BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G02310.1
Length=6252
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487009 jgi|Araly1|487009|fgenesh2_kg.6__143__AT5G02310.1 9439 0.0
> Ahg487009 jgi|Araly1|487009|fgenesh2_kg.6__143__AT5G02310.1
Length=6140
Score = 9439 bits (5111), Expect = 0.0
Identities = 5749/6056 (95%), Gaps = 48/6056 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGACCAACTCTTCTCTTTTTGGTTTAGTTTCTCCTAGCTCGCATGATTTGGTCATT 60
||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGACCAATTCGCCTCTTTTTGGTTCAGTTCCTCCTAGCTCGCATGATTTGGTCATT 60
Query 61 GAGAGGCTTGCTTCTGTGGGGGTTCCTAAGAAATACCGCTCTAAACGTGGCCTAGTGGAA 120
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAGAGGCTTGCCTCTGTGGGGGTTCCTAAAAAATACCGCTCTAAACGTGGCCTAGTGGAA 120
Query 121 TTCGTTAGAGCTAACCCGGCCAAGATTTCAGAGTTAGTCTCTGCTCTCTTACCTACAGAT 180
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCGTTAGGGCTAACCCGGCTAAGATTTCAGAGTTAGTCTCTGCTCTCTTACCTACAGAT 180
Query 181 GACGATGTTAAACTAGGATTGAAAGAAGCTAGGGAACGGCCTCGAAAGTCTGCTGTGAGT 240
|| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 GAGGATGTTAAAATAGGATTGAAGGAAGCTAGGGAACGGTCTCGAAAGTCTGCGGTGAGT 240
Query 241 CCTACCATGAAAAAGAGGTTCAGGGAGAGCATGAATATGCTGCAGTGGTTGATGTTCCAG 300
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 241 CCTAGCATGAAAAAGAGGTTCAGGGAGAGCATGAATATGCTCCAGTGGTTGATGTTCCAG 300
Query 301 GATGAGCCTGATGTTTCTTTGAGGAATCTAGCAAAACTGAATCTTGATCAGCGAGGTGTT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 301 GATGAGCCTGATGTTTCTTTGAGGAATCTAGCAAAATTGAATCTTGATCAGCGAGCTGTT 360
Query 361 TGTGGCTCTGTCTGGGGACAGAATGATATAGCATATAGGTGTAGGACATGCGAGAATGAC 420
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TGTGGCTCTGTCTGGGGACACAATGATATAGCATATAGGTGTAGGACATGCGAGAATGAC 420
Query 421 CCAACTTGTGCAATCTGCGTGCCTTGTTTCCAGAATGGGGATCACAACTCCCACGATTAT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 CCAACTTGTGCAATCTGCGTGCCTTGTTTCCAGAATGGGGATCACAAGTCCCACGATTAT 480
Query 481 TCAATCATCTACACAGGTGGTGGTTGTTGTGATTGTGGGGATGAAACAGCATGGAAACCT 540
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 481 TCGATCATCTACACAGGTGGTGGTTGTTGTGATTGTGGGGATGAGACGGCATGGAAACGG 540
Query 541 GATGGTTTCTGTTCAAATCATAAAGGTTCTGAACAGATTCGACCCCTCTCAGAAAATCTA 600
|| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 541 GAGGGTTTCTGTTCAAGTCATAAAGGCTCTGAACAGATTCAACCCCTATCAGAAAATCTA 600
Query 601 GCAAATTCAGTTGGGCCTATACTTGATGCCCTTTTTACTTGTTGGAATAACAAGCTCTTA 660
| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 601 GTAAATTCAGTTGGGCCTGTACTTGATGCCCTTTTTACTTGTTGGAATAATAAGCTCTTA 660
Query 661 TCTGCAGAAAGTAGTGGTCAGAAAGGTGCTAGATCCAACGATACTCTTGTGATACTCCAA 720
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 661 TCTGCAGAAAGTATTGGTCAGAAAGGTGCTAGATCCAACGATACTCTTGTGGTACTCCAA 720
Query 721 AAGATGTCAAACGAGCTGACATTTATAGTGGTTGAAATGCTTCTGGAGTTTTCTATGTCC 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAGATGTCAAACGAGCTGACATTTATAGTGGTTGAAATGCTTCTGGAGTTTTCTATGTCC 780
Query 781 AGTGAGAGTTTGCTCAGTTTTGTTTCTAGAAGGATTATCTCTTCAAGTGGTTTATTGAGC 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGTGAGAGTTTGCTCAGTTTTGTTTCTAGAAGGATTATCTCTTCAAGTGGTTTATTGAGT 840
Query 841 ATTCTCTTAAAGGCTGAGAGGTTCTTGGACCAAGATGTTATGAAGAAACTACATGACTTG 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATTCTCTTAAAGGCTGAGAGGTTCTTGGACCAAGATGTTATGAAGAAACTACATGACTTG 900
Query 901 TTCCTCAAATTAATAGGAGATCCAGTCTTCAAGTGTGAATTTGCTAAAGCATTTGTGAGT 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 901 TTCCTCAAATTAATAGGAGATCCAGTCTTCAAGTGTGAATTTGCAAAAGCATTTGTGAGT 960
Query 961 TATTATCCAGTTGTGATAAGCGAAGTGGTTAAGCAGGGTACTGATAATGCATTCAAGAAA 1020
|| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 961 TACTATCCAGTTGTCATAAGTGAAGCGGTTAAGCAGGGTACTGATAGTGCATTCAAGAAA 1020
Query 1021 TATCCTCTACTGTCCACATTTTCTGTGCAAATCCTCACGGTGCCAACTCTAACACCATTT 1080
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TATCCTCTACTGTCCACATTTTCTGTGCAAATACTCACGGTGCCAACTCTAACACCATTT 1080
Query 1081 CTGGTGAAGGAAATGAATTTGCTAGCTATGCTTTTGGGATGCCTCAGTGATATCTTTGTT 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1081 CTGGTGAAGGAAATGAATTTGCTAGCTATGCTTTTGGGATGCCTAAGTGATATCTTTGTT 1140
Query 1141 TCTTGTTCTGGGGAGGATGGTTTGCTACAGGCTACAAAGTTGGAACGGTTGTGTGAGACA 1200
||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||
Sbjct 1141 TCTTGTTCTGGGGAGGATGGTGTGCTACAGGTTACAAAGTGGGAACGGTTGTATGAGGCA 1200
Query 1201 AGTGAACGTGTCATTGGAGACTTGAAATTTGTTATGAGCCATGCTATAGTTTCTAAGTAT 1260
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1201 AGTGAACGTGTCATTGGAGACTTGAGATTTGTTATGAGCCATGCTGTAGTTTCTAAGTAT 1260
Query 1261 GCAACACATGAACACCGGGAGTTATCAAGATCATGGTTGACACTCTTGACCTTTGCTCAA 1320
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GCAACACATGAACAACGTGAGTTATCAAGATCATGGTTGATACTCTTGACCTTTGCTCAA 1320
Query 1321 GGAATGAATCCTTTAAAAAGAGAGACTGGAATCCCTATTGACGAAGAAAATGATTACATG 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGAATGAATCCTTTAAAAAGAGAGACTGGAATCCCTATTGAAGAAGAAAATGATTACATG 1380
Query 1381 CATCTGTTCTTTGTTTTGGGTCATTCTATAGCTGTTATTCACTCTCTATTGGTTAATGGT 1440
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CATTTGTTCTTTCTTTTGGGTCATTCTATAGCTGTTATTCACTCTCTATTGGTTAATGGT 1440
Query 1441 ACATATTCTGCTGCCAGTGATGAAGAAATAGAAAATGATAGAAACGCCAAGGAAGAATTT 1500
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1441 ACATATTCTGGTGCCAGTGATGGAGAAATAGAAATTGAGAGAACCGCCATGGAAGAATTT 1500
Query 1501 GACAAGTGTGATGGAGATGGAGAAAGGTATGCAAAAGTTGGAAGATTGTCTCATGAAGAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GACAAGTGTGATGGAGATGGAGAAAGGTATGCAAAAGTTGGAAGATTGTCTCATGAAGAT 1560
Query 1561 TCTGTATGTACTGCGATTGTAAGCAGCAGCTCCTTTGATAGCTCAATGGCCTCTGAAGTC 1620
|| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1561 TCGGTATGTACTGCGATGGTAAGCAGCAGCTCGTTTGATAGCTCAATGGCTTCTGAAGTC 1620
Query 1621 CACAAAATTGATCCTTTCCATGCCCTGCTTCCTTCTTCTGCCATATATTTGATACGCGAA 1680
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1621 CACAAAATTGATCCTTTCTATGCCCTGCTTCCTTCTTCTGCCATATACTTGATACGCGAA 1680
Query 1681 TGTTTGAAAGTTTTGGAGACATGCTTAGGAAATGATGAAGGTATATCAAAGTTTCTTTGC 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |
Sbjct 1681 TGTTTGAAAGTTTTGGAGACATGCTTAGGAAATGATGAAGGTATAAAAAATTTTCTTTCC 1740
Query 1741 AAGTTGTCCTCTTCTAGCGGCAGAAACATCCCTGAAAGTAAGATGTCGTGGCCAAGGAGA 1800
|||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AAGTTGTCTTCTCCTAGCGGCAGAAACATCCCTGGAAGTAAGATGTCGTGGCCAAGGAGA 1800
Query 1801 GATTTGTTAAATGTTGAAACTGGAGGAAGTGTATCTAGTAATCTTGCCAGTTCTAGTAGA 1860
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1801 GATTTGTTAAAGGTTGAAACTGGAGGAAGTGTATCTAGTAATCTTGCCAGTTCGAGTAGA 1860
Query 1861 GATCCGAGTACTGGCTTATCACCTCTATGCGGCGATATTCAAACAAATCTTAGCTTGGAT 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GATCCGAGTACTGGCTTATCACCTCTATGCGGCGATATACAAACAAATCTTAGCTTGGAT 1920
Query 1921 AATGTTTGTGGACCGTATGGGGTGGTTCAGACAGATGTTACAGCTGACTCTAAAAGAGTA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 AATGTTTGTGGACCGTATGGGGTGGTTCAGACAGATGTTACAGCTGACTCTAAAAGAGTA 1980
Query 1981 TCTTGCAACTCTGCTGATTTGACAAAGAATGCATCAGGATTACGTATACTTGGTCTGTGT 2040
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1981 TCTTGCAACTCTGCTGATTTGACAAAGAATTCATCAGGAGTACATATACTTGGTCTGTGT 2040
Query 2041 GATTGGCCGGACATTCACTATGATGTGAGTTCTCAGGCCATATCAGTTCATCTTCCTTTG 2100
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 2041 GAATGGCCGGACATTCACTATGATGTGAGTTCTCAGGCTATATCAGTTCATCTACCGTTA 2100
Query 2101 CACCGGTTACTTTCTCTGCTAATACAAAAAGCATTAAGGATATGTTATGGAGAATCTGCA 2160
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 CACCGGTTACTTTCTCTGCTCATAGAAAAAGCATTAAGGGTATGTTATGGAGAATCTGCA 2160
Query 2161 TCATACAATGGAGTCAGTATTAGTCATGAGATCCCACATGCAGACTTCTTCAGCTCCGTG 2220
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2161 TCATACAATGGAGTCAGTATTAGTCATGAGATCCCACAGGCAGACTTCTTCAGCTCTGTG 2220
Query 2221 ATAGGAGATTTCCATCCTTGTGGATTTTCTGCACTCGTTATGGAACATGTTCTACAGATT 2280
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 2221 ATAGGAGATTTCCATCCTTATGGATTTTCTGCACTCGTTATGGAGCATGTTCTACGGATT 2280
Query 2281 AGGGTGTTTTGTGCCCAGGTTATCGCTGGAATGTGGAAGAAGAATGGGGATTCTGCATTA 2340
||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 AGGGTATTCTGTGCCCAGGTTATTGCTGGAATGTGGAAGAAGAATGGGGATTCTGCATTA 2340
Query 2341 GTATCTTGTGAGTGGTATCGGTCAGTTCGTTGGTCAGAACAGGGACTTGAGCTTGATCTA 2400
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 GGATCTTGTGAGTGGTATCGGGCAGTTCGTTGGTCAGAACAGGGACTTGAGCTTGATCTA 2400
Query 2401 TTTCTTCTCCAGTGTTGTGCTGCGTTAGCTCCCGCAGATTCTTATGTTGATAAGCTTCTC 2460
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 TTTCTTCTGCAGTGTTGTGGTGCGTTAGCTCCCGCAGATTCTTATGTTGATAAGCTTCTC 2460
Query 2461 AGTCGATTTGGGCTCTCAAGCTATCTTTCACTTAATCCGGATATAACAAATGAGTATGAA 2520
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 AGTCGATTTGGGCTCTCAAGCTATCTTTCACTAAATCCGGATATAACAAATGAGTATGAA 2520
Query 2521 CCAGTTTTGGTCCAGGAAATGCTTGGTCTTCTGATACAGATTCTGCAAGAAAGACGATTT 2580
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 CCAGTTTTGGTCCAGGAAATGCTTGCTCTTCTGATACAGATTCTGCAAGAAAGACGATTT 2580
Query 2581 TGTGGTCTTTCTACTGCTGAAAGTTTGAGAAGAGAGATCATCTTCAAGTTAGCCACTGGA 2640
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2581 TGTGGTCTTTCTATTGCTGAAAGTTTGAGAAGAGAGATCATCTCCAAGTTAGCCACTGGA 2640
Query 2641 GATTTCACTCATAGTCAATTGGTCAAATCTTTACCCCGTGACCTGTCCAAGTCGGACGAG 2700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 GATTTCACTCATAGTCAATTGGTCAAATCTTTACCCCGTGACCTGTCCAAGTCGGACGAG 2700
Query 2701 CTCCAGGAGGTCTTAGATGACGTTTCAGTCTATTGCAATCCATCCGGCATGAACCAGGGA 2760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 CTCCAGGAGGTCTTAGATGACGTTTCAGTCTATTGCAATCCATCCGGCATGAACCAGGGA 2760
Query 2761 AAGTATTCACTACAGTCATCTTGTTGGAAGGAATTGGATCTCTACCACCCTCGTTGGCAG 2820
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2761 AAGTATTCACTACGGTCATCTTGTTGGAAGGAATTGGATCTCTACCACCCTCGTTGGCAT 2820
Query 2821 TCGAGAGACTTGCAATCTGCAGAAGAAAGATTTTCGCGTTATTGTGGAGTGTCTGCGTTG 2880
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2821 TCAAGAGAATTGCAATCTGCAGAAGAAAGATTTTCGCGTTATTGTGGAGTGTCTGCATTG 2880
Query 2881 ACCACTCAGCTTCCGAGGTGGAGAATGATCTATCCACCTCTAAAGGGGCTTGCTAGAATA 2940
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2881 ACCACTCAGCTTCCTAGGTGGAGAATGATCTATCCGCCGCTAAAGGGGCTTGCTAGAATA 2940
Query 2941 GGCACTTGCAAAGCCACATTTCAAATAATTTCATCTGCTTTATACTACGCACTACAGAGT 3000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2941 GGCACTTGCAAAGCCACATTTCAAATAATTTCATCTGCTTTATACTACGCACTCCAGAGT 3000
Query 3001 GGTACATCAGTTAAATCACGTGCTCCTGATGGTGTTCTCATAACTGCACTGCAGTTACTC 3060
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 3001 GGTACATCAGTTAAATCACGTGCCCCTGATGGCGTTCTCATTACTGCACTGCACTTACTC 3060
Query 3061 TCGTTATCATTGGATATTTGCACTCAGCAGAGGCAATCTAATAGTCAGGATTGTTGCTTA 3120
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3061 TCGTTATCATTGGATATTTGCACTCAGCAGAGTCAATCTAATAGTCAGGATAGTTGCTTA 3120
Query 3121 GAAAATTCAATTCCAATTCTCGAATTAGCTGGTCTGGAAATAATTGGTATAGCTCAAGGG 3180
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 3121 CAAAATTCAATTCCAATTCTCGAATTGGCTGGTCTGGAAATTATTGGTATAGATCAAGGG 3180
Query 3181 ACTGAAAAAGAAAGTTTATTGTCTCTTCTTGTTTCGTTAATGAAGACTCGTATGGGAGAT 3240
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 3181 ACTGAAAAAGAAAGTTTGCTGTCTCTTCTTGTTTCGTTAATGAGGACTCGTATGGGCGAT 3240
Query 3241 GGCCGCCATCAATTTCCAGAGCCAGGCAGTTGCAATATTTCGTCCTGGATTGGAAATCTG 3300
|||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3241 GGCCTTCATCAGTTTCCAGAGGCAGGCAGTTGCAATATTTCGTCCTGGATTGGAAATCTG 3300
Query 3301 CTGAAGAAGTTCAGTGCAATTGATTCTGTTTGTATGAACCTATTGCAAAGTCTTGCCCCC 3360
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3301 CTGAAGAAGTTTAGTGCAATTGATTCTGTTTGTATGAACCTATTGCAAAGTCTTGCCCCA 3360
Query 3361 GAGGTGGTTGGTCAATCTGGCTTCGATAAAGTCATGTCAGGTTCTACTTCTGATGAGAAG 3420
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 3361 GAGGTGGTTGGTCAATCTGGCTTTGATAAAGTCATGCCAGATTCTGCTTCTGATGAGAAG 3420
Query 3421 CGCAAGGCTAAAGCTAAAGAGAGGCAGGCTGCTATTATGGCAAAAATGAAAGCTGAACAG 3480
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3421 CGCAAAGCTAAAGCTAGAGAGAGGCAGGCTGCTATTATGGCAAAAATGAAAGCTGAACAG 3480
Query 3481 TCAAAGTTCTTGTCTACCTTGAGTTCCAGCATGGATGATGATGATCCGAGATCTGAATTT 3540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |
Sbjct 3481 TCAAAGTTCTTGTCTACCTTGAGTTCCAGCATGGATGATAATGATCCAAGATCTGAAACT 3540
Query 3541 GAAACAAGTGATTCTGTGATGGAACATGATTCAGAAATAGCTGTCCGTGAAGTTTGCTCC 3600
|||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 3541 GAAAGAAGTGATTCTGTTATTGAACATGATTCAGAAATTGCTGTCCATGAAGTTTGCTCC 3600
Query 3601 CTCTGCCATGACCCAGATTCCAAAGACCCCGTTTCTTTCTTGATTTTTCTCCAGAAATCT 3660
|||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3601 CTCTGCCAGGACCCAGAATCCAAAGACTCCGTTTCTTTCTTGATTTTTCTGCAGAAATCT 3660
Query 3661 AAACTATTGAGTTTTGTGGATAGAGGCCCTCCATCTTGGGATCAATGTCCACAATCCGAA 3720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3661 AAACTATTGAGTTTTGTGGATAGAGGCCCTCCATCTTGGGATCAAAGTCCACAATCCGAA 3720
Query 3721 AAGAAGATATCTGTGGATGGAGCTCCTGATCTTTTGAGAATGAATGCTTCTTCAGATAGT 3780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3721 AAGAAGATATCTGTGGATGGAGCTCCTGATCTTTTGAGAATGAATGCTTCTTCAGATAGT 3780
Query 3781 TTAAGAATAAGTTCTCCTCTCATGCTGCAATTGTCAGATGATACTATCTCTGAGTCTGCT 3840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |
Sbjct 3781 TTAAGAATAAGTTCTCCTCTCATGCTGCAATTGTCAGATGATGCTACCTCTGAGTCTG-T 3839
Query 3841 AATATGATTGAATCTATAAAAGCCCGGCTTATAGGGAATGGTCAGACAGAGAAGAGGTCT 3900
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3840 -----GATTGAATCTTTAAAAGCCCGGCTTATAGGGAATGGTCAGACAGAGAAGAGGTCT 3894
Query 3901 AGCGATGGGAGGGGAAAAGATGAATCTAACATGGAATCATTGGAGATAGCCATGTATCAA 3960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3895 AGCGATGGGAGGGGAAAAGATGAATCTAACATGGAATCAGTGGAGATAGCCATGTATCAA 3954
Query 3961 ACTGTTCGCA-ACAAAATTGAAAACATGATAAATCAAAGCCTTACACGTGTAGATCATCA 4019
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3955 ACTGTTCGCAGA-AAAATTGAAAACATGATAAATCAAAGCCTTAAACGTGTAGATCATCG 4013
Query 4020 ACCCCATGAAGCTGAAAATTGTTCGGAGAAAAATTCTGTTGGTGGTCCATCTACTTTGCA 4079
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4014 ACACCATGAAGCTGAAAATAGTTCGGAGAAAAATTCTGTGGGTGGTCCATCTACTTTGCA 4073
Query 4080 AGGTAGATTTCCTGATATTCGATCAAGACAAACTTCCAGGCGTCCTGATGCTGGTTCAGA 4139
|| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4074 AGTTAGATTGCCTGATATTCTATCAAGACAGACTTCCAGGCGTCCTGATGCTGGTTCAGA 4133
Query 4140 TGGGTTTCACCCTATCGACTGTGATGGGGTTTATCTTTCATCATGTGGACATGCTGTACA 4199
||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4134 TGGGTTTCACCTTACCGACTGTGATGGGATTTATCTTTCATCATGTGGACATGCTGTGCA 4193
Query 4200 TCAAAGCTGCCTTGAACGATATTTAAAATCCTTAAAGGAAAGGTCTGGCAGAAGAACTGT 4259
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4194 TCAAAGCTGCCTTAAACGATATTTAAAATCCTTAAAGGAAAGGTCTGGCAGAAGAACTGT 4253
Query 4260 CTTTGAAGGTGCACATATTGTGGATCTAAAAAAGAAAGAATTCCTGTGTCCTGTATGCCG 4319
|||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 4254 CTTTGAAGGTGCACATATTGTGGATCTAGAACAGGGAGAATTTCTGTGTCCTGCATGCCG 4313
Query 4320 CCGACTAGCCAATTCTGTATTGCCTGAATGTCCTGGAGATTTATGTTCTGTCTCAAAGCT 4379
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4314 CCGACTAGCCAATTCCGTATTGCCTGCATGTCCTGGAGATTTATGTTCTGTCTCAAAGCT 4373
Query 4380 ACAAGATAGTCCACGTACTAAGTTACGTAGAAAAGATGCACTGCAGCCTTCTCTTTGGCT 4439
||||||| |||||||||||| | ||| ||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 4374 ACAAGATGGTCCACGTACTA-----C--AGA-----TGCACCGAAGCCTTCTCTTTGGCT 4421
Query 4440 CTCTGAAGCGTTGTGTCTACTACGATCTGCTGCTGAAGTGATCGAAGATGGTGATAGAGG 4499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4422 CTCTGAAGCGTTGTGTCTACTACGATCTGCTGCTGAAGTGATCGAAGATGGTGATAGCGG 4481
Query 4500 TAAAACAGTTACTCCACAGGGAGATGGACCAAGAAGGAAAGATCTTAAATCTGTCTCTAA 4559
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4482 TAAAACAGTTACTCTGCAGGGAGATGGACCAAGAAGGAAAGATCTTAAATTTGTCTCTAA 4541
Query 4560 AATGCTCTGGGATTTCTATTTTCCCAAGCCAGAGGATAAA-ACT-CTAAAACGTCTGTGG 4617
|| |||| |||||||||||||||| |||| | |||| ||| ||| | ||| |||| ||||
Sbjct 4542 AAAGCTCGGGGATTTCTATTTTCCTAAGCGACAGGA-AAAGACTTCGAAA-CGTCCGTGG 4599
Query 4618 CTACCACCACAATCAATCGTCATGTGGGACACCCTTAAGTACTCTCTCATTTCAATGGAA 4677
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 4600 CTACCACAACAATCAATCGTCATGTGGGACACCCTTAAGTACTCTCTTATTTCATTGGAA 4659
Query 4678 ATTGGTACTCGTTTTGCCAAGAATTCAATGCTGCCTGTCTATTGTATTGACTCCTTGTAT 4737
|||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 4660 ATTGGTGCTCGTTGTGCGAAGAATTCAATGCTTCCTGTCTATAGTATTGACTCCATGTAT 4719
Query 4738 GAAGAGTTGAAAACCTCTAAGGGGACTATTTTGTCAGTTTTATTACGAGTGGTACAGAGC 4797
|||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4720 GAAGAGTTTAAAACCTCTACTGGGACTATTTTATCACTTTTATTACGAGTGGTACAGAGC 4779
Query 4798 TCCAGAACAAAGAATACTATTCATGTTCGTCAGAGATTTGTGGGTATGAAGCATCTTGCA 4857
||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4780 ACCAAAACAAAGAATGCTATTCATGTTCGTCAGAGATTTGTGGGTATGAAGCATCTTGCA 4839
Query 4858 GAGTCTATATGCTATGG-AGTTTCAAGTAGTTCTTCGAGCAGCATATTTGGAAGTGAAGG 4916
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4840 GAGTCTATATGCTATGGGA-TTTCAAGTAGTTCTTCGAGCAGCATATATGGAAGTGAAGG 4898
Query 4917 CACAACAGGTTCATTGAAGAATATAGACCTGCTCTGGAATCGAGCATCCGATCCAGTTCT 4976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4899 CACAACAGGTTCATTGAAGAATATAGACCTGCTCTGGAATCGAGCATCTGATCCAGTTCT 4958
Query 4977 TGCCCATGACCCATTTTCATCACTGATGTGGGCTCTCTTTTGTCTTCCTTTTCCTTTTCT 5036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4959 TGCCCATGACCCATTTTCATCACTGATGTGGGCTCTCTTTTGTCTCCCTTTTCCTTTTCT 5018
Query 5037 CACGTGCGAGGAATCTCTATTGTCACTTGTGCATATTTTCCACAGTGTCTCGCTTGTTCA 5096
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 5019 CACATGCGAGGAATCTCTATTGTCACTTGTGCATATTTTCCACAGTGTCTCTCTTGTTCA 5078
Query 5097 GACTGTAATTGCTTATTGTGCATGTCGCCCAAGTGAATTGAGTGAATTAAATTTTGGGGA 5156
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5079 GACTGTAATTGCTTATTGTGCATGTCGCCTAAGTGACTTGAGTGAATTAAATTTTGGGGA 5138
Query 5157 AAACCTGCTTAATGACATCTCCAACGCTTTGAGAGAATCAGGTGGTTGGGAGTATTTCAG 5216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5139 AAACCTGCTTAATGACATCTCCAACGCTTTGAGAGAATCAGATGGTTGGGAGTATTTCAG 5198
Query 5217 GTCGAACAATATGGATTTGTCATGTGATATAAAAGACACAATCCGTAAATATAGTCTTCC 5276
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5199 GTCTAACTATATGGATTTGTCATGTGATATAAAAGGCACAATCCGTAAATATAGTCTTCC 5258
Query 5277 TTTCTTGAGGAGATGTGCGTTGTTGTGGAAGCTACTGAAATCTACTCCTAGGAAGCTTCA 5336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5259 TTTCTTGAGGAGATGTGCGTTGTTGTGGAAGCTACTGAAATCTACTCCTAGGAAGTTTCA 5318
Query 5337 TGAAGAGTCAGATATGTTTGATTTGCCATCTGACCCCACCACCGACAATATGGATTTCAT 5396
||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||||||||
Sbjct 5319 TGAAGAGGCAGATATGTTCGATTTGCCATCTGAC---A--A-------TATGGATTTCAT 5366
Query 5397 ATACAGTCCCCAGTCTGAGCTGAATCATGTGCAAGAATTGGAGAAAATGTTTAACATTCC 5456
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5367 GTACAGTCCCCAATCTGAGCTGAATCATGTGCAAGAATTGGAGAAAATGTTTAAGATTCC 5426
Query 5457 ACCTATAGATATCATTCTTAATGATGAACTTCTCCGTTCTTCAACCCAAATATGGCTCCA 5516
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5427 ACCTATAGATACCATTCTCAATGATGAACTTCTCCGCTCTTCAACCCAAACATGGCTCCA 5486
Query 5517 GCATTTTCAGCGGGAATATAGAGTCAACAGAGTTAAAAGGTCCCTTTGCATCACCCCTGT 5576
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5487 GCATTATCAGCGGGAATACAGAGTCAACAGAGTTAAAAGGTCCCTTTGCATCACCCCTGT 5546
Query 5577 AGTTCCTTTCCAGCTAATGAAATTACCCAATCTATACCAGGACCTACTACAAAGGTGTAT 5636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5547 AGTTCCTTTCCAGCTAATGAAATTACCCAATCTATACCAGGACCTACTGCAAAGGTGTAT 5606
Query 5637 aaaaaaaCGTTGC-GTCAACTGCACCAAAGTTATCGAAGAACCTGTATTATGTCTTCTGT 5695
||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5607 AAAAAAACGTTGCAGCCA-CTGCACCAAAGTTATCGAAGAACCTGCATTATGTCTTCTGT 5665
Query 5696 GTGGAAGTTTGTGTTCTCCCATATGGAGCCCTTGTTGCAGAGA-AAGTGGTTGTCCTAAT 5754
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || | ||||||||| |
Sbjct 5666 GTGGAAGTTTGTGTTCTCCCATATGGAGGCTTTGTTGCAGAGATAA-TAGTTGTCCTACT 5724
Query 5755 CATGCAATTACCTGTGGTGCTGGTACTGGTGTATTTCTTCTGATACGGCGGACCACAATT 5814
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5725 CATGCAATTACCTGTGGTGCTGGTACTGGTGTATATCTTCTGATACGGCGGACCACAATT 5784
Query 5815 TTGCTACAAAGGTTTGCAAGACAATCACCTTGGCCATCTCCTTACCTGGATACGTTTGGA 5874
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5785 TTGCTACAAAGATTTGCAAGGCAATCACCTTGGCCATCTCCTTACTTGGATACGTTTGGA 5844
Query 5875 GAAGAGGATATCGATATGATCAGAGGAAAACGACTATACCTGAATGAAGAACGTTATGCT 5934
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5845 GAAGAGGATATCGATATGGCCAGAGGAAAACCACTATACCTGAATGAAGAACGTTATGCC 5904
Query 5935 GCTTTAACTTACTTGGTTGGTTCTCATGGACTTGATCGCAGTTCAAAAGTTCTCGGCCAA 5994
| |||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 5905 ACCTTAACTGACATGGTTGGTTCTCATGGACTTGATCACAGTTCGAAAGTTCTCGGCCAA 5964
Query 5995 ACCACAATTGGAGCCGTCTTACATTAAACGATCTGCGTGCTATTTCTCAGACATTG 6050
||||||||||||||| |||||| |||||| | | || | || || |||||||||||
Sbjct 5965 ACCACAATTGGAGCCTTCTTACTTTAAAC-AGC-GC-T-CT-TT-CTCAGACATTG 6014
Score = 195 bits (105), Expect = 5e-48
Identities = 119/126 (94%), Gaps = 0/126 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 6083 GAAATCATCAGTTAAGATTCTAAAGATTTGAGAGCTTTTCTGATGAtttttttttATTTG 6142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 6015 GAAATCATCAGTTAAGATTCTAAAGATTTGAGAGCTTTTCTGATGATTTTTACCTAATTA 6074
Query 6143 ATTTCTGTCACTTTGGTTGATTTCTTTATTTGTGGATATATGCGATCATGTTTGTAAATA 6202
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 6075 ATTTCTGTCACTTTGGTTGATTTCTTTATTTGTGGATATATGAGATCGTGTTTGTAAATA 6134
Query 6203 GAGTAT 6208
||||||
Sbjct 6135 GAGTAT 6140
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 236908391925
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5