BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G01950.1
Length=3387
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486874 jgi|Araly1|486874|fgenesh2_kg.6__8__AT5G01950.1 4811 0.0
> Ahg486874 jgi|Araly1|486874|fgenesh2_kg.6__8__AT5G01950.1
Length=3241
Score = 4811 bits (2605), Expect = 0.0
Identities = 2945/3104 (95%), Gaps = 44/3104 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 231 AAGGTTTAAGCTTTTTAAAATGGCAGACAAGTCAAGATCAAACCTAGCAAACACCCATCA 290
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||
Sbjct 147 AAGGGTTAAGCTTTTT-TTATGGCAGACAAGTCAAGATCAAA-C---CAAGCACCCATCA 201
Query 291 AGG-GA-TT-TT-GCCATCCCAGAAGCTTTCTCTTATCCGCTTGCCTTTTTGGAAAATTC 346
||| | || || || || | | | ||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 202 AGGTCATTTCTTCCCCTTCTC-G-A--TTTATCTTATCCGCTTGCCTTTTTGGAAAA-T- 255
Query 347 TCTTAGGGAACTAGTACTAGTATTGCTGATCTCAATAGTGAGGCACCATGGTGTTCCCTC 406
|| | | | | | | |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 256 TC-T------C-A-T--T-G---TGCTGATCTCGACAGTGAGGCACCATGGTCTTCCCTC 300
Query 407 AAAGACTCTATCTACATGCGCTCCTTGTTGCCTGTTGTTGCGTCCTTCTGCTTGCCGATG 466
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 301 AAAGACTCTATCCACATGCGCTCCTTGTTGCCTGTTGTTGCGTCCTTCTTCTTGCCGATG 360
Query 467 CTCAAAGAACCCACCCTTCAGAAGTCACTGCTTTACGATCTGTTAAAAGAAGTCTACTTG 526
| |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||||| ||||||||| |||
Sbjct 361 CACAAAGAACACACCCTTCAGAAGTCTCTTCTTTACGATCAGTTAAGAGAAGTCTAATTG 420
Query 527 ACCCTAAAGATTATTTGAGAAACTGGAATAGAGGCGACCCTTGCAGATCAAATTGGACTG 586
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 421 ACCCTAAAGATTATTTGAGAAACTGGAACAGAGGAGACCCTTGCAGATCTAATTGGACTG 480
Query 587 GAGTTATCTGCTTTAATGAGATTGGTACTGACGACTACCTGCATGTCCGAGAACTCCTGC 646
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GAGTTATCTGCTTTAATGAGATTGGTACTGACGACTACCTGCATGTCCGAGAACTCCTGC 540
Query 647 TGATGAATATGAATCTCTCCGGGACTTTGTCACCAGAGCTCCAAAAATTAGCTCATCTCG 706
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 541 TGATGAATATGAATCTCTCCGGGAGTTTGTCACCAGAGCTCCGAAAATTAGCTCATCTCG 600
Query 707 AAATATTAGATTTCATGTGGAATAATATAAGTGGTTCAATTCCAAACGAGATAGGACAGA 766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AAATATTAGATTTCATGTGGAATAATATAAGTGGTTCAATTCCAAACGAGATAGGACAGA 660
Query 767 TATCATCCCTGGTACTCTTGCTGCTGAATGGAAACAAACTTTCAGGGACTTTACCAAGCG 826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 661 TATCATCCCTGGTACTCTTGCTGCTGAATGGAAACAAACTTTCAGGGCCTTTACCAAGCG 720
Query 827 AACTCGGGTATCTTTCGAACTTGAACAGGTTCCAGATAGATGAGAATAACATCACAGGAC 886
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AACTCGGGTATCTTTCGAACTTGAACAGGTTCCAGATAGATGAGAATAACATCACAGGAG 780
Query 887 CAATACCAAAGTCCTTTTCCAACTTGAAAAAAGTGAAACATCTTCACTTCAACAATAATT 946
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 781 CAATACCAAAGTCATTTTCCAACTTGAAAAACGTGAAACATATTCACTTCAACAATAATT 840
Query 947 CGTTGACCGGCCAGATTCCAGTTGAGCTTTCCAATCTTACTAACATCTTTCATGTGCTGC 1006
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CGTTGAGCGGCCAGATTCCAGTTGAGCTTTCCAATCTTACTAACATCTTTCATGTGCTGT 900
Query 1007 TAGACAACAATAAATTATCTGGAAATCTTCCACCACAACTCTCTGCATTGCCAAACCTGC 1066
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 901 TAGACAACAATAATTTATCTGGAAATCTTCCACCACAACTCTCTGCATTGCCGAACCTGC 960
Query 1067 AAATCCTGCAACTTGATAATAACAACTTCAGTGGATCCGATATCCCAGCTTCCTATGGAA 1126
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AAATCCTGCAACTGGATAATAACAACTTCAGTGGATCTGATATCCCAGCTTCCTATGGAA 1020
Query 1127 ACTTTTCGAATATTCTAAAGCTGAGTCTTAGAAATTGTAGTTTGAAAGGGGCACTTCCTG 1186
||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1021 ACTTTTCGAGTATTCTGAAGCTGAGTCTTAGAAATTGTAGTTTGAAAGGGACACTTCCTG 1080
Query 1187 ATTTTAGCAAGATACGTCATCTCAAATACTTGGATCTTAGCTGGAATGAACTCACAGGAC 1246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1081 ATTTTAGCAAGATACGTCATCTCAAATACTTGGATCTTAGCTGGAATGAGCTCACAGGAC 1140
Query 1247 CTATACCTTCCTCTAATTTTTCTAAGGATGTGACAACCATTAATTTATCAAACAACATAC 1306
|||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1141 CTATACCTTCTTCTAATCTTTCTAAGGCTGTGACAACCATTAATTTATCACACAACATAC 1200
Query 1307 TTAACGGATCCATCCCGCAGAGCTTCTCAGATCTCCCTTTACTTCAGATGCTATTGCTGA 1366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TTAACGGATCCATCCCGCAGAGCTTCTCAGATCTCCCTTTACTTCAGATGCTATTGCTGA 1260
Query 1367 AAAACAATATGTTATCTGGATCTGTCCCTGATTCCCTTTGGAAGAATATCTCTTTTCCGA 1426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AAAACAATATGTTATCTGGATCTGTCCCTGATTCCCTTTGGAAGAATATCTCTTTTCCGA 1320
Query 1427 AGAAAGCTAGACTTCTACTTGATCTTAGGAATAATTCTCTGTCACGTGTTCAAGGAGATC 1486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1321 AGAAAGCTAGACTTCTACTTGATCTTAGGAATAATTCTCTGTCACATGTTCAAGGAGATC 1380
Query 1487 TAACTCCTCCACAAAATGTCACTTTAAGGCTTGATGGCAATCTGATCTGCACTAATGGAA 1546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1381 TAACTCCTCCACAAAATGTCACTTTAAGGCTTGATGGTAATCCGATCTGCACTAACGGAA 1440
Query 1547 GCATATCAAACGCAAACCTATTCTGTGAGTCCAAAGGCAAAGAGTGGATATCACTACCAA 1606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1441 GCATATCAAACGCAAACCTATTCTGTGAGTCCAAAGGAAAAGAGTGGACATCACTACCAA 1500
Query 1607 ACAATTCAACCAATTCTGCACTGGACTGTCCTCCTCTTGCCTGTCCCACTCCTGACTTCT 1666
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CCAACTCAACTAATTCTGCACTGGACTGTCCTCCTCTAGCCTGTCCCACTCCTGACTTCT 1560
Query 1667 ACGAATACAGTCCAGCATCCCCATTACGATGCTTTTGTGCAGCGCCTCTTAGAATTGGAT 1726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1561 ACGAATACAGTCCAGCATCCCCATTACGATGCTTTTGTGCAGCGCCTCTCAGAATTGGAT 1620
Query 1727 ATCGTCTCAAAAGTCCTAGTTTCTCATACTTCCCTCCATATATTGATCAATTTGGCGAGT 1786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 ATCGTCTCAAAAGTCCTAGTTTCTCATACTTCCCTCCATATATTGATCAATTTGGCGAGT 1680
Query 1787 ATGTTACCGATTTCCTTCAAATGGAACCATATCAACTCTGGATCGACTCATATCAATGGG 1846
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1681 ATGTTGCCGATTTCCTTCAAATGGAACCATATCAATTCTGGATCGACTCATATCAGTGGG 1740
Query 1847 AGAAAGGGCCTCGTCTGAGGATGTATCTGAAACTTTTTCCGAAAGTTAATGAAACCTATA 1906
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AGAAAGGGCCTCGTCTGAGGATGTATTTGAAACTTTTTCCGAAAGTTAATGAAACCTATA 1800
Query 1907 CAAGAACATTTAACGAGAGTGAAGTTCTCAGAATCCGAGGCATATTCGCTTCATGGAGAT 1966
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 CAAGAACATTTAACAAGAGTGAAGTTCTCAGAATCCGAGGCATATTCGCTTCATGGAGAT 1860
Query 1967 TTCCTGGTAGTGACTTATTTGGCCCGTATGAACTGCTCAACTTCACTCTGCAGGGGCCTT 2026
||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TTCCTGGTAGTGACTTATTCGGTCCGTATGAACTGCTAAACTTCACTCTGCAGGGGCCTT 1920
Query 2027 ATTCATATGTTAACTTCAACAGTGAAAGGAAAGGCGTCAG-CTGGCGACGATTGGCAGCA 2085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||
Sbjct 1921 ATTCATATGTTAACTTCAACAGTGAAAGGAAAGGCGT-AGGCTGGGGACGATTAGCAGCA 1979
Query 2086 ATAACTGCAGGGGCTGTGGTGACTGCTGTTGCGATATCCGCTGTGGTTGCAGCCTTGTTG 2145
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 ATAACTGCAGGGGCTGTGGTGACTGCTGTTGCGATATCCGCTGTGGTTGCAGCCTTGTTA 2039
Query 2146 CTTAGAAGATACAGCAAGCACGAGCGAGAGATATCTAGAAGACGGTCATCCTCGAAGGCT 2205
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2040 CTTAGAAGATACAGCAAGCAAGAGCGAGAGATATCTAGAAGACGGTCTTCCTCGAAGGCT 2099
Query 2206 TCCTTGTTGAATTCTGGGATAAGAGGCTTTAGTTTCAAAGAGCTAGCAGAGGCCACCGAC 2265
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2100 TCCTTGATGAATTCTGGGATAAGAGGCTTTAGTTTCAAAGAACTAGCGGAGGCCACCGAC 2159
Query 2266 GATTTTAGCAGCTCAACTTTGGTTGGGCGCGGAGGCTATGGAAAGGTTTACAGAGGTGTC 2325
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2160 GATTTTAGCAGCTCAACTTTGGTTGGACGCGGAGGCTATGGAAAGGTATACAGAGGTGTG 2219
Query 2326 TTATCTGACAATACTGTTGCTGCAATAAAGCGAGCAGATGAAGGGTCTTTGCAAGGTGAA 2385
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 TTATCTGACAAAACTGTTGCTGCAATAAAGCGAGCAGATGAAGGGTCTTTGCAAGGTGAA 2279
Query 2386 AAGGAGTTCTTGAATGAAATAGAGCTGCTCTCGAGGTTGCATCATCGGAATCTTGTGTCA 2445
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2280 AAGGAGTTCTTGAATGAAATAGAGTTGCTCTCGAGGTTGCATCACCGGAATCTAGTGTCA 2339
Query 2446 CTGATCGGTTACTGTGATGAAGAAAGCGAGCAGATGCTGGTGTACGAATTTATGTCAAAT 2505
||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 CTGATTGGTTATTGTGACGAAGAAGGCGAGCAGATGCTGGTGTACGAATTTATGTCAAAT 2399
Query 2506 GGCACCCTGCGCGACTGGTTGTCTGCTAAGGGGAAGGAGTCATTGAGCTTTGGGATGAGG 2565
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2400 GGCACCTTGCGCGACTGGTTGTCTGCTAAGGGGAAGGAGTCATTGAGCTTTGTGATGAGG 2459
Query 2566 ATTCGTGTTGCGTTGGGAGCAGCAAAAGGTATTCTCTACCTTCACACAGAAGCCAACCCG 2625
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 ATTCGTGTTGCGTTGGGAGCAGCGAAAGGTATTCTCTACCTTCACACAGAAGCCAACCCG 2519
Query 2626 CCAGTTTTCCACCGAGACATCAAAGCCAGTAACATCCTCCTCGACCCCAACTTCAATGCC 2685
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2520 CCAGTTTTCCATCGAGACATCAAAGCCAGTAACATCCTCCTTGACCCCAACTTCAATGCC 2579
Query 2686 AAAGTTGCAGACTTTGGACTGTCTCGACTTGCTCCTGTTTTGGAGGACGAAGAGGATGTG 2745
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 AAAGTTGCAGACTTTGGACTGTCTCGACTTGCTCCTGTTTTGGAGGACGAAGAGGATGTG 2639
Query 2746 CCTAAGCACGTCTCAACCGTTGTCCGTGGGACTCCAGGGTACCTGGATCCTGAATATTTC 2805
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 CCTAAGTACGTCTCAACGGTTGTCCGTGGGACTCCAGGGTACCTGGATCCTGAATATTTC 2699
Query 2806 CTGACACACAAGCTGACGGACAAGAGCGATGTTTACAGCATCGGAGTTGTGTTCTTGGAG 2865
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 CTGACACACAAGCTGACGGACAAGAGCGATGTTTACAGCATCGGAGTTGTGTTCTTGGAG 2759
Query 2866 CTGCTGACTGGTATGCACGCCATATCCCATGGAAAAAATATAGTACGAGAGGTGAAGACG 2925
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2760 CTGCTGACTGGTATGCACGCCATATCCCATGGAAAAAATATAGTGCGAGAGGTGAAGACG 2819
Query 2926 GCTGAGCAGAGGGATATGATGGTATCGCTGATAGACAAGAGAATGGAGCCGTGGTCGATG 2985
|| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 GCGGATCAGAGGGATATGATGGTGTCGCTGATAGACAAGAGAATGGAGCCGTGGTCGATG 2879
Query 2986 GAAAGTGTTGAAAAGTTTGCGGCTTTGGCACTGAGGTGTAGCCACGACTCACCAGAGATG 3045
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2880 GAAAGTGTTGAAAAGTTTGCGGCTTTGGCACTGAGATGTAGCCACGACTCACCGGAGATG 2939
Query 3046 AGGCCAGGAATGGCGGAGGTGGTGAAGGAGCTGGA-GTCACTGCTCCAAGCATCCCCCGA 3104
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2940 AGACCAGGAATGGCGGAGGTGGTGAAGGAGCTGGAAG-CACTGCTCCAAGCAGCCCCCGA 2998
Query 3105 TAGGGAGACAAGAGTGGAATTGGCGTCATCTTCGTCAGTGCTGTCAACATCGTCGTCGAA 3164
|| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2999 TAAGGAGGCAAGAGTGGAAATGGCGTCGTCTTCGTCAGTGCTCTCAACATCGTCGTCGAA 3058
Query 3165 TGTGACAAGAGACCTTTACGAGTCGTCGAGCCTTCTAGGAAGCGATCTCAGCAGCGGCTT 3224
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3059 TGTGACAAGAGACCTTTACGAGTCGTCGAGCCTTTTAGGAAGCGATCTCAGCAGCGGTTT 3118
Query 3225 TGTTCCCAGCATCGCTCCTCGCTGACTCCAACCATTGC-ATCTATGTACAAAT--C-T-C 3279
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||| |||| | | |
Sbjct 3119 TGTTCCCAGCATCGCTCCTCGCTGACTTCAACCATT-CTACCTATACCCAAAAAACGTTC 3177
Query 3280 TATACATATACTTTGACTCCACCTTTCTTACTTTTTAACCAATT 3323
| | | | | |||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 3178 TCT-CTT-T--TTTGACTCAACGTTTCTTACTTTTTAACCAATT 3217
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127873445280
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5