BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G37510.1 Length=1862 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg490868 jgi|Araly1|490868|fgenesh2_kg.7__301__AT4G37510.1 3083 0.0 Ahg938950 jgi|Araly1|938950|scaffold_503141.1 1009 0.0 Ahg944081 jgi|Araly1|944081|scaffold_700310.1 621 5e-177 > Ahg490868 jgi|Araly1|490868|fgenesh2_kg.7__301__AT4G37510.1 Length=1856 Score = 3083 bits (1669), Expect = 0.0 Identities = 1801/1864 (97%), Gaps = 12/1864 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 CTGCTGCAAAAATCGTGTCTTTTGCGTGTTCTCGAGTCGAATTGGATGATTT-GATTCTT 59 ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || |||||||| | ||||| Sbjct 1 CTGTTGCAAAAATCGTGTC-TTT--GTGTTCTCGAGTCGAGTTTGATGATTTGGTTTCTT 57 Query 60 AATTTTTGTTTGATAGTAACAGTCTAAAGAAGCAATGGAGCTTTGTTCTTCATCTCCATC 119 |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 58 AATTTTTGTTTG--A-TAATAGTCTAAAGAAGCAATGGAGCTTTGTTCTTCATCTTCATC 114 Query 120 TTCTTCTCTCCTTCGCATTTGTTCATCTTCAGCACCAGAAATCTCATTTTCATCTTCAAT 179 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 115 ATCTTCTCTCCTTCGCATTTGTTCATCTTCAGCACCAGAAATCTCATTTTCTTCTTCAAT 174 Query 180 TTCTCAGTTCCCATCTAAAACCCAATCGATTCTCACAAAATCCAGATTCCAAAATCTCCG 239 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 175 TTCTCAGTTCCCATCTAAAACCCAATCGATTCTCACAAAACCCAGATTCCAAAATCTCCG 234 Query 240 AATTTGCGCTTCCGTGACGGCGGAGACTCAAGGTCTTCCACGAGACAGCCCTCAACGTCT 299 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 235 AATTTGCGCTTCCGTGGCGGCGGAGACTCAAGGTCTTCCACGAGACAGTCCTCAACGTCT 294 Query 300 CCTCAAAGAGCTAGCACAGCGTAAAACAGCGACAGGACCGAAGAAAAAGGTTCCTCCTAA 359 |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 295 CCTCAAGGAGCTTGCGCAGCGTAAAACAGCGACAGGACCGAAGAAAAAGGTTCCTCCGAA 354 Query 360 ACGATTCATCTTAAGGCCACCATTAGACGATAAGAAATTAGCTGAGAGATTCCTCAATAG 419 ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 355 ACGATTCATCTTAAGACCACCATTAGATGATAAGAAATTAGCTGAGAGATTCCTCAATAG 414 Query 420 TCCACAATTGTCTCTGAAGTCGTTTCCTTTACTTAGCTCTTGTCTTCCATCGTCAAAGCT 479 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 415 TCCACAATTGTCTCTCAAGTCGTTTCCTTTACTCAGCTCTTGTCTTCCATCGTCAAAGCT 474 Query 480 TAACAACGCTGATAAAACATGGATCGATGAGTATCTTCTTGAAGTTAAACAAGCTTTAGG 539 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 475 TAACAACGCTGATAAAACATGGATCGATGAGTATCTTCTTGAAGTTAAACAAGCTTTAGG 534 Query 540 GTATTCTCTGGAACCTTCAGAGAGTTTAGGAGATGATAATCCGGCGAAACACTTTGATAC 599 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 535 GTATTCTCTGGAGCCTTCAGAGAGTTTAGGAGATGATAATCCAGCGAAACACTTTGATAC 594 Query 600 GTTGCTCTATCTTGCTTTCCAGCATCCGTCTTGTGATAGAGCACGTGCGAGGCATGTGAA 659 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 595 GTTGCTCTATCTTGCGTTCCAGCATCCGTCTTGTGATAGGGCACGTGCGAGGCATGTGAA 654 Query 660 GAATGGGCACTCGAGGCTTTGGTTTCTGGGTCAGTATGTGCTTGAGCTTGCTCTTACGGA 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 655 GAATGGGCACTCGAGGCTTTGGTTTCTGGGTCAGTATGTGCTTGAGCTTGCTCTTACGGA 714 Query 720 GTTTTTCTTGCAGAGGTATCCGAGGGAATCTCCGGGACCTATGAGGGAGAGAGTGTTTGC 779 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 715 GTTTTTCTTGCAGAGGTATCCGAGGGAATCTCCTGGACCTATGAGGGAGAGAGTGTTTGC 774 Query 780 TTTGATTGGGAAGAGGTATCTCCCGAAATGGATTAAAGCAGCGAGCTTGCAAAATCTCAT 839 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 775 TTTGATTGGGAAGAGGTATCTCCCCAAATGGATTAAAGCAGCGAGCTTGCAAAATCTCAT 834 Query 840 CTTTCCTTATGATGATATGGATAAGTTGATTAGGAAAGAGCGTGAGCCACCGGTTAAATC 899 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 835 CTTTCCTTATGATGATATGGATAAGTTGATTAGAAAAGAGCGTGAGCCACCGGTTAAATC 894 Query 900 TGTGTTCTGGGCTTTGTTTGGTGCCATCTATCTATGTTTTGGGATGCCGGAAGTGTATCG 959 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| Sbjct 895 TGTGTTCTGGGCTTTGTTTGGTGCCATCTATCTATGCTATGGGATGCCGGAAGTGTATCG 954 Query 960 TGTACTTTTTGAGGTGTTTGGGATGGATCCAGATGCTGATGAGTGTCAGCCTCGAAGCAG 1019 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 955 TGTACTTTTTGAGGTGTTTGGGATGGATCCAGATGCTGATGAGTGTCAGCCTCGAAGCAG 1014 Query 1020 GAGACAGCTCGAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGGAAAAAGCTAGGTTG 1079 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1015 GAGACAGCTCGAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGCAAAAAGCTAGGTTG 1074 Query 1080 GCAAGATATTGCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCTAGGCTATT 1139 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1075 GCAAGATATTGCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCAAGGCTATT 1134 Query 1140 CAGAGCTTGTGTTCCACCGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTGACAG 1199 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1135 CAGAGCTTGTGTTCCTCCGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTGACAG 1194 Query 1200 CAAACCAAAAGTTATGCAGACCCTCGGATACCCTTTAACGATGAATGATAGAATCAAGGA 1259 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1195 CAAACCAAAAGTTATGCAGACCCTCGGATACCCCTTACCGATGAATGATAGAATCAAGGA 1254 Query 1260 GATAACTGAAGCAAGAAACATCGAACTTGGACTCGGTTTACAGCTCTGCTTCTTGCATCC 1319 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1255 GATAACTGAAGCAAGAAACATCGAACTTGGACTCGGGTTACAGCTCTGCTTCTTGCATCC 1314 Query 1320 TTCAAAGCATAAGTTTGAACACCCGCGGTTTTGTTTTGAGCGGCTGGAATATGTAGGACA 1379 ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1315 TTCGAAGCATAAGTTTGAACACCCACGGTTTTGTTTTGAGCGGCTGGAATACGTAGGACA 1374 Query 1380 GAAGATACAGGACATAGCAATGGCTGAACGTTTGTTAATGAAGCACTTGGACGCACCAGG 1439 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1375 GAAGATACAGGACATAGCAATGGCTGAACGTTTGTTAATGAAGCACTTGGACGCACCAGG 1434 Query 1440 GAAGTGGTTGCAAGAGAAGCATAGACGTCTATTAATGAACAAATTCTGCGGCCGGTATCT 1499 |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1435 GAAGTGGTTGCAAGAGAAGCATCGGCGTCTATTAATGAACAAATTCTGCGGGCGGTATCT 1494 Query 1500 TAGAGAAAAACGTCTTCACAACTTTATAATATACTCAGAGGAGGTTCATGATCGGTATGA 1559 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1495 GAGAGAAAAACGTCTTCACAACTTTATAATATACTCAGAGGAGGTTCATGATCGGTATGA 1554 Query 1560 ACATAACCGGAGACTTAGGAATCCGGCGACAACCGCTGTCCAACAAGCCATTCACGGCCT 1619 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1555 ACATAACCGGAGACTTAGGAATCCGGCGACAACCGCTGTTCAACAAGCCATTCACGGCCT 1614 Query 1620 CGCCTACACCATCTACGGGAAACCCGATGTTCGGCGGCTCATGTTTGAGGTTTTCGACTT 1679 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1615 CGCCTACACCATCTACGGGAAACCCGATGTTCGGCGGCTCATGTTTGAGGTTTTCGACTT 1674 Query 1680 CGAACAAATCCAACCTAAAGCTGTCTGAAAATC-GAAGCTGTCTCTCTCATTTGTCT-AA 1737 |||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||| || Sbjct 1675 CGAACAAATCCAACCTAAAGCTGTGTGAAAATCAGA-G-TGTCTCTCTCATTTGTCTTAA 1732 Query 1738 TGTCTTTTAGTATACTACTGGGTTTGATTTATGTAGTTAAATGCTTAATTACCTTT-GGT 1796 ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| Sbjct 1733 TGTCTTTTAGTATACTACTGGATATGATTTATGTAGTTAAATACTTCATTACCTTTTGGT 1792 Query 1797 GAAAAGTTGAAAACTTTAAACTAGCAAAATGAGCTTCATCAGTATAATCTTAGGTTCATC 1856 |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| Sbjct 1793 GAAATGTTGAAAACTTGAAACTAGCAAAATGAGCTTCATAAGTATAATCTCAGGTTCATC 1852 Query 1857 AGTT 1860 |||| Sbjct 1853 AGTT 1856 > Ahg938950 jgi|Araly1|938950|scaffold_503141.1 Length=1264 Score = 1009 bits (546), Expect = 0.0 Identities = 600/627 (96%), Gaps = 0/627 (0%) Strand=Plus/Plus Query 85 AAAGAAGCAATGGAGCTTTGTTCTTCATCTCCATCTTCTTCTCTCCTTCGCATTTGTTCA 144 |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||| Sbjct 12 AAAGAAGCAATGGAGCTTTGTTCTTCATCTTCATCATCTTCACTCCTTCGCATTTCTTCA 71 Query 145 TCTTCAGCACCAGAAATCTCATTTTCATCTTCAATTTCTCAGTTCCCATCTAAAACCCAA 204 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||| Sbjct 72 TCTTCAGCACCAGAAATCTCATTTTCACCTTCAATTTCTCGGTTCTCATCTAAAATCCAA 131 Query 205 TCGATTCTCACAAAATCCAGATTCCAAAATCTCCGAATTTGCGCTTCCGTGACGGCGGAG 264 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 132 TCGATTCTCACAAAACCCAGATTCCAAAATCTCCGAATTTGCGCTTCCGTGACTGCGGAG 191 Query 265 ACTCAAGGTCTTCCACGAGACAGCCCTCAACGTCTCCTCAAAGAGCTAGCACAGCGTAAA 324 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| Sbjct 192 ACTCAAGGTCTTCCACGAGACAGTCCTCAACGTCTCCTCAAGGAGCTTGCGCAGCGTAAA 251 Query 325 ACAGCGACAGGACCGAAGAAAAAGGTTCCTCCTAAACGATTCATCTTAAGGCCACCATTA 384 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 252 ACAGCGACAGGACCGAAGAAAAAGGTTCCTCCGAAACGATTCATCTTAAGACCACCATTA 311 Query 385 GACGATAAGAAATTAGCTGAGAGATTCCTCAATAGTCCACAATTGTCTCTGAAGTCGTTT 444 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 312 GATGATAAGAAATTAGCTGAGAGATTCCTCAATAGTCCACAATTGTCTCTCAAGTCATTT 371 Query 445 CCTTTACTTAGCTCTTGTCTTCCATCGTCAAAGCTTAACAACGCTGATAAAACATGGATC 504 ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 372 CCTCTACTCATTTCTTGTCTTCCATCGTCAAAGCTTAACAACGCTGATAAAACATGGATC 431 Query 505 GATGAGTATCTTCTTGAAGTTAAACAAGCTTTAGGGTATTCTCTGGAACCTTCAGAGAGT 564 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | Sbjct 432 GATGAGTATCTTCTTGAAGTTAAACAAGCTTTAGGGTATTCTCTGGAGCCTTCAGAGATT 491 Query 565 TTAGGAGATGATAATCCGGCGAAACACTTTGATACGTTGCTCTATCTTGCTTTCCAGCAT 624 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 492 TTAGGAGATGATAATCCGGCGAAACACTTTGATACGTTGCTCTATCTTGCGTTCCAGCAT 551 Query 625 CCGTCTTGTGATAGAGCACGTGCGAGGCATGTGAAGAATGGGCACTCGAGGCTTTGGTTT 684 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 552 CCGTCTTGTGATAGGGCACGTGCGAGGCATGTGAAGAATGGGCACTCGAGGCTTTGGTTT 611 Query 685 CTGGGTCAGTATGTGCTTGAGCTTGCT 711 ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 612 CTGGGTCAGTATGTGCTTGAGCTTGCT 638 Score = 802 bits (434), Expect = 0.0 Identities = 499/527 (95%), Gaps = 18/527 (3%) Strand=Plus/Plus Query 776 TTGCTTTGATTGGGAAGAGGTATCTCCCGAAATGGATTAAAGCAGCGAGCTTGCAAAATC 835 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 634 TTGCTTTGATTGGGAAGAGGTATCTCCCCAAATGGATTAAAGCAGCGAGCTTGCAAAATC 693 Query 836 TCATCTTTCCTTATGATGATATGGATAAGTTGATTAGGAAAGAGCGTGAGCCACCGGTTA 895 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | | | Sbjct 694 TCATCTTTCCTTATGATGATATGGATAAGTTGATTA-G---GA-----A---A---G--- 735 Query 896 AATCTGTGTTCTGGGCTTTGTTTGGTGCCATCTATCTATGTTTTGGGATGCCGGAAGTGT 955 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 736 AATCTGTGTTCTGGGCTTTGTTTGGTGCCATCTGTCTATGCTATGGGATGCCGGAAGTGT 795 Query 956 ATCGTGTACTTTTTGAGGTGTTTGGGATGGATCCAGATGCTGATGAGTGTCAGCCTCGAA 1015 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 796 ATCGTGTACTTTTTGAGGTGTTTGGGATGGATCCAGATGCTGATGAGTGTCAGCCTCGAA 855 Query 1016 GCAGGAGACAGCTCGAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGGAAAAAGCTAG 1075 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 856 GCAGGAGACAGCTCGAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGCAAAAAGCTAG 915 Query 1076 GTTGGCAAGATATTGCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCTAGGC 1135 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 916 GTTGGCAAGATATTGCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCGAGGC 975 Query 1136 TATTCAGAGCTTGTGTTCCACCGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTG 1195 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 976 TATTCAGAGCTTGTGTTCCACTGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTG 1035 Query 1196 ACAGCAAACCAAAAGTTATGCAGACCCTCGGATACCCTTTAACGATGAATGATAGAATCA 1255 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1036 ACAGCAAACCTAAAGTTATGCAGACCCTCGGATACCCTTTACCGATGAATGATAGAATCA 1095 Query 1256 AGGAGATAACTGAAGCAAGAAACATCGAACTTGGACTCGGTTTACAG 1302 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1096 AGGAGATAACTGAAGCAAGAAACATTGAACTTGGACTCGGTTTACAG 1142 > Ahg944081 jgi|Araly1|944081|scaffold_700310.1 Length=595 Score = 621 bits (336), Expect = 5e-177 Identities = 352/360 (98%), Gaps = 0/360 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1030 GAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGGAAAAAGCTAGGTTGGCAAGATATT 1089 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGCAAAAAGCTAGGTTGGCAAGATATT 60 Query 1090 GCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCTAGGCTATTCAGAGCTTGT 1149 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 61 GCTACTTAAAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCGAGGCTATTCAGAGCTTGT 120 Query 1150 GTTCCACCGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTGACAGCAAACCAAAA 1209 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 121 GTTCCACCGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTGACAGCAAACCTAAA 180 Query 1210 GTTATGCAGACCCTCGGATACCCTTTAACGATGAATGATAGAATCAAGGAGATAACTGAA 1269 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GTTATGCAGACCCTCGGATACCCTTTACCGATGAATGATAGAATCAAGGAGATAACTGAA 240 Query 1270 GCAAGAAACATCGAACTTGGACTCGGTTTACAGCTCTGCTTCTTGCATCCTTCAAAGCAT 1329 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GCAAGAAACATTGAACTTGGACTCGGTTTACAGCTCTGCTTCTTGCATCCTTCAAAGCAC 300 Query 1330 AAGTTTGAACACCCGCGGTTTTGTTTTGAGCGGCTGGAATATGTAGGACAGAAGATACAG 1389 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 301 AAGTTTGAACACCCGCGGTTTTGTTTTGAGCGGCTGGAATACGTAGGACAGAAGATACAG 360 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 69933689820 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5