BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G36195.1 Length=1700 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg491014 jgi|Araly1|491014|fgenesh2_kg.7__447__AT4G36190.1 2468 0.0 > Ahg491014 jgi|Araly1|491014|fgenesh2_kg.7__447__AT4G36190.1 Length=1560 Score = 2468 bits (1336), Expect = 0.0 Identities = 1477/1542 (96%), Gaps = 22/1542 (1%) Strand=Plus/Plus Query 43 CTGGTCCACTCGTTTT-AACTTCCGGCGATCGATTTTCACGGCGAGAAATGTTGTCGGCG 101 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1 CTGGTCCACTCGTTTTGAACTTCCGGCGATCGATTTTCACGGCGAGAAATGTCGTCGGCG 60 Query 102 CTTG-GCTTTGCTTTACTCAGCATCTTCGCGATCCTCTTGTCGTTA-TCAACCTTGTCTA 159 | || ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| || || | ||||||| Sbjct 61 C-TGTGCTTTGCTTTACTCACCACCTTCACGATCCTCTTGTCG-TATTCGAGCTTGTCTG 118 Query 160 ATGGATTACTTCAACCTCGTAGGATTTCTCATGGCTTGACGGAAAGTAGCAAGTACTTGA 219 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 119 ATGGATTA---CAACCTCGTAGGATTTCTCATGGCTTGACGGAAAGTAGCAAGTACTTGA 175 Query 220 CGAGGGATGAGCTCTGGTTCAATCAAACCCTAGATCATTACTCTCCTTCTGATCATCGCG 279 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 176 CGAGGGATGAGCTCTGGTTCAATCAAACCCTAGATCACTACTCTCCTTCTGATCATCGCA 235 Query 280 AATTCAAACAGCGATACTATGAATATCTAGACCATTTACGAGTTCCTGATGGACCTATCT 339 |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 236 AATTCAGACAGCGATACTATGAATATCTTGACCATTTACGAGTTCCAGACGGACCTATCT 295 Query 340 TTATGATGATCTGTGGCGAAGGACCTTGCAATGGAATCCCCAATGACTATATAACTGTGT 399 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 296 TTATGATGATCTGTGGCGAAGGACCTTGCAATGGAATCCCCAATGACTATATAACTGTGT 355 Query 400 TAGCAAAGAAGTTTGATGCAGGCATTGTTTCACTTGAGCATCGTTATTACGGAAAGAGCT 459 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 356 TAGCAAAGAAGTTTGATGCAGGCATTGTTTCACTCGAGCATCGTTACTACGGAAAGAGCT 415 Query 460 CACCGTTTAAGTCATTAGCCACTGAGAATCTCAAGTATCTTTCTTCTAAACAGGCTCTTT 519 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 416 CACCGTTTAAGTCATTAGCCACTGAGAATCTCAAGTATCTTTCATCTAAACAGGCTCTTT 475 Query 520 TCGATTTAGCTGCTTTCCGCCAATATTA-C---C-AG-------GACTCTTTGAATGTTA 567 |||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||||||||| Sbjct 476 TCGATTTAGCTGCTTTCCGCCAATATTACCAGGCAAGATCAAATGACTCTTTGAATGTTA 535 Query 568 AGTTTAATAGAAGTGGCGATGTTGAGAATCCGTGGTTTTTCTTCGGAGCTTCTTATTCTG 627 ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 536 AGTTTAATAGAAGTGGCAACGTTGAGAATCCGTGGTTTTTCTTTGGAGCGTCTTATTCTG 595 Query 628 GAGCTTTAAGTGCTTGGTTCCGGCTTAAGTTCCCTCATTTGACCTGTGGAAGCCTTGCTA 687 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 596 GAGCTTTAAGTGCTTGGTTCCGGCTTAAGTTCCCTCATTTGACCTGTGGAAGCCTCGCTA 655 Query 688 GTTCTGCAGTTGTTCGTGCAGTCTACGAATTCCCTGAATTTGATCAACAGATAGGTGAGT 747 |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 656 GTTCCGCAGTTGTTCGTGCTGTCTACGAATTCCCTGAATTTGATCAACAGATAGGTGAGT 715 Query 748 CGGCTGGACCGGAATGTAAAGCTGCACTACAAGAGACTAATAAGCTCTTGGAACTAGGGC 807 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 716 CCGCTGGACCGGAATGTAAAGCTGCACTACAAGAGACTAATAAACTCTTGGAACTAGGGC 775 Query 808 TTAAAGTGAATAACAGGGCTGTGAAAGCTCTCTTCAATGCCACCGAGCTTGACGTTGATG 867 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 776 TTAAAGTGAATAACAGGGCTGTGAAAGCTCTCTTCAATGCCACCGAGCTTGACGTCGATG 835 Query 868 CTGATTTCTTATACTTGATAGCAGATGCAGAAGTTATGGCGATCCAATACGGAAACCCAG 927 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 836 CTGATTTCTTGTACTTGATAGCAGATGCAGAAGTTATGGCGATCCAATACGGAAACCCGG 895 Query 928 ATAAACTATGTGTACCACTCGTGGAAGCTCAGAAGAATCGTGATGATTTAGTGGAAGCAT 987 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| Sbjct 896 ATAAACTATGTGTACCACTCGTGGAAGCTCAAAAGAATGGTGGTGATTTAGTGGAAGCAT 955 Query 988 ATGCTAAATATGTTAGAGAGTTTTGTGTGGGGGTTTTCGGGCTAAGCTCTAAAACATATA 1047 |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 956 ATGCTAAATATGTTAGAGAGTTTTGTATGGGAGTTTTCGGGCTAAGCTCTAAAACATATA 1015 Query 1048 GCCGGAAACATCTGCTAGACACTGCGGTCACCCCAGAAAGTGCAGATAGGCTTTGGTGGT 1107 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1016 GCCGGAAACATCTGCTAGACACTGCGGTCACCCCAGAGAGTGCAGATAGGCTTTGGTGGT 1075 Query 1108 TCCAAGTTTGCACTGAAGTGGCATATTTCCAAGTGGCACCTGCAAACGATAGCATCCGGT 1167 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1076 TCCAAGTTTGCACTGAAGTGGCGTATTTCCAAGTGGCACCTGCAAACGATAGCATCCGGT 1135 Query 1168 CTCATCAAATCAATACAGAGTATCATTTGGATCTATGCAAGAGTCTGTTTGGGAAAGGTG 1227 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1136 CTCATCAAATCAATACAGAGTATCATTTGGATCTATGCAAGAGTCTGTTTGGGAAAGGTG 1195 Query 1228 TTTACCCTGAAGTCGATGCAACAAACCTGTATTATGGAAGTGACAGAATTGCTGCGACCA 1287 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1196 TTTACCCTGAAGTCGATGCAACAAACCTGTACTATGGAAGTGATAGAATTGCTGCGACCA 1255 Query 1288 AGATTATCTTCACAAATGGGTCACAGGATCCATGGCGTCATGCATCCAAACAGACCTCAT 1347 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256 AGATTATCTTCACAAATGGGTCACAGGATCCATGGCGTCATGCATCCAAACAGACCTCAT 1315 Query 1348 CTCCTGAACTGCCTTCTTACATTGTGACTTGCCACAACTGTGGCCATGGAAGTGATCTCC 1407 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1316 CTCCTGAACTGCCTTCTTACATTGTGACTTGTCACAACTGTGGCCATGGAAGTGATCTCC 1375 Query 1408 GTGGATGCCCTCAATCTCCCATGGTCATTGGAGGTGATTCCAAGAATTGCAGTTCACCTG 1467 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1376 GTGGATGCCCTCAATCTCCCATGGTCATTGAAGGTGATTCCAAGAATTGCAGTTCACCAG 1435 Query 1468 ATGCAGTGAACAAAGTGAGGCAACATATAGTAGATCATATGGACTTGTGGCTCTCTGAGT 1527 |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| Sbjct 1436 ATGCAGTGAACAAAGTGAGGCAACATATAGTAGAACACATGGACTTGTGGCTCTCCGAGT 1495 Query 1528 GTCGTGGAGGGATTAGGAGTTCCATGTAAAGAGTCACACGAA 1569 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1496 GTCGTGGAGGGATTAGGAGTTCCATGTAAAG--TCACACGAA 1535 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 63763070130 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5