2523 CGAGCGAATTCACCGAA 2539 ||||||||||||||||| Sbjct 2396 CGAGCGAATTCACCGAA 2412 Score = 1840 bits (996), Expect = 0.0 Identities = 1118/1172 (95%), Gaps = 27/1172 (2%) Strand=Plus/Plus Query 88 CTCGACTTGTATCTATCATCCATGGCTTCCGAGAATCCTTTCCGAAGCATATTGAAGGCG 147 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 CTCGACTTGTATC-ATCATCCATGGCTTCCGAGAATCCTTTCCGAAGCATATTGAAGGCG 59 Query 148 TTAGAGAAGCCTGATGGTGGTGAATTCGGTAACTACTACAGCTTACCTGCTTTGAACGAT 207 |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 60 TTAGAGAAGCCTGATGGTGGCGATTTCGGTAACTACTACAGCTTGCCTGCTTTGAACGAT 119 Query 208 CCCAGGATC-----G---ATAAACTACCTTATTCCATTAGGATACTTCTTGAATCGGCCA 259 ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 CCCAGGATCGGTGAGTTTATAAACTACCTTATTCCATTAGGATACTTCTTGAATCGGCCA 179 Query 260 TACGTAACTGTGATGAGTTCCAAGTTAAGAGCAAAGATGTTGAGAAGATTCTTGATTGGG 319 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 TACGTAACTGTGATGAGTTTCAAGTTAAGAGCAAAGATGTTGAGAAGATTCTTGATTGGG 239 Query 320 AGAATACTTCTCCCAAGCAGGTTGAGATTCCGTTCAAGCCTGCTCGGGTTCTTCTTCA-G 378 ||||||| | | || | | ||||||||||| |||||||||||||||||||| | Sbjct 240 AGAATAC-T-T----AG-A-----A-ATTCCGTTCAAACCTGCTCGGGTTCTTCTTCAGG 286 Query 379 ----GACTTTACTGGTGTTCCTGCTGTTGTTGATCTTGCTTGCATGAGAGATGCCATGAA 434 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 287 TACCGACTTTACTGGTGTCCCTGCTGTTGTTGATCTTGCTTGCATGAGAGATGCCATGAA 346 Query 435 TAATCTCGGTGGTGATTCTAATAAAATTAATCCGCTGGTCCCTGTAGATCTTGTCATTGA 494 |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 347 TAATCTCGGTGGGGATTCTAATAAGATTAACCCGCTGGTCCCTGTAGATCTTGTCATTGA 406 Query 495 TCACTCCGTTCAGGTGGATGTGGCGAGATCAGAGAACGCAGTGCAGGCAAACATGGAGCT 554 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 407 TCACTCCGTTCAGGTTGATGTGGCGAGATCAGAGAACGCAGTGCAGGCAAACATGGAGCT 466 Query 555 TGAGTTCCAGCGTAACAAGGAAAGATTTGCTTTTCTTAAGTGGGGATCCAACGCCTTTCA 614 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 467 TGAGTTCCAGCGCAACAAGGAAAGATTTGCTTTTCTTAAGTGGGGATCCAATGCCTTTCA 526 Query 615 CAACATGCTTGTCGTACCTCCTGGATCTGGAATAGTTCATCAAGTCAACCTAGAATACCT 674 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 527 CAACATGCTTGTCGTACCTCCTGGATCTGGAATAGTTCATCAAGTCAACCTAGAATACCT 586 Query 675 TGCCAGAGTTGTTTTCAACACAAATGGACTTCTTTACCCAGACAGTGTTGTTGGCACAGA 734 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 587 TGCCAGAGTTGTTTTCAACACAAATGGACTTCTTTACCCAGACAGTGTTGTTGGCACAGA 646 Query 735 CTCTCACACCACTATGATTGATGGACTGGGTGTTGCTGGATGGGGAGTTGGCGGTATAGA 794 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 647 CTCTCACACCACTATGATTGATGGACTGGGTGTTGCTGGATGGGGAGTTGGCGGTATAGA 706 Query 795 AGCGGAAGCTACCATGCTTGGTCAGCCAATGAGCATGGTCCTACCCGGTGTTGTGGGTTT 854 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 707 AGCGGAAGCTACCATGCTTGGTCAGCCAATGAGCATGGTCCTGCCCGGTGTTGTGGGTTT 766 Query 855 CAAGCTAACGGGAAAGTTAAGAGATGGAATGACAGCTACTGATTTGGTCTTAACAGTGAC 914 ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 767 CAAGCTAACAGGAAAACTAAGAGATGGAATGACAGCTACTGATTTGGTCTTAACAGTGAC 826 Query 915 TCAGATGTTGAGGAAACATGGAGTAGTTGGAAAGTTTGTTGAATTCCACGGGGAAGGGAT 974 ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 827 TCAAATGCTGAGGAAACATGGAGTAGTTGGAAAGTTTGTTGAATTCCACGGGGAAGGGAT 886 Query 975 GAGAGAATTGTCTTTAGCTGACCGTGCTACAATTGCCAATATGTCTCCTGAGTACGGTGC 1034 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 887 GAGAGAATTGTCTTTAGCTGATCGTGCTACAATTGCCAATATGTCTCCTGAGTACGGTGC 946 Query 1035 GACCATGGGATTCTTCCCAGTCGATCATGTCACTTTGCAGTATCTAAGGTTGACAGGCAG 1094 |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 947 AACCATGGGATTCTTCCCAGTTGACCATGTCACGTTGCAGTATCTAAGGTTGACAGGCAG 1006 Query 1095 GAGCGATGACACTGTCTCCATGATAGAGGCGTATTTACGAGCAAACAAGATGTTTGTGGA 1154 ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1007 GAGCGATGACACTATCTCTATGATAGAGGCGTATTTACGAGCAAACAAGATGTTTGTGGA 1066 Query 1155 TTACAGTGAGCCGGAGAGTAAGACAGTTTATTCCTCATGTCTGGAATTGAATCTCGAGGA 1214 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1067 TTACAGTGAGCCAGAGAGTAAGACAGTTTATTCCTCATGTCTGGAATTGAATCTGGAGGA 1126 Query 1215 TGTGGAACCTTGTGTTTCTGGTCCCAAGAGGC 1246 |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1127 TGTGGAACCTTGTGTTTCTGGTCCCAAGAGGC 1158 Score = 361 bits (195), Expect = 2e-98 Identities = 227/242 (94%), Gaps = 3/242 (1%) Strand=Plus/Plus Query 2587 GAAGATGCTGAGACCCTTGGCCTAACGGGTCAGGAGCTTTACACCATTGAGCTCCCAAAC 2646 ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2410 GAA-ATGCTGAGACACTAGGCCTAACGGGTCAGGAGCTTTACACCATTGATCTCCCAAAC 2468 Query 2647 AATGTTAGTGAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACAGTCGTCACAAACAATGGCAAATCT 2706 | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| Sbjct 2469 ACTGTTAGTAAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACAGTCATCACAAACAATGGGAAATCT 2528 Query 2707 TTCACATGTACACTCCGATTTGACACAGAGGTGGAGTTGGCTTATTTCGATCACGGAGGG 2766 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2529 TTCACATGTACACTCCGATTCGACACAGAGGTGGAGTTGGCTTATTTTGATCACGGAGGT 2588 Query 2767 ATTTTGCAATACGTTATCAGGAACTTGATCAAACAATAAATCTGGTAA-C-ACCAGAGAC 2824 || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| Sbjct 2589 ATATTGCAGTACGTTATCAGGAACTTGATCAAACAATAAATCTGGTAAGCCACCAGAGAC 2648 Query 2825 TT 2826 || Sbjct 2649 TT 2650 > Ahg942660 jgi|Araly1|942660|scaffold_603204.1 Length=231 Score = 294 bits (159), Expect = 2e-78 Identities = 177/186 (95%), Gaps = 0/186 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2536 CGAAGCAATTTGGTGGGAATGGGAATCATACCTTTGTGCTTCAAGGCGGGAGAAGATGCT 2595 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| Sbjct 3 CGAAGCAATTTGGTGGGAATGGGAATCATACCTTTGTGCTTCAAGACAGGAGAAGATGCC 62 Query 2596 GAGACCCTTGGCCTAACGGGTCAGGAGCTTTACACCATTGAGCTCCCAAACAATGTTAGT 2655 ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| Sbjct 63 GAGACACTAGGCCTGACGGGTCAGGAGCTTTACACCATTGATCTCCCAAACAGTGTTAGT 122 Query 2656 GAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACAGTCGTCACAAACAATGGCAAATCTTTCACATGT 2715 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 123 GAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACAGTCATCACAAACAATGGCAAATCTTTCACATGT 182 Query 2716 ACACTC 2721 |||||| Sbjct 183 ACACTC 188 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 121431701060 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5