BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G38130.1
Length=1900
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg327775 jgi|Araly1|327775|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000002 2560 0.0
> Ahg327775 jgi|Araly1|327775|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000002
Length=1503
Score = 2560 bits (1386), Expect = 0.0
Identities = 1458/1494 (98%), Gaps = 0/1494 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 194 ATGGATACTGGCGGCAATTCGCTGGCGTCCGGACCTGATGGTGTGAAGAGGAAAGTTTGT 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATACTGGCGGCAATTCGCTGGCGTCCGGACCTGATGGTGTGAAGAGGAAAGTTTGT 60
Query 254 TATTTCTATGACCCTGAGGTCGGCAATTACTACTATGGCCAAGGTCATCCCATGAAGCCC 313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 TATTTCTATGACCCTGAGGTCGGCAATTACTACTATGGCCAAGGTCACCCCATGAAGCCC 120
Query 314 CATCGCATCCGCATGACCCATGCCCTCCTCGCTCACTACGGTCTCCTTCAGCATATGCAG 373
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CATCGCATCCGCATGACCCATGCCCTTCTCGCTCACTACGGTCTCCTTCAGCATATGCAG 180
Query 374 GTTCTCAAGCCCTTCCCTGCCCGCGACCGTGATCTCTGCCGCTTCCACGCCGACGACTAT 433
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTCTCAAGCCCTTCCCTGCCCGCGACCGTGATCTATGCCGCTTCCACGCCGACGACTAC 240
Query 434 GTCTCTTTTCTCCGCAGCATTACCCCTGAAACCCAGCAAGATCAGATTCGCCAACTTAAG 493
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 241 GTCTCCTTTCTCCGCAGCATTACCCCTGAAACCCAGCAAGATCAGATTCGCCAACTCAAG 300
Query 494 CGCTTCAATGTTGGTGAAGACTGTCCCGTCTTTGACGGCCTTTATTCCTTTTGCCAGACC 553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CGCTTCAATGTTGGTGAAGACTGTCCCGTCTTTGACGGCCTTTATTCCTTTTGCCAGACC 360
Query 554 TATGCTGGAGGATCTGTTGGTGGCTCTGTCAAGCTTAACCACGGCCTCTGCGATATTGCC 613
|||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TATGCTGGGGGCTCTGTTGGTGGCTCTGTCAAGCTAAACCACGGCCTCTGCGATATTGCC 420
Query 614 ATCAACTGGGCTGGTGGTCTCCATCACGCTAAGAAGTGCGAGGCCTCTGGCTTCTGTTAC 673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATCAACTGGGCTGGTGGTCTCCATCACGCTAAGAAGTGCGAGGCCTCTGGCTTCTGTTAC 480
Query 674 GTCAATGATATCGTCTTAGCTATCCTAGAGCTCCTTAAGCAGCATGAGCGTGTTCTTTAT 733
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 481 GTCAATGATATCGTCTTAGCTATCCTAGAGCTCCTTAAGCAGCACGAGCGTGTTCTTTAT 540
Query 734 GTCGATATTGATATCCACCACGGGGATGGAGTGGAGGAGGCATTTTATGCTACTGACAGG 793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GTCGATATTGATATCCACCACGGGGATGGAGTGGAGGAGGCATTTTATGCTACTGACAGG 600
Query 794 GTTATGACTGTCTCGTTTCATAAATTTGGTGATTACTTTCCCGGTACAGGTCACATTCAG 853
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 601 GTTATGACTGTCTCGTTCCATAAATTTGGTGATTACTTTCCCGGTACAGGTCACATACAG 660
Query 854 GATATAGGTTATGGTAGCGGAAAGTACTATTCTCTCAATGTACCACTGGATGATGGAATC 913
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GATATAGGTTATGGTAACGGAAAGTACTATTCTCTCAATGTACCACTGGATGATGGAATT 720
Query 914 GATGATGAGAGCTATCATCTGTTATTCAAGCCCATCATGGGGAAAGTTATGGAAATTTTC 973
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 721 GATGATGAGAGCTATCATCTGTTATTCAAGCCCATCATGGGGAAAGTTATGGAAGTTTTC 780
Query 974 CGACCAGGGGCTGTGGTATTGCAATGTGGTGCTGATTCATTGTCTGGTGATAGGTTGGGG 1033
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CGACCAGGGGCTGTGGTATTGCAGTGCGGTGCTGATTCATTGTCTGGTGATAGGTTGGGG 840
Query 1034 TGCTTTAATCTTTCAATCAAAGGTCATGCTGAGTGCGTCAAATTTATGAGATCGTTCAAT 1093
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TGCTTTAATCTTTCAATCAAAGGTCATGCTGAGTGCGTCAAATTTATGAGATCGTTCAAT 900
Query 1094 GTTCCCCTACTGCTCTTGGGTGGTGGTGGTTACACTATCCGCAATGTTGCCCGTTGCTGG 1153
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTTCCCCTACTGCTCTTGGGTGGTGGTGGTTACACCATCCGCAATGTTGCCCGTTGCTGG 960
Query 1154 TGCTACGAGACTGGAGTTGCACTTGGAGTTGAAGTTGAAGACAAGATGCCGGAGCATGAA 1213
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 961 TGCTACGAGACTGGAGTTGCACTTGGTGTTGAAGTTGAAGATAAGATGCCGGAGCATGAA 1020
Query 1214 TATTATGAATACTTTGGTCCAGACTATACACTTCACGTTGCTCCAAGTAACATGGAAAAT 1273
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TATTATGAATATTTTGGTCCAGACTATACACTTCACGTTGCTCCAAGTAACATGGAAAAT 1080
Query 1274 AAGAATTCTCGTCAGATGCTTGAAGAGATTCGCAATGACCTTCTCCACAATCTCTCTAAG 1333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAGAATTCTCGTCAGATGCTTGAAGAGATTCGCAATGACCTTCTCCACAATCTCTCTAAG 1140
Query 1334 CTTCAGCATGCTCCAAGTGTACCATTTCAGGAAAGACCACCTGATACAGAGACTCCCGAG 1393
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1141 CTTCAGCATGCTCCAAGTGTGCCATTCCAGGAAAGACCACCAGATACAGAGGCTCCCGAG 1200
Query 1394 GTTGATGAAGACCAAGAAGATGGGGATAAAAGATGGGATCCGGATTCAGACATGGATGTT 1453
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1201 GTTGATGAAGACCAAGAAGATGGAGATAAAAGATGGGATCCGGATTCAGATATGGATGTA 1260
Query 1454 GATGATGACCGTAAACCTATACCAAGCAGAGTAAAAAGAGAAGCTGTTGAACCAGATACA 1513
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GATGATGACCGTAAACCTATACCAAGCAGAGTAAAAAGAGAAGCTGTTGAACCAGATACA 1320
Query 1514 AAGGACAAGGATGGACTGAAAGGAATTATGGAGCGTGGAAAAGGTTGTGAGGTGGAGGTG 1573
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 1321 AAGGACAAGGATGGACTGAAAGGAGTTATGGAGCGTGGCAAAGGTTGTGAGGTGGGGGTG 1380
Query 1574 GATGAGAGTGGAAGCACTAAGGTTACAGGAGTAAACCCAGTGGGAGTGGAGGAAGCAAGT 1633
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1381 GATGAGAGTGGAAGCAGTAAGGTTACAGGAGTAAACCCAGTGGGAATGGAGGAAGCAAGT 1440
Query 1634 GTGAAAATGGAAGAGGAAGGAACAAACAAGGGTGGGGCGGAGCAGGCGTTTCCT 1687
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 1441 GTGAAAATGGAAGAGGAAGGAACAAGCAAGGGTGGGGCGGACCAGGTGTTTCCT 1494
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71381119130
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5