BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G37460.1
Length=3646
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944105 jgi|Araly1|944105|scaffold_700334.1 5136 0.0
> Ahg944105 jgi|Araly1|944105|scaffold_700334.1
Length=3184
Score = 5136 bits (2781), Expect = 0.0
Identities = 3058/3187 (96%), Gaps = 37/3187 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 251 GGCGACGGCGACATCGGAACGATTCGAGTTAGCCAAGCACTGCAGTTCACGGAACTGGTC 310
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 25 GGCGACGGCGACATCGGAACGAGTCGAGTTAGCCAAGCACTGCAGTTCACGGAACTGGTC 84
Query 311 TAAAGCGATCCGAGTTCTCGATTCGCTCCTTGCTAAGGAGTCTTCAATTTTGGATATATG 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 85 TAAAGCGATCCGAGTTCTCGATTCGCTCCTTGCTAAGCAGTCTTCAATTTTGGATATATG 144
Query 371 CAATAGAGCGTTTTGTTATAATCAATTGGAGCTTCACAAGCATGTGATTAAGGACTGTGA 430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 145 CAATAGAGCGTTTTGTTATAATCAATTGGAGCTTCACAAGCATGTGATTAAGGACTGTGA 204
Query 431 CAAGGCACTTCTGCTTGAACCTTTTGCCATTCAAGCTTTTATTCTCAAAGGACGCGCTCT 490
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 205 CAAGGCACTTCTGCTTGAACCTTGTGCCATTCAAGCTTTTATTCTCAAAGGACGCGCTCT 264
Query 491 TTTGGCTTTGGGGAGAAAACAGGAAGCTGTTCTTGTTTTGGAGCAAGGGTATAAAAGTGC 550
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 265 TTTGGCTTTGGGGAGAAAACAGGAAGCTGTTCTTGTTTTGGAGCAAGGATATAAAAATGC 324
Query 551 GTTGCAGCAGACAGCAGATGTGAAGCAGTTACTTGAATTAGAAGAACTCTTAAAAGATGC 610
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 325 TTTGCAGCAGACAGCAGATGTGAAGCAGTTACTTGAATTAGAAGAACTCCTCAAAGATGC 384
Query 611 AAGACGAGAAATTGATGGGATTTTAAAAAGTCATGCCACCGAGTCTCCG-CAAGAGACCC 669
||||||||||| | | | | | |||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 385 AAGACGAGAAA-T--T--G---------A--C--GCCACCGAGTCT-CGACAAGAGACCC 425
Query 670 CTGCCTATCATAGTGAGAAGTCTGATGAAAAAAGTGACAAGCTGGACAACCATGAATCAG 729
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 426 CTGCCTCTCATAGTGAGAAGTCTGATGAAAAAACTGACAAGCTGGGCAACCATGAATCAG 485
Query 730 GAGCAAGTAGCAATGGGAACT--C---A-CATGAGTCATCTAGCGAATTGGGCGAGCAAT 783
||||| ||||||||||||||| | | || ||| ||||||| |||||||| ||| |||
Sbjct 486 GAGCATGTAGCAATGGGAACTCCCATGACCACGAGGCATCTAGGGAATTGGGTGAGAAAT 545
Query 784 CAAAGA-TAGTAAGCTTTTCAAAAGTTGCATCCAAGGCTAGCAAGCAATCTGATGGTAAT 842
|||||| || ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 546 CAAAGATTA-TAAGCTTTTCAAAAGATACATCCAAGGCAAGCAAGCAATCTGATGGTAGT 604
Query 843 TCCGACTTATGTAACGGATCAGTGTACAAGGAAAAAGAGAATGGAAAGTGTGGCAGCCAA 902
|||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 TCCGACTTATGTAATGGATCAGCGTATAAGGAAAAAGAGAATGGAAAGTGTGGCAGCCAA 664
Query 903 ATCAATGGTTATTATGAATCATGTAAACCTTGTAATGGTTCTGATTTGCATGATAATTTA 962
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 ATCAATGGTTCTTATGAATCATGTAAACCATGTAATGGTTCTGATTTGCATGATAATTTA 724
Query 963 GCTGAAAGTTCCGATCGGTTCGGGGAGCTATCGATTAATGGAAACAAGATAAGTATTAAG 1022
|||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 725 GCTGAAAGTTCCGATCGGTTAGGGGACCTGTCGATTAATGGAAACAAGTTAATTATTAAG 784
Query 1023 TCTAGCAAAATGAGCCATAAAGCTGAGGCACGTTGCGGAATTAGTGATGAATCCAGGAAA 1082
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||| || ||||||||
Sbjct 785 TCTAGCAAAATGAGCCATAAAACTGAGGCACGTTGC-G----A-TGA--AA-CCAGGAAA 835
Query 1083 AATAAGAAGTACACCATAGCAAGAATATCGGGAACCCATTCCATAAGTGTGGATTTTCGA 1142
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 836 AATAAGAAGTACACCATTGCAAGAATATCAGGAACCCATTCTATAAGTGTGGATTTTCGA 895
Query 1143 CTTTCTAGAGGCATTGCACAGGTGAATGAAGGAAACTATACGAAAGCTATTTCTATTTTT 1202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 CTTTCTAGAGGCATTGCACAGGTGAATGAAGGAAACTATACGAAAGCTATTTCTATTTTT 955
Query 1203 GATAAGGTGCTGAAAGAAGAACCAACTTACCCTGAGGCACTTATAGGAAGAGGGACAGCT 1262
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 956 GATAAGGTGCTGAAAGAAGAACCCACTTACCCTGAGGCACTTATAGGAAGAGGAACAGCT 1015
Query 1263 TATGCATTCCAACGAGAGCTTGAAAGTGCTATAGCTGATTTTACTAAGGCTATCCAATCT 1322
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 TATGCATTCCAACGAGAGCTTGAAAGTGCTATCGCTGATTTTACTAAGGCTATCCAATCT 1075
Query 1323 AACCCAGCAGCAAGTGAGGCCTGGAAGCGGAGAGGACAGGCTCGTGCTGCTCTTGGGGAA 1382
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 AACCCAGCAGCAACTGAGGCCTGGAAGCGGAGAGGACAGGCTCGTGCTGCTCTTGGGGAA 1135
Query 1383 TATGTTGAGGCGGTTGAAGATTTGACTAAAGCACTTGTTTTTGAGCCAAACTCACCTGAT 1442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TATGTTGAGGCGGTTGAAGATTTGACTAAAGCACTTGTTTTCGAGCCAAACTCACCTGAT 1195
Query 1443 GTATTGCACGAAAGGGGTATTGTTAATTTCAAATCTAAGGACTTCACTGCTGCTGTGAAG 1502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1196 GTATTGCACGAAAGGGGTATTGTTAATTTCAAATCTAAGGACTTCACTGCTGCTGTAAAG 1255
Query 1503 GACCTATCTATATGTCTGAAGCAAGAGAAAGATAACAAGTCTGCATACACTTATTTGGGA 1562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1256 GACCTATCTATATGTCTGAAGCAAGAGAAAGATAACAAGTCTGCATATACTTATTTGGGA 1315
Query 1563 CTAGCATTTGCTTCTCTTGGTGAATACAAAAAAGCTGAAGAGGCGCATTTAAAGTCCATC 1622
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1316 CTAGCATTTGCTTCTCTTGGTGAATATAAAAAAGCTGAAGAGGCGCATTTGAATTCCATC 1375
Query 1623 CAATTGGATAGTAATTATCTTGAAGCATGGCTTCATCTCGCCCAGTTCTATCAAGAGTTG 1682
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 CAATTGGATAGTAATTATCTTGAAGCATGGCTTCATCTCGCCCAGTTCTATCAAGAGTTG 1435
Query 1683 GCCGACCACTGCAAGGCTTTGGAATGCATTGAGCAGGTTCTACAAGTCGACAACAGGGTT 1742
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1436 GCCGACCACTGCAAGGCTTTGGAATGCATTGAGCAGGTTCTACAGGTTGACAACAGGGTT 1495
Query 1743 TGGAAGGCCTATCACTTGCGTGGATTAGTGTTCCATGGATTAGGCGAACACAGGAAGGCT 1802
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TGGAAGGCCTATCACTTGCGTGGACTAGTGTTCCATGGATTAGGCGAACACAGGAAGGCT 1555
Query 1803 ATCCAAGAATTATCTATTGGCTTGAGCATTGAGAACACAATAGAGTGCTTGTACCTACGA 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 ATCCAAGAATTATCTATTGGCTTGAGCATTGAGAACACAATAGAGTGCTTGTACCTACGA 1615
Query 1863 GGTTCCTGCTATCACGCCGTAGGAGAGTATAGAGATGCGGTGAAGGACTATGATGCAACA 1922
|||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1616 GGTTCCTGCTATCATGCCATAGGAGAGTATAGAGATGCGGTGAAGGACTATGATGCTACA 1675
Query 1923 GTTGACGTGGAACTTGATGCAGTGGAGAAATTTGTTCTTCAATGCTTGGCGTTTTATCAG 1982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 GTTGACGTGGAACTTGATGCAGTGGAGAAATTTGTTCTTCAATGCTTGGCGTTTTATCAG 1735
Query 1983 AAGGAGCTTGCCTTGTATACAGCTTCCAAAGTTAGTAGTGAGTTTTTATGCTTTGATATT 2042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 AAGGAGCTTGCCTTGTATACAGCTTCCAAAGTTAGTAGTGAGTTTTTATGCTTTGATATT 1795
Query 2043 GATGGTGACATAGACCCAATGTTCAAGGAGTACTGGTGCAAAAGATTACACCCAAAAAAT 2102
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 GATGGTGACATAGACCCTATGTTCAAGGAGTACTGGTGCAAAAGATTACACCCAAAAAAT 1855
Query 2103 GTATGTGAAAAGGTTTACAGACAACCTCCCCTACGTGAATCACTTAAGAAGGGTAAACTG 2162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 GTATGTGAAAAGGTTTACAGACAACCTCCCCTACGTGAATCACTTAAGAAGGGTAAACTG 1915
Query 2163 AAAAAGCAAGATCTTGCAATAACCAAACAGAAGGCGAATATTCTTCGTTTTGCTGATTTA 2222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1916 AAAAAGCAAGATCTTGCAATAACCAAACAGAAGGCGAATGTTCTTCGCTTTGCTGATGTA 1975
Query 2223 ATAGGCAAGAGGATCCAATATGATTGTCCTGGATTCTTACCAAACAAACGCCAGCACCGT 2282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 ATAGGCAAGAGGATCCAATATGATTGTCCTGGATTCTTACCAAACAAACGCCAGCACCGT 2035
Query 2283 ATGGCAGGATTAGCTGTGATAGAGATTGCTCAAAAAGTTTCCAAAGCTTGGCGCATAGAG 2342
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 ATGGCAGGATTGGCTGTGATAGAGATTGCTCAAAAAGTTTCCAAAGCTTGGCGCATAGAG 2095
Query 2343 TGGAGGAATTCAACCAAAGGCACTACAAAAAATGGAAAGAAAAACCGGAGGAGAGAGAGA 2402
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 TGGAGGAATTCAACCAAAGGCACCACAAAAAATGGAAAGAAAAACCGGAGGAGAGAGAGA 2155
Query 2403 ACCAACATTCTTAGCCAGAATAGAGGTGGTGCTGGGTGTAGTAGTAGCAGTTTCAGTGAA 2462
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 ACCAACATACTTAGCCAGAATAGAGGTGGTGCTGGGTGTAGTAGTAGCAGTTTCAGTGAA 2215
Query 2463 ACTTCAACTGGATATGCCTCACTAGAAGATAGATCATCAGGCCGCTCTATCTTGTCTTGG 2522
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2216 ACTTCAACTGGATATGCCTCACTAGAAGACAGATCATCTGGCCGCTCTATGTTGTCTTGG 2275
Query 2523 CAAGACGTTTATTCCCCTGCTGTCAGATGGAGACAAATTTCAGAGCCTTGTGACCCAGTG 2582
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 CAAGACGTTTATTCCCCTGCTGTCAGATGGAGACAAATTTCAGAGCCTTGTGACCCAGTT 2335
Query 2583 GTGTGGGTTAACAAACTAAGTGAAGAGTTTAATTCTGGGTTTGGTTCTCATACACCAATG 2642
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 GTCTGGGTTAACAAACTAAGTGAAGAGTTTAATTCTGGGTTTGGTTCTCATACACCAATG 2395
Query 2643 GTACTCGGTCAAGCTAAAGTAGTACGCTATTTCCCAAATTATGAAAGAACCCTGACTCTT 2702
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 GTACTCGGACAAGCTAAAGTAGTACGCTATTTCCCAAATTATGAAAGAACCCTGACTCTT 2455
Query 2703 GCAAAGAGCATCATCAAGGATAAACTCTCTGTACGCAGCAAGAAAGATAAAGTTATTGAT 2762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 GCAAAGAGCATCATCAAGGATAAACTCTCTGTACGCAGCAAGAAAGATAAAGTTATTGAT 2515
Query 2763 CTTTCTAAAGATGAGAAGATCGAAAAAATAATGCGTGCTGAAACGTGTGATGAGCTACAC 2822
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2516 CTTTCTAAAGACGAGAAGATAGAAAAAATAATGCGTGCTGAAACATGTGATGAGCTACAC 2575
Query 2823 AATATTGTTGGTGAGGATTTCTGGGTGGCTACTTGGTGCGACAGTACCGGATCTGAAGGG 2882
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 AAAATTGTTGGTGAGGATTTCTGGGTGGCTACTTGGTGCGACAGTACCGGATCTGAAGGG 2635
Query 2883 AAACGCCTCGAAGGAACTAGAATCACCTGCATTCAAAAACCGGGAAGGCTGGGGTATGAT 2942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2636 AAACGCCTCGAAGGAACTAGAATCACCTGCATTCAAAAACCGGGAAGGCTTGGGTACGAT 2695
Query 2943 TTTTCAATTCGAACTCCATGTACACCTGCAAGGTGGAGCGACTTTGATGAAGAAATGACC 3002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 TTTTCAATTCGAACTCCATGTACACCTGCAAGGTGGAGCGACTTTGATGAAGAAATGACC 2755
Query 3003 TCAGCTTGGGAGGCTTTATGCACTGCCTATTGTGGAGAGAACTATGGTTCTACTGAGCTC 3062
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2756 TCAGCTTGGGAGGCTTTATGCAATGCCTATTGTGGAGAGAACTATGGTTCTACCGAGCTG 2815
Query 3063 GACGCTTTAGAAACCGTTAGAGACGCCATCTTACGCATGACATATTACTGGTACAATTTT 3122
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 GACGCTTTAGAAACCGTTAAAGACGCTATCTTACGCATGACATATTACTGGTACAATTTT 2875
Query 3123 ATGCCATTAGCTCGAGGAACTGCTGTAACAGGATTTGTAGTGTTACTTGGACTTCTGCTT 3182
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2876 ATGCCATTAGCTCGAGGGACTGCTGTAACGGGATTTGTAGTATTACTTGGACTTCTGCTT 2935
Query 3183 GCTGCTAATATGGAGTTCACTGAGACTATCCCGAAAGGGTTACAGATCGATTGGGAAGCT 3242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 GCTGCTAATATGGAGTTCACTGAGACTATCCCGAAAGGGTTACAGATCGATTGGGAAGCT 2995
Query 3243 ATACTTAATGTCGAACCGGGTTCCTTTGTTGATTCGGTTAAGTCTTGGTTATACCCGTCC 3302
||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2996 ATACTTAATGTTGAGCCAGATTCCTTTGTTGATTCGGTTAAGTCTTGGTTATACCCGTCC 3055
Query 3303 CTGAAAATCAATACGTCGTGGAGAGACCATACGGAAATTTCCTCGGCTTTTTCGACAACA 3362
||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3056 CTGAAAATCAACACGTCGTGGAGAGATCATCCGGATATTTCCTCGGCTTTTTCGACAACA 3115
Query 3363 GGAGCGGTTGTTGCTGCGCTTAGCACTTACAACGATTGAGATTCAAAtctctctctctct 3422
|||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 3116 GGAGCGGTTGTTGCGGCGCTTAGCTCTTACAACGATTGAGTTTCAAATCTCTCTGTCTCT 3175
Query 3423 gtctctc 3429
|||||
Sbjct 3176 CCCTCTC 3182
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 137730356687
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5